Uploaded by Alessandra Morchio

Chimica Biologica Biologia 2017 2018

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Le immagini di seguito riportate sono in parte tratte da:
Voet-Voet-Pratt Fondamenti di Biochimica-Zanichelli
Nelson-Cox-I principi di biochimica di Lehninger -Zanichelli
Berg-Tymoczko-Stryer-Biochimica - Zanichelli
Garret-Grisham – Principi di Biochimica- Piccin
Ringe-Petsko- Struttura e funzione delle proteine- Zanichelli
e sono ad uso esclusivo degli studenti del corso di Biochimica del
Corso di Laurea in Scienze Biologiche dell’Università degli Studi
di Genova.
Adenosina trifosfato (ATP)
Diverse ragioni sono alla base dell’elevata variazione di energia libera associata
all’idrolisi di ATP:
- rimozione della repulsione elettrostatica
- il fosfato inorganico è stabilizzato dalla risonanza
- ionizzazione immediata del prodotto di reazione ADP
- i prodotti della reazione sono maggiormente solvatati del reagente

1
2ATP  ADP
Carica energetica 
2 ATP  ADP  AMP
Strategie per la produzione di ATP nelle cellule
Ci sono due modi per produrre ATP attraverso reazioni del catabolismo ossidativo:
1) Reazioni di fosforilazione a livello del substrato
In queste reazioni, catalizzate da cinasi (o chinasi), un intermedio metabolico fosforilato cede il
fosfato all’ADP con formazione di ATP secondo lo schema generale:
XP + ADP X + ATP
Es. 1,3 bisfosfoglicerato e fosfoenolpiruvato nella glicolisi. Il potenziale di trasferimento del
fosfato di questi composti fosforilati è maggiore di quello dell’ATP.
2) La fosforilazione ossidativa
Nel processo della fosforilazione ossidativa (che avviene nei mitocondri) l’energia
“potenziale” dei coenzimi ridotti (NADH e FADH2) è trasformata nell’energia “pronta”
dell’ATP attraverso un complesso meccanismo. I coenzimi ridotti sono stati prodotti in
reazioni di ossidazione dei substrati (glucoso, fruttoso, acidi grassi) nelle varie vie
metaboliche del catabolismo (glicolisi, ciclo di Krebs, ossidazione degli acidi grassi).
Pertanto il processo di produzione dell’ATP via fosforilazione ossidativa si può dividere in
2 fasi:
Fase 1 : riduzione dei coenzimi nelle reazioni di ossidazione dei substrati metabolici
Xrid + NAD/FAD Xox + NADH/FADH2
Fase 2 : ri-ossidazione dei coenzimi ridotti accoppiata alla produzione di ATP nella
fosforilazione ossidativa nei mitocondri
NADH/FADH2 + O2 NAD/FAD + H2O
ADP + Pi ATP + H2O
La fosforilazione ossidativa è la principale fonte di ATP per la maggior parte delle cellule
del nostro organismo.
SCHEMA DELLA GLICOLISI
Glucosio
ATP
esochinasi, glucochinasi
ADP
Glucosio 6 fosfato
REAZIONE COMPLESSIVA
glucosio+2NAD++2ADP+2Pi
glucosio fosfato isomerasi
Fruttosio 6 fosfato
ATP
ADP fosfofruttochinasi
Fruttosio 1-6 bisfosfato
2piruvato+2NADH+2H++2ATP
fruttosio bisfosfato aldolasi
2x
Diidrossiacetone
Gliceraldeide
fosfato
3-fosfato
trioso fosfato
isomerasi
NAD
gliceraldeide 3 fosfato deidrogenasi
H3PO4
NADH+H+
AC. 1-3 bisfosfogliecerato
ADP
ATP fosfoglicerato chinasi
3 fosfoglicerato
fosfoglicerato mutasi
2 fosfoglicerato
enolasi
H2O
fosfoenol
piruvato
ADP
ATP
piruvato
piruvato chinasi
Glucosio + ATPGlucosio-6P + ADP
ΔG0= -16,7 KJ/mol
Concentrazione dei metaboliti glicolitici negli eritrociti allo stato stazionario
ΔG = -16,7 KJ/mol + 8,314 J/molK*310K*ln
[G-6P] [ADP]
[G] [ATP]
ΔG = -16,7 KJ/mol + 8,314 J/molK*310K*2.3log
(0,083) (0,14)
(5,0) (1,85)
ΔG = -16,7 KJ/mol + (-16,34 KJ/mol) = -33,04 KJ/mol
-16,7 KJ/mol
-33,04
KJ/mol
REGOLAZIONE DELLA GLICOLISI
Glucosio
ATP
esochinasi, glucochinasi
ADP
Glucosio 6 fosfato
La esocinasi è inibita dal glucoso 6fosfato
glucosio fosfato isomerasi
Fruttosio 6 fosfato
ATP
ADP fosfofruttochinasi
Fruttosio 1-6 bisfosfato
La fosfofrutto cinasi è stimolata allostericamente
da AMP e ADP (bassa carica energetica della
cellula) e inibita allostericamente da ATP e da
citrato (alta carica energetica). Inoltre è attivata
dall'insulina e inibita dal glucagone. Inoltre è
attivata allostericamente da fruttosio 2,6 bisfosfato
fruttosio bisfosfato aldolasi
2x
Diidrossiacetone Gliceraldeide
fosfato
3-fosfato
trioso fosfato
isomerasi
NAD
gliceraldeide 3 fosfato
H3PO4
NADH+H+ deidrogenasi
AC. 1-3 difosfogliecerato
ADP
fosfoglicerato chinasi
ATP
3 fosfoglicerato
La piruvato cinasi è
inibita allostericamente
da ATP ed è inibita dal
glucagone ed è indotta
(aumentata sintesi di
enzima) dall'insulina
fosfoglicerato mutasi
2 fosfoglicerato
enolasi
H2O
fosfoenol
piruvato
ADP
ATP
piruvato
piruvato chinasi
- cooperatività di legame
La fosfofruttochinasi (PFK) è un omotetramero dove ciascuna subunità presenta tre
siti di legame, due per i substrati ed uno per effettori positivi (ADP) e negativi (PEP)
Il loop 6-F posto tra l’alfa elica F ed il
filabento beta 6 rappresenta
l’elemento di collegamento tra il
sito dell’effettore di una subunità ed
il sito attivo presente sulla subunità
contigua
dimero della PFK costituito da due
subunità ciascuna formata da due domini
La struttura quaternaria della PFK presenta due zone di interazione, tra le subunità
A-B e C-D a formare i dimeri e tra i dimeri a formare il tetramero
stato R
Le subunità possono trovarsi in due distinti
stati conformazionali (stato T, teso) e (stato
R, rilassato). Le transizioni fra i due stati
conformazionali sono concertate dando
vita ad un legame cooperativo.
stato T
Il tetramero origina dall’interazione di due foglietti beta che possono formare
legami idrogeno per dare vita ad un foglietto beta esteso (stato T) o possono
essere separati da molecole di acqua disposte a ponte (stato R)
La struttura quaternaria dello stato
R dipende dalla presenza, a livello
del sito attivo, della porzione 6-F
avvolta ad elica. Tale porzione
risulta quasi completamente svolta
nello stato T.
GLICOLISI “ANAEROBICA”: fermentazione lattica e
alcolica
La fermentazione lattica rappresenta la via anaerobica di utilizzo del piruvato, che
si attiva nei muscoli degli organismi aerobici, quando, a causa del lavoro muscolare
molto intenso, l'apporto di ossigeno da parte dell'apparato cardiovascolare non è
sufficiente alle richieste. In questo caso si parla di glicolisi anaerobica. L'acido
lattico, se prodotto in quantità notevoli, può provocare crampi muscolari,
comunque è una delle cause della sensazione di fatica prodotta dal lavoro
muscolare.
COO-
NADH+H+
NAD+
C=O
CH3
piruvato
COOH-C-OH
LDH
(lattico deidrogenasi)
CH3
lattato
Riduzione di un gruppo chetonico
ad alcol secondario
La fermentazione alcolica rappresenta l’unica via di utilizzo del piruvato da parte di
organismi anaerobi come i lieviti. Tale fermentazione avviene nel mosto d'uva ad opera
dei saccaromiceti e produce alcol etilico, a partire dal glucosio; durante tale processo il
mosto ribolle per lo svolgimento di anidride carbonica (CO2) gassosa. Il saccaromices
cerevisiae è analogamente responsabile, nel processo di panificazione, del rigonfiamento
della pasta (lievitazione) dovuto alla produzione di CO2.
COOC=O
CH3
piruvato
NADH+H+
CO2
CHO
NAD+
OH
CH2
CH3
aldeide acetica
CH3
alcol etilico
La prima è una reazione di decarbossilazione (enzima:
piruvato decarbossilasi), la seconda rappresenta la riduzione
di un'aldeide ad alcol primario (enzima: alcol deidrogenasi).
enzima deramificante
enzima ramificante
La glicogeno fosforilasi è regolata allostericamente in
maniera diversa nel muscolo e nel fegato:
Muscolo:
La glicogeno fosforilasi b è attivata da AMP e inibita da ATP
e glucosio-6P
Fegato:
La glicogeno fosforilasi a è inibita da glucosio (aumenta la
suscettibilità dell’enzima alla sua defosforilazione e quindi
alla sua inattivazione)
Regolazione ormonale nel fegato
Glucagone  recettore attivato   cAMP  PKA attiva 
fosforilasi attiva e glicogeno sintasi inattiva.
Insulina  attivazione di una fosfatasi che defosforila la glicogeno
fosforilasi (inattivandola) e la glicogeno sintasi (attivandola).
Il glucagone (iperglicemizzante) attiva nel fegato la demolizione del
glicogeno e inibisce la sintesi.
L’insulina (ipoglicemizzante) attiva nel fegato la sintesi del glicogeno e
ne inibisce la demolizione.
La parte non ossidativa della via dell’esoso monofosfato,
anch’essa nel citoplasma, consiste nell’interconversione di
zuccheri fosforilati a 3, 6 e 5 atomi di carbonio, secondo il
seguente schema :
C5 + C5 C3 + C7
transchetolasi
C7 + C3 C4 + C6
transaldolasi
C5 + C4 C3 + C6
transchetolasi
Regolazione: Il primo enzima
della via ossidativa, la glucoso
6-fosfato deidrogenasi, è
l’unico regolato della via
dell’esoso monofosfato: è
stimolato da NADP+ (forma
ossidata) e inibito da NADPH
(forma ridotta) e da ATP.
Inoltre è indotto (aumentata
sintesi) dall’ insulina
DG0’= -33,4 kJ/mole
Piruvato + NAD+ + coenzima A  acetil-CoA + NADH + H+ + CO2
COO-
CoA-SH +
NAD+
NADH+H+
C=O
CH3
S-CoA
C=O
CO2
piruvato
piruvato deidrogenasi
CH3
Acetil-CoA
FAD
Struttura di
NADH/NAD+
NADPH/NADP+
(1)
Reazioni anaplerotiche del Ciclo di Krebs
Piruvato + NAD+ + coenzima A  acetil-CoA + NADH + H+ + CO2
Piruvato deidrogenasi
Regolazione:
La piruvato
deidrogenasi è inibita
da ATP, acetil-CoA e
NADH e stimolata da
AMP, CoA e NAD+
Le deidrogenasi che
catalizzano le reazioni
di decarbossilazione
ossidativa sono inibite
allostericamente da
ATP e da NADH (alta
carica energetica)
La citrato sintasi è
inibita da ATP e NADH
e stimolata da ADP
citrato sintasi
Isocitrato deidrogenasi
-KGA deidrogenasi
Il trasporto degli elettroni e la fosforilazione dell’ADP sono
processi associati alle membrane
(1)
Trasporto di protoni dalla matrice allo spazio transmembrana ad
opera del complesso I
Il trasporto di protoni transmembrana è alla base della teoria
chemiosmotica di Mitchell
Modello della ATP sintasi
L=loose
T=tight
0=inactive
Dimostrazione di
Racker e Stoeckenius
della validità del
modello chemiosmotico
di Mitchell
Il sistema navetta del glicerolo fosfato
Il sistema navetta malato-aspartato
La traslocazione di ATP e ADP è mediata da una traslocasi
Siti di azione di alcuni inibitori del trasporto elettronico e della
fosforilazione ossidativa
Digestione e assorbimento dei
trigliceridi derivanti
dall’alimentazione
un fosfolipide
CH2O-C
CH O-C
O
+
O
H3N-CH2-CH2O-P-O- CH2
OH
Testa polare (idrofilica)
un trigliceride
CH3
CH3
coda apolare (idrofobica)
Adrenalina
Glucagone
ACTH
Il distacco degli acidi
grassi dal glicerolo è
ormone-dipendente
Attivazione degli acidi grassi
acil-CoA deidrogenasi
trans-enoil-CoA idratasi
3-idrossiacil-CoA deidrogenasi
b-chetoacil-CoA tiolasi
Degradazione dei trigliceridi e ossidazione degli acidi
grassi; regolazione:
Le lipasi e la carnitina acil transferasi sono attivate per
fosforilazione da una cinasi a sua volta attivata dal
glucagone
Il glucagone stimola il trasporto degli acidi grassi dentro i
mitocondri e quindi la loro ossidazione
citrato sintasi
Isocitrato deidrogenasi
-KGA deidrogenasi
Il sistema navetta malato-aspartato
Gluconeogenesi
Regolazione
La piruvato carbossilasi (enzima
mitocondriale) è stimolata
allostericamente da acetil-CoA e
stimolata (in seguito a fosforilazione)
da una cinasi attivata dal glucagone
La fruttoso 1,6 bisfosfatasi e
la fosfofruttochinasi sono
reciprocamente regolate
allostericamente da fruttosio
2,6 bisfosfato (attiva la
glicolisi e inattiva la
gluconeogenesi)
La fruttoso 1,6 bisfosfatasi e
glucoso 6 fosfatasi sono
stimolate dal glucagone
Glucosio
ATP
OH
ATP
HO
PFK-2
PFK-2
ADP
ADP
Fruttosio-6-fosfato
ATP
Pi
PFK-1
F2,6-BP
F-1,6-BPasi
F2,6-BP
ADP
F-2,6-BPasi
F-2,6-BPasi
Fruttosio 1,6-bifosfato
P
Pi
Fruttosio
6-fosfato
Pi
P
2 piruvato
Fruttosio
6-fosfato
Glucosio
HO
P
ATP
PFK-2
ADP
Fruttosio-6-fosfato
F2,6BPasi
ATP
Pi
PFK-1
F2,6-BP
PKA
PKA
ADP
Fruttosio 1,6-bifosfato
Pi
Fruttosio
6-fosfato
F-1,6-BPasi
2 piruvato
La glucosio-6-fosfatasi è localizzata nel reticolo endoplasmatico.
La conversione del glucosio-6-P in glucosio avviene in seguito al
trasporto nel RE. La glucosio-6-fosfatasi ed i tre trasportatori
sono noti come sistema della glucosio-6-fosfatasi.
Le due vie metaboliche differiscono per localizzazione cellulare,
trasportatore dei gruppi acile, coenzima ossidoriduttivo.
Sintesi degli acidi grassi
ATP
Dopo l’uscita dal
mitocondrio sotto
forma di citrato,
l’acetil-CoA è
carbossilato a
malonil-CoA.
Il malonil CoA può
essere considerato il
“mattoncino” di
costruzione dell’acido
grasso
acetil CoA carbossilasi
ADP +Pi
Schema del complesso multienzimatico dimerico della acido grasso sintetasi
Regolazione:
L’enzima acetil CoA
carbossilasi è stimolato
allostericamente da citrato e
inibito da palmitoil-CoA. Il
glucagone (via cinasi)
inattiva e l’insulina (via
fosfatasi) attiva l’acetilCoA carbossilasi.
L’allungamento degli acidi
grassi è un processo
mitocondriale inverso
all’ossidazione: nell’ultima
reazione anziché FADH2 il
coenzima è il NADPH
La sintesi dei trigliceridi
può partire da
diidrossiacetone fosfato
o da glicerolo 3-fosfato
Gli amminoacidi possono essere degradati in differenti
situazioni metaboliche:
• durante il “turnover” (degradazione e sintesi) delle
proteine
• in seguito ad una dieta ricca di proteine e/o
amminoacidi
• durante il digiuno o nel diabete di tipo I
Il sito attivo delle transaminasi opera attraverso un meccanismo acido-base che, in questi enzimi, si
realizza per vicinalità di catene laterali acide (aspartico 222) e basiche (lisina 258) che generano forti
campi elettrostatici in grado di attuare la catalisi legando un cofattore (piridossal-fosfato) senza
interagire fra di loro come avverrebbe in acqua.
L’aspartato amminotransferasi ne è un esempio.
Domini proteici dotati di analoga attività hanno, a volte, fold
diversi
Aspartato ammino transferasi
D-amminoacido ammino transferasi
(un buon esempio di evoluzione convergente)
Solo i siti attivi, individuabili per la presenza del cofattore, presentano similarità.
I siti attivi sono speculari e forse responsabili delle differenti stereospecificità.
Degradazione degli amminoacidi: transaminazione,
deaminazione e ciclo dell’urea
L’unico amminoacido che può essere deaminato (distacco del gruppo amminico) direttamente è il glutammato,
con formazione di ammoniaca e -chetoglutarato, che è un intermedio del ciclo di Krebs.
Glutammato + NAD + H2O  -chetoglutarato + NADH + NH4+
Glutammato deidrogenasi
La carbamil fosfato sintetasi I è attivata
allostericamente
da
acido
Nacetilglutammato sintetizzato da acetil
CoA e glutammato da parte dell’enzima
N-acetilglutammato sintasi:
Se la dieta è ricca di proteine si ha un
eccesso di gruppi amminici da smaltire
(si produce molto glutammato) con
elevata produzione di urea.
Durante il digiuno (si produce molto
acetil-CoA si attiva la demolizione delle
proteine muscolari come rifornimento di
sostanze nutrienti.
Struttura ai raggi X della
carbamil fosfato sintetasi
di E.coli: un esempio di
enzima polifunzionale.
amminoacidi
NH3
-chetoglutarato
glutamato
CARBAMIL-P
CITRULLINA
ASPARTATO
OSSALACETATO
ARGININ
SUCCINATO
ORNITINA
MALATO
ARGININA
UREA
FUMARATO
I nucleotidi sono biomolecole fondamentali:
RNA, DNA
ATP
GTP
UDP-G
cAMP, cGMP. cADPR
La sintesi dei nucleotidi, inoltre, è il bersaglio terapeutico di
molti farmaci antitumorali
BASE
RIBONUCLEOSIDE
RIBONUCLEOTIDE
(5’- monofosfato)
Adenina (A)
Adenosina
Adenilato (AMP)
Guanina (G)
Guanosina
Guanilato (GMP)
Uracile (U)
Uridina
Uridilato (UMP)
Citosina (C)
Citidina
Citidilato (CMP)
I nucleotidi possono essere sintetizzati “de novo” o attraverso vie di recupero che riciclano le basi
libere derivate dal “turnover” dei nucleotidi o dalla dieta e le trasferiscono al PRPP attraverso
specifiche transferasi.
Nella via “de novo” l’anello pirimidinico viene trasferito al PRPP dopo che è
stato sintetizzato a partire da precursori semplici come bicarbonato e aspartato.
Per questo processo è necessaria l’idrolisi di ATP.
aspartato
transcarbamilasi
diidroorotato
deidrogenasi
diidroorotasi
Nei mammiferi la carbamil fosfato
sintetasi, l’ aspartato
transcarbamilasi e la diidroorotasi
sono raggruppati in una singola
catena polipeptidica di 210 kD che
prende il nome di CAD. In forma
nativa la CAD è un omotrimero
dove ciascuna subunità possiede
tutte e tre le attività enzimatiche.
orotato fosforibosil
transferasi
orotidilato
decarbossilasi
Orotidina-5’-monofosfato
(OMP)
Uridina monofosfato (UMP)
Una volta prodotto UMP, l’ulteriore fosforilazione a UDP e UTP avviene grazie a
due attività enzimatiche:
nucleoside monofosfato chinasi (specifica)
nucleoside difosfato chinasi (aspecifica)
UMP+ATP
UDP+ADP
nucleoside monofosfato chinasi
XDP+YTP
XTP+YDP
nucleoside difosfato chinasi
Una volta prodotto UTP viene aminato a CTP
Il donatore del gruppo amminico è la glutammina (Gln)
citidina trifosfato sintetasi
La ribonucleotide reduttasi converte i ribonucleotidi in deossiribonucleotidi.
Successivamente il dUMP viene metilato per formare dTMP con il metilentetraidrofolato come donatore del gruppo metilico.
timidilato sintasi
A differenza di quanto avviene per le pirimidine, l’anello purinico viene sintetizzato su
un derivato del ribosio fosfato, la 5-fosforibosil-1-ammina ottenuta per sostituzione
del pirofosfato del PRPP con l’ammoniaca derivata dalla glutammina.
Il nucleo purinico viene costruito attraverso nove tappe che, di frequente, consistono
nella fosforilazione di un atomo di ossigeno seguita dalla sostituzione del gruppo
fosforico da parte di un nucleofilo (gruppo amminico proveniente dalla glutammina)
glicinamide ribonucleotide
(GAR) sintetasi
(GAR) transformilasi
formilglicinamide sintasi
amminoimidazolo ribonucleotide
sintasi
carbossiamminoimidazolo
ribonucleotide sintasi
carbossiamminoimidazolo
ribonucleotide sintasi
succinilamminoimidazolo carbossamide
ribonucleotide sintetasi
adenilsuccinato liasi
inosina monofosfato cicloidroliasi
amminoimidazolo carbossamide
ribonucleotide transformilasi
Il prodotto finale inosinato(IMP) è il precursore di adenilato(AMP) ottenuto per
aggiunta dell’aspartato seguita dal rilascio del fumarato. Il guanilato(GMP) si ottiene
per azione di una deidrogenasi NAD-dipendente e sostituzione di un ossigeno
carbonilico con un gruppo amminico ottenuto per idrolisi della glutammina.
Le vie di recupero delle basi puriniche riciclano le basi libere derivate dal
“turnover” dei nucleotidi o dalla dieta facendo risparmiare energia (ATP) necessaria
per la sintesi “de novo”.
Due enzimi, la adenina fosforibosiltransefarasi e la ipoxantina-guanina
fosforibosiltransefarasi trasferiscono adenina, ipoxantina e guanina sul PRPP
portando all’eliminazione di pirofosfato inorganico PPi.
Adenina + PRPP
adenilato (AMP) + PPi
adenina fosforibosiltransefarasi
Guanina + PRPP
guanilato (GMP) + PPi
ipoxantina-guanina fosforibosiltransefarasi
Inosina + PRPP
inosinato (IMP) + PPi
ipoxantina-guanina fosforibosiltransefarasi
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