AP N°. Bioinformática 01
Na atualidade há disponível uma quantidade enorme (e crescente) de dados relacionados à pesquisa
biológica, particularmente a relacionada à biologia molecular. As vantagens de iniciar um projeto
começando por procuras nestas bases incluem auxilio na escolha do modelo, refinamento de
objetivos e redução de custos. Entre as desvantagens podemos citar o fato de algumas destas bases
oferecerem os dados sem processamento, o que leva a necessidade de possuir conhecimentos
prévios em bioinformática. Alguns, ainda, são confusos ou direcionados a pesquisadores com
experiência ou de áreas específicas. Outra desvantagem é que estes sites encontram-se em Inglês.
Entretanto, a relação custo beneficio continua sendo favorável, pelo que nesta aula serão abordados
alguns exercícios para que o aluno comece a se familiarizar com este tipo de recurso.
NCBI
1.
Abra um navegador e digite “ncbi” no google e clique no primeiro resultado
2.
Clique em “All databases”. Veja o menu expandido e lendo os nomes imagine se é
capaz de adivinhar o que encontraria em cada um dos itens.
3.
Clique em “How to” e depois em “Training & Tutorials/ Learn about the basics of
molecular biology and bioinformatics”. Abrirá o endereço
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/learn-basics/ onde é apresentado um breve tutorial
com preguntas gerais sobre a biologia molecular. Clique em Bookshelf
Nota: se achar necessário pode abrir o Google Tradutor e colar o endereço acima. Depois clique na página
traduzida. Pode utilizar este recurso para qualquer pagina em outros idiomas
4.
gratuita
Procure por “CRISPR”. Veja quantos livros podem ser acessados online de forma
5.
Agora no menú pull down escolha “All databases” e escreva “Cellulase”. Dê enter e
analise junto com o professor os resultados da procura. Reflita sobre o custo que qualquer
laboratório teria que encarar para conseguir toda essa informação no caso de que não existisse a
Internet.
UniProt
1.
Abra um navegador e digite “UniProt” no google e clique no primeiro resultado
2.
Na barra de procura digite “lipase” e de enter. Repare que a informação pode ser
customizada clicando em “Columns”
3.
Selecione a primeira coluna do décimo resultado (treptomyces rimosus). Repare que
agora você pode acessar a novas ferramentas (Blast por exemplo)
4.
Agora clique em cima da segunda coluna. Veja os subtítulos em marrom
(“Function”, etc)
Pfam
1. Abra um navegador e digite “Pfam” no google e clique no primeiro resultado
2. Clique em “Sequence Search” e cole a seguinte sequencia e depois clique em “Go”:
MACRFPLHSSSPSQFLSPENRQRLPRNYPSISCQNNSATNVVHEDGDDNDKAKTNQVNLLAIPITLTIISASLAKPSFAAAKVTERKRT
QKKPQEALTLEQLKAWSKDLPVVSNRIPYTDILSLKAEGKLKHVIKPPNLSLRQKAEPVLVVLEDSRVLRTVLPSLEGNKRFWEQWDEL
GIDVQCVNAYTPPVKRPPVPSPYLGFLWKVPAYMLTWVKPKKESKRAAELKRMREDFKRQRKEEIETMKEERVMMEKTMKAQKKQQERK
KRKAVRKKKYEESLREARKNYRDMADMWARLAQDPNVATALGLVFFYIFYRVVVLNYRKQKKDYEDRLKIEKAEADERKKMRELEREME
GIEEEDEEVEEGTGEKNPYLQMAMQFMKSGARVRRASNKRLPEYLERGVDVKFTDVAGLGKIRLELEEIVKFFTHGEMYRRRGVKIPGG
ILLCGPPGVGKTLLAKAVAGEAGVNFFSISASQFVEIYVGVGASRVRALYQEARENAPSVVFIDELDAVGRERGLIKGSGGQERDATLN
QLLVSLDGFEGRGEVITIASTNRPDILDPALVRPGRFDRKIFIPKPGLIGRMEILQVHARKKPMAEDLDYMAVASMTDGMVGAELANIV
EIAAINMMRDGRTELTTDDLLQAAQIEERGMLDRKDRSLETWRQVAINEAAMAVVAVNFPDMKNIEFLTINPRAGRELGYVRVKMDHIK
FKEGMLSRQSILDHITVQLAPRAADELWYGEDQLSTIWAETSDNARSAARSLVLGGLSDKHHGLNNFWVADRINDIDVEALRILNMCYE
RAKEILGRNRTLMDEVVEKLVQKKSLTKQEFFTLVELYGSSKPMPPSILELRKIKRLELEEMVLKLDMTTARNSS
3. Clique no domínio AAA. Que tipo de informação encontrou?
4. Agora volte até a página principal do Pfam e clique novamente em “Sequence Search” e cole a
seguinte sequencia (proteína desconhecida):
MAENADLVEWPKKDKRRFLHVVYRVGDLDRTIQFYTECFGMKVLRKRDVPEEKYSNAFLGFGPETSNFVVELTYNYGVSSYDIGTGFGH
FAISTQDVSKMVEAVRAKGGNVTREPGPVKGGGSVIAFVKDPDGYTFELIQRGPTPEPLCQVMLRVGDLDRAVKFMEKALGMRLLRRIE
RPEYNTIGMMGYAEEYESIVLELTYNYGVTEYTKGNAYAQIAIGTDDVYKSAEVVKIVNQELGGKITREAGPLPGLGTKIVSFLDPDGW
KQVLVDNEDFLKELE
TAIR
1. Abra um navegador e digite “TAIR” no google e clique no primeiro resultado
2. Escreva “GFP” na caixa superior esquerda e substitua a palavra “Gene” no menu pull down
escolha “Seed Stock”, depois clique em “Search”
3.
Clique em CS16432 e veja a informação disponível
4. Agora volte à página principal e escreva “GAPDH” (mantenha “Gene” no menu pull down) e
clique em search
5. Selecione AT1G16300 e veja a informação disponível com ajuda do professor