CONTENT
Master Theses Abstracts 2010
Anemia among Pregnant Women in the Muscat & South Batinah Regions,
Sultanate of Oman: An Epidemiological Study .
5
genetic diversity and origin of sp (sulfadoxine- pyrimethamine resistant
plasmodium falciparum in saudi Arabia .
10
population structure of plasmodium falaciparum and spread of chloroquine
13
resistance in saudi Arabia .
viral respiratory tract infections among omani children under 5 years of age at
sultan qaboos university hospital (squh) .
18
prescribing patiern and therapeutic drug monitoring of vancomycin at a
tertiary hospital in oman .
21
omeprazole prescribing and its cost impact in out[patient clinicals at sultan
qaboos university hospital a retrospective study .
24
detection and molecular characterization of ampc b- lactmases in clinical
isolates of escherichia coli and klebsiella spp. collected from sultan qaboos
university hospital (squh) .
29
the analysis of cacnaid as a candidate gene for heart pacemaker control in
oman family study .
32
utilization patterns antiepiltic drugs among adult epileptic patients at sultan
qaboos university hospital .
35
1
master theses abstracts 2011
a bifocal study of medication errors at sultan qaboos university hospital:
1. occurrence of parenteral drug administration errors in intensive care units
2. pharmacists’ interventions on issued prescriptions .
39
risk factors, insulin-like growth factor-1 gene polymorphism and breast cancer
among omani women: a case- control study .
43
screening for p53 mutations using archival material in an omani cohort with
diffuse large b-cell lymphoma .
46
evaluation of hypertensive patients receiving valsartan and irbesartan over six
months period at the sultan qaboos university hospital in oman .
49
the epidemiology of road traffic injuries in the sultanate of oman: evaluating
the contribution of risky driving behaviors .
52
the putative regulation of k-ras/raf pathway by sosl/2 proteins in colon cancer
cell lines .
55
prevalence and risk factors of diabetic nephropathy in omani type 2 doabetics
in al-dakhiliyah region .
58
effect of ellagic acid on cisplatin-induced nephrotoxicity in rats .
61
detection and characterization of metallo-b-lactamases in clinical isolates of
pseudomonas aeruginosa, escherichia coli and klebsiella spp. collected from
sultan qaboos university hospital (squh) .
64
pathogenic fungi isolated from clinical samples in oman .
67
2
Master Theses Abstracts 2012
effect of carvedilol versus carvedilol/ivabradine combination on heart rate,
quality of life, morbidity and mortality in patients with stable ischemic heart
failure .
73
effect of carvedilol versus carvedilol/ivabradine combination on heart rate,
quality of life, morbidity and mortality in patients with stable ischemic heart
failure .
76
characterization of tlr9 expression in b lymphocytes of omani patients with
systemic lupus erythematosus (sle) .
79
studies on prevalence and characterization of methicilling- resistant
staphylococcus aureus (mrsa) at sultan qaboos university hospital (squh) .
82
genetle diversity of plasmodium falciparum in yemen and spread of
antimalarial drug resistance genotypes .
87
association of human leukocyte antigens with immune response to highly
active antiretroviral therapy among omani adis patients .
92
comprehensive health assessment of elderly people in al-dakhliyah
governorate, sultanate of oman .
95
3
4
ANEMIA AMONG PREGNANT WOMEN IN THE MUSCAT &
SOUTH BATINAH REGIONS, SULTANATE OF OMAN: AN
EPIDEMIOLOGICAL STUDY
Intisar Mohammed Salem Al Rajeibi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree of Masters of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Epidemiology and Medical Statistics
Epidemiology and Medical Statistics Unit
Department of Family Medicine and Public Health
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
March 2010
5
ABSTRACT
The current World Health Organization (WHO) ESTIMATES (1193-2005) indicate that
around 42% of pregnant women worldwide are anemic and the percentage is 52% in
developing countries. Oman is one of the countries in which the in anemia in pregnancy
(AIP) is considered as a severe public health problem (prevalence of AIP=42.7%) according
to WHO estimates (193-2005). According to Omani national health statistics, the prevalence
of anemia in pregnancy was 31.8% in 2006.
Although the problem is common, the studies conducted in this field are few. One of the
important recommendations in the current various national surveys in Oman is to conduct
separate studies as a means to set control measures for this problem.
Aim and importance of the study: Therefore, a hospital-based cross-sectional study was
carried out in order to estimate the prevalence of anemia among Omani pregnant women
(during March-June 2009) and explore the associated risk factors. Furthermore, it studied the
impact of anemia during pregnancy on the gestational age at lab our and neonatal birth
weight. Hopefully, the study provide the decision- makers with some suggestions to control
and reduce the prevalence of anemia in pregnancy.
Methods: The study was conducted during March-June 2009 in two Omani regions: the
capital Muscat and South Batinah. Total of 4 hospitals were involved in the study: Sultan
Qaboos University Hospital (SQUH), Royal Hospital, Khawla Hospital and Rustaq Hospital.
Total of 830 women who had just delivered and were inpatient were selected randomly
(sample size esimestimateded on p=0.05, CL-95%, error rate=10% and previous anemia in
pregnancy prevalence of 31.% in 2006). English/ Arabic questionnaires were distributed to
the participants and questions were filled by 2 methods: self- administration and face-to-face
interview. Data were collected from women, their maternal health cards and hospital
computerized patients reports. All Omani women with singleton deliveries and aged between
15 and 49 years old were included in the study. Anemia in pregnancy was defined using
WHO cut off point value, namely, when {Hb}< 11.0g/d1 anemia was diagnosed.
6
Results: Overall prevalence of anemia among the study population was (28.6%,95% CI:
25.3-31.9). The majority of study population (25.8%) was mildly anemia and 2.8% were
moderately anemic but no severe cases were detected. Total of 23 risk factors were studied
to evaluate their associations with the prevalence of anemia before delivery.
The results indicated that the high prevalence of anemia may be due to iron deficiency
anemia (as majority of the anemia women had both low MCV/MCH values) and the
common associated risk factors were: non adherence to iron supplements (OR=3.35,
CI=1.92-5.87, P=0.0001), adolescents or < 4 years menarche –the 1st pregnancy interval
(OR=3.96,CI=1.31-12.01, P=0.015) and had similar history of anemia in previous
pregnancies (OR=2.51.CI=1.32-4.80, P=0.005) and were anemia during the 1st trimester
(OR=2.73, CI=1.54-4.84, P=0.001). The prevalence of anemia in pregnancy was not
associated with preterm deliveries among the study population. However, a pregnant women
anemic at first trimester had higher chance of delivering low birth weight baby (OR=2.81,
CI=1.1-7.16, P=0.031).
Conclusion: It is essential to educate women for early ANC registration, namely the 1st
trimester in order to early detect and control anemia in pregnancy and prevent low birth
weight deliveries. Mass media, nutritionist, health educators and ministry of education must
actively be involved to increase women’s especially adolescents awareness about this
problem. Every married women planning for pregnancy should be aware of the importance
of adherence to iron supplements and diet required during pregnancy. There is a great need
for future community- based cross sectional, longitudinal and case control studies to find out
cases of non-adherence to iron supplements and high prevalence of anemia.
7
‫امللخص‬
‫تشير التقديرات الحالية ملنظمة الصحة العاملية خالل الفترة من (‪ )2005-1993‬الى ان حوالي ‪ %42‬من النساء الحوامل‬
‫حول العالم يعانين من مرض االنيميا "فقر الدم" ويعاني حوالي ‪ %52‬من النساء الحوامل في الدول النامية من االنيميا‪.‬‬
‫والسلطنة واحدة من الدول التي تعت بر انيميا الحمل فيها مشكلة صحية عامة ( انتشار انيميا الحمل فيها =‪ )%4207‬وفقا‬
‫لتقديرات منظمة الصحة العاملية (‪ .)2005-1993‬ووفقا لإلحصائيات الصحية الوطنية العمانية‪ ،‬فلقد كانت نسبة انتشار‬
‫االنيميا في مرحلة الحمل هي ‪ %3108‬في عام ‪ .2006‬وعلى الرغم من ذلك فان هذه املشكلة شائعة والدراسات التي اجريت‬
‫في هذا املجال محدودة جدا‪ .‬ومن بين التوصيات املهمة في املسوحات الوطنية املختلفة في السلطنة هي االشارة بضرورة او‬
‫الحث على إجراء دراسات منفصلة كطريقة لوضع إجراءات للحد من او التحكم في هذه املشكلة‪.‬‬
‫هدف واهمية الدراسة‪ :‬ولهذا تم تنفيذ دراسة محلية متقاطعة تعتمد على املستشفيات من اجل تقدير انتشار االنيميا بين‬
‫النساء العمانيات الحوامل (خالل الفترة من شهر مارس‪ -‬يونيو ‪ )2009‬واستكشاف عوامل الخطر املرتبطة‪ .‬وعالوة على‬
‫ذلك درست هذه الدراسة اثر االنيميا خالل فترة الحمل على عمر الحمل عند الوالدة ووزن الوالدة للمواليد الجدد‪ .‬ومن‬
‫املؤمل ان توفر هذه الدراسة لصناع القرار بعض املقترحات من اجل التحكم في انتشار مرض االنيميا متقلبة خالل مرحلة‬
‫الحمل‪.‬‬
‫الطرق‪ :‬تم إجراء هذه الدراسة خالل الفترة من شهر مارس الى شهر يونيو ‪ 2009‬في منطقتين بالسلطنة وهما العاصمة‬
‫مسقط ومنطقة الباطنة جنوب‪ .‬وقد شاركت ‪ 4‬مستشفيات إجماال في هذه الدراسة وهي مستشفى جامعة السلطان قابوس‬
‫واملستشفى السلطاني ومستشفى خولة ومستشفى الرستاق‪ .‬وقد تم اختيار ‪ 830‬امرأه حامل ( رقدت حديثا للوضع او‬
‫التوليد) بشكل عشوائي ( وتم تقدير حجم العينة اعتمادا على املؤشرات التالية‪" :‬االنتشار" ‪ p=0.05‬حد التحكم=‬
‫‪ " CL=%95،%95‬ومعدل الخطأ= ‪ ،Error Rate=10% "%10‬وكانت النسبة السابقة النتشار االنيميا في الحمل هي‬
‫‪ %31.8‬في عام ‪ .)2006‬وتم توزيع استبيانات باللغتين االنجليزية والعربية على املشاركات وتم مأل االسئلة بطريقتين هما‪:‬‬
‫عن طريق النساء املشاركات في الدراسة واملقابالت املباشرة‪ .‬وتم جمع البيانات من املشاركات والبطاقات الحمل الصحية‬
‫وتقارير املرض ى املحوسبة الصادرة عن املستشفى‪ .‬وتم إدراج كل النساء العمانيات الالئي وضعن مولودا واحدا ويتراوح‬
‫عمرهن ما بين ‪ 19 & 15‬عاما في هذه الدراسة‪ .‬وتم تعريف االنيميا في مرحلة الحمل باستخدام قيمة نقطة الحد االدنى‬
‫املقبول‪ ،‬بمعنى ان االنيميا تم تشخيصها على اساس ان الحد االدنى املقبول للهيموجلوبين هو > ‪ 11.0‬جم‪ /‬ديسيلتر‪.‬‬
‫‪8‬‬
‫النتائج‪ :‬كانت نسبة االنتشار االجمالية لألنيميا بين النساء املشاركات في الدراسة هي (‪ %28.6‬وكان مؤشر الحاالت يتراوح ما‬
‫بين ‪ )31.9 -25.3‬بنسبة عامل الثقة ‪ .%95‬وكانت االغلبية (‪ )%25.8‬تعاني من انيميا محدودة او بسيطة‪ ،‬وكانت ‪%2.8‬‬
‫من املشاركات تعانين من انيميا متوسطة‪ ،‬ولكن لم يتم اكتشاف اصابات خطيرة وتم دراسة اجمالي ‪ 23‬عامل خطر من اجل‬
‫تقيم ارتباطها بانتشار االنيميا قبل الوالدة‪ .‬واشارت النتائج الى ان االنتشار العالي لألنيميا لدى الحوامل قد يكون بسبب‬
‫انيميا نقص الحديد ( حيث كانت أغلبية النساء املصابات باألنيميا يمتلكن حجم كريات متوسط‪ /‬هيموجلوبين كريات‬
‫متوسطة منخفض)‪.‬‬
‫وكانت عوامل الخطرالشائعة املرتبطة هي‪:‬‬
‫‪-‬‬
‫عدم االلتزام بمكمالت الحديد ( املعدل امللحوظ= ‪ ،3.35‬مؤشر الحاالت= ‪ ،5.87-1.92‬االنتشار= ‪)0.0001‬‬
‫‪-‬‬
‫الحمل في فترة املراهقة او حدوث اول حمل في فترة اقل من ‪ 4‬سنوات من البلوغ (املعدل امللحوظ=‪ ،3.96‬مؤشر‬
‫الحاالت =‪ ،12.01-1.31‬االنتشار=‪.)0.015‬‬
‫‪-‬‬
‫ان فرصة التعرض لألنيميا في الحمل تزيد لدى النساء الالئي كن يمتلكن تاريخا مشابها من التعرض لألنيميا في‬
‫مرات حمل سابقة (املعدل امللحوظ=‪ ،2.51‬مؤشر الحاالت=‪ ،4.80-1.32‬االنتشار=‪.)0.005‬‬
‫‪-‬‬
‫وتزيد فرصة االصابة ايضا لدى النساء الالئي كن يعانين من انيميا خالل فترة الثالثة اشهر االولى(املعدل‬
‫امللحوظ=‪ ،2.73‬مؤشر الحاالت=‪ ،4.84-1.54‬االنتشار=‪.)0.0001‬‬
‫وقد دلت نتائج الدراسة بأن انتشار االنيميا في الحمل لم يرتبط بالوالدة املبكرة بين النساء املشاركات في الدراسة‪ .‬ولكن‬
‫النساء الحوامل املصابات باألنيميا في مرحلة الثالثة اشهر االولى من الحمل كن يمتلكن فرصة اعلى لوالدة طفل‬
‫منخفض الوزن عند الوالدة (املعدل امللحوظ=‪ ،2.81‬مؤشر الحاالت=‪ ،7.16-1.1‬االنتشار=‪.)0.031‬‬
‫الخاتمة ‪ :‬من املهم جدا تعليم النساء بأهمية التسجيل املبكر للحمل اي خالل فترة الثالثة اشهر االولى من الحمل من‬
‫اجل الكشف املبكر عن االنيميا والتحكم فيه ومنع انخفاض وزن املولود عند الوالدة‪ .‬وعلى وسائل االعالم وشرفوا‬
‫التغذية ومفتشوا الصحة ووزارة التعليم ان يشاركوا بنشاط لرفع مستوى الوعي الصحي لدى النساء وخاصة املراهقات‬
‫حول هذه املشكلة‪ .‬يجب على كل امرأه متزوجة تخطط للحمل ان تكون مدركة ألهمية االلتزام بتناول مكمالت الحديد‬
‫والتغذية الصحية املطلوبة اثناء الحمل‪ .‬وهناك حاجة ملحة إلجراء دراسات مستقبلية قائمة على املجتمع واملزيد من‬
‫الدراسات الطولية ودراسات مراقبة الحالة ملعرفة اسباب عدم االلتزام بتناول مكمالت الحديد وارتفاع نسبة انتشار‬
‫انيميا الحمل‪.‬‬
‫‪9‬‬
GENETIC DIVERSITY AND ORIGIN OF SP (SULFADOXINEPYRIMETHAMINE RESISTANT PLASMODIUM FALCIPARUM
IN SAUDI ARABIA
Hissa Mohammed Abdul-Rahman Al Farsi
A thesis submitted in partial fulfillment
Of the requirements for the degree
Master of Science
In
Medical Microbiology
Department of Microbiology and immunology
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
October 2010
10
ABSTRACT
Jizan (or Jazan) province in south west of Saudi Arabia is characterized by seasonal
malaia endemics limited to the few rainy months of the year. Hence during this
transmission period a large proportion of inhabitants will be infected and huge drug
pressure will be imposed on Plasmodium falciparum. This has resulted in emergence of
parasite resistant to the commonly used anti-malarial drugs. Recent studies on drug
resistant genes and linked microsatellites have suggested that resistance to commonly
used anti-malarial drugs (Chloroquine and Pyrimethamine-Sulfadoxine combination
drug) arises from few origins and evolves through parasite migration.
SulfadoxingPyrimethamine (SP) resistance in p. falciparum is encoded by a number of
mutations in the dihyrofolatereductase (dhfr) and dihydropteroate synthase (dhps) gene.
Here, we have characterized point mutations in dhfr and dhps and 3 microsatellite loci
around dhfr on chromosome 4 and 3 microsatellite loci around dhps on chromosomw 8
in 203 samples from Jizan. The main aim of this thesis is to examine the origin of
resistance to SP in Jizan to find whether the main resistant parasite genotypes is similar
or distinct compared to African and South Asian Counties.
Fordhfr gene the wild type was predominant 65.6% (115/117) and only two samples
(1.14%) were single mutant at codon (108N), while the rest (33.1%) harbored double
mutant (51I, 108N). However, the triple mutants (51I, 59R, 108N) associated with high
level of resistance to pyrimethamine was not observed. Analysis of microsatellite loci
revealed 106 isolates with sensitive genotype existed in 33 different haplotypes, while the
60 resistant isolates shared 9 haplotype. Strikingly, the majority of the resistant isolates 44
(73%) has an identical combination of microsatellites (haplotype 40). This dominant
resistant dhfr has been found at a high frequency in Asar village ( Sudan) and at a low
frequency in Kenya.
As for dhps gene the wild genotype is extremely predominant with 99.4% (178/179).
Only a single isolate harbored single mutant allele at codon (437). Thus dhps consider as
a neutral marker. Microsatellite analysis revealed 166 isolates shared 72 haplotypes. At
least 15 different sizes (alleles) observed in microsatellites flanking neutral marker (dhps)
which indicates a high genetic diversity. 6% of p. falciparum isolates harbored multiple
infections which reflect low level of transmission in Jizan. Moreoverm strong statistical
association (LD) between microsatellites loci of neutral marker (dhps) has been
observed.The population structure of p. falciparum in Jizan looks similar to that in
Venezuela and Dakar city in Senegal, where low transmission rate, high genetic diversity
yet clonal population structure were observed.
The above findings were discussed in the context of evolution of drug resistance in this
area of seasonal transmission and possible control of creeping multi-drug resistant p.
falciparum.
11
‫امللخص‬
‫عنوان البحث‪ :‬التركيبة الجينية لطفيل املالريا ( ‪ )Plasmodium falciparum‬ومصدر نشوء مقاومته لعقار ال‬
‫(‪ )SP‬في اململكة العربية السعودية‪.‬‬
‫ينتشر وباء املالريا في قرية جيزان ( وتعرف كذلك باسم جازان ) الواقعة في الجنوب الغربي من اململكة العربية السعودية‬
‫في فترة االمطار املوسمية مما يعرض السكان لخطر االصابة باملالريا فيصبح طفيل املالريا ( ‪Plasmodium‬‬
‫‪ )falciparum‬تحت ضغط شديد من االدوية فينتج عن ذلك ظهور انواع منه مقاومة لألدوية املتاحة لعالج املالريا‪.‬‬
‫أشارت بعض الدراسات الجينية في مجال مقاومة طفيل املالريا (‪ )P. falciparum‬لألدوية الى ان اغلب الطفرات‬
‫الجينية املؤدية لإلخفاق في عالج املالريا تنحدر من اصول قليلة ثم تنتشر الى بقاع اخرى عن طريق الهجرة الجينية‪.‬‬
‫الهدف من هذه الدراسة هو التعرف على مصدر نشوء (‪ )P. falciparum‬املقاوم للعقا ر املركب من‬
‫(‪ )Pyrimethamine‬و(‪ )Sulfadoxine‬في جيزان عن طريق دراسة الجينين (‪ )dhfr&dhps‬وستة‬
‫(‪ )Microsatellites‬مجاورة لها للبت في ما اذا كان ينحدر من نفس االصول االفريقية املجاورة ووصل للسعودية عن‬
‫طريق حركة الهجرة الجينية ام انه تطور ونشأ محليا‪ 115( %65.6 .‬من‪ 175‬عينة) من ال (‪ )P. falciparum‬التي‬
‫تمت دراستها كانت حامال للنوع الغير متحور البري لجين (‪ )dhfr‬املسؤول عن مقاومة الطفيل لعقار‬
‫(‪ )Pyrimethamine‬مما يدل على ان ظاهرة املقاومة الدوائية لطفيل املالريا حديثة في جيزان‪ .‬بينت الدراسة عن‬
‫وجود عينتين فقط تحمالن النوع احادي التحور بما نسبته ‪( %1‬عينتين من ‪ 175‬عينه)‪ .‬بينما ‪ 58( %33‬من ‪)175‬‬
‫كانت تحمالن للنوع ثنائي التحور لجين (‪ .)dhfr‬الدراسة لم تعثر على طفيل ثالثي او رباعي التحور مما يدل على ان‬
‫مستوى املقاومة لعقار (‪ )Pyrimethamine‬منخفض‪.‬‬
‫بعد ربط هذه النتائج مع نتائج ال(‪ )Microsatellites‬الثالثة املجاورة لجين ال(‪ )dhfr‬ظهر ان ‪ 105‬من العينات‬
‫الغير مقاومة لعقار (‪ )Pyrimethamine‬حاوية على ‪ 33‬نوعا من (‪ .)Haplotypes‬بينما العينات الستين الحاوية‬
‫على نوع مشترك من ال(‪ ) Haplotypes‬الغير مقاومة واملقاومة للعقار مما يستدل منه على ان الجينات املقاومة قد‬
‫تطورت محليا من الجينات الغير مقاومة‪ .‬من جهة اخرى وجد ان نوع ال(‪ )Haplotypes‬املقاوم املنتشر في جيزان‬
‫متماثل من نوع ال(‪ )Haplotypes‬املقاوم املنتشر في قرية عصار في السودان‪ .‬مما يجعل فرضية حركة الهجرة‬
‫الجينية من السودان الى السعودية قائمة ايضا‪ .‬من جانب آخر اظهرت الدراسة على جين (‪ )dhps‬املسؤول عن‬
‫مقاومة الطفيل لعقار (‪ )Sulfadoxine‬ان االغلبية العظمى من العينات ‪ 178( 99.4‬من ‪ 179‬عينة) ال تحمل النوع‬
‫املتحور مما يؤكد على حداثة ظاهرة املقاومة للعقار املركب ( ‪ )Pyrimethamine‬و ( ‪ .)Sulfadoxine‬وملعرفة‬
‫البنية الجينية لطفيل املالريا املتواجد في جنوب غرب السعودية قمنا بدراسة الترابط االحصائي بين الجينات املحايدة‬
‫ووجدنا أنها مترابطة مما يعكس انخفاض معدل ال(‪ )Recombination‬الذي يعمل على فك الترابط بين الجينات‬
‫من ناحية ومن ناحية اخرى يعكس النزعة الالتكاثرية (‪.)Clonality‬‬
‫‪12‬‬
POPULATION STRUCTURE OF PLASMODIUM
FALACIPARUM AND SPREAD OF CHLOROQUINE
RESISTANCE IN SAUDI ARABIA
Zainab Salam Suleiman Al Hashami
A thesis submitted in partial fulfillment
Of the requirement for the degree of
Master of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Biochemistry and Molecular Biology
Department of Biochemistry
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
December 2010
13
ABSTRACT
Aim and rational: Malaria is one of the most fatal diseases caused by parasite of the
genus plasmodium, where p. falciparum causes the most severe and lethal malaria.
Malaria is widely distributed in the tropical and subtropical zones, and most cases are
reported in sub-Saharan Africa. The Arabian Peninsula is at the fringes of malaria
endemicity, where control efforts have brought local transmission to half in many parts.
However, with prevalent some areas in Yemen and south-west Saudi Arabia, parasites
remain malarious drug resistant.
The overall aims of this project are to examine the source of chloroquine resistance
(CQR) and investigate the genetic structure of p. falciparum in Jizan region in Saudi
Arabia. Alleles of pfcrt (chloroquine resistance transporter) and pfmdr (multidrug
resistance 1) genes were examined by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing.
In addition, microsatellites flanking both genes as well as neutral marker, pfg377 (not
involved in drug response) were analysed. Thus, haplotypes composed of pfcrt and
pfmdr1 genes and close flanking microsatellites were constructed and comparted to
those seen in other endemic countries.
Results: 162 (99%) out of 164 examined p. falciparum isolates harbored the triple mutant
genotypes (C72V73 I74 E75 T76) which exist in many countries in Africa and South East
Asia. Out of 165 pfmdr 1 isolates, 109 (66%) isolates harbored single (N86 L87 F184 W186
S1034 N1042)and double mutant genotype (Y86 L87 F184 W186 S1034 N1042), respectively. In
addition, three new SNPs were detected, two synonymous (182[3] and 102[3]) and one
non-synonymous (192[2]).In the present study, 15 pfcrt haplotypes with distinct
microsatellites background were detected in Jizan, 13 were associated with the triple
mutant CVIET, which is the common CQR-associated pfcrt allele in many part of
Southeast Asia and Africa.Similary, 60 pfmdr1 haplotypes were detected, 3 were
associated with the wild type allele, NYSN. However, 42 and 15 haplotypes carried single
(NFSIN) and double mutations (YFSN), respectively. All single mutant haplotypes
existed at low prevalence, however, haplotype 54 with double pfmdr1 mutation existed
at high frequency.
14
High diversity was seen in the neutral gene, pfg377, (He =0.64) at least 5 alleles were
detected among parasites in Jizan. However, sharp reduction in genetic diversity (He) of
flanking loci was detected around double pfmdr1 mutant (He=0.3) allele compared to
single pfmdr1 mutant (He =0.76). significant differentiation, FST, (P-value < 0.0001) in
allele frequency of flanking microsatellites was seen between parasites with single and
double mutations. Moreover, significant LD between loci flanking pfcrt and pfmdr genes
was observed.
There was low parasite multiplicity (13%), more than one genotype among infected
people. Estimated mean number of clones (1.23) used to estimate the in-breeding
coefficient (0.879) which was high. Therefore, low recombination rate and clonal
population structure of p. falciparum in Jizan area can lead to high LD and persistence
of multi-drug resistant parasite.
Conclusion: This is the first study to examine the genetic structure of p. falciparum
parasite and how CQR evolved in Jizan region in Saudi Arabia. Such information will
contribute to the development of better strategies to control spread of drug resistance in
the region.
15
‫امللخص‬
‫املالريا هي واحدة من أخطر األمراض القاتلة الناتجة عن اإلصابة بطفيل من نوع بالزموديوم فالسيبارم حيث ينتشر‬
‫هذا املرض في املناطق االستوائية وتعتبر منطقة جنوب الصحراء الكبرى األفريقية أكثر املناطق املسجلة لحاالت املالريا‬
‫سنويا‪ .‬أما بالنسبة لشبه الجزيرة العربية فتعتبر من املناطق األقل عرضة لوبائية املالريا حيث ان العديد من الجهود‬
‫املبذولة ملكافحة املرض ساهمت في التقليل من انتشاره في املنطقة‪ .‬وعلى الرغم من ذلك إال أن بعض الدول في شبة‬
‫الجزيرة العربية كاليمن وجنوب غرب اململكة العربية السعودية (عسير وجيزان) مازالت تصنف من املناطق املوبوءة‬
‫باملالريا والتي سجلت وجود طفرات جينية في ط‬
‫فيل البالزموديوم فالسيبارم مقاومة للعالج في كال الدولتين‪.‬‬
‫ويتمثل الهدف العام من هذا املشروع في تتبع أصل البالزموديوم فالسيبارم املقاوم للعقار كلوروكوين ومعرفة في ما إذا‬
‫كان ينحدر من نفس األصول األفريقية املجاورة ووصل للسعودية عن طريق حركة الهجرة الجينية أم انه تطور ونشأ‬
‫محليا‪ .‬وكذلك يهدف املشروع إلى دراسة التركيبة الوراثية لطفيل بالزموديوم فالسيبارم املوجود في منطقة جيزان‬
‫جنوب غرب اململكة العربية السعودية ومعرفة النوع الجيني املسبب ملقاومة عالج الكلوروكوين والذي يعتبر الخط‬
‫االول في عالج املالريا‪ .‬تم تعيين الطفرات الجينية املسببة ملقاومة العالج في جين‪pfcrt‬وجين ‪ pfmdr‬عن طريق تقنيات‬
‫خاصة لتكثير وتحليل الوحدات الوراثية (‪ .)PCR and sequencing‬باإلضافة إلى ذلك‪ ،‬فإن أجزاء من املنطقة‬
‫الوراثية (‪ )microsatellites‬املحيطة بالجينين ‪ pfcrt and pfmdr‬تم دراستها باإلضافة إلى جين آخر ‪pfg377‬‬
‫ليس لة عالقة بمقاومة العقار للكشف عن تأثير الكلوروكوين على التركيبة الجينية لطفيل البالزموديوم فالسيبارم‬
‫املقاوم للعقار‪.‬‬
‫أشارت النتائج في هذه الدراسة إلى أن ‪ )%99( 162‬عينة من مجموع ‪ 164‬من البالزموديوم فالسيبارم تحمل النوع‬
‫ثالثي التحور لجين (‪ )pfcrt‬املسؤول عن مقاومة الطفيلي لعقار الكلوروكوين مما يدل على أن ظاهرة املقاومة الدوائية‬
‫لطفيلي املالريا قديمة في جيزان‪ .‬كما ان (‪ 109 )%66‬و (‪ 51 )%31‬من مجموع ‪ 165‬عينة تم فحصها لجين ‪pfmdr1‬‬
‫تحمل النوع األحادي والثنائي التحور على التوالي‪ .‬تم العثور كذلك على طفرات جينية جديدة غير مسجلة من قبل في‬
‫جين ال‪ pfmdr1‬والتي يتوقع أن تكون لها صلة بطريقة غير مباشرة بحدة املقاومة الدوائية لطفيل البالزموديوم‬
‫فالسيبارم‬
‫‪16‬‬
‫أشارت نتائج التحليل الوراثي (‪ )Fst‬أن هناك اختالف في اصل املنشأ بين النوع أحادي التحور مع النوع ثنائي التحور في‬
‫الجين ‪ .pfmdr1‬كما بينت النتائج أن ال ‪ flanking microsatellites‬أظهرت انخفاض حاد في التنوع الجيني‬
‫(‪ )He‬حول الجين ‪ pfmdr1‬في العينات من النوع ثنائية التحور (‪ )0.3‬مقارنة بأحادية التحور (‪ .)0.76‬باإلضافة إلى‬
‫ذلك فإن التحليل البياني ‪ LD‬أكد بوجود عالقة وثيقة بين كل ال ‪ flanking microsatellites‬لكال الجينين‪ .‬كل‬
‫هذه املعايير (‪ )Fst,He,and LD‬توضح بشكل قطعي التغيرات الحاصلة في التركيب الوراثي للطفيلي املقاوم‬
‫بالزموديوم فالسيبارم بسبب ضغط استخدام العقار كلور وكوين بشكل مكثف في املنطقة‪.‬‬
‫أظهرت النتائج كذلك أن التركيب الجيني للطفيل املقاوم بالزموديوم فالسيبارم نتج بسبب التكاثر الذاتي ( ‪clonal‬‬
‫‪ )structure‬بين نوعين يحمالن نفس التركيب الجيني وهذا ما دلت علية نتائج ال ‪ LD‬وانخفاض متوسط عدد ال‬
‫‪ clones‬في كل عينة وكذلك ارتفاع عدد البالزموديوم فالسيبارم (‪ )%14‬الحاملة لنفس التركيب الجيني‪.‬‬
‫ً‬
‫ختاما‪ ،‬تعتبر هذه الدراسة األولى من نوعها في املنطقة من حيث استخدام تقنيات جينية واسعة لدراسة أصل ‪CQR‬‬
‫والتركيبة الجينية للطفيل املقاوم بالزموديوم فالسيبارم في منطقة جيزان في اململكة العربية السعودية والتي من شأنها‬
‫أن تسهم في تطوير استراتيجيات جديدة للتدخل العالجي املبكر ملكافحة املالريا في الدولة‪.‬‬
‫‪17‬‬
VIRAL RESPIRATORY TRACT INFECTIONS AMONG OMANI
CHILDREN UNDER 5 YEARS OF AGE AT SULTAN QABOOS
UNIVERSITY HOSPITAL (SQUH)
Wafaa SubeitMarzouq Al Areimi
A thesis submitted in partial fulfillment
Of the requirements for the degree
Master of Biomedical Sciences
In
Medical Microbiology
Department of Microbiology and Immunology
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
2010
18
ABSTRACT
Viral Respiratory Tract Infections (RTIs) are considered to be a major public health problem
due to their worldwide occurrence, ease of spread and being one of the major causes of
morbidity and mortality among adult and children under the age of five. They are
responsible for the economic burden on the society. Therefore, detection of these viruses is
essential for a better patient management and reduction of costs. The current study is the
first in the Sultanate of Oman to investigate 13 respiratory viruses and their role in RTIs.
The objectives of the study were to estimate the rate of respiratory viruses in children <5years-old with RTIs and to evaluate the role of these viruses in respiratory illness. Moreover,
to compare the sensitivity and the specificity of the molecular method to the direct
immunofluorescence assay (DFA) in detection of these viruses, to identify the seasonal
distribution of respiratory viruses and to recognize the potential risk factors that might be
associated with RTIs.
In order to achieve those objectives 259 nasopharyngeal aspirates (NPAS) were collected
from young children and infants <5 years old admitted to SQUH with a diagnosis of RTIs.
DFA was routinely used for the detected of RSVs, Flu A and B, PIVs 1,2 or 3 and
adenovirus. While the molecular method detected additional viruses; including
coronaviruses, human rhinoviruses and hMPV using a new multiplex RT-PCR format.
Human Boca virus was detected separately in a single conventional PCR format.
Among the 259 tested NPA specimens, 130 (50.2%) were positive for at least one virus. Out
of the 259 specimens, RSV was found to be the most predominant pathogen involved in the
respiratory infection with a rate 21.6% followed by adenovirus then PIVs and Flu A with a
rate of 10.4%, 7.7% and 7.3% respectively. The molecular method used successfully detected
other viruses not routinely detected by DFA such as rhinovirus A/B, Boca virus, hpMV and
coronavirus 229E/NL63 with rates of 6.95%, 3.5%, 1.2% and 0.85 respectively. The
detected virus were found to be associated with lower respiratory infections including
bronchiolitis and pneumonia in which RSV was the leading cause of these infections.
Twenty three co-infections cases were reported with a rate of 17.7%. Among 33 NPA
control samples collected from individuals without respiratory symptoms, 6 were positive for
respiratory viruses. The seasonal distribution of some RVs was investigated in this study.
The overall sensitivity and the specificity of the new method compared to the DFA for
detection of common RVs were 28.6% and 75% respectively with no significant
disagreement between the two methods (McNemers x2=0.17<3.84, so p=0.68>0.05) and
64% agreement (kappa test=0.64, good agreement).
According to these findings the PCR method can be used for detection of the common RVs
as well as the additional respiratory viruses that are difficult to be detected by DFA provided
that the specimens should be processed within 1-3 hours after collection.
19
‫امللخص‬
‫تعتبر التهابات الجهاز التنفس ي من اصعب املشكالت الصحية في العالم وعلى االخص الفيروسية منها وذلك لسهولة انتشارها‬
‫لدى االطفال والكبار وتسببها في الكثير من حاالت العدوى والوفيات‪ .‬كما تتسبب في الكثير من املشاكل املادية نظرا لكثرة‬
‫مراجعة االطباء ووصف العديد من االدوية لغرض مكافحة اعراض البرد والحمى كما أنها تؤدي الى زيادة نسب التغيب عن‬
‫العمل واملدرسة‪ .‬أن الكشف السريع والدقيق عن الفيروسات املسببة للعدوى عند املرض ى املصابين بااللتهابات التنفسية‬
‫يعد من احدى املتطلبات الهامة جدا وذلك للحد من انتشار هذه الفيروسات وإليجاد العالج املناسب وللتقليل من وصفات‬
‫املضادات الحيوية الغير ضرورية وتحسين العناية الطبية للمرض ى في املستشفيات واملراكز الصحية‪ .‬تعتبر هذه الدراسة‬
‫األولى من نوعها في السلطنة والتي تبحث عن ‪ 13‬فيروسا مسببا لاللتهابات التنفسية عند االطفال دون سن الخامسة من‬
‫العمر ويتم من خاللها التعرف على مدى انتشار هذه الفيروسات عند هذه الفئة العمرية باستخدام طريقتين مختلفتين‬
‫ومقارنة دقة الطريقتين في الكشف عن هذه الفيروسات‪ .‬وسوف يتم ايضا دراسة عالقة نوع الفيروس بنوع التشخيص‬
‫وانتشار هذه الفيروسات خالل السنة‪ .‬كما سيتم إلقاء الضوء على بعض العوامل التي قد تزيد من فرص اإلصابة بالعدوى‪.‬‬
‫لتحقيق هذه االهداف فقد تم جمع ‪ 259‬عينة من الجهاز التنفس ي من أطفال مصابين بأمراض تنفسية في مستشفى‬
‫جامعة السلطان قابوس وتم فحص هذه العينات باستخدام الطريقة التقليدية (‪ )DFA‬والتي تكشف عن ‪ 5‬فيروسات اال‬
‫وهي (‪ )RSV, Influenza virus A & B, adenoviruses, Parainfluenza virus‬وايضا باستخدام تقنية‬
‫انزيم البلمرة التفاعلي املتسلسل املتعدد (‪ )multiplex RT-PCR‬والتي تستطيع الكشف عن ‪ 13‬فيروسا في آن واحد‬
‫حيث انهباإلضافة الى الفيروسات السالفة الذكر فان هذه التقنية تبحث عن فيروسات اخرى مثل( ‪bocavirus,‬‬
‫‪ .)rhinoviruses, hMpV, coronaviruses‬لقد تم الكشف عن وجود فيروسات في ‪ 130‬عينة من مجموع ‪259‬‬
‫عينة تم فحصها باستخدام الطريقتين اعاله بنسبة (‪ )%50.2‬حيث ان الفيروس ‪ RSV‬كان اكثرها انتشارا بنسبة ‪%21.6‬‬
‫تاله‪ adenovirus‬بنسبة (‪ )%10.4‬ثم فيروس ‪ Parainfluenza‬بنسبة (‪ )%7.7‬ثم فيروس ‪ Influenza A‬بنسبة‬
‫(‪ )%7.3‬ثم ‪ rhinovirusesHuman‬بنسبة (‪ )%3.5‬ثم ‪ hMpV‬بنسبة (‪ )%1.2‬واخيرا فيروس‬
‫‪ 229E/NL63coronaviruse‬بنسبة (‪ .) %0.8‬واظهرت الفحوصات عن وجود اكثر من فيروس في عينة واحدة (اي‬
‫االصابة بفيروسين في آن واحد) بنسبة (‪ .)17.75‬كما اشارت الدراسة الى ان فيروس ‪ RSV‬هو املسبب االول لاللتهابات‬
‫التنفسية الحادة كذات الرئة وغيرها‪ .‬اما عينات القياس فقد تم جمع ‪ 33‬عينة من اطفال ال يعانون من اعراض البرد إال انه‬
‫وجد ان تلك العينات تحتوي على فيروسات في ‪ 6‬منها فقط وتمت مناقشة هذه النتائج‪ .‬لقد اوضحت هذه الدراسة ان اكثر‬
‫حاالت االصابة بفيروس ‪ Parainfluenza‬كانت في شهر ديسمبر بينما بقية الفيروسات قد توزع انتشارها على مدار‬
‫السنة‪ .‬كما اوضحت الدراسة احصائيا بانه ليس هناك فرق بين الطريقتين في دقة الكشف عن الفيروسات حيث بلغت‬
‫نسبة التوافق بينهما ما يعادل ‪ .%64‬إن الدراسة الحالية تفيد بأن تقنية انزيم البلمرة التفاعلي املتسلسل املتعدد يمكن ان‬
‫تستخدم في الكشف عن الفيروسات التقليدية املسببة اللتهابات الجهاز التنفس ي وانها تتفوق على الطريقة االولى في قدرتها‬
‫على كشف فيروسات اخرى اضافية على ان يتم استخدام هذه الطريقة خالل ساعة الى ثالث ساعات من وصول العينة الى‬
‫املختبر‪.‬‬
‫‪20‬‬
PRESCRIBING PATIERN AND THERAPEUTIC DRUG
MONITORING OF VANCOMYCIN AT A TERTIARY HOSPITAL
IN OMAN
Samreen Shafiq
A thesis submitted in parialfulfillment
Of the requirements for the degree
Masters of Biomedical Sciences
Majoring in
Clinical Pharmacy
Department of Pharmacology and Clinical Pharmacy
College and Medical and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
2010
21
ABSTRACT
The use of vancomycin for therapeutic and prophylactic purposes has been in focus for past
several years. New and updated research regarding its pharmacokinetic and
pharmacodynamic properties, toxicity, resistant strains, and therapeutic drug monitoring
(TDM) procedures may change the way vancomycin is being used currently. Vancomycin
resistance is a major impediment and has the potential of rendering vancomycin use to
obsolescence. Vancomycin resistant enterococcus (VRE) is a highly resistant pathogen which
is linked to overuse of vancomycin. In response, Hospital Infection Control Practices
Advisory Committee (HICPAC) released guidelines for the proper utilization of vancomycin
to restrict and control overuse of vancomycin. Additionally, North American consensus
review published guidelines for the proper procedures for vancomycin TDM to ensure the
most efficacious vancomycin therapy. The aim of this project was to describe the prescribing
pattern and TDM of vancomycin at Sultan Qaboos University Hospital (SQUH) and to
compare it with HICPAC, North American consensus review for vancomycin TDM and
SQUH antibiotic policy.
A retrospective cohort study that included subjects in the in-patient departments who had
used vancomycin during January 1st 2009 to December 31st 2009 was carried out.
Information regarding patient characteristics and vancomycin therapy were obtained from
the patients' medical records.
Vancomycin was prescribed to 365 patients, with a total of 478 courses of vancomycin.
Inappropriate prescribing of vancomycin was 79.1% and 74.9% according to HICPAC
guidelines and SQUH policy, respectively. The commonest inappropriate indication
practiced was the continued empirical use of vancomycin after obtaining cultures that were
negative for B- lactam resistant gram positive microorganisms. The TDM practices in
SQUH did not comply with North American consensus recommendations. However, the
TDM practices were majorly appropriate according to SQUH guidelines.
Inappropriate prescribing of vancomycin existed in all inpatient units of the hospital.
Although much of vancomycin utilization was inappropriate according to both HICPC and
SQUH guidelines, we recommend that none of these guidelines should be used solely to
prescribe vancomycin. New guidelines should be created with suggestions from both these
guidelines. Also, the recommendations in these guidelines should be supported by relevant
and recent research \. In addition, the North American TDM consensus protocol should be
reviewed and implemented to ensure adequate vancomycinherapy.
Keywords: vancomycin, utilization, SQUH, HICPAC, TDM.
22
‫امللخص‬
‫استخدام عقار الفانكومايسين ألغراض عالجية ووقائية كان محود البحث لعدة سنوات ماضيه‪ .‬يوجد هنالك العديد‬
‫من البحوث الجديدة‪ ،‬منها ماهو متعلق برصد تركيزه بالدم قد تؤدي إلى تغيير الطريقة التي يتم فيها استخدام‬
‫الفانكومايس ي حاليا‪ .‬مقاومة امليكروبات للفانكومايسين يشكل العانق الرئيس ي الستخدامه وتناميها قد يجعله عديم‬
‫الفائدة‪ .‬من ضمن هذه امليكروبات املقاومة جدا لعقار الفانكومايسين ميكروبات املكورات املعوية والتي ترتبط‬
‫مقاومتها باإلفراط في استخدام العقار‪ .‬ولذلك اصدرت اللجنة االستشارية ملكافحة العدوى (هيكبياك) مبادئ توجيهية‬
‫الستخدام السليم لعقار الفانكومايسين وذلك للحد من االفراط في استخدامه ومنع ظهور اي مقاومات له‪ .‬باإلضافة‬
‫الى ذلك‪ ،‬نشرت لجنة بأمريكا الشمالية تعني برصد تركيز الدم للفانكومايسين مبادئ توجيهية لإلجراءات املناسبة لعمل‬
‫رصد تركيز الفانكومايسين لضمان عالج أكثر فعالية‪ .‬يهدف هذا املشروع لوصف نمط استخدام عقار الفانكومايسين‬
‫ووصف رصد تركيزه بالدم في مستشفى جامعة السلطان ومقارنتها مع مبادئ هيكبياك لالستخدام‪ ،‬ولجنة امريكا‬
‫الشمالية املعنية برصد تركيز الفانكومايسين‪ .‬لقد تمت الدراسة بأثر رجعي وشملت جميع املرض ى املنومين الذين‬
‫استخدموا عقار الفانكومايسين خالل الفترة من االول من يناير ‪ 2009‬وحتى نهاية ديسمبر ‪ 2009‬باملستشفى‪ .‬ولقد تم‬
‫الحصول على املعلومات املتعلقة باملرض ى وبخصائص العالج والعقار من السجالت الطبية‪ .‬لقد تم وصف عقار‬
‫الفانكومايسين لحوالي ‪ 365‬مريضا‪ ،‬مع ما مجموعه ‪ 478‬دورة للعقار‪ .‬اظهرت نتائج الدراسة ان ‪ %7901‬من هذه‬
‫الوصفات هي غير مناسبة وذلك وفقا ملبادئ هيكبياك لالستخدام‪ ،‬فيما هي غير متوافقة بحوالي ‪ 74.9%‬ملبادئ‬
‫االستخدام املقر بمستشفى جامعة السلطان قابوس‪ .‬املمارسة الغير مناسبة االكثر شيوعا هي استمرار استخدام‬
‫العقار كوقاية وذلك حتى بعد الحصول على نتائج سلبية لزراعة امليكروبات املقاومة من نوع بيتا الكتام‪ .‬كذلك وجد ان‬
‫املمارسات املتتبعة واملتعلقة برصد تركيز العقار بالدم ال يتوافق مع توصيات لجنة امريكا الشمالية املعنية برصد تركيز‬
‫الفانكومايسين ولكنها تتوافق بشكل كبير مع التوصيات املقترحة بمستشفى جامعة السلطان قابوس‪ .‬تم العثور على‬
‫الوصف الغير مناسب لعقار الفانكومايسين بجميع وحدات املرض ى الداخليين باملستشفى‪ .‬على الرغم من ان كثيرا من‬
‫استخدام العقار غير متوافق مع مبادئ هيكبياك ومستشفى جامعة السلطان قابوس اال انه من املستحسن ان ال‬
‫ً‬
‫تستخدم ابا من هذه املبادئ التوجيهية وحدها في آلية استخدام العقار‪ .‬لذا يجب إنشاء مبادئ توجيهية جديدة مع‬
‫االقتراحات املقدمة من هذه املبادئ على حد سواء‪ .‬كذلك‪ ،‬ينبغي دعم التوصيات الواردة في هذه املبادئ التوجيهية‬
‫ذات الصلة والبحوث االخيرة‪ .‬باإلضافة الى ذلك ينبغي اعادة النظر في اآلراء املقترحة من قبل لجنة امريكا الشمالية‬
‫املعنية برصد تركيز الفانكومايسين بالنسبة لرصد تركيز العقار بالدم وتنفيذها لضمان ما يكفي من العالج‪.‬‬
‫الكلمات الرئيسية‪ :‬عقار الفانكومايسين‪ ،‬االستخدام‪ ،‬مستشفى جامعة السلطان قابوس‪ ،‬هيكبياك‪ ،‬رصد تركيز‬
‫العقار بالدم‪.‬‬
‫‪23‬‬
OMEPRAZOLE PRESCRIBING AND ITS COST IMPACT IN
OUT[PATIENT CLINICALS AT SULTAN QABOOS
UNIVERSITY HOSPITAL A RETROSPECTIVE STUDY
Ghaith Abdullah Jassim
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree of Master of Sciences
In
Biomedical Sciences
Major: Clinical Pharmacy
Department of Pharmacology and Clinical Pharmacy
College of Medical & Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
October 2010
24
ABSTRACT
Proten pump inhibitors (PPIs) are one of the most commonly prescribed drugs in the
United States owing to their clinical efficacy and relative lack of adverse effects. PPIs
have largely replaced H2 receptor antagonists in the treatment of gastro intestinal
disorders related to acid hyper secretion. In spite of a number of local and international
guidelines, the use of PPIs has increased rapidly and the expenditure on these agents has
increased dramatically.
The main aim of this study was to describe the prescribing patterns of omeprazole in
outpatient clinics at Sultan Qaboos University Hospital (SQUH) and compare it with
local and international guidelines as well as to assess the cost impact of its prescribing.
A retrospective observational study was performed over a 6-month period from the 1st
of July to 31st of December in 2009, in outpatients who attended gastroenterology and
non- gastroenterology clinics at SQUH. Omeprazole was the prototype PPI selected for
the study because it is the most commonly prescribed PPI in SQUH. A customized data
collection form was used to record information which was entered in a computerized
database.
The total number of prescriptions dispensed during the study period was 2.622.
However, after excluding children and adults under 18 years of age, and patients with a
history of upper gastrointestinal bleeding, the sample size was reduced to 1.662. From
this pool, a random sample selection of 30% was undertaken to obtain a sample size of
499 which represented the study cohort. The cost was derived by multiplying the unit
cost of each capsule of omeprazole to the total number of capsules prescribed during the
study period. Descriptive statistics were used to illustrate the prescribing pattern of
omeprazole. Multivariate logistic regression model were used to study the association
between omeprazole prescriptions and other study variables.
25
Thirty one percent of the prescriptions were from the gastroenterology outpatient clinic
while 69% were from other clinics. Omeprazole was prescribed for different indications.
In 27% of the patients it was prescribed for those who were prescribed drug associated
with ulcers.
Ten percent of the patients had prescriptions for gastritis, 25% for dyspepsia, 4% for
peptic ulcer disease, 16% for gastro esophageal reflux disease (GERD), 6% for the
eradication of Helicobacter pylori and 12% there was no documentation. Eighteen
percent of the cohort had overprescribing (20% of females and 14% of males).
The multivariate logistic regression model showed that males were 38% less likely to
have overprescribing than non- gastroenterology clinics. With respect to age, the model
indicated that, generally, the odds of having overprescribing increased with age.
However, this did not attain statistical significance. With regards to cost, it was found
that the total number of extrapolated omeprazole 20 mg capsules utilized during the six
months period for the study cohort was 30,812 capsules with a total cost of 863R.O.
(30,812 * 0.028). over prescriptions accounted for approximately 3620 extra capsules of
omeprazole in 6 months with an additional cost of 101 R.O. (3620*0.028)
Generally, omeprazole prescribing at SQUH was appropriate in terms of indications but
inappropriate in terms of length of therapy. Rational drug prescribing is needed to avoid
unnecessary drud cost in order to maximize benefit from the available limited resources.
26
‫امللخص‬
‫مثبطات مضخة البروتون هي واحدة من اكبر فئات العقاقير التي توصف في الواليات املتحدة نظرا لفعاليتها السريرية‬
‫ولقلة حدوث آثار جانبية ضاره حين استعمالها‪ .‬حلت عقاقير مثبطات مضخة البروتون الى حد كبير محل عقاقير‬
‫مضادات مستقبالت الهستامين(‪)2‬في عالج االضطرابات املعدية املعوية الناتجة عن ازدياد افراز الحامض في املعدة‪.‬‬
‫وعلى الرغم من ازدياد عدد املبادئ التوجيهية املحلية والدولية اال ان استخدام مثبطات مضخة البروتين شهدت زيادة‬
‫سريعة واالنفاق على هذه العقاقير قد ازداد بشكل كبير‪ .‬إن الهدف االساس ي من هذه الدراسة هو كشف انماط‬
‫الوصفات الطبية ملثبطات مضخة البروتون في العيادات الخارجية بمستشفى جامعة السلطان قابوس وفقا للمبادئ‬
‫التوجيهية املحلية والدولية وكذلك لتقييم اثر تكلفة وصف هذه العقاقير‪.‬‬
‫هذه دراسة وصفية استعادية على مدى ‪ 6‬اشهر من ‪ 1‬يوليو حتى ‪ 31‬ديسمبر عام ‪ 2009‬شملت املرض ى املراجعين‬
‫للعيادات الخارجية للجهاز الهضمي وغيرها في جامعة السلطان قابوس‪ .‬اختبر دواء االوميبرازول من اجل هذه الدراسة‬
‫وذلك بسبب كونة االكثر استخدا ما في مستشفى جامعة السلطان قابوس‪ .‬استخدم نموذج جمع البيانات لجمع‬
‫املعلومات‪ ،‬ودخل بعد ذلك في قاعدة بيانات محوسبة‪ .‬العدد االجمالي للوصفات خالل فترة الدراسة كان ‪ .2622‬وبعد‬
‫استبعاد املرض ى الذين تقل اعمارهم عن ‪ 18‬سنة واملرض ى الذين كانوا يعانون من النزيف املعدي املعوي العلوي‪ ،‬تم‬
‫تخفيض حجم العينة الى ‪ .1662‬من هذه العينة تم اختيار عينة عشوائية بنسبة‪ %30‬وبهذه الطريقة تم الحصول على‬
‫عينة الدراسة التي تألفت من ‪ .499‬تم حساب التكاليف عن طريق ضرب تكلفة كل كبسولة مضروبة بعدد كبسوالت‬
‫االوميبرازول التي استخدمت خالل فترة الدراسة‪ .‬استخدمنا الالحصاء الوصفي لوصف نمط وصف عقار االوميبرازول‬
‫كما استخدمنا ايضا نموذج التحوف اللوجستي متعدد املتغيرات لدراسة االرتباط بين التداخل في الوصفات الطبية‪.‬‬
‫‪27‬‬
‫واحد وثالثون باملئة من الوصفات الطبية جاءت من العيادة الخارجية لقسم الجهاز الهضمي بينما جاءت ‪ %69‬من‬
‫الوصفات من العيادات االخرى‪ .‬صرف دواء االوميبرازول لدواعي استعمال مختلفة حيث انه قد صرف في ‪ %27‬من‬
‫املرض ى الذين يعالجون بأدوية من املمكن ان تسبب قرحة لديهم‪ ،‬و‪ %10‬من املرض ى املصابين بإلتهاب املعدة‪ ،‬و‪%25‬‬
‫للمصابين بعسر الهضم و‪ %4‬ملرض ى القرحة الهضمية‪ ،‬و‪ %16‬ملرض ى الجزر املعدي املريني و‪ %6‬من اجل القضاء على‬
‫هيليكوباكتربيلوري و‪ %12‬كان الستعماالت غير مدونة‪ .‬كان هناك زيادة في وصف دواء االوميبرازول في ‪ %18‬من هذه‬
‫الفئة (‪ %20‬من االناث و‪ %14‬من الذكور)‪ .‬وأظهر نموذج التحوف اللوجستي متعدد املتغيرات ان الذكور ‪ %35‬اقل‬
‫عرضة للوصف الزائد للدواء باملقارنة مع االناث‪ .‬وعالوة على ذلك ظهر ان عيادات الجهاز الهضمي ‪ %93‬اكثر عرضة‬
‫لوصف الدواء امليبرازول بصورة زائدة من العيادات االخرى‪ .‬وفيما يتعلق بالعمر اظهر النموذج بشكل عام ان‬
‫احتماالت وصف الدواء بصورة زائدة يزداد بتقدم عمر املريض ولكن هذا ليس لة اعتداد احصائي‪.‬‬
‫اما بالنسبة الى التكلفة فتبين ان العدد االجمالي لكبسوالت االوميبرازول ‪ 20‬ملجم املستخدمة خالل فترة الستة اشهر‬
‫حسب االستقراء كان ‪ 30.812‬كبسولة مع تكلفة اجمالية تبلغ ‪ 863‬رياال عمانيا (‪ )0.028 * 863‬كما تمثل الوصف‬
‫الزائد مايقرب من ‪ 3620‬كبسولة من االوميبرازول خالل ستة اشهر وبلغ ثمنها ‪ 101‬رياال عمانيا‪)0.028 * 3620( .‬‬
‫بشكل عام كان وصف دواء االوميبرازول في جامعة السلطان قابوس مناسبا من حيث دواعي االستعمال ولكن لم يكن‬
‫مناسبا من حيث نظام مدة الجرعات‪ .‬ان استخدام العقاقير بصورة معقولة مهم وذلك لتجنب التكاليف غير‬
‫الضرورية من اجل زيادة االستفادة من املوارد املحدودة املتاحة‪.‬‬
‫‪28‬‬
DETECTION AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF
AMPC B- LACTMASES IN CLINICAL ISOLATES OF
ESCHERICHIA COLI AND KLEBSIELLA SPP. COLLECTED
FROM SULTAN QABOOS UNIVERSITY HOSPITAL (SQUH)
Hafidha Salim Al Hattali
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree of Madter of Biomedical Science
In
Medical Microbiology
Department of Microbiology and Immunology
College of Medicine and Health Science
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
Sultanate of Oman
August 2010
29
ABSTRACT
Background: Excessive use or misuse of antibiotics over the past decades has resulted in
the emergence of bacterial strains that no longer respond to antibiotics, in particular, the Blactams. The most commonly encountered mechanism of resistance in these bacteria is the
production of B-lactamases. Of these B-lactam antibiotics, and are spread worldwide, posing
both diagnostic and therapeutic challenges.
Methods: A total of 700 clinical isolates of Escherichia coli (500) and Klebsiella spp. (200)
recovered from various clinical samples: urine, sputm, blood and pus were collected from
SQUH. These were screened for AmpC production by checking their susceptibility to
cefoxitin (30ug). Isolates showing an inhibition zone diameter of <_18mm were labeled as
screen positive. All screen positive isolates were subjected to four phenotypic confirmatory
tests using: ADT, MADT, M3DT and IBT. In addition, the screen positive isolates were
subjected to multiplex PCR using family-specific primers.
Results: Of the 90 screen positive iscolates (52 E. and 38 Klebsiella spp.) were identified as
AmpC producers using phenotypic confirmatory tests. Using multiplex PCR, ampC gene
was detected in 11/52 (21.2%) isolates of E. coli: CIT-type of AmpC B-lactamases was
detected in 8 of these 11 isolates. On the other hand, ampC gene was not detected in 8 of
screen positive Klebsiella spp. Isolates. Out of the four phenotypic tests used, the MADT
was the most sensitive test, while, IBT was found to be the most specific test since it showed
maximum agreement with the multiplex-PCR.
Conclusion: Our study, which is the first study of its kind from Oman established that
37/500 (7.4%) of Escheriochia coli and 9/200 (4.5%) of klebsiella pneumonia clinical
isolates were AmpC B-lactamase producers usind phenotypic tests. However, only 11/500
(2.2%) of E. coli were identified as AmpC positive using multiplex PCR. Of the AmpC Blactamases detected, CIT-family was the most prevalent type. Of the four phenotypic
confirmatory tests compared, the IBT was found to be the most specific test.
30
‫امللخص‬
‫نبذة‪ :‬االفراط في استخدام املضادات الحيوية او االساءة في استخدامها ادى الى ظهور سالالت من البكتيريا تقاوم هذه‬
‫املضادات الحيوية‪ ،‬خصوصا املضادات الحيوية من نوع البيتاالكتم (‪ ،)B-lactam antibiotics‬وان افراز انزيمات‬
‫البيتاالكتم (‪ )B-lactamases‬هي من اشهر انواع آليات املقاومة التي تستخدمها البكتيريا ضد هذه املضادات الحيوية‪.‬‬
‫تعتبر انزيمات ‪ AmpC B- lactamases‬هي من اخطر انزيمات البيتاالكتم‪ ،‬وذلك ألنها تحلل انواع عديدة من املضادات‬
‫الحيوية ‪ .B-lactam‬الجدير بالذكر هو ان البكتيريا املنتجة ألنزيمات‪ AmpC B-lactamases‬تنتشر على نطاق واسع حول‬
‫العالم وتشكل خطورة في التشخيص والعالج‪.‬‬
‫الطريقة‪ :‬تم جمع ‪ 700‬بكتيريا معزولة من عينات سريرية (‪ .)Klebsellaspp 200 and E. coli 500‬بعد استخدام الفحص‬
‫املبدئي (‪ ،)screening test‬تم الكشف عن انزيمات ‪ AmpC B- lactamases‬باستخدام اختبارات تأكيدية ظاهرية‬
‫(‪ )phenotypic confirmatory tests‬مثل‪ ADT, MADT, M3DT and IBT :‬وايضا تم استخدام االختبار الجيني (‪multiplex-‬‬
‫‪ )PCR‬وذلك لكشف وتوصيف الجين (‪ )AmpC‬املسؤول عن انتاج انزيمات‪AmpC B- lactamases‬‬
‫النتيجة‪ :‬باستخدام االختبارات التأكيد الظاهرية‪ ،‬تم الكشف عن ‪ E.coli %7.4‬و‪ Klebsiella spp.%4.5‬على انها بكتيريا‬
‫منتجة ألنزيمات‪ .AmpC B- lactamase‬لكن باستخدام االختبار الجيني ‪ PCR multiplex‬تم الكشف عن ‪E. coli %2.2‬على‬
‫انها بكتيريا تحمل الجين ‪ AmpC‬ونتائج التوصيف الجزيئي اظهرت ان ‪ %73‬من هذا الجين هو من عائلة ‪CIT‬‬
‫الخاتمة‪ :‬هذه الدراسة هي االولى من نوعها في سلطنة عمان التي كشفت عن ‪ E. coli %7.4‬و‪ %7.4 Klebsiellaspp %4.5‬على‬
‫انها بكتيريا منتجة ألنزيمات‪ AmpC B- lactamases‬وذلك باستخدام االختبارات التأكيدية الظاهرية‪ .‬ولكن باستخدام‬
‫االختبار الجيني تم الكشف عن ‪ E. coli %2.2‬على انها حاملة للجين ‪ AmpC‬من عائلة ‪ CIT‬وذلك بنسبة ‪ %75‬وان من بين‬
‫االختبارات التأكيدية الظاهرية املستخدمة اختبار ‪ IBT‬اعطى نتائج متقاربة لنتائج االختبار الجيني ‪.multiplex-PCR‬‬
‫‪31‬‬
THE ANALYSIS OF CACNAID AS A CANDIDATE GENE FOR
HEART PACEMAKER CONTROL IN OMAN FAMILY STUDY
Lamyaa Hamood Al Anbouri
A project/ thesis submitted in partial fulfillment of the requirements
for the Degree of Master of Science in Biomedical Science with a
Major in Biochemistry and Molecular Biology
Department of Biochemistry
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
June 2010
32
ABSTRACT
In the Oman Family Study (OFS), which started in 2002, 5 large, extended and highly
consanguineous families were examined for anthropometric, metabolic and haemodynamic
parameters. This project is a small part of the OFS as it includes continuing investigations by
using different molecular and biochemical techniques. One of the families (Family 4) was
selected for this project since some of the family members show an abnormal ECG pattern
with an irregularity in the heart rate (R-Rinterval) that has not been described before.
Linkage analyses on these individuals have been performed and a signal with a LOD score of
3.184 was identified in the p21-p13 region of chromosome 3.
After using bioinformatical tools, different genes were identified within this area and a
candidate gene (CACNAID) was selected. The CACNAID gene is a member of the Ca v1.3
which is contributing to pacemaker activity and its inactivation of this gene for pacemaker
function.
In this project sequence analysis of the CACNAID gene was performed for 8 individuals in
order to examine if any mutations that may affect the function of the Cav1.3 and thereby
affect the pacemaker activity were present. 4 affected individuals from family 4 and 4
unaffected individuals within the OFS were chosen. The samples were screened by
sequencing all 49 exons of the candidate gene. Overall, 46 exons were screened successfully
while 3 were not analysis because of difficulties during PCR optimizations.11 SNPs were
detected, and 3 of these were novel. 6 SNPs were found within exons and the remaining 5
were found within splicing regions.
There are no publications linking any of the identified SNPs with functional changes of the
Ca2+ channel. The three remaining exons need to be sequenced and the identified SNPs need
to be confirmed before the CACNAID gene can be excluded as a candidate gene causing the
irregularity in heart rhythm observed in the affected individuals in the OFS.
33
‫الخالصة‬
‫يسعى هذا املشروع للبحث عن إشارة معينة تساوي القياس اللوغاريثمي (‪ )LOD‬وقيمته ‪ 3.184‬في منطقة الصبيغات‬
‫الوراثية (‪ )p21-p13‬في االشخاص الذين ينتمون الحد العائالت املكونة ملشروع عائلة عمان الدراسية ( ‪Oman family‬‬
‫‪ ،)Study‬حيث ان االغلبية العظمى وجد لديهم نتيجة تخطيط القلب (‪ )ECG‬غير طبيعية بالرغم من ان هؤالء االشخاص ال‬
‫ً‬
‫يشكون من اي مرض فالقلب ولم تسجل لديهم اي حالة وفاة متعلقة بمرض في القلب‪ ،‬وهي ظاهرة غريبة جدا لم يسبق‬
‫ً‬
‫وصفها ابدا‪ ،‬حيث ان معدل سرعة نبضات القلب في فترة معينة (‪ )R-interval R‬كانت غير طبيعية تماما‪.‬‬
‫لقد تم ترشيح جين معين (‪ )CACNAID‬يقع في الصبغة الجينية (الكروموسومية) رقم ‪ )chrommosome3( 3‬والذي يتحكم‬
‫بقناة الكالسيوم املعتمدة على القوة الكهربائية املقاسة بالولتات‪ ،‬حيث ان هذا الجين هو املسؤول عن نبضات القلب غير‬
‫طبيعية بالضافة الى الكشف عن اي طفرات وراثية في هذا الجين في االشخاص الذين ينتمون للعائلة رقم ‪ 4‬في مشروع عائلة‬
‫عمان الدراسية‪.‬‬
‫تم فحص ‪ 8‬عينات من ‪ DNA‬وتم تحليلها باستخدام التسلسل الوراثي (‪ )Sequencing‬للتعرف فيما اذا كان هناك طفرات‬
‫بهذا الجين‪ .‬نتيجة تحليل التسلسل الوراثي في ‪ 46‬منطقة في املوروث ‪ CACNAID‬تم ايجاد ‪ 11‬تغيرات احادية‬
‫النيوكليوتيدات‪ 3 ،SNPs‬منها تعتبر جديدة لم يتم التعرف عليها سابقا‪ .‬وبالرغم من ذلك ال يمكن ان نستثني عالقة هذا‬
‫الجين بتلك الظاهرة حيث ان ‪ 3‬مناطق في الجين لم يتم تحليلها بعد (‪ )Exons 25,11,1‬وتلك التغيرات ‪SNPs‬تحتاج إلعادة‬
‫التحليل والتأكيد من خالل زيادة عدد العينات‪.‬‬
‫‪34‬‬
UTILIZATION PATTERNS ANTIEPILTIC DRUGS AMONG
ADULT EPILEPTIC PATIENTS AT SULTAN QABOOS
UNIVERSITY HOSPITAL
Rowayda Hadi Ahmed
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirement for the
Degree Master of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Clinical Pharmacy
Department of Pharmacology and Clinical Pharmacy
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
2010
35
ABSTRACT
Aim: To assess the utilization patterns of antiepileptic drugs (AEDs) at Sultan
QaboosUniversity Hospital (SQUH).
Objectives:


To study the utilization patterns of AEDs and to compare these to previously
obtained data at SQUH and international studies.
To examine the Therapeutic Drug Monitoring (TDM) requests for AEDs and their
obtained concentrations/values.
Method: Data was collected retrospectively over a 4-year period from January 2006 to
December 2009 from the Electronic patient Records (ePR). The study included adult
epileptic patients on AED follow up at Neurology unit, SQUH. All reported TDM requests
for serum anticonvulsant concentrations were collected. Data were recorded in a welldesigned data collection form. Statistical Package for Socil Sciences (SPSS-15) and Microsoft
Office ExcelR software 2007 were used for statistical analysis. Ethical approval was obtained
from the ethics research committee of College of Medicine and Health Sciences at Sultan
Qaboos University (SQU) before conducting the study.
Results: Three hundred and seventy two adult patients ( n=372) were included in the study.
AED monotherapy accounted for 53.2% of prescriptions, whereas polytherapy with two and
three AED combinations accounted for 26.6% and 20.2%, respectively. The most frequently
prescribed AED was sodium valproate (27.1%) followed by carbamazepine (23.3%). The
commonly prescribed AED combinations were sodium valproate with clonazepam (12.2%)
followed by sodium valproate with lamotrigine(11.9%) and phenytoin with levetiracetam
(10.1%). Results of 574 TDM requests for three AEDs were analyzed. Of these, 56.9% of
carbamazepine, 77.6% of phenytoin and 54.2% of valproic acid requests disclosed serum
concentrations above or below the recommended therapeutic range.
Conclusion: AED monotherapy is still the most frequently employed therapeutic strategy in
adult patients with epilepsy in keeping with the standard therapeutic guidelines. Sodium
valproate is commonly used for different types of seizures reflecting its wide spectrum of
anticonvulsant potential. Newer AEDs such as lamotrigine, levetiracetam and topiramate
utilization are becoming increasingly popular in our subjects particularly as add-on with
other standard AEDs. The majority of TDM requests for carbamazepine, phenytoin and
valproate need to be explored further for deciphering abnormal serum concentrations.
Keywords: antiepileptic drugs, carbamazepine, phenytoin, valproate, clonazepam,
lamotrigine, levetiracetam, topiramate, utilization patterns, therapeutic drug monitoring,
epilepsy.
36
‫امللخص‬
‫الهدف‪ :‬تقييم انماط استخدام العقاقير املضادة للصرع بمستشفى جامعة السلطان قابوس‬
‫االهداف‪ :‬دراسة االتجاهات ونمط استخدام العقاقير املضادة للصرع‪ ،‬ومقارنة هذه البيانات بالتي تم الحصول عليها من‬
‫قبل بمستشفى جامعة السلطان قابوس وبعض انحاء العالم‪ ،‬باإلضافة الى دراسة تركيزات العقاقير املضادة للصرع‪.‬‬
‫الطريقة والتحليل‪ :‬تم جمع البيانات بأثر رجعي من السجالت الطبية وكانت البيانات املشمولة من يناير ‪ 2006‬الى ديسمبر‬
‫‪ .20098‬وشملت الدراسة مرض ى الصرع البالغين بمستشفى جامعة السلطان قابوس‪ .‬لقد تم ادخال البيانات بواسطة‬
‫استمارة مخصصة لذلك‪ .‬تم تحليل البيانات بواسطة برنامج اس بي اس ‪ 15‬نسخة وببرنامج االكسل ‪ 2007‬التابع لشركة‬
‫مايكروسوفت‪.‬‬
‫النتيجة‪ :‬بلغ عدد املرض ى ‪ 372‬مريضا معظمهم ‪ %53.2‬يتعاطون دواء واحدا فقط فيما بلغت نسبة من يتعاطون دوائين‬
‫‪ %26.6‬اما من يتعاطى اكثر من دوائين فبلغت نسبتهم ‪ ، %20.2‬اكثر االدوية استخداما هو فالبرويت ‪ %27.1‬يليةكربامزبين‬
‫‪ .%23.3‬فيما كان عقاري الفالبرواتوالكلونازيبام هي اكثر االدوية استخداما معا ‪ ،%12.2‬يليةالفالبرواتوالموتريجين ‪،%11.9‬‬
‫فالفينيتوينوليفيتراسيتام ‪ .%10.1‬بلغ عدد طلبات مستوى التركيز بالدم ‪ 574‬طلب‪ .‬لقد اظهرت تحليل هذه التركيز آتان‬
‫معظم هذه االدوية الكاربامزبين ‪ %56.9‬والفالبيروات ‪ %54.2‬والفينتيون ‪ %77.6‬تقع اما اقل او اكثر من املستويات‬
‫العالجية املنصوح بها‪.‬‬
‫االستنتاج ‪ :‬عالج الصرع بدواء واحد هو االكثر شيوعا بمستشفى جامعة السلطان قابوس وهو مما يتماش ى مع املبادئ‬
‫العالجية املنصوح بها عامليا‪ .‬اكثر االدوية استخداما هو دواء فالبرويت فيما اظهرت الدراسة ان استخدام االدوية املرخصة‬
‫حديثا لعالج الصرع كدواء الموتريجينوتوبرميتولفيتراسيم في ازدياد‪ .‬نتائج تركيزات ادوية الصرع بالدم تتطلب دراسة‬
‫مستحثه ملعرفة اسباب تمركز معظم نتائجها اما اقل او اكثر من املستويات العالجية املنصوح بها‪.‬‬
‫الكلمات الرئيسية‪ :‬االدوية املضادة للصرع‪ ،‬فالبرويت‪ ،‬كاربامزبين‪ ،‬فنيتويين‪ ،‬كلونازيبام‪ ،‬الموتريجين‪ ،‬ليفيتيراسيتام‪،‬‬
‫توبرامايتـ ـ التركيز بالدم‪ ،‬الصرع‪.‬‬
‫‪37‬‬
38
A BIFOCAL STUDY OF MEDICATION ERRORS AT SULTAN
QABOOS UNIVERSITY HOSPITAL:
3. OCCURRENCE OF PARENTERAL DRUG ADMINISTRATION
ERRORS IN INTENSIVE CARE UNITS
4. PHARMACISTS’ INTERVENTIONS ON ISSUED
PRESCRIPTIONS.
Mohsin Muhammad Maqbool
A thesis submitted in partial fulfillment
of the requirements for the degree
Masters of Biomedical Sciences
Majoring in
Clinical Pharmacy
Department of pharmacology and clinical pharmacy
College of Medicine and Health sciences
Sultanate of Oman
2011
39
ABSTRACT
A Bifocal Study of Medication Errors at Sultan Qaboos University Hospital.
Background: Medication errors are a serious concern of many healthcare organizations
around the world. Ensuring patient safety is prime motive of many healthcare professionals.
The human errors can be prevented if the system is made more resilient to errors, rather
than working on individuals. A study conducted in Vienna revealed that almost one in five
(19%) patients experienced one medication error and 14% experienced more than one error
in intensive care units (ICUs). Medication errors in intensive care units affect one of the
most vulnerable populations in the hospital. Since previous studies suggest that these errors
can be reduced by improving organizational factors such as error reporting systems and
routine checks, the purpose of this study eas to help understand the underlying factors
behind these errors and help us in prevention of these responsible factors. Pharmacists are
playing a major role in catching these errors and reporting them. Interventions conducted by
pharmacists’ are central in any organization, in orderto ensure patient safely.
1. Occurrence of parenteral Drug administration Errors in Intensive Care Units.
Objective: To determine the frequency, characteristics and contributing factors of parenteral
drug administration errors in Intensive care units and to suggest preventive measures.
Methods:
i. Design: A prospective cohort study over a period of three months by using selfreporting method by hospital staff.
ii. Setting: All intensive care units in Sultan Qaboos University Hospital (SQUH).
iii. Participants: All patients staying in intensive care units in three months period.
Results: The occupancy rate of 120 patients in 558 bed days was 4.65 patients per bed- day.
In about 48.8% of patients bed-days, Continuous IV was used. Bolus IV was used in 44.6%
and Subcutaneous in 6.6%. Antimicrobials were found to be used the most parent rally
(21.4%), followed by Insulin (18.6%) and Sedatives/ Analgesics (14.3%). No error report
was received over a priod of three months.
Conclusion: The issue of under-reporting needs to be addressed. The blame-free
environment needs to be developed absence of which is hampering the healthcare staff to
report errors independently.
40
‫امللخص‬
‫هي دراسة ثنائية التركيز على االخطاء الطبية في مستشفى جامعة السلطان قابوس‪.‬‬
‫الخلفية‪ :‬تعتبر االخطاء الطبية هي مجال اهتمام الكثير من املؤسسات الطبية حول العالم‪ .‬حيث ان ضمان سالمة املريض‬
‫هي الدافع االساس ي للكثير من العاملين في مجال الرعاية الصحية‪ .‬ويمكن تجنب االخطاء البشرية إذا تم عمل نظام اكثر‬
‫مرونة لألخطاء بخالف العمل بشكل فردي‪ .‬تم عمل دراسة في فيينا وكشفت ان مريض من بين كل خمسة مرض ى (‪)%19‬‬
‫يتعرض لخطأ طبي ونسبة (‪ )%14‬يتعرضون ألكثر من خطأ طبي واحد في وحدات الرعاية املركزية‪ .‬تؤثر االخطاء التي تحدث‬
‫في وحدات الرعاية املركزية بشكل كبير على سمعة وشعبية املستشفى‪ .‬ونظرا لعمل الكثير من الدراسات السابقة التي‬
‫اقترحت انه يمكن تقليل نسبة الخطأ من خالل تطوير العوامل املؤسسية مثل انظمة االبالغ عن االخطاء والفحوصات‬
‫الدورية وكان الغرض من هذه الدراسة هو املساعدة على فهم العوامل الخفية التي تسبب في حدوث االخطاء ومساعدتنا‬
‫على تجنب هذه العوامل‪ .‬يقوم الصيادلة بدور كبير في اكتشاف هذه االخطاء واالبالغ عنها‪ .‬وتعتبر املداخالت التي يتم عملها‬
‫بواسطة الصيادلة جزء مركزي من اي مؤسسة وذلك من اجل ضمان سالمة املرض ى‪.‬‬
‫‪-1‬حدوث اخطاء إدارة العقاقير التي يتم حقنها في وحدات الرعاية املركزية‪.‬‬
‫الهدف‪ :‬لتحديد التكرار والخصائص والعوامل التي تشارك في اخطاء ادارة العقاقير في وحدات الرعاية املركزة واقتراح معايير‬
‫لتجنب ذلك‪.‬‬
‫االساليب‪:‬‬
‫‪-‬‬
‫التصميم‪ :‬دراسة مركزه خالل مدة قدرها ثالثة اشهر باستخدام اسلوب االبالغ الذاتي بواسطة فريق عمل‬
‫املستشفى‪.‬‬
‫‪-‬‬
‫االعداد‪ :‬كافة وحدات الرعاية املركزة في مستشفى السلطان قابوس‪.‬‬
‫‪-‬‬
‫املشاركون‪ :‬كل املرض ى املوجودين في وحدة الرعاية املركزة خالل فترة الثالثة اشهر هذه‪.‬‬
‫النتيجة‪ :‬كان معدل الشغل ‪ 120‬مريض في ‪ 558‬يوم سريري هو ‪ 4.65‬مريض لكل يوم سريري‪ .‬في حوالي نسبة ‪ %44.8‬من‬
‫األيام السريرية للمرض ى تم استخدام الحقن املستمر‪ .‬وتم استخدام الحقن املثبت بنسبة ‪ %44.6‬والحقن تحت الجلد‬
‫بنسبة ‪ %6.6‬وتم استخدام مضادات امليكروبات بنسبة ‪ %21.4‬يتبعه االنسولين بنسبة ‪ %18.6‬واملهدئات املسكنات بنسبة‬
‫‪ .%14.3‬ولم يتم تلقي اي تقرير عن حدوث خطأ خالل فترة الثالثة اشهر‪.‬‬
‫الخاتمة‪ :‬يجب ان يتم حل مشكلة االبالغ عن املشكالت‪ .‬البيئة الخالية من االخطاء يجب ان تكون خالية من العوائق التي‬
‫تمنع فريق عمل الرعاية الصحية من البالغ عن االخطاء بشكل فردي‪.‬‬
‫‪ -2‬مداخالت الصيادلة في قسم مرض ى العيادة الخارجية على الوصفات الطبية الصادرة‪.‬‬
‫الهدف‪ :‬لوصف املداخالت التي تتم بواسطة الصيادلة في قسم الصيدلة بمستشفى السلطان قابوس‪.‬‬
‫‪41‬‬
‫االساليب‪:‬‬
‫‪-‬‬
‫التصميم‪ :‬دراسة مركزة يتم عملها خالل فترة ‪6‬أشهر باستخدام نموذج مداخالت الصيادلة‪.‬‬
‫‪-‬‬
‫االعداد‪ :‬قسم صيدلة يتلقى الوصفات الطبية من مستشفى السلطان قابوس‪ ،‬سلطنة عمان‪.‬‬
‫‪-‬‬
‫املوضوع‪ :‬كافة نماذج املداخالت املكتملة‪.‬‬
‫النتيجة‪ :‬كان اجمالي املداخالت هو‪ 359‬مداخلة تم عملها خالل ‪ 6‬اشهر على‪ 104055‬وصفة طبية (املعدل‪ )%0.5:‬وكانت‬
‫نسبة املداخالت االدارية هي‪ %0.4‬بينما املداخالت الطبية كانت بنسبة ‪( %99.6‬اختيار العقار بنسبة ‪ %22.5‬والتدبير‬
‫‪ .)%77.1‬وكانت االخطاء املتعلقة بالجرعة هي االعلى من حيث النسبة حيث بلغت ‪ %40.9‬متبوعة بتكرار بنسبة ‪ .%15.8‬وتم‬
‫كتابة وصفات طبية بالخطأ في ‪ %10‬من الحاالت‪ .‬تحسنت الفعالية بنسبة ‪ %53‬من الحالت وتم تجنب السمية بنسبة‬
‫‪ %27.4‬وتم تجنب التعرضات غير الضرورية بنسبة ‪ %16.8‬ادت املداخالت الى تجنب حدوث املوت او الضرر العضوي‬
‫الكبير في نسبة ‪ %2.1‬من الحالت‪ .‬وكانت الحالت املتوسطة بنسبة ‪ .%31.9‬وكان معدل الوقت املنقض ي في كل وصفة هو‬
‫حوالي ‪ 15.8‬دقيقة‪.‬‬
‫الخاتمة‪ :‬يقوم الصيادلة بدور حيوي في اكتشاف االخطاء واالبالغ عنها مما يؤدي الى ضمان سالمة املرض ى‪.‬‬
‫الكلمات الرئيسية‪ :‬االخطاء االدارية‪ ،‬وحدات االدارية املركزة‪ ،‬االخطاء الطبية املتعلقة بالحقن‪ ،‬الحدث الخافر‪ ،‬مستشفى‬
‫السلطان قابوس‪ ،‬اإلبالغ ‪ ،‬مداخالت الصيادلة‪ ،‬سالمة املريض‪ ،‬االخطاء الطبية‪.‬‬
‫‪42‬‬
RISK FACTORS, INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-1 GENE
POLYMORPHISM AND BREAST CANCER AMONG OMANI
WOMEN: A CASE- CONTROL STUDY.
Kawther Ibrahim Ali Al Ajmi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of
Biomedical Sciences In Epidemiology and Medical Statistics
Department of Family Medicine and Public Health
College of Medicine and Health Science\
Sultan Qaboos University
Sulanate of Oman
March 2011
43
ABSTRACT
Breast cancer is the most common cancer among females worldwide and it is responsible for
370,000 deaths annually. The incidence rate of breast cancer is increasing while the mortality
rate is decreasing. The burden of this cancer is rising with increasing recognition of many
risk factors.
This study evaluated lifestyle and reproductive risk factors and their relationship with breast
cancer risk in Sultanate of Oman. It also investigated the role of IGF1 CA repeats gene
polymorphism with the risk of breast cancer among Omani women. A case control study
was conducted using 174 Omani females with breast cancer either newly diagnosed or old
cases from SQUH and Royal Hospital, and 149 Omani female without any history of any
type of cancer which served as controls. A pretested Questionnaire was used to assess the
risk factors and blood samples were collected to investigate the IGF1 CA repeats
polymorphism.
Using univariate and multivariate logistic regression analysis method, Age, Occupation,
Family Income, Family History of breast cancer, use of contraceptives and duration of
contraceptives use appeared to be associated with the development of breast cancer among
Omani woman. Breast cancer among Omani females presents at advanced stage and at
younger age as compared to Western countries. In case of IGF1 CA repeats, CA 19 was the
most frequent genotype among both cases of controls followed by CA 18. The overall
distribution of CA genotypes was significantly different between cases and controls (p value
=0.022) and was observed among premenopausal women (p value =0.003) while among
postmenopausal the distribution was not significantly different (p value =0.429). Odds
Ratios and 95% CI for IGF1 genotype groups showed that there was no significant
association between breast cancer and CA 19 either among pre or postmenopausal women
even after adjusting the strongest risk factors of breast cancer. However, there was a
significant association between breast cancer and both progesterone receptor status and type
of the cancer.
In conclusion, even though the incidence of breast cancer in Oman is low. It is increasing.
More concern should be taken in increasing the awareness of breast cancer especially the
most significant risk factors among Omani women.
44
‫امللخص‬
‫يعتبر سرطان الثدي من اكثر انواع السرطان شيوعا بين النساء في جميع انحاء العالم وهو املسؤول تقريبا عن ‪370000‬‬
‫حالة وفاة سنويا‪ .‬معدل االصابة وعبأ سرطان الثدي يزداد في حسن ان معدل وفيات اخذ في التناقص‪ .‬اسباب هذا املرض‬
‫غير معروفة ولكن هناك العديد من عوامل الخطورة املرتبطة بتطور هذا السرطان‪.‬‬
‫الهدف من هذه الدراسة هو تقييم مدى ارتباط سرطان الثدي بنمط الحياة وعوامل الخطورة االنجابية بين النساء‬
‫العمانيات‪ .‬كذلك فنحن نحقق في دور هرمون ‪ IGF1‬وخصوصا منطقة السيتوسين ادنين املوجودة في الجين املسؤول عن‬
‫هذا الهرمون وعالقتها باإلصابة بسرطان الثدي بين النساء العمانيات‪ .‬لتحقيق اهداف الدراسة قمنا بجمع معلومات وسحب‬
‫عينات دم من ‪ 174‬مصابة بسرطان الثدي من مستشفى جامعة السلطان قابوس واملستشفى السلطاني سواء كانت املريضة‬
‫تم تشخيصها حديثا او قد بدأت في العالج‪ .‬وجمعنا ‪ 149‬عينة من االناث العماني والتي يشترط فيها عدم التشخيص بأي نوع‬
‫من انواع السرطانات في اي مرحلة من حياتها‪ .‬استخدم االستبيان لتقييم عوامل الخطورة واخذت عينات دم لعمل‬
‫الفحوصات الجينية لتقييم عالقة هرمون ‪IGF1‬بسرطان الثدي‪ .‬وبعد مرحلة جمع العينات واملعلومات بدأ التحليل‬
‫االحصائي الستخالص النتائج واستخدام التحليل اللوجستي التحوفي وحيد املتغير واملتعدد املتغيرات واختيار مربع كاي‪.‬‬
‫فكانت النتائج ان العمر واملهنة ودخل االسرة‪ ،‬التاريخ العائلي لسرطان الثدي‪ ،‬واستخدام وسائل منع الحمل ومدة استخدام‬
‫هذه املوانع تترافق مع تطور سرطان الثدي بين النساء العمانيات‪ .‬وتبين ايضا ان املرض يظهر في مرحلة متقدمة وفي سن‬
‫اصغر مقارنة مع الدول الغربية‪ .‬بالنسبة للهدف الخير فقد تبين ان النمط الوراثي االكثر شيوعا هو تعدد السيتوسين‬
‫واالدنين ‪ 19‬ويليه ‪ .18‬وتبين ايضا ان التوزع الجيني للتعدد يختلف اختالفا كبيرا بين الحاالت والضوابط ( نسبة الخطأ=‬
‫‪ )0.022‬ويظهر هذا االختالف بين النساء قبل سن اليأس ( نسبة الخطأ= ‪ )0.429‬مما يؤكد عدم وجود اختالف ملحوظ بين‬
‫هذه الفئة‪ .‬بعد حساب نسب االرجحية ومدى الثقة ‪ %95‬للمجموعات الوراثية للهرمون ‪ IDF1‬توضح ان ليس هناك عالقة‬
‫كبيرة بين سرطان الثدي والتعدد ‪ 19‬بين جميع الفئات ومع االخذ في الحسبان اقوى عوامل الخطر لإلصابة بسرطان الثدي‪.‬‬
‫ومع ذلك‪ ،‬كان هناك ارتباط مهم بين سرطان الثدي ونوع سرطان الثدي وايضا ارتباط مهم مع حالة مستقبل هرمون‬
‫البروجستيرون‪ .‬وختاما‪ ،‬على الرغم من ان معدل االصابة بسرطان الثدي في عمان منخفض لكنه آخذ في االزدياد‪ .‬وينبغي‬
‫اتخاذ املزيد من االهتمام من خالل زيادة الوعي بسرطان الثدي وخاصة عوامل الخطورة االكثر اهمية بين النساء‬
‫العمانيات‪.‬‬
‫‪45‬‬
SCREENING FOR P53 MUTATIONS USING ARCHIVAL
MATERIAL IN AN OMANI COHORT WITH DIFFUSE LARGE BCELL LYMPHOMA
Sheikha Hamed Al Harthy
Thesis submitted in partial fulfillment of the
Requirements for the Degree of Masters in
Biochemistry Sciences
Department of Biochemistry
College of Medicine and Health Science\
Sultan Qaboos University
Sulanate of Oman
March 2011
46
ABSTRACT
Non Hodgkin Lymphma (NHL) is a malignant neoplasm of lymphoid cells, considered the
third most common malignancy in Oman. Number of factors such as infection,
immunosuppression, genetic and environmental factors can contribute to increase the risk of
NHL. Among the NHL different subtypes, Diffuse Large B-Cell Lymphoma (DLBCL) is
the most common worldwide and accounts for 40%, whereas in Oman and other developing
countries it accounts for about 60% of NHL. DLBCL is an aggressive from of NHL
characterized by heterogeneous morphology, phenotype, molecular and outcomes.
Several tumors including NHL have been reported to harbor p53 mutations within a highly
conserved region of the gene. Transformed cases of DLBCL (t-DLBCL) apparently display
the highest rate of p53 mutations. We screened for p53 mutations in an Omani cohort of
patients with DLBCL using PCR and sequence analysis on archival paraffin embedded
material to validate previous immunohistochemistry data.
Twenty three formalin fixed paraffin embedded tissue blocks and 21 blood samples from
patients with DLBCL were processed for DNA analysis. An additional ten samples from
individuals with no history of DLBCL were used as controls. DNA extraction from paraffin
embedded tissues was performed using the phenol/chloroform method. Exons 4 to 9 of the
p53
gene
were
amplified
and
subjected
to
sequence
analysis.
Furthermore,
immunohistochemistry using an antibody cross reacting with both mutant and wild type p53
was performed.
Sixty two percent (13/21)of blood samples showed a polymorphism in codon 72 (SNP72) of
exon 4, whereas in control samples it was found in 90% (9/10) of the cases (p=0.086). Eight
cases from paraffin embedded material showed deletion in p53, three of which were tDEBCL. Two cases (2/32) showed missense mutations leading to Val 143 Leu, Leu 145
Thr, Try 146 Arg and Thr 150 Arg amino acid changes. No aberration was detected in the
remaining
13
patients.
Sixteen
cases
(69.5%)
were
stained
positively
using
immunohistochemistry analysis, suggesting the presence of mutant type of p53 protein.
Deletions in p53 gene were found to be common aberration in this study while
immunohistochemistry displayed a higher percentage of p53 mutation. SNP72 was not
found to be associated with development of DLBCL.
47
‫امللخص‬
‫الغير هودجكن ليمفوما عبارة عن االورام الخبيثة للخاليا اللمفاوية‪ ،‬ويعتبر ثاني انواع السرطانات شيوعا في عمان‪ .‬هناك‬
‫عدة عوامل تساعد في زيادة خطراإلصابة بهذا النوع من السرطانات ومن هذه العوامل‪ :‬التهابات‪ ،‬وكبت املناعة‪ ،‬وعوامل‬
‫وراثية وبيئية اخرى‪ .‬ومن بين االنواع املختلفة لهذا املرض فإن النوع (بي ) العدواني يعتبر النوع االكثر شيوعا في العالم‬
‫ويمثل نسبة ‪ %40‬من انواع الغير هودجنليمفوما‪ .‬بينما في عمان والدول النامية يمثل نسبة ‪ %60‬من الغير هودجنليمفوما‪.‬‬
‫عدة اورام ومن ضمنها الغير هودجنليمفوما تتضمن طفرات في االماكن االكثر تأثرا للجين ‪ .p53‬الحاالت املحولة من سرطان‬
‫الغدد الليمفاوية الغير هودجن من النوع (بي ) العدواني يضم نسبة عالية من الطفرات في الجين‪.‬‬
‫الهدف من الدراسة هو الكشف عن الطفرات التي تؤثر على الجين ‪p53‬باستخدام عينات االنسجة من مرض ى عمانيين‬
‫مصابين بالغير هودجنليمفوما (بي ) العدواني للتحقق من صحة البيانات الواردة من دراسة سابقة ( املناعي الكيميائي‬
‫لألنسجة) التي بينت وجود نسبة عالية من الطفرات في البروتين ‪.p53‬‬
‫تم استخالص الحمض النووي (‪ )DNA‬من‪ 23‬عينة نسيج و ‪21‬عينه دم باستخدام طريقة الفينول‪/‬كلورفورم‪ -.‬تم ايضا‬
‫استخالص الحمض النووي من عشرة عينات من افراد لم يتم تشخيصهم باملرض من قبل (عينات ضبط الجودة)‪ .‬تم‬
‫تضخيم االكسونات (‪ )9-4‬من الجين ‪p53‬باستخدام سلسلة تفاعالت البوليميرز وحلل التسلسل الجيني ل ‪ p53‬وكذلك‬
‫استخدمت طريقة التحليل املناعي الكيميائي لألنسجة االجسام املضادة التي تتفاعل مع البروتين (سواء العام او املتأثر‬
‫بالطفرة)‪ .‬أظهرت النتائج ان ‪ )21/13( %62‬من عينات الدم تحمل طفرة (‪ )SNP72‬في الجين في كودون ‪ 72‬من اكسون ‪4‬‬
‫بينما ‪ )10/9( %90‬من عينات ضبط الجودة تحمل نفس الطفرة وقيمة االحتمال تساوي ‪ 0.086‬بالنسبة لعينات االنسجة‪،‬‬
‫اظهرت النتائج بان ‪ )23/8( %43.8‬من العينات تحتوي على حذف ‪deletion‬في احدى اكسونات الجين ‪ .p53‬كذلك اظهرت‬
‫نتائج تحليل التسلسل للجين على وجود طفرة في حالتين من ال ‪ 23‬حالة تؤدي الى تغيير الحمض االميني في عدة مواقع في‬
‫االكسون (‪ )5‬كمثال على ذلك تغير من ‪ .Vall43Leu, Leu145 Thr 150 Arg, Thr 146 Arg‬وبينت نتائج تحليل التسلسل‬
‫الجيني لبقية العينات (‪ )13‬على عدم وجود اي طفرات اخرى‪ .‬اظهرت نتائج التحليل املناعي الكيميائي لالنسجة عن وجود ‪16‬‬
‫(‪ )%69.5‬حالة ايجابية وهذا يدل على وجود بروتين ‪p53‬املتأثر بالطفرة‪ .‬بينت نتائج الدراسة ان حاالت الخذف في اكسونات‬
‫الجين هي السائدة‪ .‬بينما اظهر التحليل املناعي الكيميائي ان نسبة عالية من البروتين متأثر بالطفرة‪ .‬وأثبتت الدراسة‬
‫ان ‪SNP72‬ليس له عالقة مع تطور (‪.)DLBCL‬‬
‫‪48‬‬
EVALUATION OF HYPERTENSIVE PATIENTS RECEIVING
VALSARTAN AND IRBESARTAN OVER SIX MONTHS PERIOD
AT THE SULTAN QABOOS UNIVERSITY HOSPITAL IN OMAN
Jannat QassimHabib Al Lawati
A thesis submitted in partial fulfillment
Of the requirements for the degree
Master of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Clinical Pharmacy
Department of Pharmacology and Clinical Pharmacy
College of Medicine and Health Science\
Sultan Qaboos University
Sulanate of Oman
April 2011
49
ABSTRACT
Background: Hypertension is a worldwide problem as 26% of all adults of the world have
Hypertension. It is expected that in 2025 the percentage will rise to 295 with estimation of
1.56 billion affected adults. In Oman, a community based survey conducted in 2000
estimated the prevalence of hypertension to be 33%. Many studies have shown the efficacy
pf (irbesartan/HCTZ, Coapeovel) combination therapy over (valsartan/HCLZ, Coaprovel)
combination. As many patients at Sultan Qaboos University hospital (SQUH) are on either
drugs, this study evaluates hypertensive patients receiving irbesartan/HCTZ and
valsartan/HCTZ over six months period.
Aim: To follow-up the pharmacological management of hypertensive patientsreceiving
irbesartan (plus hydrochlorothiazide)or valsartan (plus hydrochlorothiazide) over six months
period at SQUH, Oman.
Design and methods: A retrospective observational study of the adult patients aged 18
years and above who were attending the SQUH clinics of the Outpatients Department
(OPD) during July, August, and September 2010 and were documented in the patients’
medical records to have the diagnosis of hypertension.
Results: 163 patients were receiving valsartan plus hydrochlorothiazide, and 69 patients
received irbesartan plus hydrochlorothiazide. At baseline, systolic blood pressure (SBP) was
significantly higher in the irbesartan group compared to the valsartan cohort (153 versus 144
mmHg, p=0.004). However, no significant differnces were noted in baseline diastolic blood
pressure (DBP) (81 versus 77 mmHg, p=0.056). Compared to the valsartan cohort, the
irbesartan group was associated with bigger reductions in both SBP (-9 versus -2 mmHg,
p=0.021). With regards to post-index values, no significant differences were noted in DBP
(76 versus 77 mmHg, p=0.574) and SBP (144 versus 142 mmHg, p=0618), respectively. For
overall blood pressure control, the proportion that attained control was significantly higher
in the valsartan group compared to the irbesartan cohort (43% versus 29%, p=0.046).
However, this difference did not reach significance when adjusted for baseline SBP and
DBP values (p=0.228). Furthermore, when stratified by diabetes mellitus, blood pressure
reductions were noted more in diabetics than non-diabetic patients.
Conclusions: As compared to the valsartan/HCTZ cohort, the irbesartan/HCTZ group
was associated with bigger reductions in both SBP (-9 versus -2mmHg, p=0.021) and DBP (5 versus 0 mmHg, p=0.022). However, no direct head-to-head comparison could be made
because of the study design. There was no significant difference in the proportion that
attained control as regards to overall blood pressure control between the two groups
(p=0.228) after adjustment for baseline SBP and DBP values. Blood pressure reductions
were noted more in diabetics than non-diabetic patients. These data suggest that
irbesartan/HCTZ is an appropriate therapy for patients with hypertension and diabetes.
50
‫امللخص‬
‫الخلفية‪ :‬ارتفاع ضغط الدم هو مشكلة عاملية و‪ %26‬من البالغين في العالم يعانون من ارتفاع ضغط الدم ومن املتوقع ان‬
‫النسبة املئوية في عام ‪ 2025‬سترتفع الى ‪ %29‬مقدرا ب‪ 1.56‬بليون بالغ مصاب‪ .‬في عمان اجريت دراسة مجتمعية‬
‫استقصائية في عام ‪ 2000‬قدر فيها معدل انتشار ارتفاع ضغط الدم ب‪ . %33‬أظهرت العديد من الدراسات ان فعالية مزيج‬
‫(اربيسارتان‪/‬هيدروكلوروثيازيد) خالل فترة ستة اشهر في مستشفى جامعة السلطان قابوس‪.‬‬
‫الهدف‪ :‬متابعة التنظيم الدوائي للمرض ى املصابين بارتفاعضغط الدم الذين يتعاطون عقار اربيسارتان (زائد‬
‫هيدروكلوروثيازيد) او فالسارتان (زائد هيدروكلوروثيازيد) خالل فترة ستة اشهر في مستشفى جامعة السلطان قابوس‪.‬‬
‫التصميم والطريقة‪ :‬دراسة بأثر رجعي الرصد باستخدام السجالت الطبية االلكترونية‪ .‬شملت عينة الدراسة جميع املرض ى‬
‫البالغين الذين اعمارهم بين ‪18‬سنة زمافوق الذين احصروا عيادات مستشفى جامعة السلطان قابوس(‪ )SQUH‬مثل عيادة‬
‫القلب‪ ،‬والدهون والعيادات االخرى خالل شهر يوليو‪ ،‬اغسطس‪ ،‬سبتمبر‪ .2010‬املشاركون مسجلون في السجالت الطبية‬
‫بأنهم يعانون من ارتفاع ضغط الدم‪ .‬تمت دراسة ‪ 232‬مريضا خالل ثالثة اشهر‪ 163:‬مريض تلقوا فالسارتان زائد‬
‫هيدروكلوروثيازيد‪ ،‬و‪ 69‬مريضا تلقوا مزيد من اربيسارتان زائد هيدروكلوروثيازيد‪.‬‬
‫النتائج‪ :‬في بداية البحث كان متوسط ضغط الدم االنقباض ي اعلى بكثير في املجموعة اربيسارتان باملقارنة مع مجموعة‬
‫فالسارتان (‪ 153‬مقابل ‪ 144‬مم زئبق‪ ،)0.004=p ،‬ومع ذلك لم توجد فروق كبيرة في متوسط ضغط الدم االنبساطي‬
‫(‪81‬مقابل ‪77‬مم زئبق‪ )0.056=p ،‬في بداية البحث‪ .‬وباملقارنة مع مجموعة فالسارتان‪ ،‬فان مجموعة اربيسارتان انخفض‬
‫متوسط ضغط الدم االنقباض ي واالنبساطي لديها بشكل اكبر‪ :‬ضغط الدم االنقباض ي (‪ 9-‬مقابل ‪ 2-‬مم زئبق‪ ،‬ف=‪)0.021‬‬
‫وضغط الدم االنبساطي (‪ 5-‬مقابل ‪ 0‬مم زئبق‪ .)0.022=p ،‬في نهاية البحث‪ ،‬لم يالحظ فروق ذات داللة احصائية في ضغط‬
‫الدم االنقباض ي (‪ 144‬مقابل ‪ 142‬مم زئبق‪ ) 0.618 =p ،‬على التوالي‪ ،‬وفيما يتعلق عموما بالسيطرة على ضغط الدم حققت‬
‫مجموعة فالسارتان نسبة اعلى بكثير من مجموعة اربيسارتان في السيطرة على ضغط الدم (‪ %43‬مقابل ‪)0.46=p ،%29‬‬
‫ومع ذلك فإن هذا االختالف لم يكن ذا اهمية عندما عدلت قيم ضغط الدم االنقباض ي واالنبساطي في بداية البحث‬
‫(=‪ .)0.228p‬وعالوة على ذلك عند التطابق مع مرض السكري لوحظ انخفاض ضغط الدم لدى مرض ى السكري اكثر من غير‬
‫املصابين بالسكري‪.‬‬
‫الخاتمة‪ :‬باملقارنة مع مجموعة فالسارتان زائد هيدروكلوروثيازيد‪ ،‬ترتبط مجموعة اربيسارتان زائد هيدروكلوروثيازيد مع‬
‫تخفيضات اكبر في مستوى ضغط الدم االنقباض ي (‪ 9-‬مقابل ‪ 2-‬مم زئبق‪ )0.21=p ،‬ومستوى ضغط الدم االنبساطي (‪5-‬‬
‫مقابل ‪ 0‬مم زئبق‪ .)0.022=p ،‬لم يتم التمكن من اجراء املقارنة بين الدوائين بسبب تصميم البحث‪ .‬بالنسبة للسيطرة‬
‫العامة على ضغط الدم‪ ،‬لم يالحظ وجود فروق ذات داللة احصائية بين مجموعتين (اربيسارتانظهيدروكلوروثيازيد)‬
‫و(فالسارتانظهيدروكلوروثيازيد) (‪ )0228=p‬بعد تعديل قيم ضغط الدم االنقباض ي واالنبساطي من القراءة االساسية‪.‬‬
‫ولوحظ انخفاض ضغط الدم لدى مرض ى السكري اكثر من غير املصابين بالسكري‪ .‬هذه البيانات تشير الى ان مجموعة‬
‫اربيسارتان زائد هيدروكلوروثيازيد هو العالج املناسب للمرض ى الذين يعانون من ارتفاع ضغط الدم والسكري‪.‬‬
‫‪51‬‬
THE EPIDEMIOLOGY OF ROAD TRAFFIC INJURIES IN THE
SULTANATE OF OMAN: EVALUATING THE CONTRIBUTION
OF RISKY DRIVING BEHAVIORS
Hamed Khamis Al Reesi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree of Master of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Epidemiology and Medical Statistics
Epidemiology and Medical Statistics Unit
Department of Family Medicine & Public Health
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
September, 2011
52
ABSTRACT
Background: Road traffic Injuries (RTI) is a major global health problem worldwide World
Health Organization (WHO) estimates that around 1.3 million people being killed and about
50 million people are injured or disabled each year due to RTI. RTI is a multi-factorial
problem in which many factors act to cause RTI. However, human behavior is the leading
cause of RTI. Oman has one of highest road traffic fatality rate in the world. Apart from the
annual police reports, the epidemiology of RTI in Oman has not been described in the
literature. Aims:This thesis attempts to analyze the trend of RTI and its related fatalities and
injuries in Oman based on the Royal Oman Police (ROP) data represented by the General
Directorate of Traffic. The thesis also aims to describe potential risk factors for fatal crashes
using crash database available at the General Directorate of Traffic, ROP. In addition, the
thesis aims to assess the driver behavior and its contribution in causing crashes among
Sultan Qaboos University Omani students and staff holding driving license. Method:The
thesis has three main Sub-studies. First, we carried out ecological study of the national data
of RTI (1985-2009). Then, a cross-sectional study of all reported crashes (2005-2009) was
done and finally we carried out a web-based survey of the risky driving behaviors of Omani
drivers. Data for the first two sub studies was extracted from ROP published reports and
fromROP crash database available at Directorrate of Traffic. An Arabic version of the
Manchester Dirver Behavior Questionnaire (DBQ) DBQ was administered to Sultan
Qaboos University Omani students and staff holding driving license through a web bases
survey. Analysis: Both descriptive and inferential statistics were used to analyze the data.
Linear regression analysis was carried out to estimate the average annual changes in the rates.
Logistic regression was used to find the association between fatal crashes and various
characteristics under study and between causing crashes and various characteristics under
study. Principal component analysis (PCA) with varimax rotation was used to examine the
factor structure of the DBQ and logistic regression was used to assess association between
DBQ structure and causing crashes. Result: Fatalities and injuries related to RTI have
increased during the period from 1985 to 2009 with Omani, males and individuals aged 2650 had higher rate of fatalities. Crashes in Al Wusta and Al Batinah regions, crashes in the
weekend and those take place early in the moring time were more likely to be fatal compared
to other regions in the country, crashes in the weekend and crashes during the day time,
respectively. In the third sub-study, drivers reporting traffic offences were more likely to
report causing crashes. Out of the driver behavior questionnaire factor (DBQ), error items
showed a significant association with causing a crash. Conclusion: RTI is a major public
health challenge in Oman. The number of fatalities and injuries related to RTIs in Oman
reflects an urgent need for a new strategy for road safety in Oman. Risk factors for fatal
crashes needs to be further investigated for potential intervention strategies to be
implemented. The risky driving behaviors are important risk factors for road traffic crashes
that need to be further investigated to mitigate the burden of RTI in the country.
53
‫امللخص‬
‫الخلفية‪ :‬تمثل االصابات الناجمة عن حوادث الطرق مشكلة صحية عاملية رئيسية‪ .‬وتشير تقديرات منظمة الصحة العاملية‬
‫(‪ )WHO‬الى ان نحو ‪ 1.3‬مليون شخص يتعرضون للقتل‪ ،‬باإلضافة الى حوالي ‪ 50‬مليون شخص يتعرضون لإلصابة او‬
‫االعاقة كل عام نتيجة االصابات الناجمة عن حوادث الطرق‪ .‬ان االصابات الناجمة عن حوادث املرور هي مشكلة متعددة‬
‫العوامل حيث تشترك العديد من العوامل في حدوثها‪ .‬اال ان العنصر االكثر اهمية في االصابات الناجمة عن حوادث الطرق‬
‫هو العامل البشري‪ .‬سلطنة عمان واحدة من البلدان التي لديها اعلى معدل وفيات نتيجة حوادث الطرق‪ .‬وبصرف النظر عن‬
‫التقارير السنوية لشرطة عمان السلطانية‪ ،‬ال توجد دراسات تفصيلية ملشكلة اصابات الحوادث املرورية في السلطنة‪.‬‬
‫االهداف‪:‬هذه الدراسة تهدف الى تحليل اتجاه مشكلة اصابات الحوادث املرورية وماينتج عنها من وفيات واصابات استنادا‬
‫الى البيانات املتوفرة لدى شرطة عمان السلطانية ممثلة باإلدارةالعامة للمرور‪ .‬الهدف الثاني للدراسة هو استكشاف عوامل‬
‫الخطورة املحتملة للحوادث املرورية املميتة باستخدام قاعدة بيانات الحوادث املرورية لدى االدارة العامة للمرور‪ .‬والهدف‬
‫الثالث من اجراء هذه الدراسة هو تقييم سلوكيات السائق الخطرة ومساهمتها في التسبب في وقوع الحوادث املرورية بين‬
‫الطالب واملوظفين العمانيين في جامعة السلطان قابوس ممن لديهم رخصة قيادة‪ .‬اسلوب البحث‪ :‬في سبيل تحقيق‬
‫اهدافنا‪ ،‬قمنا بإجراء ثالث دراسات فرعية‪ .‬الدراسة االولى هي دراسة تجميعية لبيانات اصابات الحوادث املرورية والتي تم‬
‫نشرها خالل االعوام من ‪1985‬م‪ ،‬وحتى عام ‪2009‬م‪ .‬الدراسة الثانية هي دراسة استطالعية ألسباب حوادث الوفيات في‬
‫الفترة من ‪2005‬م الى ‪2009‬م‪ .‬والدراسة الثالثة هي دراسة مسحية باستخدام شبكة االنترنت لتقييم سلوك السائقين‬
‫العمانيين واثرها في التسبب في وقوع الحوادث املرورية‪ .‬في الدراسة االولى تم استخدام تقارير الحوادث املرورية املنشورة من‬
‫قبل االدارة العامة للمرور‪ .‬في الدراسة الثانية قمنا باستخدام قاعدة بيانات الحوادث املرورية املوجودة لدى االدارة العامة‬
‫للمرور‪ .‬بالنسبة للدراسة الثالثة قمنا بتصميم استبيان ذاتي باستخدام اشهر طريقة لتقييم سلوكيات السائق واثرها على‬
‫الحوادث وهي استبيان مانشستر‪ :‬استبيان سلوك السائق‪ ،‬وذلك بتطبيق النسخة العربية من هذا االستبيان‪ .‬وقد تم‬
‫تصميم املسح على شبكة االنترنت في امعة السلطان قابوس على الطلبة واملوظفين العمانيين ممن لديهم رخصة قيادة‪.‬‬
‫التحليل‪ :‬تم استخدام االساليب االحصائية الوصفية واالستنتاجية لتحليل البيانات في هذه الدراسة‪ .‬تم استخدام تحليل‬
‫االنحدار الخطي لتقدير متوسط التغير السنوي للمؤشرات التي تم حسابها‪ .‬واستخدام التحليل اللوجيستي للعثور على‬
‫العالقة بين الحوادث املميتة والخصائص املختلفة في الدراسة وكذلك بين التسبب في الحوادث والخصائص والسلوكيات‬
‫املختلفة تحت الدراسة‪ .‬وقد استخدم تحليل املكون الرئيس ي (‪ )PCA‬لدراسة عدد العوامل في استبيان مانشستر‪ .‬النتائج‪:‬‬
‫وفيات واصابات الحوادث املرورية بشكل عام اظهرت ارتفاعا كبيرا في الفترة من عام ‪1985‬م الى عام ‪209‬م‪ .‬وكان اعلى معدل‬
‫وفيات بين فئات العمانيين‪ ،‬الذكور‪ ،‬والفئة العمرية ‪ 50-26‬سنة‪ .‬حوادث منطقتي الباطنة والوسطى‪ ،‬حوادث نهاية االسبوع‬
‫وحوادث الساعات الباكرة من الصباح لديها احتمالية اكبر لتكون حوادث قاتلة باملقارنة مع حوادث املناطق االخرى‪،‬‬
‫حوادث ايام العمل‪ ،‬وحوادث النهار بالترتيب‪ .‬واظهرت الدراسة الثالثة انه كلما زادت الخبرة ومدة القيادة كلما زادت‬
‫احتمالية تسبب السائق في ارتكاب الحوادث املرورية‪ .‬وكذلك بالنسبة للسائقين ممن يرتكبون املخالفات املرورية اثناء‬
‫القيادة هم اكثر قابلية الرتكاب الحوادث املرورية مقارنة بباقي السائقين‪ .‬ومن بين العوامل التي يقيسها استبيان سلوكيات‬
‫السائقين‪ ،‬كانت السلوكيات الخاطئة والتي يرتكبها السائق بدون تخطيط مسبق اثناء القيادة هي من اهم االسباب التي تزيد‬
‫من احتمالية ارتكاب الحوادث املرورية‪.‬‬
‫‪54‬‬
THE PUTATIVE REGULATION OF K-RAS/RAF PATHWAY BY
SOSL/2 PROTEINS IN COLON CANCER CELL LINES
Aisha Khamis Amur Al Busaidi
A thesis submitted in partial fulfillment
of requirements of the degree of
Master of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Biochemistry and Molecular Biology
Department of Biochemistry
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
September 2011
55
ABSTRACT
Colorectal cancer (CRC) is a disease caused by a serial of genetic mutations and epigenetic
aberrations including the signal transduction pathways. The MAPK pathway regulated by the
Ras proteins upon activation by growth factors is the most commonly mutated. This causes
a cascade of downstream protein phosphorylation and activation causing gene expression.
In CRC, the MAPK pathway carries gain- of-function mutations in both KRAS and BRAF
genes, generally activated by the upstream Sos1/2 proteins, which have not been well
explored in CRCs especially in the K-Ras and B-Raf mutations carriers.
The aim of this study was to observe the effect of Sos1 and Sos2 proteins on the regulation
of the MAPK pathway when KRAS and BRAF mutations are present by monitoring the
expression of the downstream proteins, MEK and ERK and their related phosphorylation
forms.
We knocked down Sos1 and Sos2 proteins in HT-29, Caco-2 and MDA-MB-231 cells using
Sos1 siRNA. Specific exons of KRAS,BRAF,SOS1 and SOS2 genes were amplified and
subjected to sequencing to confirm the previously reported mutations. Western blot was
performed using anti-Sos1, anti-Sos2, anti-MEK, anti-pMEK, anti-ERK and antipERKantibodies.
All mutation (KRAS (G13D), BRAF (G464V) in MDA-MB-231 cells, BRAF (V600E) in
HT-29 cells reported in the literature about cell lines used in this study were confirmed by
sequencing in this study.
Knockdown of Sos1 protein was observed when HT-29, Caco-2 and MDA-MB-231 cells
were treated with siRNAdirected against Sos1. In Caco-2 cells, Sos1 expressions as well as pMEK and p-ERK were reduced after 18 hours of transfection. Whereas, a gradual
knockdown of Sos1 protein was observed in MDA-MD 231 cells at 18 and 24 hours after
transfection without affecting the expression of the downstream effectors. In HT-29 cells,
siRNA Sos1 transfection did not cause any change in the expression of the Sos1 protein,
indicating the inefficient shutdown of the protein.
In conclusion this study demonstrated that Sos1/2 proteins are not necessary for the
regulation of MAPK pathway when gain- of function mutations of KRAS and BRAF are
present in a tumour cell and the regulation of the pathway could be coupled with proteins of
other pathways to support tumourogenesis.
56
‫امللخص‬
‫التنظيم االفتراض ي ملسار ‪K-Ras‬و ‪ R-Raf‬عن طريق بروتينات ال ‪ Sos1/2‬في خاليا القولون السرطانية‪ .‬سرطان القولون‬
‫(‪ )CRC‬هو مرض ناتج عن تسلسل في الطفرات الجينية بما في ذلك مسارات نقل االشارة (‪.)signal transduction pathway‬‬
‫املسار ‪ MAPK‬هو احد هذه املسارات والذي ينظمه بروتينات ال ‪ Ras‬االكثرشيوعا في التحور‪ ،‬حيث تنشط بعوامل النمو‬
‫والذي يسبب سلسة من فسفرة للبروتينات التي تقع في هذا املسار‪ ،‬وهذا بدورة يسبب تنشيط الجينات إلنتاج البروتينات‬
‫املطلوبة‪ .‬في بعض حالت سرطان القولون مسار ‪ MAPK‬يحمل طفرات تساهم في زيادة معدل نشاط كل من بروتينات‬
‫‪ KRAS‬و ‪ BRAF‬والتي يتم تنشيطها عن طريق البروتينات ‪ Sos1/2‬الواقعة اعلى املسار‪ .‬هذه البروتينات لم يتم استكشافها‬
‫بشكل جيد في سرطان القولون الذي يحوي طفرات في جينات ال ‪ BRAF‬و‪ .KRAS‬تهدف هذه الدراسة الى مراقبة تأثير‬
‫بروتينات ‪Sos1‬و ‪ Sos2‬بشأن تنظيم مسار ‪ MAPK‬عند وجود طفرات في جينات ال ‪ KRAS‬و‪ BRAF‬من خالل رصد نشاط‬
‫البروتينات وانواعها املفسفرةالواقعة اسفل املسار‪ .‬قمنا بتعطيل انتاج البروتينات ‪Sos1‬و ‪ Sos2‬في خاليا ‪ HT-29‬و‪Caco-‬‬
‫‪2‬و‪ MDA-MB-231‬وذلك عن طريق استخدام الحمض النووي الرايبوزي املعيق ‪ siRNA‬املضاد ل‪ . Sos1‬باستخدام سلسلة‬
‫التفاعالتاملبلمرة ‪ PCR‬تم تكثير املناطق الجينية املسؤولة عن انتاج البروتين ‪ exons‬الواقعة في جينات ‪ KRAS,BRAF‬و‬
‫‪ ,SOS1 SOS2‬واخضعوا للتسلسل والتحليل للتأكد من الطفرات املذكورة سابقا في دراسات اخرى‪ .‬تم تنفيذ تقنية طبع‬
‫البروتينات ‪ Western blot‬واستخدام االجسام املضادة ل ‪anti-Sos1, anti-Sos2, anti-MEK, anti-pMEK, anti-ERK and‬‬
‫‪ .anti-pERKantibobies‬النتائج اكدت جميع الطفرات التي وردت في دراسات اخرى املوجودة )‪ BRAF (V600E‬في خاليا ‪HT-‬‬
‫‪. 29 BRAF (G464V) in MDA-MB-231(KRAS (G13D),‬‬
‫لوحظ تعطيل في بروتين ‪ Sos1‬عندما استعمل الحمض النووي الرايبوزي املعيق ‪ siRNA‬املضاد ل ‪ Sos1‬في خاليا ‪HT-29,‬‬
‫‪ .Caco-2 and MDA-MB-231‬كما لوحظ انخفاض في نشاطات ال ‪ Sos1‬و‪ MEK and p-ERK‬بعد ‪ 18‬ساعة‪ .‬ومن ناحية‬
‫اخرى وجدنا انخفاض متدرج في نشاط ال ‪ Sos1‬في خاليا ‪ MDA-MD 231‬عند ‪ 18‬و‪ 24‬ساعة بعد التجربة دون ان يؤثر‬
‫ذلك على نشاط البروتينات االخرى املوجودة في املسار‪ .‬اما في خاليا ‪ HT-29‬التي عرضت ل ‪ siRNA‬املضاد ل ‪ Sos1‬لم يغير في‬
‫نشاط ال ‪ Sos1‬مما يدل على عدم تعطيل البروتين‪ .‬هذه الدراسة اثبتت ان بروتينات ال ‪ Sos1/2‬ليست ضرورية لتنظيم‬
‫مسار ‪ MAPK‬عند وجود هذه الطفرات الجينية املكتسبة في كل من ‪KRAS‬و ‪ BRAF‬في الخلية السرطانية وان تنظيم هذا‬
‫املسار قد يكون مدعما من قبل بروتينات تابعة ملسارات اخرى لحفر العمليات املؤدية للسرطنة ‪.tumourogenesis‬‬
‫‪57‬‬
PREVALENCE AND RISK FACTORS OF DIABETIC
NEPHROPATHY IN OMANI TYPE 2 DOABETICS IN ALDAKHILIYAH REGION
Abdulhakeem HamoodHabib Al Rawahi
A thesis submitted in partial fulfillment of the
Degree of Master of Science
In
Biomedical Sciences
Major: Epidemiology and Medical Statistics
Epidemiology and Medical Statistics Unit
Department of Family Medicine & Public Health
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University, Sultanate of Oman
June 2011
58
ABSTRACT
Aim: To assess the prevalence and risk factors of diabetic nephropathy among Omani type 2
diabetics in Al Dakhiliyah region of the Sultanate of Oman.
Method: A cross-sectional and a case control study designs were used to assess the
prevalence and risk factors respectively. For the prevalence study a sample of 699 diabetic
subjects selected randomly from two polyclinics in Al Dakhiliyah region, Sumail and Nizwa
polyclinics. For the case control study a sample consisted of 215 cases and 358 controls were
randomly selected from those who were included in the cross-sectional study. A well
designed questionnaire has been used to called data regarding the disease and risk factors.
Data was analyzed using “SPSS19” statistical program.
Results: Total prevalence of diabetic nephropathy was calculated as 42.5% (95% C.l:
38.83% - 46.15%). The difference in the Prevalence in the two polyclinic catchment area was
not significant. The prevalence was significantly higher among males (51.6%) compared to
females (36.5%). Crud analysis of the risk factors showed significant association between
diabetic nephropathy and the following factors, male gender, decreased literacy, long
duration of diabetes mellitusm hypertension, retinopathy, neuropathy, family history of
diabetic nephropathy, poor glycaemic control (high HbA1c), and hypertriglyceridemia.
Multivariate analysis showed the following factors to be independent risk factors, male
gender, decreased literacy, long duration of diabetes, family history of diabetic nephropathy
and poor glycaemic control (high HbA1c).
Conclusion: The prevalence of diabetic nephropathy in this study was 42.5% and the
significant risk factors associated with it included male gender, decreased literacy, long
duration of diabetes, family history of diabetic nephropathy and poor glycaemic control
(high HbA1c).
59
‫امللخص‬
‫الهدف‪ :‬من هذه الرسالة هو تقييم مدى انتشار مرض االعتالل الكلوي والعوامل املؤدية لظهوره لدى مرض ى السكري‬
‫(النوع ‪ )2‬العمانيين في املنطقة الداخلية من السلطنة‪.‬‬
‫الطريقة‪ :‬تم عمل نوعين من الدراسات‪ ،‬مسح صحي لتقييم نسبة االنتشار ودراسة تحليلية ملعرفة عوامل الخطورة‪.‬‬
‫في املسح الصحي تم اخذ عينة عشوائية من مرض ى السكري املترددين على مجمع سمائل الصحي ومجمع نزوى الصحي‬
‫باملنطقة الداخلية وبلغت العينة ‪ 699‬مشترك‪ .‬اما الدراسة التحليلية فقد تم اخذ عينة ‪ 215‬حالة (اعتالل كلوي مؤكدة)‬
‫و‪ 358‬من غير املصابين باالعتالل الكلوي وذلك للمقارنة‪ ،‬تم اختيارهم من املشتركين فالدراسة االولى وهي املسح الصحي وقد‬
‫تم تصميم استبيان لجمع البيانات في البرنامج االحصائي املخصص لتحليل النتائج‪.‬‬
‫النتائج‪ :‬تم حساب نسبة انتشار مرض االعتالل الكلوي لدى مرض ى السكري وكانت نسبة ‪ %95( %42.5‬مدى‬
‫الثقة‪ .)%46.15 -%38.83:‬لم يكن هناك اختالف كبير بين نسبة االنتشار في سمائل ونزوى ولكن الفرق بين نسبة االنتشار‬
‫في الذكور واالناث كان كبيرا (‪ %51.6‬في الذكور و ‪ %36.5‬في االناث)‪ .‬اظهرت النتائج املبدئية ان العوامل املساعدة لظهور‬
‫االعتالل الكلوي كانت‪ :‬الجنس‪ ،‬املستوى التعليمي‪ ،‬طول فترة مرض السكري‪ ،‬مرض ضغط الدم‪ ،‬مرض اعتالل شبكية‬
‫العين‪ ،‬مرض اعتالل االعصاب‪ ،‬وجود مريض مصاب باالعتالل الكلوي في العائلة‪ ،‬عدم ضبط مستوى السكري فالجسم‪،‬‬
‫وارتفاع نسبة الدهون الثالثية في الدم‪ .‬اما النتائج النهائية وبعد تحليل االخير فقد تبين ان العوامل املساعدة لظهور االعتالل‬
‫الكلوي هي الجنس واملستوى التعليمي وطول فترة مرض السكري ووجود شخص مصاب في العائلة وعدم ضبط مستوى‬
‫السكر في الجسم ( هيموجلوبين السكري)‪.‬‬
‫الخاتمة‪ :‬ان نسبة انتشار مرض االعتالل الكلوي لدى مرض ى السكري في هذه الدراسة عاليا نسبيا وقد بلغت ‪ ،%42.5‬وان‬
‫العوامل املؤدية الى ظهوره تشمل الجنس الذكري وتدني املستوى التعليمي وطول فترة مرض السكري ووجود شخص مصاب‬
‫في العائلة وعدم ضبط مستوى السكر في الجسم ( ارتفاع هيموجلوبين السكري)‪.‬‬
‫‪60‬‬
EFFECT OF ELLAGIC ACID ON CISPLATIN-INDUCED
NEPHROTOXICITY IN RATS
Najma Nasser Ali Al Kharousi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the degree
Of Master of Science in Biomedical Sciences
Major: Biochemistry and Molecular Biology
Department of Biochemistry
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
August 2011
61
ABSTRACT
Background:Cisplatin (CP) is a platinum-based antineoplastic drug that is known to cause
nephrotoxicity. The exact mechanism of renal damage is not known, but the imbalance
redox status induced by CP is thought to be one of the mechanisms of renal injury. Ellagic
acid (EA) is A polyphenolic that is found in fruits and nuts. This study aims at investigating
the ability of different doses of EA to scavenge reactive oxygen species, and ameliorate CPinduced nephrotoxicity. The study used conventional and recent molecular markers for the
assessment of nephrotoxity.
Materials and Methods: Sprague-Dawly rats were randomly divided into eight groups with
minimum of six in each group: Rats treated with saline (control), or with CP alone, different
doses of EA alone (10,30, and 90mg/kg) and CP together with different doses of EA
(CP+EA30, CP+EA90). EA was given daily for a period of 10 days, and CP was given by a
single intraperitoneal (i.p.) injection (6mg/kg) on day 5. Urine, blood and kidneys were
collected on day 10 for physiological, histpathological, biochemical and molecular analysis.
Results: CP treatment was found to reduce body weight (BW), increase relative kidney
weight (RKW), reduce water intake and urine output, increase plasma creatinie (Cr) and
blood urea nitrogen (BUN) concentrations (p<0.01), and reduce total antioxidant (TAS) and
glutathione (GSH) concentrations (p<0.01). EA treatment at 30mg/kg mitigated the CPinduced loss in BW and RKW. The amount of water intake and urine output in rats treated
with CP+EA30, as well as the Cr, BUN, TAS, and GSH concentrations were all restored to
near normal levels. However, the results from rats treated with CP+EA10 and CP+EA90
were not significantly different from that seen in rates treated CP alone. Histopathologically,
60% of renal cortical area was damaged with many apoptotic cells in rats treated with CP
alone, CP +EA10 and CP+EA90. However, the damage in rats given CP+EA30 was <25%.
Molecular analysis showed that cluterin (Clu) protein was expressed in all groups including
the controls. However, the expression levels of Clu mRNA increased by at least 9-fold in
rats treated with CP alone or CP+EA. On the other hand, kidney injury molecule-1 (Kim-1)
protein was expressed only in rats treated with CP or CP+EA and mRNA expression
analysis showed that Kim-1 mRNA levels increased by at least 90-fold in these groups. The
high levels of Kim-1 and Clu mRNA caused by CP administration was not affected by any
CP+EA combined treatment.
Conclusion: It was found that EA (30mg/kg) ameliorated most of the physiological,
histological, and biochemical makers of CP nephrotoxicity. The molecular findings in this
work did not tally with the conventional method used.
62
‫امللخص‬
‫الخلفية‪ :‬املركب البالتيني سيسبالتين يعد واحدا من اكفاء االدوية في عالج االورام السرطانية‪ ،‬ولكن استخدامة يسبب‬
‫تأثيرا سميا على اعضاء الجسم وخاصة الكلى‪ .‬ال تعرف بالضبط آلية الضرر التي يسببها السيسبالتين للكلى‪ ،‬إال ان االبحاث‬
‫اشرت الى شوارد االكسجين الناتجة عن استخدام الدواء كإحدى االليات املسببة للفشل الكلوي‪ .‬حمض اإلالجيك هو احد‬
‫مضادات االكسدة التي توجد طبيعيا في الفاكهة واملكسرات‪ .‬هذه الدراسة تهدف الى تقييم تأثير جرعات مختلفة من حمض‬
‫اإلالجيك (‪10‬و‪30‬و‪90‬مجم‪/‬كجم) في تخفيف سمية دواء السيسبالتين في الكلى بواسطة وسائل معتادة واخرى حديثة‪.‬‬
‫الطرق والوسائل‪ :‬تم استخدام جرذان السبراغ داولي في هذه الدراسة حيث تم تقسيمها الى ثمان مجموعات‪ :‬جرذان‬
‫معالجة بمحلول ملحي لتمثيل عينة تحكيمية للدراسة وجرذان معالجة بالسيسبالتين‪ ،‬وجرذان معالجة بجرعات مختلفة‬
‫من حمض اإلالجيك (‪ .)CP+Ea10,CP+EA30,CP+EA90‬تمت معالجة الجرذان ملدة ‪ 10‬ايام حيث تلقت املجموعات‬
‫املعالجة بالسيسبالتين حقنة تحت الصفاق بتركيز قدرة (‪6‬مجم‪/‬كجم) في اليوم الخامس‪ .‬اعطي حمض اإلالجيك الى‬
‫الجرذان بشكل يومي‪ .‬في اليوم العاشر تم قتل جميع الجرذان وجمع عينات البول والدم للتحليل الكيميائي والجزيئي‪ ،‬والكلى‬
‫للتحليل النسيجي‪ .‬النتائج‪ّ :‬‬
‫سب َب عالج الجرذان بالسيسبالتين نقصان حاد في متوسط وزن الجسم‪ ،‬وزيادة في الوزن النسبي‬
‫للكلى وتخفيض معدالت شرب املياه وانخفاض متوسط انتاج البول وزيادة تركيز اليوريا والكرياتينين في البالزما (ع<‪)0.01‬‬
‫وخفض تركيز مضادات االكسدة ومستويات الجلوتاثيون (ع<‪ .)0.01‬إال ان عالج الجرذان بحمض اإلالجيك عند تركيز‬
‫‪30‬مجم‪/‬كجم مع السيسبالتين ادى الى تحسين وزن الجسم والوزن النسبي للكلى‪ .‬باالضافة ان الحمض عند هذا التركيز‬
‫ادى الى ارتفاع مستوى شرب املياه ومتوسط انتاج البول‪ ،‬وزيادة في تركيز مضادات االكسدة والجلوتاثيون‪ ،‬ونزول تركيز‬
‫اليوريا والكرياتينين في البالزما بحيث تكون قريبة في مستويات الجرذان التحكيمية‪ .‬اال ان معالجة الجرذان بالسيسبالتين‬
‫مع حمض اإلالجيك عند تركيز ‪ 10‬و‪ 90‬مجم‪/‬كجم لم يعطي اي نتيجة ايجابية مثل النتائج املالحظة عند تركيز‬
‫‪ 30‬مجم‪/‬كجم‪ .‬واظهرت تحاليل االنسجة ان معالجة الجرذان بالسيسبالتين تسبب تآكل ونخر وموت ‪ %60‬من القشرة‬
‫الكلوية‪ ،‬واظهرت تحاليل االنسجة ان معالجة الجرذان بالسيسبالتين مع حمض اإلالجيك عند تركيز ‪ 10‬و‪90‬مجم‪/‬كجم ال‬
‫يخفف من مستوى تآكل الخاليا‪ ،‬غير ان معالجة الجرذان بالسيسبالتين مع حمض اإلالجيكعند تركيز ‪30‬مجم‪/‬كجم يخفف‬
‫من الضرر الناتج في الكلى الى ما هو اقل من ‪ . %25‬كما اظهرت التحاليل الجزيئية لبروتين الكلوسترينانة موجود في جميع‬
‫املجموعات بغض النظر عن املادة الكيميائية املستخدمة في املعالجة اال ان مستوى حمض الريبونيوكليوتيد الرسول لهذا‬
‫البروتين ارتفع بمقدار تسعة اضعاف عن معالجة الجرذان بالسيسبالتين وحدة او السيسبالتين مع حمض اإلالجيكبتراكيزه‬
‫املختلفة‪ .‬ومن ناحية اخرى فقد اظهرت التحاليل الجزيئية ان بروتين (كيم‪ )1-‬كان ظاهرا في الجرذان املعالجة بالسيسبالتين‬
‫وحدة او السيسبالتين مع حمض اإلالجيك بتراكيزه املختلفة وان حمض الريبونيوكليوتيد الرسول لهذا البروتين في هذه‬
‫املجموعات ارتفع ألكثر من ‪ 60‬ضعفا‪ .‬ولم يظهر بروتين (كيم‪ )1-‬في اي من املجموعات االخرى‪ .‬معالجة الجرذان بحمض‬
‫اإلالجيك لم يقلل من ارتفاع االحماض الريبونيوكلوتيد الرسول الي من البروتينات‪ .‬الخالصة‪ :‬استخدام حمض اإلالجيك‬
‫عند تركيزه ‪ 30‬مجم‪/‬كجم مع السيسبالتين اظهر تحسنا ملحوظا في معظم التحاليل الفسيولوجية والبيو كيميائية وتحاليل‬
‫نسيج الكلى‪.‬‬
‫‪63‬‬
DETECTION AND CHARACTERIZATION OF METALLO-BLACTAMASES IN CLINICAL ISOLATES OF PSEUDOMONAS
AERUGINOSA, ESCHERICHIA COLI AND KLEBSIELLA SPP.
COLLECTED FROM SULTAN QABOOS UNIVERSITY HOSPITAL
(SQUH)
Atika Ali Al Bimani
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree Master of Biomedical Sciences
in
Medical Microbiology
Department of Microbiology & Immunology
College of Medicine & Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
September 2011
64
ABSTRACT
Carbapenems are potent antibacterial agents and are used as last resort in treating infections
caused by multidrug resistant Gram-negative bacilli. Unfortunately, an alarming increase in
carbapenem resistance due to carbapenemase production has been reported among Gramnegative bacilli assocaiated with nosocomial infections. Metallo beta lactamases are an
important type of carbapenemase that can hydrolyze a wide variety of B-lactams including
penicillins, cephalosporins, and carbapenems. Therefore, the acquisition of theses enzymes
by Gram negative bacilli confers a multidrug resistance profile against many clinically useful
B-lactams consequently raising a significant public health concern with respect to
antimicrobial chemotherapy.
A total of 500 clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa (n=200), Escherichia coli (n=150)
and Klebsiella spp. (n=150) recovered from different clinical specimens at SQUH were
collected. These isolates were screened for MBL production using imipenem (10ug) and
ceftazidime (30ug). Screen positive isolates were subjected to six phenotypic confirmatory
tests namely: MHT, DDST, CDT, eEDST and EIM test. In addition, PCR was carried out
using family specific primers for the screen positive isolates.
Overall, 113/500 (22.6%) clinical isolates were screen positive isolates. The three K.
pneumonia stains gave positive PCR for the NDM-1 gene.
This study found 22.6% of clinical isolates collected from SQUH were screen positive for
MBL production. In present study established that MHT- MCA gave a better performance
in the detection of carbapenemase producing isolates in comparison to MHT- MHA. This
study also found that all the phenptypic tests were equally efficient in the dection of MBL
producers as all these tests have detected the same 3 isolates as MBL positive and were in
concordance with the results of PCR.
65
‫امللخص‬
‫الكاربابينمس (‪ ( Carbapenems‬هو مضاد حيوي فعال ويستخدم كمالذ اخير ملعالجة االمراض املعدية التي تسببها بكتيريا‬
‫متعددة املقاومة للمضادات الحيوية االخرى‪ .‬لألسف لقد لوحظ ان هناك زيادة مقلقة من البكتيريا املسببة لالمراض عدوى‬
‫املستشفيات املقاومة للكاربابينمس نتيجة انتاج االنزيم كاربابينيميز (‪ .)carbapenemase‬ميتالو بيتا الكتاميز ( ‪Metallo‬‬
‫‪ )beta lactamases‬هو نوع مهم من انواع الكاربابينيميز التي تستطيع ان تحلل مجموعة واسعة من املضادات الحيوية من‬
‫نوع البيتا الكتاميز (‪ )Metallo beta lactamases‬هو نوع مهم من انواع الكاربابينيميز التي تستطيع ان تحلل مجموعة واسعة‬
‫من املضادات الحيوية من نوع البيتا الكتاميز (‪ )-B lactams‬تشمل البينيسيلينس (‪ )penicillins‬و السيفالوسبورينس‬
‫(‪ )cephalosporins‬و الكاربابينمس( ‪ .)carbapenems‬ولذلك اكتساب البكتيريا لهذا النوع من االنزيم يمنحها القدرة على‬
‫مقاومة واسعة للمضادات الحيوية من نوع البيتا الكتامز (‪ )B-lactams‬وخصيصا الكاربابينمس وبالتالي إثارة قلق الصحة‬
‫العامة بشأن العالج باملضادات الحيوية الكيميائية‪.‬‬
‫لقد تم جمع ‪ 500‬عزلة بكتيرية سريرية من نوع ‪( Pseudomonas‬عدد ‪ )200‬و ‪( Escherichia coli‬عدد ‪)150‬‬
‫و‪( klebsiellaspp‬عدد‪ ) 150‬استعيدت من عينات سريرية مختلفة من مستشفى جامعة السلطان قابوس‪ .‬عرضت هذه‬
‫العزل البكتيرية لفحص مبدئي (‪ )Screenin‬ومن ثم اختبارات تأكيدية مظهرية (‪)phenotypic confirmatory tests‬‬
‫مثل‪ MHT, DDST, CDT, eEDST and EIM‬للكشف عن انزيمات امليتالو بيتا الكتاميز (‪.)Metallo beta lactamases‬‬
‫اظهر الفحص املبدئي ان ‪ )%22.6( 500/113‬عزله بكتيرية قد تكون منتجة ألنزيم امليتالو بيتا الكتاميز (‪ 56‬من ‪P.‬‬
‫‪ aeruginosa‬من ‪ Klebsiella‬و‪ 33‬من ‪ .)E. coli‬ولكن باستخدام االختبارات التأكيدية املظهرية واالختبار الجيني ثم التأكد من‬
‫ان ثالث عزل بكتيرية من نوع ‪ K. pneumonia‬فقد تستطيع انتاج وافراز انزيم امليتالو بيتا الكتاميز كونها حاملة للجين املنتج‬
‫لهذا االنزيم‪ .‬ولقد اظهرت نتائج االختبار الجيني ان امليتالو بيتا الكتاميز كان من نوع ‪.NDM -1‬‬
‫هذة الدراسة وجدت ان ‪ %22‬من العزل البكتيرية التي تم جمعه من مستشفى جامعة السلطان قابوس اعطت نتيجة‬
‫ايجابية النتاج انزيم امليتالو بيتا الكتاميز باستخدام الفحص املبدئي‪ .‬باالضافة الى ذلك هذة الدراسة تظهر ان اختبار‬
‫‪ MHT‬باستخدام ‪ MCA‬كوسط لنمو البكتيريا له اداء افضل من الوسط ‪ MHA‬للكشف عن البكتيريا املفرزة للكاربابينيميز‬
‫(‪ .)carbapenemase‬هذه الدراسة ايضا وجدت ان جميع االختبارات التأكيدية املظهرية لها كفاءة متساوية للكشف عن‬
‫البكتيريا املفرزة إلنزيم امليتالو بيتا الكتاميز حيث ان جمع هذه االختبارات قد كشفت عن نفس الثالث عزل بكتيرية على انهم‬
‫مفرزة إلنزيم‪ .‬كما ان هذه االختبارات على توافق مع االختبار الجيني‪.‬‬
‫‪66‬‬
PATHOGENIC FUNGI ISOLATED FROM CLINICAL SAMPLES IN
OMAN
Abdullah Mohammed Said Al Hatmi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree of Master of Science
In
Biomedical Sciences
Majer: Microbiology and Immunology
Department of Microbiology & Immunology
College of Medicine & Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
September 2011
67
ABSTRACT
Background: Infection caused by pathogenic fungi have increased in recent years and well
recognized to be one of the important causes of death especially in immunocompromised
patients. The diagnosis of fungal infections remains a significant problem, mainly because
cultures are slow-growing and identification is laborious and difficult, especially for moulds.
However, rapid identification of pathogenic fungi is essential to start antifungal treatment.
Conventional identification of moulds is mainly performed by phenotypic criteria, including
micro morphology- and macromorphology. Phenotypic identification procedures are time
consuming and require expertise in fungal morphology. However, specialists and expertise in
medical mycology filed are decreasing due to several reasons, requiring the application of
easy genetic assays such as PCR-sequencing, PCR-RFLP and PCR-fingerprinting. These
techniques are successfully applied to identify pathogenic fungal isolates (moulds and Y
easts).
Methods: We previously identified 70 fungal strains by conventional methods such as
culture, microscopy and biochemical tests. Then, DNA was isolated from pure cultures of
fungi by simple and rapis chemical (phenol: chloroform: isoamylmalcohol) bases DNA
extraction protocol. PCR method for identification of pathogenic fungi based on the
amplification of the Internal Transcribed Spacer (ITS1/2) region was used. After the PCR
products were sequenced, GenBank Blast searches were performed, and the sequence- based
and conventional identifications were compared. We also decided to identify our fungal
strains by using ITS-RFLP and PCR-fingerprinting.
Results: In this study, our data showed that we were able to identify 13 mould strains up to
the species level and 7 mould strains up to the genus level. 20 different species of moulds
were identified by conventional techniques, the most common were dermatophytes (42.2%)
followed by Aspergillus species (40%) and some other miscellaneous moulds (18.8%). 45
mouldstains belonged to 20 genera inestigated in this study included 12 Aspergillusniger and
9 dermatophyte isolates. 13.3% of the total number of moulds studied were not identified to
68
the species level. The most frequent identifications of 25 strains of years were as following.
Candida tropicalis (9/25), followed by Candida albicans (7/25), Candida glabrata (4/25),
Geotrichumcapitatum (3/25) and Candida parapsilosis (2/25). By contrast, 65 fungal strain
were identified by PCR- sequencing and showed that 64 (98.4%) identified to species level
and 1 (1.6%) to genus level. Also PCR-RFLP showed (100%) similarity to the identification
by ITS sequencing and (82.9%) with culture results. There was 100% agreement between the
PCR-RFLP analyses and PCR-fingerprinting analyses for the identifications obtained of the
studied Candida species.
Conclusions: Conventional methods of identification of fungi have mainly relied on culture
isolation and the observations of morphological features. These methods are time
consuming, laborious, and may require days to weeks for the identification by culture. PCR
of the ITS region followed by sequencing can be used to identify pathogenic fungal
organisms in pure culture but it is expensive. Analysis of the ITS-RFLP can be an alternative
tool for a fast and reliable identification of fungi in microbiological laboratories. In addition,
PCR-fingerprinting analysis is not only faster and simple to use, but useful given its
consistency with conventional methods.
69
‫امللخص‬
‫الخلفية‪ :‬العدوى الناجمة عن الفطريات املسببة لألمراض زادت في السنوات االخيرة وايضا عرفت على انها اصبحت وبشكل‬
‫كبير واحدة من االسباب املؤدية للوفاة وخاصة فاملرض ى الذين يعانون من ضعف املناعة‪ .‬تشخيص االمراض الفطرية ال‬
‫يزال يمثل مشكلة كبيرة ويرجع ذلك اساسا الى ان هذه الفطريات بطيئة النمو في املستنبتات الزراعية وايضا تحديد وتعريف‬
‫هذه الفطريات بجهاز امليكروسكوب صعبة‪ ،‬وخاصة بالنسبة لالعفان‪ .‬ومع ذلك إال ان التعرف السريع على الفطريات‬
‫املسببة لألمراض ال بد منة وخاصة عند بدء العالج باملضادات الفطرية‪ .‬ان تحديد انواع االعفان بالطرق التقليدية تتم‬
‫اساسا وفقا للمعايير املظهرية للعفن بما في ذلك ‪ . micro morphology- and macro morphology‬وايضا اجراءات تحديد‬
‫الهوية املظهرية للفطر تستغرق وقتا طويال وتتطلب خبرة في االنواع الفطرية‪ .‬ومع ذلك فإن إعداد املتخصصين والخبراء في‬
‫مجال علم الفطريات الطبية آخذة في التناقض نتيجة ألسباب عدة مما جعل تطبيق الفحوصات الجينية لالعفان املرضية‬
‫سهلة مثل‪ PCR-sequencing PCR-RFLP, PCR-fingerprinting:‬وتطبق بنجاح هذه التقنيات لتحديد العدوى الفطرية‬
‫املعزولة ( العفن والخمائر)‪.‬‬
‫الطرق‪ :‬في هذا البحث سبق وان تم تحديد ‪ 70‬ساللة من السالالت الفطرية بالطرق التقليدية مثل املستنبتات الزراعية‬
‫والفحوصات املجهرية واالختبارات الكيميائية الحيوية‪ .‬ثم بعد ذلك تم عزل الحمض النووي ‪ DNA‬من املستنبتات النقية‬
‫من الفطريات بطرق كيميائية بسيطة وسريعة مثل ( الفينول‪ :‬كلوروفورم) على اساس بروتوكول استخراج الحمض النووي‪.‬‬
‫ثم بعد ذلك تم استخراج طريقة ‪ PCR‬لتحديد الفطريات املسببة لألمراض على اساس عملية تسمى ‪.ITS-sequencing‬‬
‫واجريت عمليات تفتيش في بنك الجينات للتعرف الدقيق على هذه الفطريات واخيرا تمت مقارنة وتحديد هوية الفطريات‬
‫باملقارنة بين الطرق الجينية والتقليدية‪ .‬كما قررنا ايضا في هذه البحث استخدام طرق جينية اخرى مثل طريقة ‪PCR-RFLP‬‬
‫وطريقة ‪ PCR-fingerprinting‬لتحديد السالالت الفطرية لدينا‪.‬‬
‫النتائج‪ :‬في هذه الدراسة اظهرت البيانات املتوفرة لدينا اننا تمكنا من تحديد ‪ 13‬ساللة من االعفان حتى مستوى النوع و‪7‬‬
‫سالالت من االعفان حتى مستوى الجنس‪ .‬وقد تم تحديد ‪ 20‬نوع مختلفا من الفطريات السامة بالتقنيات التقليدية ووجد‬
‫ان االكثر شيوعا هي ‪ )%42.2( dematophytes‬تليها انواع ‪ )%40( Aspergillus‬وبعض انواع االعفان االخرى(‪ )%18.8‬وجد‬
‫‪70‬‬
‫ايضا في هذه الدراسة ان ‪ 45‬ساللة من العفن تنتمي الى ‪ 20‬جنسا وهي كالتالي ‪ 12‬نوع من ‪ Aspergillusniger‬و‪ 9‬انواع من‬
‫‪ .dermatophytes‬لم تحدد (‪ )%13.3‬من العدد االجمالي لالعفان التي درست في هذا البحث على مستوى االنواع‪ .‬وايضا تم‬
‫التعرف على بعض انواع الخمائر ووجد ان االكثر شيوعا من مجموع ‪ 25‬ساللة على النحو التالي‪Candida tropical is :‬‬
‫‪(9/25), followed by Candida albicans (7/25), Candida glabrata (4/25), Geotrichumcapitatum (3/25) and‬‬
‫)‪ .Candida parapsilosis (2/25‬على النقيض من ذلك تم تحديد ‪ 65‬ساللة فطرية بواسطة طريقة ‪ PCR-sequencing‬حيث‬
‫اظهرت ان ‪ 64‬نوع (‪ )%98.4‬تم تحديدها على مستوى االنواع و ‪ 1‬فقط (‪ )%1.6‬الى مستوى الجنس‪ .‬واظهرت ايضا ‪PCR-‬‬
‫‪ ) %100( RFLP‬تشابها في تحديد هوية االعفان مع ‪ PCR-sequencing‬و(‪ )%82.9‬مع نتائج املستنبتات الزراعية وكان هناك‬
‫اتفاق ‪ %100‬بين تحليالت ‪ PCR-RFLP‬و‪ PCR-fingerprinting‬لتحديد هوية الخمائر ‪ Candida species‬التي شملتها‬
‫الدراسة‪.‬‬
‫الخالصة‪ :‬ان الطرق التقليدية املستخدمة لتحديد هوية الفطريات تأخذ وقتا طويال ووجدت على انها ايضا عملية شاقة‪،‬‬
‫وربما تحتاج الى ايام واسابيع لعزل وتحديد الفطريات من املستنبتات الزراعية‪ .‬ايضا استخدام الطرق الجينية مثل من‬
‫املستنبتات الزراعية‪ PCR-sequencing .‬لتحديد الكائنات املسببة لألمراض الفطرية دقيقة ونقية ولكنها باهظة الثمن‪.‬‬
‫يمكن استخدام احدى الطرق الجينية مثل ‪ PCR-RFLP‬او ‪ PCR-fingerprinting‬وهما عمليات سريعة وموثوق بها لتحديد‬
‫انواع الفطريات املسببة لألمراض في املختبرات املكروبيولوجية السريرية‬
‫‪71‬‬
72
EFFECT OF CARVEDILOL VERSUS CARVEDILOL/IVABRADINE
COMBINATION ON HEART RATE, QUALITY OF LIFE,
MORBIDITY AND MORTALITY IN PATIENTS WITH STABLE
ISCHEMIC HEART FAILURE.
Tariq Said Nasser Al Saadi
A thesis submitted in partial fulfillment
of the requirements for the degree
Masters of Biomedical Sciences
Majoring in
Clinical Pharmacy
Department of pharmacology and clinical pharmacy
College of Medicine and Health sciences
Sultanate of Oman
2012
73
ABSTRACT
Background: Increased heart rate (HR) is a significant predictor of death and
hospitalization in heart failure patients. Risk increases directly with increasing HR above ~60
beat/minutes (bpm). These lead to the hypothesis that lowering heart rate with the If
inhibitor Ivabradine could be beneficial for cardiac function and clinical outcomes in heart
failure patients. Aim: compare the effect of Carvedilol/Ivabradine combination versus
Carvedilol alone on HR, quality of life, morbidity and mortalityin patients with stable
ischemic heart failure (IHF). Subjects: 58Stable IHF patients enrolled in this study between
January and May/2012 were randomly allocated to 2 groups: carvedilol up to 25 mg twice
daily (n=30) (group I) and carvedilol/ivabradine up to 25/7.5 mg twice daily (n=28) (group
II). The duration of follow-up was 3 months. Methods: patients were screened for inclusion
and exclusion criteria. After given informed consent, all patients were subjected at baseline
and at end of follow-up to electrocardiogram (ECG), echocardiograph (ECHO), and Kansas
City Cardiomyopathy Questionnaire (KCCQ). Study visits were programmed at two weeks,
one, and three months. Drug therapy was titrated based on reaching the target HR between
50-60 bpm or reaching the maximum dose of drugs in both groups. Results;The average
daily dose of ivabradinewas 5.8 mg. The average daily dose of carvedilol was 16.2 mg and
11.4 mg in group I, and in group II respectively. Resting HR decreased in both groups from
82.6± 12 to 72.9± 12.7 bpm in group 1 (P=0. 03); and from 85.3±9.7 to 68.5± 9.4 bpm in
group 2 (P=0.03). The reduction in HR was significantly higher on combination therapy
(p=0.03). There was a significant increases in left ventricular ejection fraction (EF) in group
2 by 4.6±5.9% (P=0.01), whereas no significant change was observed in group 1. The
reduction in HR due to ivabradine was associated with pronounced increment in health
related quality of life and reduction of incidence of hospital admission for worsening heart
failure.
Ivabradine
in
combination
with
carvedilol
was
associated
with
non-
significantasymptomaticbradycardia (P=0.08). Conclusion: Combining ivabradine to
carvedilol in stable ischemic heart failure patients with heart rate faster than 70 bpm was
associated with marked HR reduction, improvement of quality of life. Risk of bradycardia
should be taken when ivabradine is used with carvedilol.
74
‫امللخص‬
‫املقدمة‪:‬ارتفاع معدل نبضات القلب يعدمؤشرا هاما للوفيات من امراضالقلب وخاصة مرض ى فشل القلب‪ .‬الخطورة تزداد‬
‫بزيادة معدل ضربات القلب فوق ‪ 60‬نبضه‪/‬دقيقه ‪،‬لذلك فإن هذه البيانات تؤديإلى الفرضية القائلة بإنخفاضمعدل‬
‫ضربات القلب معااليفابرادين يمكن أنيكون مفيدا لوظيفة القلب والنتائج السريرية لدىمرضقصورالقلب‪ .‬الهدف‪:‬‬
‫مقارنةتأثير إضافةكارفيديلول مع ايفابرادين مقابل كارفيديلولوحده علىمعدل ضربات القلب ‪ ،‬نوعية الحياة‪ ،‬معداللوفيات‬
‫معدل حدوث االعاقات ولآلثارالجانبية لدى مرض ى فشل القلب‪ .‬املرض ى‪ :‬تماختيار ‪ 58‬مريض بالفشل القلبي ما بين يناير الى‬
‫مايو ‪ 2012‬بشكل عشوائي وقسموا إلى مجموعتين ‪:‬مجموعة كارفيديلول تصل إلى الجرعة ‪25‬مغ مرتين يوميا(عدد = ‪)30‬‬
‫(املجموعة ‪ ،)1‬ومجموعة إضافة كارفيديلول مع ايفابرادين تصل إلى الجرعة‪7.5/ 25.‬مغ مرتين يوميا(عدد=‪( )28‬املجموعة‬
‫‪ .)2‬تمت متابعة املرض ى ملدة ثالثة اشهر‪ .‬األساليب‪ :‬تم اختيار املرض ى على حسب معايير االختيار واالستبعاد املقررة في هذه‬
‫الدراسة‪ .‬بعد التوقيع على ورقة موافقة على االشتراك في بحث علمي‪ ،‬خضع املرض ى إلى عدة فحوصات في بداية ونهاية‬
‫الدراسة وهي تخطيط القلب ‪ ،‬تصوير القلب ‪ ،‬و تعبئة استبيان جودة الحياة‪ .‬متابعة املرض ى كانت مقررة بعد أسبوعين‪،‬‬
‫شهر و ثالثة اشهر‪ .‬اعتمدت معايرة األدوية على الوصول إلى نبضات القلب بين ‪ 60 – 50‬نبضة‪/‬دقيقة أو الوصول إلى أقص ى‬
‫الجرعات املقررة في كلتا املجموعتين‪ .‬النتائج ‪:‬الجرعةاليومية املتوسطةمنايفابرادينكان‪5،8‬ملغأما الجرعةاليومية املتوسطة‬
‫للمرض ى الذين يتلقونكارفيديلول كان ‪16.2‬ملغ من املجموعة ‪ 1‬و ‪11.4‬ملغ من املجموعة ‪ . 2‬انخفضت نبضات القلب في كلتا‬
‫املجموعتينمن ‪ 12±82.6‬حتي ‪12،7±72،9‬نبضه‪/‬الدقيقةفي املجموعة‪ ،)P=0.03( 1‬ومن ‪ 9،7± 85.3‬حتي‬
‫‪9،4±68،5‬نبضه‪/‬الدقيقةفياملجموعة ‪ .)P=0.03(2‬كان هناك تحسن واضح فيقوة دفعكبيره فيالبطين األيسر فياملجموعة‬
‫‪ 2‬بنسبة ‪ ،(P=0.01).٪5.9±4.6‬في حين لم يالحظ أيتغير كبير فياملجموعة ‪.1‬ارتبطانخفاضمعدل نبضات القلببسبب‬
‫ايفابرادين معزيادةو تحسن فينوعية وجودة الحياة وهذا التحسن موازيا النخفاض معدل الترقيد باملستشفى بسبب‬
‫مشاكل الفشل القلبي‪ .‬كذلك‪ .‬إضافة كارفيديلول إلى ايفابرادين ارتبط بزيادة غير ملحوظة في معدل حدوث تباطؤ ال عرض ي‬
‫في نبضات القلب)‪.(P=0.08‬‬
‫االستنتاج‪ :‬إضافةايفابرادين إلىكارفيديلول ملرض ى الفشل القلبي الذين تصل نبضاتهم إلى أكثر من ‪ 70‬نبضه‪/‬الدقيقة‬
‫ارتبط بتحسن جيد في خفض نبضات القلب‪ ،‬تحسن في جودة الحياة‪ ،‬مخاطر تباطؤ ضربات القلب بسبب االيفابرادين‬
‫يجب ان يؤخذ بعين االعتبار عندما يضاف االيفابرادين مع الكارفيديلول‪.‬‬
‫‪75‬‬
EFFECT OF CARVEDILOL VERSUS CARVEDILOL/IVABRADINE
COMBINATION ON HEART RATE, QUALITY OF LIFE,
MORBIDITY AND MORTALITY IN PATIENTS WITH STABLE
ISCHEMIC HEART FAILURE.
Maram Abu Saleh
A thesis submitted in partial fulfillment
of the requirements for the degree
Masters of Biomedical Sciences
Majoring in
Clinical Pharmacy
Department of pharmacology and clinical pharmacy
College of Medicine and Health sciences
Sultanate of Oman
2012
76
ABSTRACT
Aim: Little is known about the incidence and burden of chemotherapy-induced neutropenia
(CIN) in Oman or the Arabian Gulf. The aim of this study was to identify the clinical and
economic characteristics of CIN at Sultan Qaboos University Hospital (SQUH) in Oman in
2010.
Methods: A retrospective observational study of the incidence, clinical and economic
characteristics of CIN episodes in adult (>18) patients with oncological and hematological
malignancies at SQUH from January to December 2010. Analyses were conducted using
univariate statistical techniques.
Results: A total of 1,357 episodes in 159 patients were enrolled in the study. The overall
mean age of the cohort was 50±15 years (range 19-91). Females constituted 54% (n=86) of
the subjects. A total of 46% (73/159) of the patients developed CIN that accounted for 15%
(210/1,357) of the total episodes. Only 12% (25/210) of the CIN episodes were associated
with fever in 26% (19/73) of neutropenic patients. About 45.2% of episodes had severe
neutropenia. The duration of neutropenia was less than a week in most episodes (61.9%).
CIN was associated with a longer hospital stay (10 days for patients hospitalized on account
of CIN vs. 6 days for those hospitalized for other reasons). Out of the various CIN-related
outcomes studied, chemotherapy delay was the most common neutropenic event occurring
in 93% of chemotherapy delayed episodes. Dose reductions were not that frequently
encountered, (12%).
The estimated CIN-related inpatient mortality was 4%. Overall, there were 406 (30%)
episodes associated with the use of Granulocyte-Colony Stimulating Factors (G-CSF’s). Of
these, only 29% were for treatment while the majority (71%) was for prophylaxis. The
majority of episodes were associated with the use of filgrastim (77%). The mean duration of
treatment was approximately 4 days and the mean duration of prophylaxis was 3 days. The
average cost involved in the management of patients with CIN was 80,523.2 R.O. Cost
associated with hospitalization for CIN closely correlated with length of stay whereby the
average cost of inpatient admission increased from 515 R.O. to 780 R.O. for CIN. There
was significant association between CIN and chemotherapy regimen (p<0.001), younger age
(p<0.001), low Hb level (p<0.001) and advanced cancer stage (p=0.006). The group that had
neutropenia was significantly younger than the non-neutropenic (45 vs. 52; p<0.001). The
study did not observe any significant association between concomitant radiotherapy, recent
surgery, or other co-morbidities and CIN. Those who had hypertension and diabetes
mellitus were less likely to be associated with neutropenia (p=0.004 & p=0.023, respectively).
Conclusions: The study found significant incidence of CIN in SQUH patients, similar to
what is observed in previous studies. CIN costs a significant amount to the healthcare and
society and there were a number of significant related risk factors.
77
‫امللخص‬
‫الهدف‪ :‬ال يعرف الكثير عن حدوث وعبء نقص العدالت الناتج عن العالج الكيماوي (‪ )CIN‬في عمان أو الخليج العربي‪.‬‬
‫لذلك كان الهدف من هذه الدراسة هو التعرف على الخصائص السريرية واالقتصادية لنقص العدالت الناتج عن العالج‬
‫الكيماوي ‪ CIN‬في مستشفى جامعة السلطان قابوس في سلطنة عمان في عام ‪ .٢٠١٠‬التصميم والطريقة‪ :‬دراسة بأثر رجعي‬
‫الرصد عن الخصائص السريرية واالقتصادية لحاالت نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪ CIN‬في الكبار الذين تتراوح‬
‫أعمارهم بين ‪ ١۸‬سنة وما فوق للمرض ى الذين يعانون من األورام الخبيثة وسرطان الدم في مستشفى جامعة السلطان‬
‫قابوس من يناير إلى ديسمبر ‪ .٢٠١٠‬وأجريت التحليالت اإلحصائيةباستخدام تقنيات جيدة املتغير‪ .‬النتائج‪ :‬تم تسجيل ما‬
‫مجموعه ‪ ١٣٥٧‬حالة في ‪ ١٥۹‬مريضا في الدراسة‪ .‬كان متوسط عمر املرض ى ‪ ١٥ ± ٥٠‬سنة (املدى ‪ .)۹١-١۹‬تشكل اإلناث‬
‫‪( ٪٥٤‬ن = ‪ )۸٦‬من املشمولين في الدراسة‪ )١٥۹/٧٣( ٪٤٦ .‬من املرض ى تطورت عندهم حالة نقص العدالتالناتجة عن العالج‬
‫الكيماوي ‪ CIN‬وهذا يمثل ‪ )٣٥٧ ،١/٢١٠( ٪١٥‬من مجموع الحاالت‪ .‬وارتبطت فقط ‪ )٢١٠/٢٥( ٪١٢‬من الحاالت مع الحمى‬
‫في ‪ )٧٣/١۹( ٪٢٦‬من املرض ى املصابين بنقص العدالت‪ .‬كان حوالي ‪ ٪٤٥‬من الحاالت بها نقص شديد في العدالت‪ .‬وكان فترة‬
‫نقص العدالت أقل من أسبوع في معظم الحاالت (‪ .)٪٦١٫٩‬كان نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪ CIN‬مرتبطا مع فترة‬
‫إقامة أطول في املستشفى (‪ ١٠‬أيام للمرض ى الراقدين بسبب نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪ CIN‬مقابل ‪ ٦‬أيام‬
‫للراقدين ألسباب أخرى)‪ .‬وكان تأخير العالج الكيماوي النتيجة األكثر شيوعا لنقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪CIN‬‬
‫التي تحدث في نقص العدالت (‪ .)٪۹٣‬كان معدل وفيات املرض ى الراقدين املتصلة بنقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي‬
‫‪ .٪٤ CIN‬عموما‪ ،‬كان هناك ‪ )٪٣٠( ٤٠٦‬من الحاالت مرتبطة باستخدام (‪ .)G-CSF‬ومن بين هؤالء‪ ،‬كان ‪ ٪٢۹‬فقط لتلقي‬
‫العالج في حين أن أغلبية الحاالت (‪ )٪٧١‬كانت للوقاية‪ .‬وارتبطت معظم الحاالت مع استخدام دواء فيلجراستيم (‪ .)٪٧٧‬وكان‬
‫متوسط مدة العالج حوالي ‪٤‬أيام ومتوسط مدة العالج الوقائي كان ‪ ٣‬أيام‪ .‬وكان متوسط تكلفة عالج املرض ى الذين يعانون‬
‫من نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪ ۸٠٥٢٣CIN‬ريال عماني وكانت التكاليف مرتبطة بشكل وثيق مع طول فترة‬
‫البقاء في املستشفى حيث كان متوسط تكلفة ترقيد املرض ى الداخليين من ‪ ٥١٥‬ريال عماني إلى ‪ ٧۸٠‬ريال عماني ‪ .‬كان هناك‬
‫ارتباط مهم بين نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪ CIN‬ونظام العالج الكيماوي)‪ ،)P<0.001‬األصغر سنا (‪،)P<0.001‬‬
‫وانخفاض مستوى الهيموغلوبين (‪ )P<0.001‬ومرحلة متقدمة السرطان (‪ .)P=0.006‬وكانت الجماعة التي تعاني من نقص‬
‫العدالت أصغر بكثير من غير نقص العدالت (‪ ٤٥‬مقابل ‪٥٢‬؛‪ .) P<0.001‬في هذه الدراسة لم يالحظ أي ارتباط مهم بين‬
‫العالج اإلشعاعي ‪ ،‬والجراحة ‪ ،‬أو غيرها من شارك مع حاالت نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي ‪ .CIN‬كان أولئك الذين‬
‫لديهم ارتفاع ضغط الدم وداء السكري أقل عرضة لنقص العدالت ( ‪p=0.008‬و‪ ، p=0.023‬على التوالي)‪ .‬الخاتمة‪ :‬وجدت‬
‫الدراسة حدوثعدد كبير من حاالتنقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي )‪ (CIN‬في مرضىمستشفى جامعة السلطان‬
‫قابوس )‪ ،(SQUH‬على غرار ما لوحظ في الدراسات السابقة‪ .‬إن ظاهرة نقص العدالتالناتج عن العالج الكيماوي )‪(CIN‬‬
‫يكلف مبالغ كبيرة على نظام الرعاية الصحية واملجتمع وكانت هناك عدد كبير من عوامل ذات الصلة‪.‬‬
‫‪78‬‬
CHARACTERIZATION OF TLR9 EXPRESSION IN B
LYMPHOCYTES OF OMANI PATIENTS WITH SYSTEMIC LUPUS
ERYTHEMATOSUS (SLE)
Juma Zaid Al Busaidi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirement for the
Degree of Master of Biomedical Sciences
In
Medical Microbiology
Department of Microbiology & Immunology
College of Medicine & Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
January 2012
79
ABSTRACT
SLE is a multisystem autoimmune disorder with various clinical presentations and
immunological abnormalities with etiology that has not been fully understood. It is
characterized by abnormalities in B lymphocytes in particular that lead to production of
autoantibodies. Toll-like receptors (TLRs) are pattern recognition receptors in innate
immunity that may be involved in recognition of self-antigens and production of pathogenic
autoantibodies. This study was aimed to examine the proportions of B lymphocyte subsets
and to determine TLR9 expression in B cell subsets in Omani SLE patients and healthy
controls and to study the relationships between TLR9 expression and levels of
autoantibodies and /or disease activity. To accomplish these aims, 33 SLE patients and 22
healthy controls were enrolled in the study and peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)
were obtained. PBMCs were stained for cell surface markers specific for B cell subsets and
for intracellular TLR9, and stained cells were analyzed by a FACS Caliber flow cytometer.
The levels of autoantibodies patient sera were analyzed by indirect immunofluorescence
staining and ELISA, and the disease activity was determined by SLE disease activity index
(SLEDAI). The results showed that the percentages CD19+ B cells differentiating into
plasma cells didn’t show statistically significant difference in the patients when compared
with the subsets in healthy controls. Although a trend in increased expression of TLR9 in B
cells was observed in 31.2% (10/32) of the SLE patients, there was not a statistical
significant difference between the patients and healthy controls. Similarly, TLR9 expressions
in CD19+ CD27+ and CD19+ CD38+ B cell subsets were not significantly different
between the two groups even though a few patients, 3/14 and 2/6 patients examined for
CD19+ CD27+ and CD19+ CD38+ B cell subsets respectively, showed an increased TLR9
expression. Among the B cells in both groups, the expression of TLR9 was significantly
higher in CD19+CD27+ memory cells compared to CD19+CD27- naïve cells. In contrast,
TLR9 expressions in CD19+ CD38+ and CD19+ CD38- B cell subsets were comparable.
Serum analysis showed that all SLE patients 33/33 (100%) were seropositive for anti-nuclear
antibody (ANA) and anti-double stranded DNA (dsDNA) was detected in 26/33 (79%).
Examinations of the relationships between the TLR9 expression and anti-dsDNA antibody
levels or the disease activity. However, the frequencies of TLR9 expressing B cell were
significantly higher in patients with SLEDAI>_5 than that in healthy controls. In
conclusion, the lack of significant differences in B cell subset frequencies and TLR9
expression between SLE patients and healthy controls is most likely due to the relatively
quiescent disease state of the patients and hydroxychloroquine, one of the therapeutic drugs
used to treat these patients, that has been shown to decrease TLR9 expression.
80
‫امللخص‬
‫مرض الذئبة الحمراء هو مرض ينتج عن اضطراب متعدد في املناعة الذاتية في الجسم مصحوبا بإعراض سريرية مختلفة‬
‫وشذوذات مناعية متعددة وسبب هذا املرض لم يعرف حتى االن بصورة كاملة وهو يتميز بشذوذ في الخاليا الليمفاوية "ب"‬
‫على وجه الخصوص والتي تؤدي الى انتاج االجسام الذاتية املضادة‪.‬‬
‫املستقبالت الشبيهةبالتول هي مستقبالت التعرف على نمط الحصانة الفطرية التي يمكن ان تشارك في التعرف على‬
‫مستضدات الذات وانتاج االجسام املضادة املسببة لألمراض‪ .‬تهدف هذه الدراسة الى دراسة نسب فرعية من الخاليا‬
‫اللمفاوية " ب" وكذلك مدى تواجد املستقبالت الشبيهةبالتول( النوع التاسع) في هذه الخاليا في مرض ى عمانيين مصابين‬
‫بالذئبة الحمراء وكذلك لدى العمانيين االصحاء وايضا دراسة العالقة بين مدى تواجد الشبيه التاسع ومستوى االجسام‬
‫الذاتية املضادة ونشاط املرض‪ .‬إلنجازهذه االهداف تم تسجيل ‪ 33‬مريضا بالذئبة الحمراء و‪ 22‬من االصحاء في هذه‬
‫الدراسة وتم الحصول على الخاليا الدموية املحيطة وحيدات النوى ثم تم صباغة هذه الخاليا بأجسام مضادة لعالمات‬
‫محددة في اسطح الخاليا الفرعية "ب" وداخل الخلية ملستقبل الشبيه التاسع‪ .‬ولقد تم تحليل هذه الخاليا املصبوغة بجهاز‬
‫عداد الكريات العياري‪ .‬وقد تم تحليل مستوى االجسام املضادة في مصل الدم لدى املرض ى عن طريق فحص االلذيزا‬
‫والوميض االشعاعي وقد تم معرفة نشاط املرض عن طريق معرفة مؤشر نشاط مرض الذئبة الحمراء‪ .‬أظهرت النتائج ان‬
‫نسب الخاليا اللمفاوية "ب" في مرض ى الذئبة الحمراء مناسب لألصحاء‪ .‬ونسب خاليا الذاكرة وخاليا اللمفاوية "ب"‬
‫املنقسمة الى خاليا البالزما لم تظهر اختالفا جذريا في املرض ى مقارنة مع االصحاء‪ .‬على الرغم من ذلك لوحظ وجود اتجاه‬
‫زيادة في مدى تواجد املستقبل الشبيه بالتول التاسع في الخاليا اللمفاوية "ب" في ‪ )15/32( %31‬من مرض ى الذئبة الحمراء‬
‫ولم يكن هناك فرق احصائي بين املرض ى واالصحاء‪ .‬وباملثل فان مدى تواجد املستقبل الشبيه التاسع في خاليا الذاكرة‬
‫وخاليا املنقسمة الى خاليا البالزما ما لم يسجل فرق احصائي بين الطرفين على الرغم من وجود عدد قليل من املرض ى ‪3/14‬‬
‫و‪ 2/6‬الذين تم فحصهم لهذه الخاليا اظهروا زيادة في مدى تواجد املستقبل الشبيه التاسع‪ .‬ضمن املجموعتين كان تعبير‬
‫املستقبل الشبيه التاسع في خاليا الذاكرة اعلى مقارنة بالخاليا البسيطة‪ .‬وباملقابل كان تعبير املستقبل الشبيه التاسع في‬
‫الخاليا املنقسمة الى بالزما مشابها‪ .‬اظهر تحليل املصل املضاد ان جميع املرض ى ‪ 33/33‬كانوا ايجابيين بالنسبة لألجسام‬
‫املضادة لحمضيات الخلية و‪ %79‬لألجسام املضادة للحمض النووي منزوع االكسجين‪ .‬وتحليل العالقة بين مدى تواجد‬
‫املستقبل الشبيه التاسع واالجسام املضادة للحمض النووي منزوع االكسجين نشاط املرض لم يسجل فرق احصائي في‬
‫العالقة بينهما‪ .‬ومع ذلك كانت نسبة الخاليا اللمفاوية "ب" في مرض ى الذئبة الحمراء ذو النشاط االكبرمن خمسة اعلى بكثير‬
‫بالنسبة مدى تواجد املستقبل الشبيه التاسع مقارنة باألصحاء‪ .‬يستنتج من هذه الدراسة انه ال يوجد فرق في نسب جزيئات‬
‫الخاليا الليمفاوية "ب" ومدى تواجد املستقبل الشبيه التاسع ما بين املرض ى واالصحاء نتيجة الخمول النسبي في املرض‬
‫واستعمال الهيدروكسيكلوروكيون كعالج والذي ثبت انه ينقص من مدى تواجد املستقبل الشبيه التاسع‪.‬‬
‫‪81‬‬
STUDIES ON PREVALENCE AND CHARACTERIZATION OF
METHICILLING- RESISTANT STAPHYLOCOCCUS AUREUS
(MRSA) AT SULTAN QABOOS UNIVERSITY HOSPITAL (SQUH)
Bushra Abdull-Hussain Al Lawati
A thesis submitted in partial fulfillment
of the requirements for the degree
Masters of Biomedical Sciences
in
Medical Microbiology
Department of microbiology and Immunology
College of Medicine and Health sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
October 2012
82
ABSTRACT
Background: Staphylococcus aureusis a major bacterial pathogen that causes nosocomial and
community- associated infections with high rates of morbidity and mortality. In recent years,
an increase in the incidence of infections caused by methicillin resistant S. aureus(MRSA) has
been observed; with increased antibiotic resistance not only to β-lactam antibiotics, but also
to other classes, thus, leaving few therapeutic options. To effectively control infections with
MRSA and to plan strategies for empirical treatment, it is important to undertake studies
delineating the prevalence and clonality of MRSA isolates in a particular region.
Aims and objectives: The major objectives of this study were to: (i) estimate the prevalence
of MRSA at Sultan Qaboos University Hospital (SQUH) and (ii) to gain understanding of
the epidemiology of the MRSA clones as revealed by use of molecular typing.
Material and methods: A total of 269, consecutive, non-repeat isolates recovered from
clinical specimens between March and December, 2011 at SQUH were collected. Screening
for methicillin was performed using cefoxitin (30μg) disc diffusion method. Positive isolates
were confirmed by Polymerase chain reaction (PCR) to detect the presences of mecA gene.
Antimicrobial susceptibility of the isolates to various antibiotics viz: penicillin, erythromycin,
clindamycin, gentamicin ,kanamycin, amikacin, streptomycin, tobramycin, spectinomycin ,
tetracycline, refampin, teicoplanin,mupirocinlinezolid, trimethoprim , trimethoprimsulfamethoxazole, ciprofloxacin, teigocycline,chloramphenicol and fusidic acid was
determined using the disc diffusion method. Phenotypic detection of Macrolide,
Lincosamide and group B Streptogramin (MLSB) was also performed. Susceptibility of the
isolates to non antibiotic agents viz: ethidium bromide, cadmium acetate, and mercuric
chloride was determined using disc diffusion method.
Molecular characterization of the isolates to determine the clonality was performed using
Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Ddetection of PVL genes was accomplished by
using PCR. The isolates were further subjected to typing based on SCCmecgene and ccr gene
complex using a multiplex PCR.
Results: Prevalence of MRSA was calculated taking into account 56 MRSA isolates
identified from a total of 246 S. aureusrecovered during the period of May – December, 2011
83
giving a prevalence rate of 22.8%. The other 23 MRSA isolates were notincluded in the
prevalence study since no data relating to the total number of S. aureusrecovered during
March-April, 2011 was available, but they were subjected to molecular typing and
characterization.
Cefoxitin disc diffusion screening test was found to be 100% sensitive for detection of
MRSA. As many as 53/79 (67%) of the isolates were CA-MRSA while 26/79 (32.9%) were
HA-MRSA. A large majority 33/79 (41.8%) of the isolates were resistant to β-lactam
antibiotics only; while 9/79 (11.4%) were multi-resistant. Erythromycin and clindamycin
resistance were more in HA-MRSA compared to CA-MRSA (50% vs. 18.4%; p<0.05) and
(46.2% vs. 13.2%; p<0.05) respectively. The resistance profiles of HA and CA- MRSA were
not significantly different in respect of rest of the antibiotics. All the isolates were resistant
to mercuric chloride, while 86.1%were resistant to ethidium bromide and cadmium acetate.
As many as 35/79 (44.3%) of isolates carried PVL genes of which the highest majority of
isolates were CA-MRSA causing skin and soft tissue infections (17/35 (48.6%)). Molecular
typing revealed that the majority 63/79 (79.7%)of the MRSA harbored SCCmec type IV and
ccrtype 2 both in the hospital and community. SCCmec type II and III were detected only in
HA strains. PFGE yielded 20 major types and 15 subtypes of MRSA. Nineteen (24.1%)
isolates belonged to the major and most predominant pulsotype 1, and another 10(12.7%) to
its different subtypes. All isolates of pulsotype 1 and its subtypes carried the SCCmec type IV.
Conclusion: The study demonstrated that a fairly high percentage of the S. aureusisolates at
SQUH were MRSA. Majority of MRSA, either HA or CA-MRSA were not resistant to
multiple classes of antibiotics. Most of CA-MRSA as well as the HA-MRSA isolates carried
SCCmectype IV genes. A large majority of the CA and HA-MRSA isolates belonged to
pulsotype 1 indicating the spread of a single clone in both the settings, a trend which is being
reported from different parts of the world.
84
‫امللخص‬
‫الخلفية و األهداف الرئيسية ‪ :‬تعتبر بكتيريا العنقوديات الذهبية (‪ )Staphylococcus aureus‬من أهم أنواع البكتيريا‬
‫املسببة للعدوى في املستشفى واملجتمع‪ .‬في السنوات األخيرة ارتفعت مستويات العدوى بهذه البكتيريا مع زيادة حاالت‬
‫ً‬
‫املقاومة للميثيسيلين)‪. )Methicillin resistant S. aureus(MRSA‬وبكتيريا ‪ MRSA‬ليست فقط مقاومة ملضادات للبيتا‬
‫الكتام )‪ (β- lactam‬وحسب بل أكتسبت املقاومة ملجموعات أخرى من املضادات الحيوية‪ ،‬وبالتالي أصبحت الخيارات‬
‫ً‬
‫العالجية محدودة جدا‪ ،‬ولهذا فإنه من املهم إجراء دراسات تهدف ملعرفة مدى إنتشار وقابلية‬
‫التنسيل)‪)clonality‬لعزالت‪ MRSA‬في منطقة معين ملا لها من أهمية في تحديد العالج التجريبي والسيطرة على العدوى بشكل‬
‫فعال‪ .‬تتلخص أهداف هذة الدراسة في التالي‪ )1( :‬تقدير معدل إنتشار‪ MRSA‬في مستشفى جامعة السلطان قابوس‬
‫(‪ )SQUH‬و (‪ )2‬دراسة خواص عزالت‪ MRSA‬بواسطة التنميط الجيني )‪.)Molecular typing‬‬
‫منهجيـة الدراســة ‪:‬تم جمع ‪ 269‬عزلة بكتيرية سريرية من العنقوديات الذهبية في الفترة ما بين مارس وديسمبر ‪ 2011‬من‬
‫‪ .SQUH‬عرضت هذةالعزالت‬
‫لفحص مبدئي للكشف عن املقاومة للميثيسيلينبإستخداماملضاد الحيوي‬
‫سيفوكسيتين )‪(cefoxitin‬بطريقة االنتشار من األقراص‪ .‬ثم عرضت العزالت الختبار تفاعل البلمرة التسلسلي (‪ )PCR‬للتأكد‬
‫من وجود جين ‪ mecA‬املسؤول عن املقاومة للميثيسيلين‪ .‬بعد ذلك تمت دراسة حساسية عزالت ‪ MRSA‬ملختلف املضادات‬
‫الحيوية و التي شملت‪ :‬البنسلين‪ ،‬اإلريثروميسين‪ ،‬الكليندامايسين‪ ،‬جنتاميسين‪ ،‬الكانامايسين‪ ،‬األميكاسين‪،‬‬
‫الستربتوميسين‪ ،‬توبراميسين‪ ،‬السبيكتينوميسين‪ ،‬التتراسيكلين‪ ،‬ريفامبسين‪ ،‬تيكوبالنين‪ ،‬لينوزيليد‪ ،‬ميوبيروسين‪،‬‬
‫ميثوبريم‪ ،‬سلفاميثوكسازول‪ -‬ميثوبريم ‪ ،‬سيبروفلوكساسين‪ ،‬تيجوسايكلين‪ ،‬الكلورامفينيكول وحمض الفوسيديك‬
‫باستخدام طريقة االنتشار من القرص‪ .‬باإلضافة الى ذلك عرضت العزالت للكشف املظهري ملجموعة‪Macrolide-‬‬
‫)‪ .Lincosamide-Streptogramin B (MLSB‬كما تم تحديد حساسية عزالت‪MRSA‬لإليثيديوم بروميدوخالت‬
‫ً‬
‫الكادميوموكلوريد الزئبق أيضابإستخدام طريقة االنتشار من القرص‪ .‬وتم إجراء توصيف جزيئي للعزالت لتحديد قابلية‬
‫التنسيل)‪ )clonality‬باستخدام التحليل الجيني )‪ .Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE‬كما تم الكشف عن جين‬
‫‪PVL‬و توصيف عزالت‪ MRSA‬عن طريق الكشف عن جين‪ SCCmec‬و ‪ ccr‬باستخدام تفاعل البلمرة التسلسلي‪.‬‬
‫‪85‬‬
‫النتائج ‪ :‬تم تقدير معدل انتشار ‪ MRSA‬في ‪ SQUH‬في الفترة من مايو ‪ -‬ديسمبر‪ 2011 ،‬بنسبة ‪ .(56/246( ٪22.8‬و قد تم‬
‫ُ‬
‫إدراج ‪ 23‬عزلة أخرى من ‪ MRSA‬جمعت في الفترة خالل شهري مارس و أبريل للمجموعة السابقة من ال‪ 56‬عزلة من ‪MRSA‬‬
‫بغرض دراسة خواصها بواسطة التنميط الجيني )‪.)Molecular typing‬و قد إستطاع الفحص املبدئي بإستخدام قرص‬
‫السيفوكسيتين عن يكشف عن جميع العزالت املقاومة للميثيسيلين‪ .‬وقد صنفت ‪ 53‬عزلة من أصل ‪ )٪67( 79‬من ‪MRSA‬‬
‫على أنها مكتسبة من املجتمع (‪ )CA-MRSA‬في حين صنفت ‪ 26‬عزلة من أصل ‪ )٪32.9( 79‬كعزالت مكتسبة من‬
‫املستشفى(‪ .)HA-MRSA‬و أظهرت النتائج أن أغلبية كبيرة من عزالت‪ )٪41.8( 79/33 MRSA‬كانت مقاومة للمضادات‬
‫الحيوية التابعة للبيتا الكتام (‪ (β-lactam‬فقط و أن قلة قليلة كانت متعددة املقاومة ‪ .)٪11.4( 79/9‬كما أن جميع العزالت‬
‫كانت غير مقاومة للتيكوبالنين ‪ ،‬و التيجوسايكلين ‪ ،‬و اللينوزيليد و امليوبيروسين‪ .‬وكانت نسبة ‪ HA-MRSA‬مقاومة‬
‫لإلريثروميسينوالكليندامايسين أكبر من ‪ ٪50( CA-MRSA‬مقابل ‪ )0.05 > P ،٪18.4‬و (‪ ٪46.2‬مقابل ‪ )0.05<P ،٪13.2‬على‬
‫التوالي‪ .‬أما نتائج املقاومة فلم تختلف كثيرا فيما يتعلق ببقية املضادات الحيوية بين العزالت املكتسبة من املستشفى‬
‫واملجتمع‪ .‬كما كانت جميع العزالت مقاومة لكلوريد الزئبق‪ ،‬بينما كانت ‪ ٪86.1‬مقاومة لبروميد اإليثيديوم و خالت‬
‫الكادميوم‪ .‬تم الكشف عن جين ‪ PVL‬في )‪ (٪44.335/79‬من العزالت صنفت معضمهاضمن ‪CA-MRSA‬و التي كانت مسببة‬
‫لعدوى أنسجة الجلد و األنسجة الناعمة ‪ .)٪48.6( 35/17‬كما أظهرت نتائج التنميط الجيني أن معظم ‪)٪79.7( 79/63‬‬
‫عزالت‪ MRSA‬املكتسبة من املستشفى واملجتمع حملت جين ‪ SCCmec‬من النوع الرابع و جين ‪ ccr‬من النوع ‪ .2‬أما جين‬
‫‪ SCCmec‬من النوع الثاني والثالث في وجد في العزالت املكتسبة في املستشفى فقط‪ .‬باإلضافة الى ذلكصنفت نتائج التحليل‬
‫ً‬
‫الجيني (‪(PFGE‬العزالت إلى ‪ 20‬نوعا رئيسيا من ‪ MRSA‬وأخرى ‪ 15‬فرعية‪ .‬إنتمت ‪ )٪24.1( 19‬عزلة إلى املجموعة الرئيسية‬
‫والغالبة )‪ ، ( pulsotype-1‬و أخرى ‪)٪12.7( 10‬عزالتفرعيةمختلفة تابعة لهذة املجموعة الرئيسية‪ .‬حملت جميع‬
‫هذةالعزالت جين ‪ SCCmec‬من النوع الرابع ‪.‬‬
‫الخالصة ‪ :‬أظهرت هذة الدراسة أن معدل إنتشار بكتيريا العنقوديات الذهبية املقاومة للميثيسيلين (‪)MRSA‬في ‪ SQUH‬كان‬
‫ً‬
‫عاليا إلى حد ما‪ .‬غالبية العزالت‪ً ,،‬‬
‫سواء املكتسبة من املستشفى واملجتمع صنفت كغير متعددة املقاومة للمضادات الحيوية‪.‬‬
‫كما أوضحت الدراسة أن معظم العزالت املكتسبة من املستشفى واملجتمع حملت جين ‪ SCCmec‬من النوع الرابع و أن‬
‫ً‬
‫ُ‬
‫إحتماليةإنتشارعزلة معينة في كل من املستشفى و‬
‫غالبية كبيرة منها ُجمعت في املجموعة الرئيسية )‪ (pulsotype-1‬مشيرة إلى‬
‫ٌ‬
‫املجتمع على حد سواء‪ ،‬وهي ظاهرة مالحظة يجرى دراستها في مختلف أنحاء العالم‪.‬‬
‫‪86‬‬
GENETLE DIVERSITY OF PLASMODIUM FALCIPARUM IN
YEMEN AND SPREAD OF ANTIMALARIAL DRUG RESISTANCE
GENOTYPES
Salama SalimHarib AL Hamidhi
A thesis submitted in partial fulfillment
of the requirements for the degree
Masters of Biomedical Sciences
in
Medical Microbiology
Department of Microbiology and Immunology
College of Medicine and Health sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
December 2012
87
ABSTRACT
Introduction: Malaria is a major disease, caused by Plasmodia parasites, and is widely
distributed in tropical and subtropical areas. The Arabian Peninsula lies at fringes of malaria
endemicity, where successful control efforts have brought local transmission to halt in many
parts of this region. However, limited foci in Yemen and southern Saudi Arabia remain
malarious, with a high prevalence of drug-resistant P. falciparum parasites.
The aims of this thesis are to assess the prevalence of drug resistance P. falciparum genotypes
in Yemen, and characterize the genetic structure of the parasites. This includesanalysis of
genes associated with resistance to commonly used anti-malarial drugs,
includingchloroquine, Fansidar,mefloquine and artemisinin. In addition, the study examined
microsatellites flanking these genes to assess the source of resistance in Yemen, and its
relationship to drug resistance genotypes seen in Jazan area, south west Saudi Arabia.
Material and methods: Hundred and fifteen, parasitologically confirmed, malaria patients
from three areas (Dhamar, Hodeidah, and Taiz) in Yemen were recruited for this study. In
addition, 90 P. falciparum isolates were collected from patients in Jazan area, south west Saudi
Arabia. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the P. falciparumchloroquine resistance
transporter (Pfcrt) (C72S, M74I, N75E, K76T), multidrug resistance (Pfmdr1) (N86Y, Y184F,
S1034C, N1042D, D1246Y), dihydrofolatereductase (dhfr) (N51I, C59R, S108N, I164L) and
dihydropteroate synthase (dhps) (S436F, A437G, K540E, A613S) genes were examined using
PCR and sequencing. In addition, 13 single copy microsatellites flanking the above genes
were examined by capillary electrophoresis. Moreover, alleles of two polymorphic genes
(MSP-2 and Pfg377) not involved in drug resistance were tested, to examine the genetic
background of parasites in Yemen and Saudi Arabia.
Results: High prevalence of SNPs and mutant genotypes of Pfcrt and Pfmdr1 associated with
chloroquine resistance (CQR) were seen in Yemen. Two mutant Pfcrt genotypes CVIET and
SVMNT existed in Yemen at a prevalence of 89% and 4%, respectively. Analysis of
microsatellites flanking Pfcrt, revealed presence of 33 haplotypes, 8 carried the wild-type, 22
(66.7%) harboured genotype CVIET and 3 (9%) contained genotype SVMNT. Regarding
Pfmdr1, four SNPs were detected, 86Y (2%), 184F (99%), 1034C (70%) and 1042D (70%).
The majority of P. falciparum isolates carried the Pfmdr1 mutant genotype NFCDD (57%).
Analysis of microsatellites flanking Pfmdr1, revealed presence of 72 haplotypes, 1 (1.4%), 19
(26.4%), 7 (9.7%), 36 (50%) and 9 (12.5%) haplotypes harboured the wild-type, NFSND,
YFSND, NFCDD and YFCDD genotype, respectively. With regard to dhfr and dhps, 58
(54%) of isolates carried the double mutant dhfr genotype ICNI; however no dhps mutations
88
were detected. Analysis of microsatellites flanking dhfr, revealed presence of 47 haplotypes,
34 (72.3%) harboured the wild-type and 13 (27.7%) contained genotype ICNI.
High diversity was seen among the other genes, Pfg377 (expected heterozygosity, He= 0.66)
and MSP-2 (He =0.80). Five alleles of Pfg377 were detected, their sizes varied between 269
bp and 353 bp. Similarly, 15 and 30 alleles of the MSP-2 allelic types, FC27 and 3D7 were
seen among parasites, respectively. The rate of mixed genotype infection was high (57%)
with an average of 1.8 genotypes/ patient. This agrees with the absence of LD between the
drug resistance genes (Pfcrt, Pfmdr1, dhfr and dhps)and the non drug resistance genes (Pfg377
and MSP-2) (p<0.05).
Comparison between P. falciparum parasites in Yemen and Saudi Arabia showed lower Fst
(0.003) for the neutral gene (Pfg377). This suggest gene flow between parasites in the two
regions. Nonetheless, a relatively higher Fst(0.091 to 0.111) was seen for the microsatellites,
on chromosome 8 and MSP-2 (Fst= 0.062). In contrast to the above genes, there was a
significant difference in distribution of drug resistance genes as well as the MSP-2 genes
between the two regions. The Pfcrt CVIET was the predominant mutant genotype in both
countries, however, genotype SVMNT was only seen in Yemen. Similar to Pfcrt, the double
mutant dhfrICNI existed at significant difference prevalence in both Yemen and Saudi
Arabia. Moreover, the genetic background (flanking microsatellite) of the most dominant
mutant genotypes of Pfcrt (CVIET) and dhfr (ICNI) are different in the two sites.
Conclusion: Pfcrt and Pfmdr1 mutations implicated in resistance to CQ, mefloquine and
lumefantrine existed at high prevalence in Yemen. However, mutations in dhfr and dhps
associated with sulfadoxine-pyrimethamine (SP) resistance were limited or absent, suggesting
high efficacy of SP. The presence of two distinct haplotypes of Pfcrt suggests that CQR in
Yemen has evolved from two independent origins. The source of these CQR lineages can be
linked to Africa and Asia, however, the high degree of parasite diversity and recombination
between different genotypes have generated an array of haplotypes of the two Pfcrt
genotypes (CVIETandSVMNT). In contrast to parasites in Yemen, limited genetic diversity
was seen among parasites in Saudi Arabia. Difference in distribution of MSP-2 alleles and
drug resistance genes between the two regions can be explained by variation in selection
pressure on these genes. However, the shared drug resistance haplotypes in the two regions
support the findings of low Fst for the neutral gene (Pfg377), suggest gene flow between of
parasites in the two regions, as a result of human movement.
89
‫امللخص‬
‫مقدمة‪ :‬املالريا هي واحدة من أخطر األمراض القاتلة الناتجة عن اإلصابة بطفيل البالزموديوم حيث ينتشر هذا املرض في‬
‫املناطق االستوائية وشبه االستوائية‪ .‬أما بالنسبة لشبه الجزيرة العربية فتعتبر من املناطق األقل عرضة لوبائية املالريا حيث‬
‫إن العديد من الجهود املبذولة ملكافحة املرض ساهمت في التقليل من انتشاره في املنطقة‪ .‬وعلى الرغم من ذلك إال أن بعض‬
‫الدول في شبه الجزيرة العربية كاليمن وجنوب غرب اململكة العربية السعودية مازالت تصنف من املناطق املوبوءة باملالريا‬
‫والتي سجلت وجود طفرات جينية في طفيل البالزموديوم فالسيبارم مقاومة للعالج في كال الدولتين‪.‬‬
‫أألهداف‪ :‬هدفت هذه الدراسة إلى وصف التركيبة الجينية لطفيل البالزموديوم فالسيبارم في اليمن‪ ,‬وتحديد نسبة انتشار‬
‫األنواع الجينية املقترنة بمقاومة الطفيل لعقاقير املالريا‪ .‬باإلضافة إلى دراسة مصدر نشوء األنواع املقاومة للعقاقير في اليمن‬
‫و مقارنتها مع األنواع املقاومة للعقاقير في منطقة جيزان بجنوب غرب اململكة العربية السعودية‪ .‬باإلضافة فيتتبع أصل‬
‫البالزموديوم فالسيبارماملقاوم للعقار كلوروكوين ‪ ,‬الفنسدار ‪ ,‬مفلوكوينواالرتمسنين ‪ .‬ومعرفة في ما إذا كان ينحدر من نفس‬
‫األصول األفريقية املجاورة ووصل للسعودية عن طريق حركة الهجرة الجينية أم انه تطور و نشأ محليا‪.‬‬
‫الطرق‪:‬تضمنت الدراسة ‪ 115‬عينة من املرض ى املصابين بطفيل البالزموديوم فالسيبارم الذي تم الكشف عنه مجهريا في‬
‫كل من املناطق ظمر‪ ,‬حديدة و تعز باليمن‪ .‬كما تضمنت ‪ 90‬عينة من طفيل البالزموديوم فالسيبارم جمعت من مرض ى من‬
‫منطقة جيزان‪ .‬تم الكشف عن الطفرات الوراثية املرتبطة بمقاومة الطفيل لعقارات املالريا املوجودةفي جين ‪ Pfcrt‬و هي‬
‫(‪ (C72S, M74I, N75E K76T‬وجين )‪ Pfmdr1(N86Y, Y184F, S1034C, N1042D, D1246Y‬وجين‪dhps‬وهي ‪(S436F,‬‬
‫)‪ A437G,K540E, A613S‬و جين‪dhfr‬وهي )‪(N51I, C59R, S108N, I164L‬عن طريق تقنيات خاصة لتكثير وتحليل‬
‫الوحدات الوراثية (‪ .)PCR and sequencing‬باإلضافة إلى ذلك‪ ،‬فإن ‪13‬جزءا من أجزاء من املنطقة الوراثية‬
‫(‪ (microsatellites‬محيطة بهذه الجينات لتحديد الخلفية الجينية للطفيل في مناطق اليمن و اململكة العربية السعودية‪ .‬تم‬
‫دراستها باإلضافة إلى جين ‪ Pfg377‬و ‪ MSP-2‬ليس له عالقة بمقاومة للعقار ‪.‬‬
‫النتائج‪ :‬شوهدانتشاراعاليا منتعدد األشكالواألنماط الجينية في كل من‪Pfcrt‬و‪ Pfmdr1‬املرتبطة ب‪CQR‬في اليمن‪ .‬وكما كان‬
‫وجوداثنين منمورثاتطفرةانتقال املرض‪CVIET‬و‪SVMNT‬في اليمنفي بنسبةانتشار‪٪89‬و ‪٪4‬على التوالي‪ .‬ودراسة األجزاء‬
‫‪90‬‬
‫املحيطة بالجين ‪ Pfcrt‬كشفت عن وجود ‪ 33‬هبلوتيب و ‪ 8‬منها ال تحمل طفرات و ‪ CVIET22‬و ‪. SVMNT3‬فيما‬
‫يتعلق‪،Pfmdr1‬‬
‫تم‬
‫الكشف‬
‫عن‬
‫أربعالنيوكلوتايد‪،‬‬
‫)‪،٪86Y(2‬‬
‫)‪٪1034C(70)٪184F(99‬‬
‫)‪.٪1042D(70‬وغالبيةالبالزموديمفالسيبارم في اليمن لديها ‪ . NFCDD(57٪( Pfmdr1‬بالنسبة للهبلوتيب هناك ‪ 72‬نوعا ‪:‬‬
‫‪ 1،19،7،36‬و ‪ 9‬تحمل كل من النوع ليس به طفرات والنمط الجيني‪ ،YFSND ،NFSND‬و‪ ،NFCDD YFCDD‬على‬
‫التوالي‪.‬وفيما يتعلق‪dhfr‬و‪٪53.7 ،dhps‬منالبالزموديمالفالسيبارم لدية طفرات جينية في الجين ‪ dhfr‬في اليمن‪ ،‬ولكن ال‬
‫يوجد عنالطفراتفي الجين ‪ .dhps‬أيضا كشفتوجودمن ‪ 47‬هبلوتيب في ‪34،dhfr‬النسخ ليس بها طفرات و ‪13‬به طفرات‬
‫وراثي‪ .‬وكشف عن وجود درجة عالية من التنوع من الجينات محايدة ‪ )0.66 = He( Pfg377‬و‪ )0.80 =He(MSP-2‬في‬
‫اليمن‪.‬تم الكشف عنخمسةمناألليالت‪ ،Pfg377‬تختلفأحجامهابين‪269 bp‬و‪.353bp‬وباملثل‪15 ،‬و ‪30‬األليالتمن أنواع‪MSP-‬‬
‫‪FC27 ،2‬و ‪3D7‬بينالطفيلياتفي اليمن‪ ،‬على التوالي‪.‬وقد شوهدارتفاعتعددالنمط الوراثي‪) ٪57‬مع األنماط الوراثية‬
‫‪،1.8‬متوسط‪/‬املريضفي اليمن ‪.‬هذايتفق معغياب ‪ LD‬بينالجينات‪dhfr ،Pfmdr1 ، Pfcrt‬و‪dhps‬والجينات محايدة‪ Pfg377‬و‬
‫‪.MSP-2P <0.05‬‬
‫وأظهرتاملقارنةبينبالزموديمفالسيبارمفي اليمنواململكة العربية السعوديةاختالفا كبيرا فيتوزيعالجيناتاملقاومة‬
‫لألدويةوالجينات املحايدة‪ .‬تفاوتتنسبة انتشاروانتقال املرض من‪dhfr‬هبلوتيببشكل كبيربيناملوقعين؛‪CVIET‬كانالنمط‬
‫الجينيالسائدمتحولةفي كال البلدين‪ ،‬ومع ذلك‪SVMNT ،‬فقطالوراثيفي اليمن‪ .‬واعتبرتالقيم‪Fst‬عاليةبيناألليالتمن‪MSP-‬‬
‫)‪2(0.062=Fst‬و األجزاء املرافقة لجين ‪ Fst( dhps‬تتراوح بين‪ 0.091‬و ‪.)0.111‬‬
‫الخاتمة‪ :‬تنتشر الطفرات الوراثية في الجينين ‪Pfcrt‬و‪Pfmdr1‬املرتبطة بمقاومة الطفيل لعقارات املالريا ‪chloroquine,‬‬
‫‪ mefloquine‬و‪ lumefantrine‬بنسبة انتشار واسعة في اليمن بعكس الطفرات الوراثية في الجينين ‪dhfr‬و‪ dhps‬لها نسبة‬
‫انتشار محدود جدا‪ ,‬مما يوحي بفعالية عقار ‪ SP.‬تميزت اململكة العربية السعودية بتنوع جيني بعكس املالحظ في اليمن‪ .‬كما‬
‫ينم االختالف الواضح في نسبة انتشار الطفرات الوراثية بين املنطقتين على عدم وجود تدفق جيني و بالتالي يستنتج أن‬
‫الطفيل في املنطقتين مختلف‪.‬‬
‫‪91‬‬
ASSOCIATION OF HUMAN LEUKOCYTE ANTIGENS WITH
IMMUNE RESPONSE TO HIGHLY ACTIVE ANTIRETROVIRAL
THERAPY AMONG OMANI ADIS PATIENTS
Marah El-Tahir Abdulrahman Ahmed El-Beeli
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the
Degree of Masters of Biomedical Sciences
in
Microbiology and Immunology
Department of Microbiology and Immunology
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
December 2012
92
ABSTRACT
Background: Acquired Immunodeficiency syndrome (AIDS) has been considered as a global
major concern and one of the most serious problems where it claimed the life of more than 25
million people worldwide since its discovery three decades ago. Fortunately, the introduction of
Highly Active Anti-Retroviral Therapy (HAART) has changed the normal history of AIDS into
a chronic disease that require long time of treatment. Regrettably, a proportion of AIDS
patients do not immunologically respond to HAART and their CD4 cells never hit the normal
level despite that the viral replication is fully controlled by the treatment. This variation in the
immunological response has been attributed to some host genes including those which encode
Human Leukocyte Antigens (HLA).
Study Objectives: To determine the frequency of HLA Class I and II alleles among Omani
AIDS patients and compare it with healthy Omani individuals. It is also, to determine the
frequency of HLA Class I and II alleles among good and poor AIDS responders to HAART
and to investigate whether an association exists between a particular HLA allele and
immunological response to treatment.
Methods: A total of 102 healthy individuals and 81AIDS male and female patients, attending
Sultan Qaboos University Hospital (SQUH), aged between 22.5 and 69 years, were HLA
genotyped using SSP-PCR technique. The frequencies of HLA alleles were compared between
AIDS patients and the healthy individuals as well as between “good” and “poor”
immunological responders to HAART. Viral load measurement and CD4 cells count for AIDS
patients were performed according to standard techniques and results were obtained from the
SQUH information System. Mean at 95% confidence, standard deviation and the median were
computed for the quantitative data, whereas Relative risk (RR%) associated with the presence of
particular allele as well as the etiological fraction (EFe%) and preventive fraction (PFe%) were
used to describe the qualitative data. The Statistical Package for Social Sciences (SPSS version
19) was used for data processing and analysis.
Results: The frequency of HLA-A30, HLA-B40, HLA-B44 and HLA-DQ6 were found to be
higher among AIDS patients, while HLA-B61 and HLA-DR17 were most frequently observed
among Omani healthy individuals. HLA Class I alleles which were detected at high prevalence
among healthy and AIDS Omanis are HLA-A1, HLA-A2, HLA-A11, HLA-A32, HLA-B35,
HLA-B51, HLA-B52, HLA-B58, HLA-Cw3, HLA-Cw4 and HLA-Cw7. HLA-DR3, HLADR16, HLA-DQ2, and HLA-DQ5, were the most frequent HLA Class II alleles detected
among healthy and AIDS Omanis. Only two alleles, HLA-A68 and HLA-B15, were found to be
responsible for more than 50% of the poor response to HAART. Both alleles belong to the
HLA class I and none of them were encountered among the prevalent HLA alleles among
Omani healthy individuals.
Conclusion: Two HLA alleles from class I, HLA-A68 and HLA-B15, were found to be
significantly correlated with more than 50% of the poor response to HAART. The results of
this study are indicative and should be confirmed on a larger sample size.
93
‫ملخص الدراسة‬
‫املقدمة‪ :‬يعت بر مرض نقص املناعة املكتسبة (اإليدز) من أكثر األوبئة املثيرة لالهتمام عامليا والتي تدق ناقوس الخطر؛ حيث‬
‫أودى بحياة أكثر من ‪ 25‬مليون شخصا منذ أن اكتشف قبل ثالثة عقود تقريبا‪ .‬تسبب اكتشاف األدوية املضادة للفيروس‬
‫(‪ )HAART‬في تغير التاريخ املرض ي للعدوى بفيروس االيدز إلى مرض مزمن يحتاج إلى عالج طويل األمد‪ ،‬ومع ذلك يواجه بعض‬
‫مرض ى اإليدز مشكلة عدم االستجابة املناعية املتوقعة واملتمثلة في زيادة عدد الخاليا التائية (‪ )CD4 T lymphocytes‬التي تعد‬
‫الخاليا املسئولة واملنظمة للخاليا املناعية األخرى‪ ,‬وذلك على الرغم من االمتثال التام بتناول الجرعات املخصصة والتي يتم‬
‫الكشف عنه بمتابعة كمية الفيروس بالدم‪ )viral) load‬والذي يكشف عن مدى فعالية العالج وقدرته على تثبيط فيروس‬
‫االيدز‪ .‬كما أوضحت بعض الدراسات السابقة انه قد يعزى هذا التفاوت في مدى االستجابة املناعية لعالج مرض االيدز إلى عدة‬
‫عوامل منها عوامل وراثية وجينية متعلقة إما بالعائل أو فيروس نقص املناعة املكتسبة نفسه‪ .‬من هذه العوامل الجينية للعائل‬
‫جزيئات التوافق النسيجي (‪.)HLA‬‬
‫أهداف الدراسة‪ :‬تهدف هذه الدراسة إلى الكشف عن توزيع جزيئات التوافق النسيجي بين العمانيين األصحاء باملقارنة مع‬
‫مرض ى اإليدز وذلك بتحديد النسبة املئوية لألفراد الحاملين لكل جزيء من املجموعتين‪ .‬كما تهدف أيضا إليجاد توزيع جزيئات‬
‫التوافق النسيجي بين مرض ى االيدز من الفئتين "مستجيب جيد" و"مستجيب ضعيف" لألدوية املضادة للفيروس وإذا ما كان‬
‫هنالك عالقة بين جودة أو ضعف االستجابة املناعية لألدوية املضادة للفيروس وجزيء معين من جزيئات التوافق النسيجي‬
‫(‪.)HLA‬‬
‫طرق الدراسة‪ :‬لقد تم إخضاع ‪ 102‬عماني من األصحاء و‪ 81‬مريضا بااليدز من الجنسين‪ ,‬والذين تتراوح أعمارهم بين ‪69–22.5‬‬
‫عاما‪ ,‬لعملية التنميط الجيني لجزيئات التوافق النسيجي‪ .‬درس البحث توزيع مستقبالت التوافق النسيجي بين العمانيين‬
‫األصحاء باملقارنة مع مرض ى االيدز‪ .‬كما قام بالكشف عن ما إذا كان هنالك عالقة بين جزيء توافق نسيجي معين وضعف أو قوة‬
‫االستجابة املناعية لعالج مرض االيدز‪ .‬تم حساب املتوسط الحسابي‪ ،‬الوسيط واملنوال للبيانات الكمية كما تم حساب (‪،)RR%‬‬
‫(‪ )EFe%‬و(‪ )PFe%‬للبيانات الكيفية‪ .‬ولقد تم تحليل النتائج باستخدام برنامج ‪ SPSS‬نسخة ‪.19‬‬
‫النتائج‪ :‬في هذه الدراسة وجد أن هناك اختالفا بين العمانيين األصحاء ومرض ى االيدز في توزيع بعض جزيئات التوافق النسيجي‬
‫حيث أن ‪ HLA- DQ6 and HLA-B44, HLA-B40, HLA-A30‬كانت أكثر انتشارا بين مرض ى اإليدز بينما وجد أن ‪HLA-B61‬‬
‫و‪ HLA- DR17‬هي أكثر الجزيئات انتشارا بين األصحاء من العمانيين مقارنة بمرض ى اإليدز‪ .‬جزيئات التوافق النسيجي النوع األول‬
‫واألكثر انتشارا بين مرض ى اإليدز والعمانيين األصحاء هي ‪HLA-B52, HLA-B51, HLA-B35, HLA-A32, HLA-A11, HLA-A2,‬‬
‫‪ .HLA-A1) (HLA-Cw7 and HLA-Cw4, HLA-Cw3, HLA-B58‬جزيئات التوافق النسيجي‪HLA-DR3, HLA-DQ2, HLA-DR16‬‬
‫و ‪ HLA-DQ5‬هي أكثر جزيئات التوافق النسيجي النوع الثاني انتشارا بين كل من مرض ى االيدز واألصحاء العمانيين‪ .‬كما وجد انه‬
‫توجد عالقة بين جزيئي ‪ HLA-68‬و ‪ HLA-B15‬وضعف االستجابة املناعية لعالج مرض االيدز حيث أن كال من الجزيئين مسئول‬
‫عن أكثر من ‪ 50%‬من حاالت ضعف االستجابة املناعية للعالج‪ .‬الجزيئان هما من النوع األول من جزيئات التوافق النسيجي‪.‬‬
‫جزيئي التوافق النسيجي )‪ HLA-A68‬و ‪ (HLA-B15‬ليستا من ضمن جزيئات التوافق النسيجي األكثر انتشارا بين العمانيين‪.‬‬
‫الخاتمة‪ :‬هذه هي أول دراسة تتناول النمط الجيني لجزيئات التوافق النسيجي بين مرض ى االيدز العمانيين وعالقته باالستجابة‬
‫املناعية لعالج املرض‪ .‬تعتبر نتائج هذه الدراسة ذات قيمة حيث تعطي مؤشرا حول أسباب تباين مدى االستجابة املناعية لعالج‬
‫مرض اإليدز لدى العمانيين ويجب تأكيد نتائجها بإجراء نفس الدراسة على شريحة أكبر‪ ،‬حيث ستساعد النتائج على اختيار‬
‫العالج األمثل لهؤالء املرض ى‪.‬‬
‫‪94‬‬
COMPREHENSIVE HEALTH ASSESSMENT OF ELDERLY
PEOPLE IN AL-DAKHLIYAH GOVERNORATE, SULTANATE OF
OMAN
Sultana Mohammed Al Sabahi
A thesis submitted in partial fulfillment of the requirement for the degree of Master of
Science in Biomedical Sciences
Major: Epidemiology and Medical Statistics
Epidemiology and Medical Statistics Unit
Department of Family Medicine & Public Health
College of Medicine and Health Sciences
Sultan Qaboos University
Sultanate of Oman
December 2012
95
Abstract
Background: Elderly people aged 60 years and older are a vulnerable sector of the
population. The percentage of old people in Oman increased from 3.0% in 1993 to 3.5% in
2010 and is expected to reach 15.2% of the total population in 2050. Ultimately Oman will
face the challenge of continuing caring for the sizeable proportion of children and youth
population as well as the growing number of population aged 60 years and above.
Aim: The study aimed at revealing the rates of physical and mental health problems among
elderly population in Al-Dakhliyah governorate as well as the rates and predictors of
depression, dementia, impairment of instrumental activities of daily living and activities of
daily living. The analysis of the records of the comprehensive health assessment of elderly
population provides insight into the health problems affecting this sector of the population
as well as their ability to live independently and have a better quality of life. The ultimate
goal is to identify their health and social needs and to explore means of meeting those needs.
Method: Records of the comprehensive assessment of elderly population conducted in 13
primary health care centers in Al-Dakhliyah governorate between 2008 and 2010 have been
reviewed. A transfer sheet has been used extract the data from the hard copies of the
records. The data covered the socio-demographic characteristics of elderly people, past
medical history, life style patterns, medical and nutritional evaluation as well as the
assessment of cognitive status and functional abilities. Data have been analyzed using the
Statistical Package for social Sciences (SPSS, ver.19). The chi-square test, the univariate and
multivariate logistic regression analyses were used to identify the determinants of depression,
dementia, impairment of instrumental activities of daily living and activities of daily living.
Significance of the obtained results was judged at 5% level.
Results: The majority of elderly people were illiterate, married and in the age group of 60 to
less than 65 years. Women were more likely to be illiterate and to be divorced or widower
and have unfavorable socioeconomic status. A substantial proportion of elderly reported the
presence of chronic diseases and the use of medications with over presentation of women.
Men were at higher risk of accidents outside the home while women were at higher risk of
96
falls inside the home. Physical activity has been reported by more than half of the elderly
with less prevalence among women. Independent predictors of depression were unfavorable
socioeconomic status, cognitive impairment, joints problem, mobility restriction and
impairment of activities of daily living. Dementia was independently predicted by age,
gender, marital status, depression, mobility restriction and functional impairment.
Impairment of instrumental activities of daily living is predicted by age, unfavorable
socioeconomic status, stroke with residue, use of aid, joints problem, dementia and
incontinence. Age, stroke with residue, poor perception of health, physical inactivity, corneal
opacity, hearing defect, dementia, depression, incontinence, use of aid and mobility
restriction predicted impairment of activities of daily living.
Conclusion: This study revealed that elderly suffer a multitude of physical and mental
health problems that are inter-related and so are the risk factors underlying their occurrence.
The findings underscore the holistic approach to the health of elderly people considering
mental, physical and social domains.
97
‫الخالصة‬
‫الخلفية‪ :‬يعتبر كبار السن الذين تبلغ أعمارهم ‪ 60‬عاما فما فوق من أكثر الفئات ضعفا‪ .‬وعلى الصعيد العالمي‪ ،‬تنمو هذه‬
‫الفئه العمرية بوتيرة أسرع من أي فئة عمرية أخرى بين السكان‪ .‬وفي سلطنة عمان أزدادت نسبة كبار السن من ‪ ٪3.0‬في عام‬
‫‪ 1993‬إلى ‪ ٪3.5‬في عام ‪ 2010‬ومن املتوقع أن تستمر هذه الزيادة لتصل إلى ‪ ٪15.2‬من إجمالي السكان في عام ‪ .2050‬وفي‬
‫نهاية املطاف ستواجه سلطنة عمان التحدي املتمثل في استمرارية رعاية نسب كبيرة من األطفال والشباب من السكان فضال‬
‫عن االعداد املتزايدة من السكان الذين تبلغ أعمارهم ‪ 60‬عاما فما فوق‪.‬‬
‫األهداف‪ :‬تهدف هذه الدراسة إلى كشف معدالت مشاكل الصحة البدنية والعقلية املنتشرة بين السكان املسنين في محافظة‬
‫الداخلية باالضافة إلى معرفة نسب ومعدالت عوامل الخطورة املتعلقة باإلكتئاب‪ ،‬والخرف و الضعف في اداء أنشطة الحياة‬
‫اليومية وأنشطة الحياة اليومية اآللية‪ .‬إن تحليل بيانات التقيم الصحي الشامل للسكان املسنين يوفر نظره ثاقبة عن‬
‫املشاكل الصحية التي تؤثر على هذا القطاع الضعيف من السكان‪ ،‬وعن قدرتهم على العيش بشكل مستقل مع األستمتاع‬
‫بحياة نوعية أفضل‪ .‬والهدف النهائي هو التعرف إالى االحتياجلت الصحية واإلجتماعية للمسنين واستكشاف وسائل لتلبية‬
‫تلك االحتياجات‪.‬‬
‫منهجية البحث‪ :‬تم استعراض سجالت التقيم الصحي الشامل للمسنين التي أجريت في ‪ 13‬مركز صحي بمحافظة الداخلية‬
‫بين عامي ‪ 2008‬و ‪ .2010‬كما تم تصميم واختبار ورقة نقل الستخراج البيانات من السجالت املطبوعة‪ .‬وقد اشتملت‬
‫البيانات على الخصائص االجتماعية والديموغرافية للمسنين‪ ،‬والتاريخ الطبي السابق‪ ،‬أنماط اساليب الحياة ‪،‬التقييم‬
‫الطبي والغذائي فضال عن تقييم ضعف اإلدراك‪ ،‬واإلكتئاب‪ ،‬والتنقل‪ ،‬وأنشطة الحياة اليومية وأنشطة الحياة اليومية‬
‫اآللية‪.‬‬
‫التحليل‪ :‬قد تم استخدام الحزمة اإلحصائية للعلوم االجتماعية (‪ )SPSS ver.19‬إلدخال البيانات وتحليلها‪ .‬وأستخدم‬
‫التحليل الوجستي ا ألحادي واملتعدد ملعرفة العوامل املحددة لإلكتئاب‪ ،‬والخرف والضعف في أنشطة الحياة اليومية‬
‫وأنشطة الحياة اليومية اآللية‪ .‬وتم الحكم على أهمية النتائج التي تم الحصول عليها على مستوى ‪.٪5‬‬
‫النتائج‪ :‬وجد أن الغالبية العظمى من كبار السن أميين ومتزوجين وفي الفئة العمرية من ‪ 60‬إلى أقل من ‪ 65‬سنة‪ .‬وكانت‬
‫النساء أكثر عرضة لألمية‪ ،‬وإلى أن يكن مطلقات أو أرامل‪ .‬كان الوضع اإلجتماعي واالقتصادي لدى العديد من كبار السن‬
‫غير مالئم وخاصة بين النساء‪ .‬وذكر العديد من املسنين وجود أمراض مزمنه واستخدام الدواء‪ ،‬مع ارتفاع هذه النسب بين‬
‫النساء‪ .‬كان الرجال أكثر عرضة للحوادث خارج املنزل‪ ،‬بينما كانت النساء أكثر عرضة للسقوط داخل املنزل‪ .‬وجد أن نسبة‬
‫‪98‬‬
‫كبيرة من املسنين يمارس نشاطا بدنيا‪ .‬وكانت النساء أكثر ميوال إلى عدم ممارسة أنشطة بدنية‪ .‬إن التدخين واستهالك‬
‫الكحول سجل من قبل نسبة صغيرة للغاية وكانت أنماط الحياة هذة ملحوظه بشكل أكبر بين الرجال‪ .‬كانت إحتمالية‬
‫اإلكتئاب تزيد مع سوء الحالة اإلجتماعية واالقتصادية والخرف وضعف أداء انشطة الحياة اليومية ومشاكل املفاصل‬
‫وتقيد التنقل‪ .‬في حين تم العثور على أن الخرف مرتبط بشكل كبير مع اإلكتئاب والجنس والعمر والحالة االجتماعية وتقييد‬
‫التنقل وضعف القدرة الوظيفية‪ .‬وكان الضعف في أداء انشطة الحياة اليومية الآللية يزيد بزيادة العمر وسوء الحالة‬
‫اإلجتماعية واالقتصادية والسكتة الدماغية مع بقايا وأستخدام األدوات املسعفة ومشاكل املفاصل والخرف وسلس البول‪.‬‬
‫بينما وجد أن الضعف في اداء أنشطة الحياة اليومية األساسية مرتبط بزيادة العمر واإلكتئاب والخرف والسكتة الدماغية‬
‫مع بقايا و االدراك الصحي السلبي وقلة النشاط الدني وعتامة القرنية ومشاكل السمع وسلس البول وأستخدام األدوات‬
‫املسعفة و تقيد التنقل‪.‬‬
‫الخالصة‪ :‬قدمت هذة الدراسة فكرة عن الحالة الصحية للمسنين في محافظة الداخلية‪ .‬وتبين ان كبار السن يعانون‬
‫العديد من املشاكل الصحية الجسدية والعقلية املرتبطة ببعضها البعض ومن عوامل الخطورة املتعلقة بحدوث هذه‬
‫املشاكل‪ .‬وأكدت النتائج على النهج الصحي الشامل للمسنين بالنظر للمجاالت العقلية والبدنية واالجتماعية‪.‬‬
‫‪99‬‬