Table S1. Fusarium isolates obtained from tomato in this study
Isolate
EFST
Species complex
Species
Origin
Accession no.
MAFF no.
SL0001
SL0002
SL0003
SL0004
SL0005
SL0006
SL0008
SL0009
SL0011
SL0012
SL0013
SL0014
SL0015
SL0016
SL0017
SL0018
SL0019
SL0020
SL0021
SL0023
SL0024
SL0025
SL0026
SL0028
SL0030
SL0031
SL0032
SL0033
SL0035
SL0036
SL0037
SL0038
SL0039
SL0041
SL0042
SL0043
SL0044
SL0045
SL0046
SL0047
SL0048
SL0049
SL0050
SL0051
SL0053
SL0054
SL0055
SL0056
SL0057
SL0058
SL0059
SL0060
SL0061
SL0062
SL0063
SL0064
SL0065
SL0066
SL0067
SL0068
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-02
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-02
FOSC-01
FSSC-03
FOSC-01
FFSC-01
FOSC-03
FOSC-01
FOSC-04
FOSC-01
FSSC-03
FOSC-01
FSSC-03
FSSC-04
FSSC-01
FFSC-02
FFSC-02
FFSC-03
FOSC-05
FOSC-02
FOSC-01
FOSC-02
FOSC-01
FOSC-06
FOSC-01
FSSC-03
FSSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-07
FOSC-02
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
…
PDS = 5*
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
…
…
…
…
…
PDS = 5
…
F. proliferatum
…
…
…
…
PDS = 5
…
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
…
…
F. fujikuroi
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
Tsukuba
Tsukuba
Tsukuba
Tsukuba
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
244588
244589
…
…
…
…
…
244590
…
…
…
244591
…
244592
…
244593
244594
…
244595
…
…
…
…
244596
…
244597
…
244598
244599
…
…
…
…
244600
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244601
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB916973
AB917020
…
…
…
…
…
AB917021
…
…
…
AB916974
…
AB917022
…
AB916994
AB916975
…
AB916976
…
…
…
…
AB917023
…
AB916995
…
AB916996
AB916977
…
…
…
…
AB916978
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB916979
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0069
SL0070
SL0071
SL0072
SL0073
SL0074
SL0075
SL0076
SL0077
SL0078
SL0080
SL0081
SL0082
SL0083
SL0084
SL0085
SL0086
SL0087
SL0088
SL0089
SL0090
SL0091
SL0092
SL0093
SL0094
SL0095
SL0096
SL0097
SL0098
SL0099
SL0100
SL0101
SL0102
SL0103
SL0104
SL0105
SL0106
SL0107
SL0108
SL0109
SL0110
SL0111
SL0112
SL0113
SL0114
SL0115
SL0116
SL0117
SL0118
SL0119
SL0120
SL0121
SL0122
SL0123
SL0124
SL0125
SL0126
SL0127
SL0128
SL0129
SL0130
SL0131
SL0132
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-07
FOSC-07
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FFSC-04
FFSC-04
FOSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-07
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244602
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB916997
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0133
SL0134
SL0135
SL0136
SL0137
SL0138
SL0139
SL0140
SL0141
SL0142
SL0143
SL0144
SL0145
SL0147
SL0148
SL0149
SL0150
SL0151
SL0152
SL0153
SL0155
SL0156
SL0157
SL0158
SL0159
SL0160
SL0161
SL0162
SL0163
SL0164
SL0165
SL0166
SL0167
SL0168
SL0169
SL0170
SL0171
SL0172
SL0173
SL0174
SL0175
SL0176
SL0177
SL0178
SL0179
SL0180
SL0181
SL0182
SL0183
SL0184
SL0185
SL0186
SL0187
SL0188
SL0189
SL0190
SL0191
SL0192
SL0193
SL0194
SL0195
SL0196
SL0197
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-07
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-07
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-07
FOSC-01
FOSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FSSC-03
FOSC-05
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. solani
F. oxysporum
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
PDS = 5
…
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0198
SL0199
SL0200
SL0201
SL0202
SL0204
SL0205
SL0206
SL0207
SL0208
SL0209
SL0210
SL0211
SL0212
SL0213
SL0214
SL0215
SL0216
SL0217
SL0218
SL0220
SL0221
SL0222
SL0223
SL0224
SL0225
SL0226
SL0227
SL0228
SL0229
SL0230
SL0231
SL0232
SL0233
SL0234
SL0235
SL0236
SL0237
SL0238
SL0239
SL0240
SL0241
SL0242
SL0243
SL0244
SL0245
SL0246
SL0247
SL0248
SL0249
SL0250
SL0251
SL0252
SL0253
SL0254
SL0255
SL0256
SL0257
SL0258
SL0259
SL0260
SL0261
SL0262
FOSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-03
FFSC-03
FSSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-07
FOSC-01
FOSC-07
FOSC-05
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-07
FFSC-03
FOSC-05
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-07
FFSC-03
FSSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-05
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-03
FFSC-03
FOSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-07
FOSC-01
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-03
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
PDS = 5
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
PDS = 5
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
…
…
…
…
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
PDS = 5
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0263
SL0264
SL0265
SL0266
SL0267
SL0268
SL0269
SL0270
SL0271
SL0272
SL0273
SL0274
SL0275
SL0276
SL0277
SL0278
SL0279
SL0280
SL0281
SL0282
SL0283
SL0284
SL0285
SL0286
SL0288
SL0289
SL0290
SL0291
SL0292
SL0293
SL0294
SL0295
SL0296
SL0297
SL0298
SL0299
SL0300
SL0301
SL0302
SL0303
SL0304
SL0306
SL0307
SL0309
SL0310
SL0311
SL0312
SL0314
SL0316
SL0317
SL0320
SL0321
SL0322
SL0323
SL0324
SL0325
SL0327
SL0328
SL0330
SL0331
SL0332
SL0333
SL0334
FFSC-03
FSSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-05
FFSC-05
FSSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FFSC-05
FFSC-05
FSSC-01
FFSC-05
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FOSC-05
FOSC-02
FFSC-05
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FFSC-06
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-01
FOSC-03
FOSC-03
FSSC-04
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FSSC-01
FSSC-04
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-01
FOSC-03
FOSC-03
FFSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FSSC-04
FOSC-03
FSSC-03
FSSC-01
FOSC-03
F. fujikuroi
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. solani
F. fujikuroi
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. fujikuroi
PDS = 5
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
PDS = 5
…
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
PDS = 5
F. fujikuroi
PDS = 5
PDS = 5
…
PDS = 5
…
…
F. fujikuroi
…
…
…
F. fujikuroi
…
…
…
…
F. fujikuroi
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
F. fujikuroi
…
…
…
…
PDS = 3+4
…
PDS = 5
PDS = 5
…
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244603
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244604
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB916998
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB916999
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0335
SL0336
SL0337
SL0338
SL0340
SL0341
SL0342
SL0343
SL0344
SL0345
SL0346
SL0347
SL0348
SL0349
SL0350
SL0351
SL0352
SL0353
SL0354
SL0355
SL0356
SL0357
SL0358
SL0359
SL0360
SL0361
SL0362
SL0363
SL0364
SL0365
SL0366
SL0367
SL0368
SL0369
SL0370
SL0371
SL0372
SL0373
SL0374
SL0375
SL0376
SL0377
SL0378
SL0379
SL0380
SL0381
SL0382
SL0383
SL0384
SL0385
SL0386
SL0387
SL0388
SL0389
SL0390
SL0391
SL0392
SL0393
SL0394
SL0395
SL0396
SL0397
SL0398
FSSC-02
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FFSC-03
FOSC-01
FFSC-03
FFSC-05
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-05
FFSC-02
FOSC-08
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-03
FOSC-04
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-03
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
PDS = 5
…
…
…
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
PDS = 5
PDS = 5
…
F. fujikuroi
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
…
…
…
…
Field D
Field D
Field D
Field D
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field D
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244605
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB916980
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0399
SL0400
SL0401
SL0402
SL0403
SL0405
SL0406
SL0407
SL0408
SL0409
SL0410
SL0411
SL0412
SL0413
SL0414
SL0415
SL0416
SL0417
SL0418
SL0419
SL0420
SL0422
SL0423
SL0424
SL0426
SL0427
SL0428
SL0429
SL0430
SL0431
SL0432
SL0433
SL0436
SL0438
SL0439
SL0440
SL0441
SL0442
SL0443
SL0444
SL0445
SL0447
SL0448
SL0449
SL0450
SL0451
SL0452
SL0453
SL0454
SL0456
SL0457
SL0458
SL0459
SL0460
SL0461
SL0462
SL0463
SL0465
SL0466
SL0467
SL0468
SL0469
SL0470
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-03
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-05
FOSC-01
FOSC-05
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-04
FSSC-04
FOSC-03
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-05
FSSC-05
FSSC-04
FSSC-03
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-03
FSSC-04
FSSC-01
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-05
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-05
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-06
FSSC-04
FSSC-03
FSSC-05
FSSC-07
FSSC-06
FSSC-06
FSSC-05
FSSC-01
FSSC-03
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 3+4
…
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
…
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 5
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244606
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244607
…
…
…
244608
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917024
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917025
…
…
…
AB917026
…
…
…
…
…
SL0471
SL0472
SL0473
SL0474
SL0475
SL0476
SL0479
SL0480
SL0481
SL0482
SL0483
SL0484
SL0485
SL0486
SL0487
SL0488
SL0489
SL0490
SL0491
SL0492
SL0493
SL0494
SL0495
SL0496
SL0498
SL0499
SL0500
SL0501
SL0502
SL0503
SL0504
SL0505
SL0506
SL0507
SL0508
SL0509
SL0510
SL0512
SL0514
SL0515
SL0516
SL0517
SL0518
SL0519
SL0520
SL0521
SL0522
SL0523
SL0524
SL0525
SL0526
SL0527
SL0528
SL0530
SL0531
SL0532
SL0533
SL0534
SL0535
SL0536
SL0537
SL0538
SL0539
FSSC-03
FSSC-06
FSSC-03
FSSC-06
FSSC-05
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-03
FOSC-03
FSSC-03
FSSC-01
FSSC-04
FSSC-03
FSSC-05
FSSC-06
FSSC-03
FSSC-06
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-07
FSSC-01
FSSC-06
FSSC-05
FSSC-03
FSSC-05
FSSC-01
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-01
FSSC-07
FSSC-03
FFSC-04
FFSC-04
FFSC-04
FFSC-04
FSSC-01
FFSC-04
FOSC-05
FOSC-01
FFSC-04
FFSC-04
FFSC-04
FFSC-04
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-05
FFSC-04
FOSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-01
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. solani
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
PDS = 5
F. fujikuroi
…
…
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…
…
…
F. fujikuroi
…
PDS = 5
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
…
…
…
…
PDS = 5
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field B
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
SL0540
SL0541
SL0542
SL0543
SL0544
SL0545
SL0546
SL0547
SL0548
SL0549
SL0550
SL0551
SL0552
SL0553
SL0554
SL0556
SL0557
SL0558
SL0559
SL0560
SL0561
SL0562
SL0563
SL0564
SL0565
SL0566
SL0567
SL0568
SL0569
SL0570
SL0571
SL0572
SL0573
SL0574
SL0575
SL0576
SL0577
SL0578
SL0579
SL0580
SL0581
SL0584
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-02
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FOSC-03
FSSC-08
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-03
FSSC-04
FOSC-09
FOSC-03
FFSC-07
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. fujikuroi
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
…
…
PDS = 5
PDS = 5
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
…
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
…
PDS = 5
PDS = 5
…
PDS = 5
…
PDS = 5
…
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
…
…
Fusarium sp.
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field C
Field A
Field A
Field A
Field A
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244609
…
…
…
…
…
…
244610
…
244611
*Phylogenetically distinct species (PDS) shown in O'Donnell et al. (2008a) inferred.
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917027
…
…
…
…
…
…
AB916981
…
AB917000
Table S2. Fusarium isolates obtained directly from soil in this study
Isolate
EFST
Species complex
Species
Origin
Accession no.
MAFF no.
TC0001
TC0002
TC0003
TC0004
TC0005
TC0007
TC0008
TC0009
TC0010
TC0014
TC0015
TC0016
TC0017
TC0018
TC0020
TC0021
TC0022
TC0023
TC0025
TC0027
TC0028
TC0030
TC0031
TC0032
TC0033
TC0034
TC0035
TC0036
TC0037
TC0038
TC0039
TC0040
TC0041
TC0042
TC0043
TC0045
TC0046
TC0047
TC0048
TC0051
TC0052
TC0053
TC0054
TC0056
TC0057
TC0058
TC0059
TC0062
TC0063
TC0064
TC0065
TC0066
TC0067
TC0068
TC0070
TC0071
TC0072
TC0073
TC0074
TC0076
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FOSC-05
FOSC-05
FSSC-03
FOSC-04
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-01
Other-01
FSSC-03
FFSC-07
FSSC-03
Other-01
Other-01
FOSC-01
FFSC-07
FOSC-05
FFSC-07
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-03
FSSC-01
FSSC-04
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FSSC-03
Other-01
FSSC-04
Other-01
FFSC-07
FSSC-03
FSSC-06
FSSC-03
FFSC-08
FOSC-04
FSSC-09
FOSC-09
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-04
FSSC-08
Other-01
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. tricinctum
F. solani
F. fujikuroi
F. solani
F. tricinctum
F. tricinctum
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. tricinctum
F. solani
F. tricinctum
F. fujikuroi
F. solani
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. tricinctum
…
…
PDS = 3+4
…
…
PDS = 5
…
PDS = 5
PDS = 5
…
…
…
…
…
…
F. acuminatum
PDS = 5
Fusarium sp.
PDS = 5
F. acuminatum
F. acuminatum
…
Fusarium sp.
…
Fusarium sp.
…
…
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
…
…
…
…
PDS = 5
F. acuminatum
PDS = 3+4
F. acuminatum
Fusarium sp.
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
F. fujikuroi
…
PDS = 3+4
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
F. acuminatum
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244612
…
244613
…
…
…
…
244614
…
244615
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244616
…
…
…
244617
…
244618
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917036
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917001
…
AB917028
…
…
…
…
…
…
TC0078
TC0079
TC0081
TC0082
TC0083
TC0084
TC0085
TC0086
TC0087
TC0089
TC0090
TC0091
TC0092
FFSC-03
FFSC-03
FFSC-07
FOSC-01
FFSC-09
FOSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-05
FFSC-10
FOSC-01
FFSC-03
FOSC-01
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. fujikuroi
Fusarium sp.
…
F. fractiflexum
…
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
F. proliferatum
…
F. fujikuroi
…
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
…
…
…
…
244619
…
…
…
…
244620
…
…
…
…
…
…
…
AB917002
…
…
…
…
AB917003
…
…
…
TC0093
Other-02
…
F. cuneirostrum
Togo
244621
AB917037
TC0094
TC0095
TC0097
TC0098
TC0099
TC0100
TC0102
TC0103
TC0104
TC0106
TC0107
TC0108
TC0111
TC0112
TC0113
TC0114
TC0115
TC0117
TC0120
TC0122
TC0123
TC0124
TC0125
FSSC-04
FSSC-10
FOSC-05
FSSC-09
FFSC-07
FFSC-03
FSSC-01
FSSC-04
FSSC-04
FFSC-07
FOSC-01
FFSC-11
FOSC-03
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-04
FSSC-03
FSSC-04
FFSC-07
FOSC-01
FFSC-07
FSSC-03
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. solani
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. solani
PDS = 3+4
PDS = 5
…
PDS = 3+4
Fusarium sp.
F. fujikuroi
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 3+4
Fusarium sp.
…
Fusarium sp.
…
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 3+4
PDS = 5
PDS = 3+4
Fusarium sp.
…
Fusarium sp.
PDS = 5
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
…
244622
…
…
244623
…
…
…
…
244624
…
244625
…
…
…
…
…
…
…
244626
…
244627
…
…
AB917029
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917004
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
TC0126
Other-03
F. tricinctum
F. negundis
Togo
244628
AB917038
TC0127
TC0129
TC0130
TC0131
TC0133
TC0134
TC0135
TC0136
TC0137
TC0138
TC0141
TC0142
TC0143
TC0144
TC0145
TC0146
TC0147
TC0150
TC0151
TC0152
TC0153
TC0154
TC0155
TC0156
FOSC-01
FSSC-10
FSSC-03
FSSC-04
FOSC-05
FFSC-07
FSSC-08
FSSC-03
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-03
FOSC-01
FOSC-05
FSSC-03
FSSC-06
FFSC-07
FFSC-07
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. fujikuroi
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. fujikuroi
F. fujikuroi
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
…
Fusarium sp.
PDS = 5
PDS = 5
…
…
PDS = 5
…
…
PDS = 5
PDS = 3+4
Fusarium sp.
Fusarium sp.
…
…
…
…
…
…
…
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Togo
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
…
…
…
…
…
244629
…
…
…
…
…
…
…
…
…
244630
244631
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
TC0157
TC0158
TC0159
TC0163
TC0165
TC0167
TC0168
TC0169
TC0170
TC0171
TC0172
TC0173
TC0174
TC0176
TC0177
TC0179
TC0180
TC0182
TC0184
TC0186
TC0191
TC0203
TC0205
TC0211
TC0212
TC0213
TC0214
TC0215
TC0216
TC0217
TC0218
TC0220
TC0223
TC0224
TC0225
TC0226
TC0227
TC0228
TC0229
TC0230
TC0231
TC0232
TC0233
TC0234
TC0239
TC0243
TC0245
TC0251
TC0253
TC0255
TC0256
TC0260
TC0261
TC0263
TC0264
FSSC-11
FOSC-01
FSSC-12
FSSC-13
FSSC-03
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FSSC-03
FSSC-04
FSSC-03
FOSC-03
FOSC-04
FSSC-01
FOSC-01
FSSC-05
FSSC-05
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FSSC-01
FSSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-05
FOSC-05
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FOSC-01
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-04
FOSC-01
FSSC-01
FOSC-05
FSSC-03
FSSC-03
FSSC-03
FOSC-01
FSSC-01
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. oxysporum
F. solani
F. solani
F. solani
F. oxysporum
F. solani
PDS = 11 or 17
…
PDS = 5
PDS = 11
PDS = 5
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
PDS = 5
…
…
PDS = 5
…
PDS = 3+4
PDS = 3+4
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 3+4
…
PDS = 5
…
PDS = 5
PDS = 5
PDS = 5
…
PDS = 5
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
Field A
244632
…
244633
244634
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
AB917030
…
AB917031
AB917032
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
…
TC0265
Other-04
F. tricinctum
F. flocciferum
Field A
244635
AB917039
TC0277
TC0289
FOSC-01
FFSC-03
F. oxysporum
F. fujikuroi
…
F. fujikuroi
Field A
Field A
…
…
…
…
Table S3. Reference Fusarium strains used in this study
Reference strain
EFST
Species
complex
F. oxysporum
Species
Forma specialis
F. foetens
Origin
…….
Location*
Ishinomaki, Iwate
Plant
Begonia ×
hiemalis
Source†
Literature‡
MAFF
Aoki 2009; Sekine et al. 2008
MAFF 240179 (MB1)
FOSC21
MAFF 240180 (MB2)
FOSC21
F. oxysporum
F. foetens
…….
Ishinomaki, Iwate
Begonia ×
hiemalis
MAFF
Aoki 2009; Sekine et al. 2008
MAFF 237507 (TA
AR0300a)
FOSC20
F. oxysporum
F. nisikadoi
…….
Tsukuba, Ibaraki
Phyllostachys
nigra var.
henonis
MAFF
Aoki 2009; Nirenberg and Aoki
1997
F13
FOSC03
FOSC03
F. oxysporum
…….
…….
Matsue, Shimane
(Soil)
Nakaho, K.
Muslim et al. 2003
F. oxysporum
…….
…….
(Fo-304 was isolated
in Matsudo, Chiba)
(Rhizosphere of
tomato)
Amemiya, Y.,
and Usami, T.
Shishido et al. 2005
MAFF 410171 (FB22)
FOSC01
F. oxysporum
…….
(pathogenic to
Alnus pendula)
Mamurogawa, Yamagata
Alnus pendula
MAFFc
Aoki 2009
MAFF 410172 (FB11)
FOSC07
F. oxysporum
…….
(pathogenic to
Paulownia tomentosa)
Tokyo
Paulownia
tomentosa
MAFF
Aoki 2009
MAFF 305556
(A•2•2)
FOSC11
F. oxysporum
…….
asparagi
Hokkaido
Asparagus
asparagoides
MAFF
Ito et al. 2004; Matsubara et al.
2003
MAFF 103070 (Ipom1)
FOSC03
F. oxysporum
…….
batatas
Chiba
Ipomoea
batatas
MAFF
Inami et al. 2010; Ito et al. 2004;
Kawabe et al. 2005
MAFF 240331
(100123)
FOSC14
F. oxysporum
…….
conglutinans
Kumagaya, Saitama
Brassica
oleracea
MAFF
Enya et al. 2008
MAFF 239215 (FOki-2)
FOSC14
F. oxysporum
…….
conglutinans
Asaba, Shizuoka
Brassica
oleracea
MAFF
MAFF 306716
(OSH4)
MAFF 305116 (A)
F. oxysporum
…….
cubense
Itoman, Okinawa
Musa sp.
MAFF
F. oxysporum
…….
cucumerinum
Unknown
Cucumis sativus
MAFF
Ito et al. 2004; Namiki et al. 1994
F. oxysporum
…….
cucumerinum
Toyama
Cucumis sativus
Tsuge, T.
Namiki et al. 1994
JCM9285 (CuCu01015)
MAFF 103054 (Cucu1)
MAFF 103072 (C 891)
FOSC18
FOSC01
FOSC01
FOSC01
FOSC05
FOSC15
F. oxysporum
…….
cucumerinum
Toyama
Cucumis sativus
Tsuge, T.
Namiki et al. 1994
F. oxysporum
…….
cucumerinum
Tsu, Mie
Cucumis sativus
MAFF
Ito et al. 2004
F. oxysporum
…….
dianthi
Chiba
Dianthus
caryophyllus
MAFF
Ito et al. 2004
MAFF 305557 (SF201)
FOSC05
F. oxysporum
…….
fragariae
Unknown
Fragaria sp.
MAFF
Ito et al. 2004; Namiki et al. 1994;
Tsumuki et al. 1995
MAFF 305610 (I-311)
FOSC17
F. oxysporum
…….
gladioli
Nagano
Gladiolus sp.
MAFF
Ito et al. 2004
Fo-B2
(Benomyl -resistant
derivative
of Fo-304)
JCM9284 (Cu: 8-1)
MAFF 744087
(M104)
MAFF 731089
(H111)
MAFF 103008
(FOLA-1)
FOSC05
FOSC05
FOSC05
F. oxysporum
…….
lactucae
Kurume, Fukuoka
Lactuca sativa
MAFF
F. oxysporum
…….
lactucae
Hamamatsu, Shizuoka
Lactuca sativa
MAFF
F. oxysporum
…….
lagenariae
Tsu, Mie
Lagenaria
siceraria
MAFF
Ito et al. 2004; Namiki et al. 1994
CU1
FOSC10
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 1)
Chiba
Solanum
lycopersicum
Amemiya, Y.,
and Usami, T.
Momma et al. 2010; Shishido et
al. 2005
MAFF 103036 (Lyco1)
FOSC10
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 1)
Tsu, Mie
Solanum
lycopersicum
MAFF
Inami et al. 2010; Ito et al. 2002;
2004; Kawabe et al. 2005;
Takehara and Kuniyasu 1994
880621a-1
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Nikko, Tochigi
Solanum
lycopersicum
Arie, T.
Kawabe et al. 2004; 2005
CK3-1
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Gifu
Solanum
lycopersicum
Tsuge, T.
Imazaki et al. 2007
MAFF 103043
(Ichikai)
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Ichikai, Tochigi
Solanum
lycopersicum
MAFF
Inami et al. 2010; Kawabe et al.
2005
MAFF 103038 (Lyco3)
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Tsukubamirai, Ibaraki
Solanum
lycopersicum
MAFF
Dissanayake 2009; Ito et al. 2004;
Kawabe et al. 2005
N8
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Takayama, Gifu
Solanum
lycopersicum
MAFF 238900 (NN6)
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Takayama, Gifu
Solanum
lycopersicum
SL9001
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Biratori, Hokkaido
Solanum
lycopersicum
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
This study
SL9002
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Biratori, Hokkaido
Solanum
lycopersicum
This study
T No. 3
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Tochigi
Solanum
lycopersicum
Tsuge, T.
MAFF 103042
(Utsunomiya)
FOSC03
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 2)
Utsunomiya, Tochigi
Solanum
lycopersicum
Nakaho, K.,
and MAFF
GF1022
FOSC11
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 3)
Anpachi, Gifu
Solanum
lycopersicum
GF1028
FOSC11
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 3)
Anpachi, Gifu
Solanum
lycopersicum
GF1030
FOSC11
F. oxysporum
…….
lycopersici (race 3)
Anpachi, Gifu
Solanum
lycopersicum
MAFF 240333
(880120h)
MAFF 103051 (Sola1)
FOSC16
FOSC12
F. oxysporum
…….
matthiolae
Kamogawa, Chiba
Matthiola sp.
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
MAFF
F. oxysporum
…….
melongenae
Tsuchiura, Ibaraki
Solanum
melongena
MAFF
Nishimura 2003
Takehara and Kuniyasu 1994
Enya et al. 2008
Inami et al. 2010; Ito et al. 2004;
Kawabe et al. 2005
FOSC05
FOSC05
FOSC16
F. oxysporum
…….
melonis (race 0)
Shizuoka
Cucumis melo
Tsuge, T.
Namiki et al. 1998
F. oxysporum
…….
melonis (race 0)
Kumamoto
Cucumis melo
Tsuge, T.
Namiki et al. 1994; 1998
F. oxysporum
…….
melonis (race 0)
Shizuoka
Cucumis melo
MAFF
Hirano and Arie 2006; 2009; Ito et
al. 2004; 2005
FOSC14
FOSC19
FOSC14
FOSC14
FOSC01
FOSC01
FOSC05
F. oxysporum
…….
melonis (race 1)
Shiga
Cucumis melo
Tsuge, T.
Namiki et al. 2000
F. oxysporum
…….
melonis (race 1)
Ibaraki
Cucumis melo
Tsuge, T.
F. oxysporum
…….
melonis (race 1,2y)
Kochi
Cucumis melo
Tsuge, T.
F. oxysporum
…….
melonis (race 1,2y)
Furano, Hokkaido
Cucumis melo
Tsuge, T.
F. oxysporum
…….
melonis (race 2)
Unknown
Cucumis melo
Tsuge, T.
Namiki et al. 1994; 1998
F. oxysporum
…….
melonis (race 2)
Nagasaki
Cucumis melo
Tsuge, T.
Namiki et al. 1994; 1998
F. oxysporum
…….
momordicae
Itoman, Okinawa
Momordica
charantia
MAFF
MAFF 305543
FOSC05
F. oxysporum
…….
niveum
Shizuoka
Citrullus
lanatus
MAFF
Namiki et al. 1994
MAFF 235727 (F-33)
FOSC01
F. oxysporum
…….
phaseoli
Unknown
Phaseolus
vulgaris
MAFF
Hirano and Arie 2006
MAFF 103048
(F212A)
FOSC10
F. oxysporum
…….
radicis-lycopersici
Kochi
Solanum
lycopersicum
MAFF
MAFF 103007 (FOT1)
FOSC10
F. oxysporum
…….
radicis-lycopersici
Gifu, Gifu
Solanum
lycopersicum
MAFF
Ito et al. 2004
MAFF 238903 (J35)
FOSC10
F. oxysporum
…….
radicis-lycopersici
Kitagata, Gifu
Solanum
lycopersicum
MAFF 238904 (TW1)
FOSC10
F. oxysporum
…….
radicis-lycopersici
Gujo, Gifu
Solanum
lycopersicum
MAFF 103047 (F213)
FOSC12
F. oxysporum
…….
radicis-lycopersici
Kochi
Solanum
lycopersicum
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
MAFF
Ito et al. 2004; Kawabe et al. 2005
MAFF 240328
(100013)
FOSC14
F. oxysporum
…….
raphani
Tokyo
Raphanus
sativus
MAFF
Enya et al. 2008
MAFF 103057 (Raph1)
FOSC14
F. oxysporum
…….
raphani
Tsu, Mie
Raphanus
sativus
MAFF
Enya et al. 2008; Ito et al. 2004
gf-1
FOSC05
F. oxysporum
…….
spinaciae
Hida, Gifu
Spinacia
oleracea
Amemiya, Y.,
and Usami, T.
Escuadra and Amemiya 2008
GFS06061
FOSC05
F. oxysporum
…….
spinaciae
Takayama, Gifu
Spinacia
oleracea
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
Mel:3-0
Mel02005
MAFF 305544
Mel02221
YU-1
Mel02065
TH-1
Mel: 1-0
Mel02010
MAFF 306714
(OSH2)
Namiki et al. 1998
GFS06081
FOSC05
F. oxysporum
…….
spinaciae
Hida, Gifu
Spinacia
oleracea
GFS06083
FOSC05
F. oxysporum
…….
spinaciae
Hida, Gifu
Spinacia
oleracea
MAFF 235105 (TAC
80RB-7)
FOSC16
F. oxysporum
…….
tulipae
Tonami, Toyama
Tulipa sp.
MAFF 239421 (T.
Aoki AS1101)
FFSC22
F. fujikuroi
F. circinatum
…….
Tatsugo, Kagoshima
Pinus
luchuensis
MAFF
MAFF 239425 (T.
Aoki AS1107)
FFSC22
F. fujikuroi
F. circinatum
…….
Amamishi, Kagoshima
Pinus
luchuensis
MAFF
MAFF 236397 (T.
Kobayashi 8-(2))
FFSC22
F. fujikuroi
F. circinatum
…….
Tatsugo, Kagoshima
Pinus
luchuensis
MAFF
Aoki 2009
MAFF 237649 (T.
AOKI AR0326)
FFSC16
F. fujikuroi
F. concentricum
…….
Tsukuba, Ibaraki
Oryza sativa
MAFF
Aoki et al. 2001
MAFF 237650 (T.
AOKI AR0347)
FFSC17
F. fujikuroi
F. concentricum
…….
Ibusuki, Kagoshima
Triticum sp.
MAFF
Aoki et al. 2001; Aoki 2009
MAFF 237530 (93
SyFm 1-1)
FFSC26
F. fujikuroi
F. fractiflexum
…….
Unknown (Japan)
Cymbidium sp.
MAFF
Aoki 2009; Aoki et al. 2001;
Ichikawa and Aoki 2000
MAFF 235151
FFSC02
FFSC03
FFSC12
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…….
Unkown
Oryza sativa
MAFF
Okazaki and Saito1987
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…….
Tsukuba, Ibaraki
Oryza sativa
MAFF
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…….
Akita
Oryza sativa
Fuji, S., and
Tsuge, T.
MAFF 238531
(T.Aoki BK18-1)
FFSC12
F. fujikuroi
F. fujikuroi
…….
Tsukuba, Ibaraki
Oryza sativa
MAFF
Aoki 2009
MAFF 237511 (TA
AR 0335)
FFSC15
F. fujikuroi
F. globosum
…….
Ishigaki, Okinawa
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009; Moses et al. 2010
MAFF 239055
(JP00F1)
FFSC19
F. fujikuroi
F. guttiforme
…….
Ishinomaki, Iwate
Odontoglossum
sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 239061
(JP02F1)
FFSC19
F. fujikuroi
F. guttiforme
…….
Utsunomiya, Tochigi
Odontoglossum
sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 239069 (1-11)
FFSC20
F. fujikuroi
F. nygamai
…….
Amamishi, Kagoshima
Saccharum
officinarum
MAFF
Aoki 2009
MAFF 239070 (1-52)
FFSC20
F. fujikuroi
F. nygamai
…….
Amamishi, Kagoshima
Saccharum
officinarum
MAFF
MAFF 237528 (92
SyFm 14-1)
FFSC13
F. fujikuroi
F. proliferatum
…….
Unknown
Cymbidium sp.
MAFF
MAFF 236459 (TA
AR0144)
FFSC13
F. fujikuroi
F. proliferatum
…….
Ishigaki, Okinawa
Triticum sp.
MAFF
MAFF 236871 (K92165)
FFSC14
F. fujikuroi
F. proliferatum
…….
Tsukuba, Ibaraki
Oryza sativa
MAFF
MAFF 235992 (K922)
AFM06-014A
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
Horinouchi, H.,
and Watanabe,
H.
MAFF
Mukobata et al. 1982
Dissanayake et al. 2009
MAFF 238030 (FTK2)
MAFF 410716
(NO.2-14D)
FFSC18
FFSC24
F. fujikuroi
F. proliferatum
…….
Zaou, Miyagi
Basella alba
MAFF
F. fujikuroi
F. proliferatum
…….
Kyoto, Kyoto
Cryptomeria
japonica
MAFF
Aoki 2009
MAFF 410715
(NO.2-3D-2)
FFSC24
F. fujikuroi
F. proliferatum
…….
Kyoto, Kyoto
Cryptomeria
japonica
MAFF
Aoki 2009
MAFF 239074 (1-23)
FFSC21
F. fujikuroi
F. sacchari
…….
Amamishi, Kagoshima
Saccharum
officinarum
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240087 (Maize
L-3)
FFSC23
F. fujikuroi
F. verticillioides
…….
Hiratsuka, Kanagawa
Zea mays
MAFF
Aoki 2009
MAFF 511481
(120+4)
MAFF 305607 (I-351)
FFSC25
FSSC15
F. fujikuroi
F. verticillioides
…….
Nasushiobara, Tochigi
Zea mays
MAFF
Okabe et al. 2015
F. solani
F. cuneirostrum
(sny. F. solani
f. sp. phaseoli)
phaseoli
Unknown
Phaseolus
vulgaris
MAFF
Aoki 2009; Aoki et al. 2005;
Tsumuki et al. 1995
MAFF 840046 (S-26)
F. solani
mori
Miyazaki
Morus alba
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240366 (T.
Aoki AR0292)
FSSC16
FSSC14
Not
given
MAFF 240371 (T.
Aoki AR0615)
F. solani
F. striatum
…….
Tokyo
Lotus japonicus
MAFF
Aoki 2009; Takeuchi et al. 2007
Other
F. asiaticum
…….
Tsukuba, Ibaraki
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
Not
given
Other
F. avenaceum
…….
Hiraizumi, Iwate
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240361 (T.
Aoki AR0321a)
Not
given
Other
F. babinda
…….
Tsukuba, Ibaraki
(Soil)
MAFF
Aoki 2009
MAFF 235976 (K.
Kita 36)
Not
given
Other
F. coeruleum
…….
Ishikari, Hokkaido
Solanum
tuberosum
MAFF
Aoki 2009
MAFF 238422
(decem-4)
Not
given
Other
F. decemcellulare
…….
Higashi-izu, Shizuoka
Annona
atemoya
MAFF
Aoki 2009
MAFF 237465 (T.
Kobayashi-28(8))
Not
given
Other
F. dimerum
…….
Okinawa, Okinawa
Aloe sp.
MAFF
Aoki 2009; Motohashi et al. 2007
MAFF 240359 (T.
Aoki AR0469)
Not
given
Other
F. equiseti
…….
Tsukuba, Ibaraki
(Soil)
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240353 (T.
Aoki TNPGB-7)
Not
given
Other
F. graminearum
…….
Tanno, Hokkaido
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 236532 (TA
AR0239)
Not
given
Other
F. incarnatum
…….
Tsukuba, Ibaraki
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240372 (T.
Aoki AR0382)
Not
given
Other
F. kyushuense
…….
Minamiosumi,
Kagoshima
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 410883 (FB37)
Not
given
Other
F. matuoi
…….
Mamurogawa, Yamagata
Albizia
julibrissin
MAFF
Aoki 2009
MAFF 236504 (TA
AR0186)
Not
given
Other
F. merismoides
…….
Tsukuba, Ibaraki
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240020 (LF1)
MAFF 240357 (T.
Aoki AR0676)
Not
given
Other
F. poae
…….
Yamaga, Kumamoto
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 306335 (91-F14(No.198))
Not
given
Other
F. redolens
…….
Akagi, Gunma
Amorphophallus
konjac
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240356 (T.
Aoki TNPS-11)
Not
given
Other
F. sporotrichioides
…….
Tanno, Hokkaido
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
MAFF 240358 (T.
Aoki AR0300)
Other03
Other
F. tricinctum
…….
Shizukuishi, Iwate
Triticum sp.
MAFF
Aoki 2009
*All strains without country names were isolated in Japan.
†MAFF, MAFF genebank system, National Institute for Agrobiological Sciences, Tsukuba, Japan.
‡The
details of the literature are as follows:
Aoki T. 2009. Taxonomic system of the genus Fusarium. Microbiol. Cult. Coll. 25:1–12.
Aoki T, O'Donnell K, Homma Y, Lattanzi AR. 2003. Sudden-death syndrome of soybean is caused by two morphologically and phylogenetically
distinct species within the Fusarium solani species complex-F. virguliforme in North America and F. tucumaniae in South America. Mycologia
95:660–684.
Aoki T, O'Donnell K, Ichikawa K. 2001. Fusarium fractiflexum sp. nov. and two other species within the Gibberella fujikuroi species complex
recently discovered in Japan that form aerial conidia in false heads. Mycoscience 42:461–478.
Aoki T, O'Donnell K, Scandiani MM. 2005. Sudden death syndrome of soybean in South America is caused by four species of Fusarium: Fusarium
brasiliense sp. nov., F. cuneirostrum sp. nov., F. tucumaniae, and F. virguliforme. Mycoscience 46:162–183.
Dissanayake MLMC, Kashima R, Tanaka S, Ito S. 2009. Genetic diversity and pathogenicity of Fusarium oxysporum isolated from wilted Welsh
onion in Japan. J. Gen. Plant Pathol. 75:125–130.
Dissanayake MLMC, Tanaka S, Ito S. 2009. Fumonisin B 1 production by Fusarium proliferatum strains isolated from Allium fistulosum plants and
seeds in Japan. Lett. Appl. Microbiol. 48:598–604.
Enya J, Togawa M, Takeuchi T, Yoshida S, Tsushima S, Arie T, Sakai T. 2008. Biological and phylogenetic characterization of Fusarium oxysporum
complex, which causes yellows on Brassica spp., and proposal of F. oxysporum f. sp. rapae, a novel forma specialis pathogenic on B. rape in Japan.
Phytopathology 98:475–483.
Escuadra GME, Amemiya Y. 2008. Suppression of Fusarium wilt of spinach with compost amendments. J. Gen. Plant Pathol. 74:267–274.
Hirano Y, Arie T. 2006. PCR-based differentiation of Fusarium oxysporum ff. sp. lycopersici and radicis-lycopersici and races of F. oxysporum f. sp.
lycopersici. J Gen. Plant Pathol. 72:273–283.
Hirano Y, Arie T. 2009. Variation and phylogeny of Fusarium oxysporum isolates based on nucleotide sequences of polygalacturonase genes.
Microbes Environ. 24:113–120.
Hirooka Y, Kobayashi T, Natsuaki KT, Uehara K. 2003. Occurrence of Passiflora wilt in Japan caused by Haematonectria ipomoeae. Jpn. J.
Phytopathol. 69:1–8. {Written in Japanese with English abstract}
Ichikawa K, Aoki T. 2000. New leaf spot disease of Cymbidium species caused by Fusarium subglutinans and Fusarium proliferatum. J. Gen. Plant
Pathol. 66:213–218.
Imazaki I, Kurahashi M, Iida Y, Tsuge T. 2007. Fow2, a Zn(II)2Cys6-type transcription regulator, controls plant infection of the vascular wilt fungus
Fusarium oxysporum. Mol. Microbiol. 63:737–753.
Inami K, Yoshioka C, Hirano Y, Kawabe M, Tsushima S, Teraoka T, Arie T. 2010. Real-time PCR for differential determination of the tomato wilt
fungus, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, and its races. J. Gen. Plant Pathol. 76:116–121.
Ito S, Takahara H, Kawaguchi T, Tanaka S, Kameya-Iwaki M. 2002. Post-transcriptional silencing of the tomatinase gene in Fusarium oxysporum f. sp
lycopersici. J. Phytopathol. 150:474–480.
Ito S, Nagata A, Kai T, Takahara H, Tanaka S. 2005. Symptomless infection of tomato plants by tomatinase producing Fusarium oxysporum formae
speciales nonpathogenic on tomato plants. Physiol. Mol. Plant Pathol. 66:183–191.
Ito S, Kawaguchi T, Nagata A, Tamura H, Matsushita H, Takahara H, Tanaka S, Ikeda T. 2004. Distribution of the FoToml gene encoding tomatinase
in formae speciales of Fusarium oxysporum and identification of a novel tomatinase from F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici, the causal agent of
Fusarium crown and root rot of tomato. J. Gen. Plant Pathol. 70:195–201.
Kawabe M, Mizutani K, Yoshida T, Teraoka T, Yoneyama K, Yamaguchi I, Arie T. 2004. Cloning of the pathogenicity-related gene FPD1 in
Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici. J. Gen. Plant Pathol. 70:16–20.
Kawabe M, Kobayashi Y, Okada G, Yamaguchi I, Teraoka T, Arie T. 2005. Three evolutionary lineages of tomato wilt pathogen, Fusarium
oxysporum f. sp. lycopersici, based on sequences of IGS, MAT1, and pg1, are each composed of isolates of a single mating type and a single or closely
related vegetative compatibility group. J. Gen. Plant Pathol. 71:263–272.
Matsubara Y, Hasegawa N, Ohba N. 2003. Relation between fiber and pectic substances in root tissue and tolerance to Fusarium root rot in asparagus
plants infected with arbuscular mycorrhizal fungus. J. Japan Soc. Hort. Sci. 72:275–280. {Written in Japanese}
Momma N, Momma M, Kobara Y. 2010. Biological soil disinfestation using ethanol: effect on Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici and soil
microorganisms. J. Gen. Plant Pathol. 76:336–344.
Moses LM, Marasas WFO, Vismer HF, De Vos L, Rheeder JP, Proctor RH, Wingfield BD. 2010 Molecular characterization of Fusarium globosum
strains from South African maize and Japanese wheat. Mycopathologia 170:237–249.
Motohashi K, Aoki T, Kobayashi T. 2007. Foot rot disease of Aloe spp. caused by Fusarium dimerum Penzig var. dimerum, a new disease. Jpn. J.
Phytopathol. 73:304–308.
Mukobata H, Nahata K, Kusaba T. 1982. Studies on a simple technique for evaluation of tulip cultivar resistance to bulb rot caused by Fusarium
oxysporum f. sp. tulipae. (1) The bulb inoculation methods using a needle-prick or dipping in a conidial suspension. Proc. Assoc. Plant Prot. Hokuriku
30:91–97.
Muslim A, Horinouchi H, Hyakumachi M. 2003. Biological control of Fusarium wilt of tomato with hypovirulent binucleate Rhizoctonia in
greenhouse conditions. Mycoscience 44:77–84.
Nakayama K, Aoki T. 2010. Foot rot of tomato, a new disease in Japan, caused by Fusarium solani f. sp. eumartii. Jpn. J. Phytopathol. 76:7–16.
{Written in Japanese with English abstract}
Namiki F, Shimizu K, Satoh K, Hirabayashi T, Nishi K, Kayamura T, Tsuge T. 2000. Occurrence of Fusarium oxysporum f. sp. melonis Race 1 in
Japan. J. Gen. Plant Pathol. 66:12–17.
Namiki F, Shiomi T, Kayamura T, Tsuge T. 1994. Characterization of the formae speciales of Fusarium oxysporum causing wilts of cucurbits by DNA
fingerprinting with nuclear repetitive DNA sequences. Appl. Environ. Microbiol. 60:2684–2691.
Namiki F, Shiomi T, Nishi K, Kayamura T, and Tsuge T. 1998. Pathogenic and genetic variation in the Japanese strains of Fusarium oxysporum f. sp.
melonis. Phytopathology 88:804–810.
Nirenberg HI, Aoki T. 1997. Fusarium nisikadoi, a new species from Japan. Mycoscience 38:329–333.
Nishimura N. 2003. Vegetative compatibility groups in Fusarium oxysporum f. sp. lactucae race 3 causing butter-head lettuce root rot in Fukuoka.
Kyushu Pl. Prot. Res. 49:37–40. {Written in Japanese}
O'Donnell K. 2000. Molecular phylogeny of the Nectria haematococca-Fusarium solani species complex. Mycologia 92:919–938.
Okabe I, Hiraoka H, Miki K. 2015. Influence of harvest time on fumonisin contamination of forage maize for whole-crop silage. Mycoscience. In
Press.
Okazaki M, Saito H. 1987. List of culture collection of Fusarium in Shinshu University. Bull. Jpn. Fed. Cult. Collect. 3:54–62.
Sekine T, Kanno H, Aoki T. 2008. Occurrence of leaf and stem rot caused by Fusarium foetens on begonia elatior hybrids (Begonia × hiemalis). Jpn. J.
Phytopathol. 74:164–166.
Shishido M, Miwa C, Usami T, Amemiya Y, Johnson KB. 2005. Biological control efficiency of Fusarium wilt of tomato by nonpathogenic Fusarium
oxysporum Fo-B2 in different environments. Phytopathology 95:1072–1080.
Takehara T, Kuniyasu K. 1994. Use of nitrate-nonutilizing mutants in ecological studies of Fusarium diseases. I. Formation of nit mutants from some
formae speciales of Fusarium oxysporum. Ann. Phytopathol. Soc. Japan 60:699–704.
Takeuchi K, Tomioka K, Kouchi H, Nakagawa T, Kaku H. 2007. A novel pathosystem to study the interactions between Lotus japonicus and
Fusarium solani. J. Gen. Plant Pathol. 73: 336–341.
Tsumuki H, Yanai H, Aoki T. 1995. Identification of ice-nucleating active fungus isolated from the gut of the rice stem borer, Chilo suppressalis
Walker (Lepidoptera: Pyralidae) and a search for ice-nucleating active Fusarium species. Ann. Phytopathol. Soc. Jpn. 61:334–339.
Table S4. Nucleotide sequence data of the FSSC EF-1α gene derived from the DDBJ/EMBL/GenBank databases used in this study
Origin
LF1 (MAFF 240020)
Accession
no.
AB426287
MAFF 238881
AB426618
F. solani
Zentsuji,
Kagawa
Eustoma sp.
Tomioka et al. 2002; 2011
04T-1 (MAFF 240345)
AB498980
F. solani f. sp. eumartii
Utsunomiya,
Tochigi
Solanum lycopersicum
Nakayama and Aoki 2010
04T-2 (MAFF 240346)
AB498981
F. solani f. sp. eumartii
Utsunomiya,
Tochigi
Solanum lycopersicum
Nakayama and Aoki 2010
G (MAFF 237667)
Nudainessakuhogo-27(5)
(MAFF 238974)
AB513843
AB513845
F. striatum
F. striatum
Kanagawa
Hachijo,
Tokyo
Gerbera sp.
Passiflora edulis
Nakayama and Aoki 2010
Aoki 2009; Hirooka et al. 2003;
Nakayama and Aoki 2010
NRRL 22090
NRRL 22098
AF178326
AF178327
F. illudens
F. solani f. sp. cucurbitae race 1
(MP-I)
New Zealand
–
Beilschmiedia tawa
Cucurbita sp.
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
Romberg and Davis 2007; Tomioka et al. 2011
NRRL 22161 (MAFF
238542)
AF178330
F. solani f. sp. robiniae (MP-VII)
Unknown
(Japan)
Robinia pseudoacacia
Aoki et al. 2003
NRRL 20438
NRRL 22275 (MAFF
239036)
AF178332
AF178335
F. ambrosium
F. cuneirostrum
(syn. F. solani f. sp. phaseoli)
India
Hokkaido
Xyleborus fornicatus
Phaseolus vulgaris
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
Aoki et al. 2005; Tomioka et al. 2011
NRRL 22277 (MAFF
238541)
AF178336
F. solani f. sp. xanthoxyli (MP-IV)
Sasayama,
Hyogo
Zanthoxylum piperitum
Aoki et al. 2003
NRRL 22278
NRRL 22400
AF178337
AF178343
F. solani f. sp. pisi (MP-VI)
F. solani f. sp. batatas (MP-II)
Pisum sativum
Ipomoea batatas
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
NRRL 22153
AF178346
F. solani f. sp. cucurbitae race 1
(MP-I)
–
North
Carolina,
USA
–
Cucurbita sp.
Romberg and Davis 2007; Tomioka et al. 2011
NRRL 22142 (MAFF
238537)
AF178347
F. solani f. sp. cucurbitae race 2
(MP-V)
California,
USA
Cucurbita sp.
Aoki et al. 2003
NRRL 22436
AF178348
N. africana
Johannesburg,
South Africa
(Soil)
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
NRRL 22468
NRRL 22166
NRRL 22586 (MAFF
238543)
AF178349
AF178350
AF178353
Neocosmospora ornamentata
N. vasinfecta
F. solani f. sp. robiniae (MP-VII)
Guinea
Illinois, USA
Virginia,
USA
Arachis hypogaea
Heteroderma glycines
Robinia sp.
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
Aoki et al. 2003
NRRL 22820
NRRL 22823 (MAFF
238548)
AF178355
AF178356
F. solani f. sp. pisi (MP-VI)
F. virguliforme
(syn. F. solani f. sp. glycines)
Indiana, USA
Indiana, USA
Glycine max
Glycine max
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
O'Donnell 2000; Tomioka et al. 2011
Database reference strain
Classification
F. striatum
Location*
Tokyo
Plant
Lotus japonicus
Literature†
Nakayama and Aoki 2010; Takeuchi et al. 2007
NRRL 22230 (MAFF
238539)
AF178358
F. solani f. sp. mori (MP-III)
Miyazaki
Morus alba
Aoki et al. 2003
NRRL 22157 (MAFF
238538)
AF178359
F. solani f. sp. mori (MP-III)
Ueda, Nagano
Morus alba
Aoki et al. 2003
NRRL 34549 (MAFF
239255)
AY730889
F. tucumaniae
(syn. F. solani f. sp. glycines)
Buenos Aires,
Argentina
Glycine max
Aoki et al. 2005; Nakayama and Aoki 2010
S-33 (MAFF 840047)
DQ452423
F. solani f. sp. pisi (MP-VI)
Nagano
Morus sp.
Aoki 2009; Nakayama and Aoki 2010
*All strains without country names were isolated in Japan.
†The details of the literature are as follows:
Aoki T. 2009. Taxonomic system of the genus Fusarium. Microbiol. Cult. Coll. 25:1–12.
Aoki T, O'Donnell K, Homma Y, Lattanzi AR. 2003. Sudden-death syndrome of soybean is caused by two morphologically and
phylogenetically distinct species within the Fusarium solani species complex-F. virguliforme in North America and F. tucumaniae
in South America. Mycologia 95:660–684.
Aoki T, O'Donnell K, Scandiani MM. 2005. Sudden death syndrome of soybean in South America is caused by four species of
Fusarium: Fusarium brasiliense sp. nov., F. cuneirostrum sp. nov., F. tucumaniae, and F. virguliforme. Mycoscience 46:162–183.
Hirooka Y, Kobayashi T, Natsuaki KT, Uehara K. 2003. Occurrence of Passiflora wilt in Japan caused by Haematonectria
ipomoeae. Jpn. J. Phytopathol. 69:1–8. {Written in Japanese with English abstract}
Nakayama K, Aoki T. 2010. Foot rot of tomato, a new disease in Japan, caused by Fusarium solani f. sp. eumartii. Jpn. J.
Phytopathol. 76:7–16. {Written in Japanese with English abstract}
O'Donnell K. 2000. Molecular phylogeny of the Nectria haematococca-Fusarium solani species complex. Mycologia 92:919–938.
Romberg MK, Davis RM. 2007. Host range and phylogeny of Fusarium solani f. sp. eumartii from potato and tomato in
California. Plant Dis.91:585-592.
Takeuchi K, Tomioka K, Kouchi H, Nakagawa T, Kaku H. 2007. A novel pathosystem to study the interactions between Lotus
japonicus and Fusarium solani. J. Gen. Plant Pathol. 73: 336–341.
Tomioka K, Hirooka Y, Takezaki A, Aoki T, Sato T. 2011. Fusarium root rot of prairie gentian caused by a species belonging to
the Fusarium solani species complex. J. Gen. Plant Pathol. 77: 132–135.
Tomioka K, Takezaki A, Sato T. 2002. Confirmation of root rot of Russell prairie gentian [Eustoma grandiflorum (Rafinesque)
Shinners] caused by Fusarium solani (Martius) Saccardo. Jpn. J. Phytopathol. 68:185. {Abstract written in Japanese}