Ajar 9: REPLIKASI DNA DAN EKSPRESI GEN Asri Peni Wulandari Review : Genetika Mikroba • Mengapa kita harus mempelajari Genetika Mikroba? • Mengapa Gen adalah dasar dari kehidupan? Unpad/Mikro/APW/2010 Tujuan Materi Kuliah: • Mampu menjelaskan konsep Dogma Molekular (replikasi, Transkripsi, dan replikasi) • Dapat menjelaskan mekanisme sintesis protein. Unpad/Mikro/APW/2010 Gen Operon Unpad/Mikro/APW/2010 Informasi Genetik Unpad/Mikro/APW/2010 DOGMA MOLEKULAR gene expression? - Transkripsi : sintesis RNA dari DNA template - Translasi : formasi sebuah protein (rangkaian asam amino) dari RNA Unpad/Mikro/APW/2010 Replikasi DNA • Salah satu rantai DNA ganda (parental strand) akan menjadi rantai ‘anak; yang identik. • Step Replikasi: – DNA tidak terlipat dan rantai DNA terpisah (replication fork) – Nukleotida bebas akan berikatan pada pasangannya – DNA polymerase akan bergabung dengan nukleotida – Terbentuknya rantai DNA baru Unpad/Mikro/APW/2010 Unpad/Mikro/APW/2010 Step 1: Hydrogen bonds between complimentary bases break DNA “unzips” Unpad/Mikro/APW/2010 Step 2: DNA strands pull apart from each other Unpad/Mikro/APW/2010 Step 3: DNA nucleotides in the cell match up with each side of the “unzipped” DNA each “unzipped’ strands forms a template for a new strand Unpad/Mikro/APW/2010 Step 3: DNA nucleotides in the cell match up with each side of the “unzipped” DNA each “unzipped’ strands forms a template for a new strand Unpad/Mikro/APW/2010 Unpad/Mikro/APW/2010 Replication fork 3’ 5’ 1 Helicase separates the double-stranded molecule Synthesis of the leading strand proceeds continuously: 5’ to 3’ 3’ DNA Polymerase III Synthesis of the lagging strand is Discontinuous: also 5’ to 3’ RNA primer 2 Primase Synthesizes an RNA primer fragment Okazaki fragments 3 DNA polymerase III adds nucleotides onto the 3' end of the fragment 4 DNA polymerase I replaces the RNA primer with deoxynucleotides Unpad/Mikro/APW/2010 5 DNA ligase seals the gaps between adjacent fragments 3’ 5’ POINT dari REPLIKASI DNA • DNA is unwound and replication fork forms • Leading strand is synthesized continuously • Lagging strand is synthesized in small segments (~1000bp,Okazaki fragments) – DNA synthesis is primed by RNA primers – RNA primers and replaced by DNA – DNA fragments are joined together Unpad/Mikro/APW/2010 SINTESIS PROTEIN LOKASI Unpad/Mikro/APW/2010 Sintesis Protein PROSES Transkripsi terjadi di dalam inti, sedangkan transformasi terjadi di sitoplasma Unpad/Mikro/APW/2010 • Proses dimana molekul DNA dikopi menjadi rantai komplementer RNA (messenger RNA=mRNA) • Proses pengkodean mRNA menjadi protein dengan menggunakan beberapa jenis RNA Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSKRIPSI • RNA polymerase , enzim yang melekat pada DNA pada posisi khusus rantai DNA yang berperan sebagai “start signal”. • Rantai DNA akan terpisah dan satu rantai DNA akan berperan sebagai template. • Basa RNA akan melekat pada komplementer DNA (template), sehingga dapat dimulai sintesis mRNA Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSKRIPSI (L a n j u t a n) Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSLASI • Unpad/Mikro/APW/2010 Terdiri dari 3 tahap: – Inisiasi - start codon (AUG) – Elongasi –ribosom bergerak sepanjang mRNA – Terminasi- stop codo. Polypeptida dilepaskan dan protein baru terbentuk Tipe-tipe RNA • mRNA, 3 basa (kodon) ? ? Unpad/Mikro/APW/2010 • rRNA, terdiri dari 70S ribosome • tRNA, 3 basa antikodon (komplementer kodon dari mRNA Kode Genetik • DNA: triplet code • mRNA: kodon (komplementari terhadap triplet kode dari DNA) • tRNA: antikodon (komplimentari terhadap kodon ) Unpad/Mikro/APW/2010 KODON Unpad/Mikro/APW/2010 OH P HO NH2 O N O CH2 N H P O O N O CH2 P Guanine NH2 N O Arginine H NH2 O N O CH2 N O OH Unpad/Mikro/APW/2010 NH N O HO N O O HO Adenine N H N N Adenine Kode Genetik Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSLASI Proses Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSLASI Proses Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSLASI Proses Unpad/Mikro/APW/2010 TRANSLASI Proses Unpad/Mikro/APW/2010 Perbedaan RNA dan DNA Unpad/Mikro/APW/2010 Transkripsi – Tahap 1 5’ A C G T A T C G C G T A 3’ 3’ T G C A T A G C G C A T 5’ Template DNA Strands Unpad/Mikro/APW/2010 Transkripsi– Tahap II 5’ A C G T A T C G C G T A 3’ 3’ U G C A U A G C G C A U 5’ Template DNA adalah sama dengan komplemen rantai mRNA Unpad/Mikro/APW/2010 Transkripsp – Tahap III 5’ A C G U A U C G C G U A 3’ 3’ U G C A U A G C G C A U 5’ • mRNA meninggalkan nukleus dan menuju ribosom • Komplemen RNA baru disintesis (rRNA) Unpad/Mikro/APW/2010 Transcription Reminders !!! • The template strand is the DNA strand being copied • The rRNA strand is the same as the DNA strand except Us have replaced Ts Unpad/Mikro/APW/2010 Gene Expression Overview template strand: strand of the DNA double helix used to make RNA coding strand: strand of DNA that is complementary to the template strand RNA polymerase: the enzyme that synthesizes RNA from the DNA template Unpad/Mikro/APW/2010 Gene Expression Overview Transcription proceeds through: – initiation – RNA polymerase identifies where to begin transcription – elongation – RNA nucleotides are added to the 3’ end of the new RNA – termination – RNA polymerase stops transcription when it encounters terminators in the DNA sequence Unpad/Mikro/APW/2010 Gene Expression Overview • Translation proceeds through – initiation – mRNA, tRNA, and ribosome come together – elongation – tRNAs bring amino acids to the ribosome for incorporation into the polypeptide – termination – ribosome encounters a stop codon and releases polypeptide Unpad/Mikro/APW/2010 Gene Expression Overview Gene expression requires the participation of multiple types of RNA: messenger RNA (mRNA) carries the information from DNA that encodes proteins ribosomal RNA (rRNA) is a structural component of the ribosome transfer RNA (tRNA) carries amino acids to the ribosome for translation Unpad/Mikro/APW/2010 Gene Expression Overview • Gene expression requires the participation of multiple types of RNA: • small nuclear RNA (snRNA) are involved in processing pre-mRNA • signal recognition particle (SRP) is composed of protein and RNA and involved in directing mRNA to the RER • micro-RNA (miRNA) are very small and their role is not clear yet Unpad/Mikro/APW/2010 Overview 1. Mengapa Transkripsi diperlukan? Transkripsi berperan dalam untuk membentuk mRNA yang akan membawa kode genetik keluar dari nukleus menuju ribosom di sitoplasma untuk ditranslasi menjadi protein 2. Transkripsi ? RNA polimerase berikatan pada DNA , memisahkan rantai ganda DNA, selanjutnya menggunakan satu strand sebagai template untuk mensintesis mRNA 3. Mengapa Translasi diperlukan? Translasi memastikan bahwa asam amino yang tepat berikatan oleh peptida untuk membentuk protein Unpad/Mikro/APW/2010 Overview 4. Translasi? Sel menggunakan informasi dari mRNA untuk menghasilkan protein 5. Apa bedanya DNA dan RNA? DNA mempunyai deoxyribose, RNA mempunyai ribose; DNA ada 2 strands, RNA hanya ada satu strand; DNA memilki thymine, RNA memiliki uracil. 6. Terjemahkan kodon ini menjadi peptida : UGGCAGUGC tryptophan-glutamine-cysteine Unpad/Mikro/APW/2010 Apa artinya?? • gen adalah Konstitutif: • Beberapa gen bersifat indusible • Beberapa gen bersifat repressible Unpad/Mikro/APW/2010