EXAMEN 2010
La diversité génique correspond à notre hétérozygotie attendue. Je vais ainsi utiliser la formule
suivante :
Pour faire mes calculs il me faut trouver les fréquences génotypiques.
Pour l’allèle A1 : PA1= 0.7
Pour l’allèle A2 : PA2= 0.3
Je vais ainsi calculer
P(A1A1)= PA1^2= 0.7^2=0.49
P(A1A2)= PA1*PA2*2=0.7*0.3*2=0.42
P(A2A2)= PA2^2=0.3^2=0.09
Ainsi p(A1) en F1= p(A1A1)+p(A1A2)/2=0.7 (on retombe sur 0.7)
Nous sommes donc à l’équilibre de Hardy-Weinberg et nous avons que sous HW les
fréquences alléliques ne changement pas au cours des générations. He à la première
génération sera identique à He à la 5ème génération. Nous pouvons ainsi calculer He.
La diversité génétique peut ainsi se calculer comme He=1-(0.7^2+0.3^2)=0.42
La diversité génique vaut 0.42 après 5 générations.
Pour répondre à cette question nous devons trouver les fréquences génotypiques attendues
(He) pour ensuite faire un test de Chi2.
Définitions :
HT représente l’hétérozygotie attendue par individu en supposant que la population totale est
à l’équilibre de HW. On note pi* la fréquence des moyennes de l’allèle Ai sur l’ensemble des
X sous populations.
HS est l’hétérozygotie attendue par individu pour chaque sous population en la supposant à
l’équilibre de HW.
FIS : Le FIS est généré à partir des 3 catégories d’hétérozygotie (vu plus haut). Le FIS
mesure l’écart par rapport à l’équilibre de HW. C’est aussi l’indice du coefficient de
consanguinité et il mesure la réduction de l’hétérozygotie des individus à l’intérieur de leur
sous population.
S’il y a consanguinité le FIS est positif
SI FIS= 0 alors nous sommes à l’équilibre
Si FIS est négatif on fait face à un excès d’hétérozygotie
Le FIS est obtenu en faisant : FIS= 1-(HO/HS)
FST est notre paramètre d’indice de fixation, il correspond à la réduction de l’hétérozygotie
dans les différentes sous-populations liés aux différences de fréquences alléliques
moyennes. Le FST permet aussi de quantifier le degré de diversification génétique entre les
populations.
Le FST se calcule comme ça : FST= 1-(HS/HT)
FST vaut 0 si toutes les sous populations ont les mêmes fréquences et sont à l’équilibre de
HW.
SI le FST est positif (donc HT>HS) on à l’effet Wahlund.
Si FST=FIT si FIS=0
EXAMEN 2011 JUILLET
EXAMEN 2010
LA MUTATION
Je pense qu’il est improbable que la mutation ait eu un effet sur le changement de fréquence
de l’allèle A sachant que ce changement c’est produit en seulement 1 génération.
La fixation d’un allèle demande de nombreuses générations ! Je peux rappeler que le taux
de mutation est indépendant de la taille de la population mais que le nombre total de
mutation est lui proportionnel au taux de mutation et à la taille de la population. Dans une
petite population nous avons une moins bonne fixation des allèles avantageux.
Je peux appuyer ces affirmations avec la formule suivante.
t : temps de génération et vaut 1 ici
Pt : fréquence au temps T (ici 0.7)
Po : fréquence initiale
U : taux de mutation
Nous voyons que le taux de mutations est bien trop haut (0.066) !
EXAMEN 2010
LA SELECTION :
Concernant la sélection, nous n’avons pas de valeur sélective s explicite mais nous pouvons
tout de même considérer la situation comme un modèle directionnel récessif et nous savons
que nous avons 2 allèles.
Nous connaissons Po=0.75 donc Q= 0.25
Nous prenons ici l’exemple ou WAA vaut P0 donc WAA=0.75 puis WAB=1 et WBB=1
Je conclu que la sélection aurait pu changer la fréquence allélique de 0.75 à 0.7 en une
génération si la valeur sélective de WAA valait 0.75.
LA MIGRATION :
Dans la donnée on nous dit que la population est isolée donc le changement de fréquence
n’est certainement pas dû à la migration (si on part du principe qu’il n’y zéro migration au
sein de la même île). Cependant au sein d’un île par exemple ou sur une montagnes (qui
comporte plusieurs niveaux d’altitude) on pourrait quand même trouver un effet de la
migration !
Je vais quand même montrer un exemple pour la migration :
Nous pouvons utiliser la formule :
EXAMEN 2011 idem 2020
Notre résultat me semble cohérant, le changement en une génération pourrait être dû à la
migration (si je ne pars pas du principe qu’isolation=0% de migration !!). Pour ce il faut que la
fréquence allélique dans la première population soit plus élevée que dans la deuxième
population. Ceci à été observé (0.75 0.7)
Attention ici si je considère que la population est isolée à 100% et qu’il y a 0% de migration
alors la migration ne pourrait pas expliquer le changement de fréquences !
LA DERIVE GENETIQUE
Ici nous pouvons appliquer les formules de la dynamique de la dérive :
P*i j : Probabilité de passer de la fréquence i à la fréquence j (donc de 0.75 à 0.7)
N : La taille de la population (500)
On remarque que la taille de la population à un très grand effet dans cette probabilité !
Nous allons aussi calculer la variance de notre population pour avoir une idée sur l’intensité des
fluctuations.
BLABLA DE GUIGUI
La taille de population est déterminante dans son interaction avec la dérive et la sélection, une fois que la mutation s’est
rependue dans la population. En effet, pour une population de petite taille, la dérive prend le dessus et fixe certains réplicas
mais augmente l’effet de stochasticité des réplicats non fixés (oscillations de fréquence). Dépendant, dans une grande
population, tous les réplicas son dominés par la sélection et se comporte comme attendu dans le schéma de séléction
(avantage homozygotes ou hétérozygotes) et maintient le polymorphisme sans fixation complète des dominants.
Dans une petite population, il est donc obligatoire qu’un changement de fréquence aussi élevé en 1 génération, ne suivant
pas les schéma de séléction, soit dû à la dérive génétique.
L’interaction entre la dérive et séléction dépend du produit N*s (taille popualtion*force séléctive), ou Ns<1 alors le
polymorphisme n’est jamais maintenu et la dérive l’emporte. Mais si Ns>1 augmente, la séléction l’emportes sur la dérive.
La consanguinité augmente la probabilité de fixation d’allèle délétères à l’état homozygotes.
La migration.
Dans une population stable, comme ici effect efficace (Ne) =N - ½ = environ N (page51) donc ici on sais que la taille efficace
de la population est de 1000 Schtroumpfs.
B) Ici nous avons 580 Schtroumpfs et 20 Schtroumpfettes, il y a donc plus de mâles que de femelles.
EXAMEN 2011 AOUT
Nous pouvons utiliser ces relations suivantes afin de faire le calcul de notre valeur sélective relative.
Sachant que nous somme dans le cas de dominance h=1. U=5*10^-6
EXAMEN AOUT 2011
EXAMEN 2011 AOUT
EXAMEN 2013
EXAMEN 2020
ATTENTION PAS LES MÊMES DONNEES !!
EXAMEN 2020 CAMILLE
b) Fréquences à l’équilibre de l’allèle A2 chez les femelles
wA2A2=1 WA1A1=1-s=0.7 donc s=0.3 WA1A2=1-hs=1 donc h=0
EXAMEN 2020 GIUGIU
EXAMEN 2020
VOIR CHEMINS SOUS PEDIGREE BAS DE LA PAGE
EXAMEN 2020 SALOME
PEDIGREE A LA FOLIE TA MÈRE
Calculer le coefficient de consanguinité de K et L :
Les chemins:
Individu K
Individu L
Calculer le coefficient de consanguinité pour H J I
AVEC UN TRAIT EN PLUS POUR F-D !!!!!!!!