Estrutura de Proteínas
Figure 2.5. O pI é o pH onde a carga líquida da proteína é ZERO. A pH’s menores
a proteína tem carater CATIÔNICO e a pH’s acima do pI aniônico.
Lembra que pKa é “invariável” o termo variável é o pH.
Força Iônica e Enovelamento de Proteínas.
AA´s básico e ácidos
-S-S-, H///O, cargas, VDW, uréia
A partir da seq. 1ária, possibilidades de enovelamento enorme!!
Como sabe?? Proteínas que ajudam no Enovelamento “Folding”
Efeito de íons,
Espcificidade de íons, Caotrópicos e Cosmotrópicos
Denaturam
“Naturam”
1 = 1,5 Å Anstieg pro Aminosäurerest
2 = 5,4 Å = 3,6 Aminosäurereste pro
Windung
3 = 27 Å entspricht 18 Aminosäurereste
auf 5 Windungen
4 = 26°
5 = 5,1 Å
w1 - w5 = je 1 Helix-windung
3,6 resíduos de aminoácido por “passo” ~ 5.4 ª
Estabilizado por H-ponte entre.
Como devem ser os grupos R? e o interior da
Hélice??
.
Folha anti paralela
endothelin
collagen
angiogenin
lysozyme
thioredoxin
mellitin
hemoglobin
Brookhaven Protein Data Bank
The Brookhaven Data Bank will contain the most recent entries of all protein structural
data. Proteins can easily be searched by using Brookhaven's PDB Gopher. When the
box appears type in any key word. If a match appears, select the protein of your choice.
Three files will appear: *.biblio, *.full, and *.gif. The first file will only give the
information found in the header, it will not give coordinate data, the *.full file gives all
data and is needed if you wish to manipulate structures from your own terminal. The
*.gif file will contain a single image of the molecule. Remember that many cases
several structures will be found for the same keyword. As an example try typing in
pepsin after clicking here Next click on one of the many structures that show up on
screen. Take a look at each of the files (*.biblio, *.full, *.gif) that are available from
Brookhaven.
For more information about the Brookhaven Protein Data Base connect
to their home directory which contains FTP access to recent PDB
Newsletter. A searchable index by key words can be used to search the
Newsletter.
Proteínas de membrana:
-Integrais
-Periféricas
Figure 4.19
Name
Type
Specificity
Cyanogen
Bromide
Chemical
Carboxyl Side of Methionine
Trypsin
Enzymatic Carboxyl Side of Basic Amino
Acids
e.g. Lys & Arg
Chymotrypsin
Enzymatic Carboxyl Side of Aryl Amino
Acids
e.g. Phe, Tyr & Trp
Síntese de Peptídeos
The Merrifield Peptide Synthesis
The Merrifield Peptide Synthesis
pH regulação do pH do sangue
pH 7.4 + 0.1
Uma mudança de 0.4 unidades = “Morte” !!!
Síndrome de Andrômeda- micróbio virulento do espaço infecta
pessoas de cidade interiorana dos E.U.A.
Todos morrem de “coagulação” do sangue !!!
Curva de crescimento do micróbio = faixa estreita de
pH!!!
Somente dois sobreviventes
- Um bebe que não parava de chorar, e assim exalava CO2
alkalose
- Um bêbedo que tinha ulcera gastrica aberta = acidose.
Anidrase Carbônica
CO2 + H2O <--AC--> H2CO3 <---> H+ + HCO3-
Hb “pega” H+ ions... tamponando blood cell...
Se pH cai [H+ ^] então Anidrase carbonica
HCO3- + H+ shifts --->to H2CO3 s & vice versa
 Imidazol
Informações:
-Fosfato tampão importante dentro das células e Rins
-Anidrase carbônica
-Localisada no citosol de células (renal e hemácias).
-Ao longo “the brush border” of the proximal tubule Rim.
-Não encontrada no plasma.
- pKa da Hb é funçao da ligação de O2
-Em Fisiologia será estudado detalhes da liberação de H+ e outras
Por rim, pulmão etc..
No metabolismo aeróbico cerca de 0.8 equivalentes de CO2
são produzidos por O2 consumido.
Maior parte transportado como Bicarbonato! (anidrase carbônica)
Restante carregado pela Hb como Carbamato