Gene mutation อ.ดร. นพมาศ โลกคาลือ สาขาพันธุศาสตร์ สายวิชาวิทยาศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ What is mutation? A mutation is a change in the genetic material that controls heredity. What is genetic materials? What relationship is the genetic material and chromosome? Genetic material and chromosome homologous Mutation Results from unrepaired damage to DNA Mutation = Damage - repair Facts of mutation Mutation are stably inherited changes in the nucleotide sequence of the genome A change in nucleotide sequence due to, for example, damage to DNA is not a mutation unless it caused changes in DNAs that result from replication of the damage DNA. Mutation or polymorphism DNA sequence variations are sometimes described as mutations and sometimes as polymorphisms. What is the difference between these terms and how are they applied to the human genome? Polymorphism DNA sequence variation that is common in the population NO standard sequence but two or more equally acceptable alternatives The arbitrary cut-off point between a mutation and a polymorphism is 1 % That is, to be classed as a polymorphism, the least common allele must have a frequency is lower that this, the allele is regarded as a mutation. ชนิดของ mutation การแบ่งแยกตามขนาดที่เกิดขึ้น ◦ Point mutation (gene mutation) ◦ Chromosome mutation แหล่งกาเนิด ◦ Spontaneous mutation ◦ Induced mutation ผลกระทบ ◦ Missense mutation ◦ Nonsense ◦ Frame shift mutation ◦ Lethal mutation DNA mutation (การกลายพันธุใ์ นระดับโมเลกุลดีเอ็นเอ) Gene mutation การเปลี่ยนแปลงของสารพันธุกรรม (ดีเอ็นเอ) ที่ทาให้รูปแบบของยีน จากแอลลีล (allele) แบบหนึ่งกลายไปเป็ นอีกแบบหนึ่ง และการ เปลี่ยนแปลงดังกล่าวถ้าไม่ได้รบั การซ่อมแซม สามารถถ่ายทอดจาก รุน่ พ่อแม่ ไปยังรุน่ ลูกได้ ระดับของผลที่เกิดจากการกลายพันธุใ์ นระดับโมเลกุลดีเอ็นเอ - ส่งเสริมการดารงชีวิตของสิ่งมีชีวิตดังกล่าวให้ดีกว่าเดิม ปรับตัวเข้า กับสภาพแวดล้อมได้ดีข้ ึน - ไม่มีผลต่อสิ่งมีชีวิตนั้นๆ - เกิดผลเสียต่อสิ่งมีชีวิตเพราะเกิดลักษณะที่ไม่พึงประสงค์ เช่น การ เกิดโรคทางพันธุกรรมในคน English peppered moths คาถาม วิวฒ ั นาการของสิ่งมีชีวิตขึ้นอยูก่ บั mutation หรือไม่ Mutation ส่วนใหญ่ส่งผลเสียต่อสิ่งมีชีวิตใช่หรือไม่ มี mutation ที่ส่งผลประโยชน์ตอ ่ สิ่งมีชีวิตหรือไม่ คาตอบ Mutation เกิดขึ้นในสิ่งมีชีวิตตามปกติ Mutation ส่วนใหญ่จะไม่ส่งผลเสียต่อสิ่งมีชีวิต Mutation จะส่งผลเสียหรือผลประโยชน์ให้กบ ั สิ่งมีชีวิตขึ้นอยูก่ บั สภาพแวดล้อม ความสาคัญของ mutation Mutation เป็ นแหล่งสร้างวัตถุดิบให้กบั การเกิดวิวฒ ั นาการ ◦ ไม่มี mutation ไม่มียนี ใหม่ ไม่มีแอลลีลใหม่ Mutation = เป็ นการเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมที่ถ่ายทอดไปสู่ชั ่วรุ่น หน้า ผลที่ตามมาเมื่อเกิด mutation เปลี่ยนแปลงลาดับกรดอะมิโนของโปรตีนที่ได้จากการถอดรหัส (translation) จากยีน แล้วมันเกิดขึ้นได้อย่างไร ? How does this happen? การเรียงกันของลาดับนิวคลีโอไทด์ในยีนทาหน้าที่กาหนดลาดับของ กรดอะมิโนซึ่งเรียงประกอบกันเป็ นโปรตีน ชนิดของกรดอะมิโนกาหนดด้วยรหัสพันธุกรรม ซึ่งเป็ นลาดับนิ วคลีโอไทด์ ทีละ 3 โมเลกุล ที่เรียกว่าโคดอน (codon) ตัวอย่างเช่น ยีนหนึ่งประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์ตา่ งๆ เรียงกันดังนี้ thesunwashotbuttheoldmandidnotgethishat รหัสพันธุกรรม ถ้าแยกนิวคลีโอไทด์ออกเป็ นรหัสพันธุกรรมทีละ 3 นิวคลีโอไทด์หรือ เป็ นโคดอน เราจะได้กรดอะมิโนมีใจความเป็ น The sun was hot but the old man did not get his hat ถ้าเริ่มต้นมีการอ่านผิด จะเกิดการเลื่อนกรอบการอ่านทาไม่มีใจความ ดังเดิม T hes unw ash otb utt heo ldm and idn otg eth ish at หรือ Th esu nwa sho tbu tth eol dma ndi dno tge thi sha t Gene mutation - การเปลี่ยนแปลงของลาดับนิวคลีโอไทด์ภายในยีนหนึ่งๆ แบ่งออกเป็ น base substitution คือการแทนที่เบส และการเพิ่ม (duplication) หรือขาด หายไป (deletion) ของเบส เพียง 1 คู่เบส หรือมากกว่า - point mutation การเปลี่ยนแปลงของดีเอ็นเอ เพียง 1 คู่เบส - base substitution แบ่งออกเป็ น 2 แบบ 1. transition คือการแทนที่เบสในกลุม่ pyrimidine ชนิดหนึ่งด้วยด้วยเบส ในกลุม่ pyrimidine ชนิดอื่น เช่น เกิดการแทนที่เบส C ด้วย T หรือการแทนที่ เบสในกลุม่ purine ชนิดหนึ่งด้วยด้วยเบสในกลุม่ purine ชนิดอื่น เช่น เกิดการ แทนที่เบส A ด้วย G 2. transversion คือการแทนที่เบสในกลุม่ pyrimidine ด้วยเบสกลุม่ purine หรือการแทนที่เบสในกลุม่ purine ด้วยเบสกลุม่ pyrimidine เช่น เกิดการแทนที่เบส T ด้วย G base substitution deletion / addition ผลของการเกิด point mutation Silent mutation neutral mutation เกิดกรดอะมิโนตัวเดิม Missense mutation neutral mutation เกิด กรดอะมิโนที่มีคุณสมบัติทางเคมี คล้ายกับกรดอะมิโนตัวเดิม glutamic acid แทนที่ aspartic acid Missense mutation เกิดกรดอะมิโนที่มีคุณสมบัตทิ างเคมี ต่ างกับกรดอะมิโนตัวเดิม Nonsense mutation Frameshift mutation โรคโลหิตจางจากเม็ดเลือดแดงรู ปเคียว (sickle-cell anemia) Mutations Germ-line mutation ◦ sperm and egg gamete cells ◦ precursor cell ที่จะสร้างเซลล์สืบพันธุ ์ หากเกิดการกลายพันธุใ์ นเซลล์สืบพันธุ ์ เมื่อเกิดการผสมพันธุ ์ (fertilization) จะทาให้ทุกเซลล์ของลูกนั้นมีการกลายพันธุ ์ เมื่อมีการสร้างเซลล์สืบพันธุ ์ การกลาย พันธุด์ งั กล่าวก็จะถ่ายทอดไปยัง ลูก หลานได้ Somatic mutation ◦ ◦ ◦ ◦ early or late stages of embryonic development single embryonic cell timing of mutation genetic mosaic Somatic mutation การเกิดการกลายพันธุ ์ การกลายพันธุท์ ี่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ (spontaneous mutation) ◦ เป็ นผลมาจากรังสี สารเคมี อุณหภูมิที่มีอยูต่ ามธรรมชาติ ◦ ความผิดพลาดในกระบวนการจาลองดีเอ็นเอ เป็ นสาเหตุให้เกิด point mutation ◦ ผลผลิตจากขบวนการ metabolism ของสิ่งมีชีวิตซึ่งเป็ นพิษ ส่งผลต่อโครงสร้างของดีเอ็นเอ เช่น active oxygen species ได้แก่ superoxide radicals (O2˙), hydrogen peroxide radicals (OH ˙) ซึ่งเป็ น by products ของขบวนการ aerobic mechanism การเกิดการกลายพันธุ ์ (ต่อ) การกลายพันธุท ์ ี่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ (spontaneous mutation) ◦ Transposable elements สามารถไปแทรกบริเวณยีนอื่นๆ ได้ ส่งผลให้ยนี ดังกล่าวทางานผิดปกติ ◦ เกิดจากการ crossing over ที่ผิดปกติ เป็ นสาเหตุให้เกิด deletions, duplications, translocations และ inversions ◦ เกิดจาก segregation ที่ผิดปกติ เป็ นสาเหตุให้เกิด aneuploidy หรือ euploidy Translocation, duplication and deletion Aneuploidy, euploidy การเกิดการกลายพันธุ ์ (ต่อ) การกลายพันธุท ์ ี่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ (spontaneous mutation) ◦ Dupurination การทาลายพันธะระหว่างเบสในกลุ่ม purine และ deoxyribose ◦ Deamination การสูญเสียหมู่อะมิโนของเบส ทาให้เกิดการ เปลี่ยนคุณสมบัตขิ องเบสจากตัวเดิมเป็ นตัวใหม่ เช่น เปลี่ยนจาก cytocine เป็ น uracil ◦ Tautomeric shifts การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของเบส คือการ เปลี่ยนแปลงตาแหน่ง H-atom ของเบส เกิดการเปลี่ยนแปลง โครงสร้างจาก keto form เป็ น enol form หรือเปลี่ยนจาก amino form เป็ น imino form ก่อนที่จะเกิดการจาลองตัวดี เอ็นเอ Spontaneous depurination ปกติมีการเกิด depurination ประมาณ 10,000 purines ทีอ่ ุณหภูมิ 37 ºC เป็ นเวลา 20 ชั่วโมง และจะเพิม่ ขึน้ เมือ่ โดนสารเคมี เช่ น สารในกลุ่ม alkyl (methyl หรือ ethyl) ซึ่งจะเปลีย่ นชนิดของเบส Spontaneous deamination of cytosine and 5-methylcytocine hot spots for mutation Tuatomeric shifts Tuatumeric shifts และการจาลองดีเอ็นเอเป็ น สาเหตุให้เกิดการกลายพันธุ ์ การเกิดการกลายพันธุ ์ การกลายพันธุท ์ ี่เกิดจากการชักนา (induced mutation) ◦ เกิดจากสิ่งก่อกลายพันธุ ์ (mutagen) ◦ mutagen แบ่งออกเป็ น 2 แบบ สิ่งก่อกลายพันทางกายภาพ (physical mutagen) เช่น แสง UV, รังสี เอ็กซ์ อุณหภูมิ สิ่งก่อกลายพันธุท์ างเคมี (chemical mutagen) เช่น สารเคมีที่มี โครงสร้างคล้ายเบส, สารเคมีที่ทาให้เกิดการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของเบส และสารเคมีที่ทาให้เกิดการเพิ่มหรือขาดหายไปของนิวคลีโอไทด์ Physical mutagen อุณหภูมิ: ทดลองเลี้ยงแมลงหวี่ในอุณหภูมิตา่ งๆ พบว่าเกิดยีน ด้อยที่ทาให้เกิดการตายบนโครโมโซม X ในอัตราที่แตกต่างกัน รังสี ◦ รังสีที่ไม่ก่อให้เกิดไอออน (non-ionizing radiation): เช่น รังสี UV ทาให้เกิด pyrimidine dimer คือเบสในกลุ่ม pyrimidine จะจับกันเองด้วยพันธะไฮโดรเจน เช่น thymine dimer Thymine dimer สาเหตุเกิดจากรังสี UV Physical mutagen (ต่อ) รังสี ◦ รังสีที่ก่อให้เกิดไอออน (ionizing radiation): เช่น รังสี X, γ,α,β, electron, neutron, protron และอนุภาคอื่นๆ ที่ มีการเคลื่อนที่เร็ว ก่อให้เกิดไอออนที่มีประจุบวกและลบ เมื่อเกิดปฏิกิริยาเคมี ทาให้เกิดประจุเป็ น กลาง ส่งผลให้โครโมโซมเกิดการแตกหักในส่วนของน้ าตาลและหมู่ฟอสเฟตของ สาย DNA (nick) และการหายไปของเบส แล้วเกิดการเปลี่ยนแปลง โครงสร้างของโครโมโซม Chemical mutagen Nitrous acid (HNO2): เกิดการดึงหมู่อะมิโนออกจากเบส ทาให้ เกิดเป็ นหมู่คีโต (keto group) กระบวนการนี้เรียกว่า deamination deaminates base ◦ การเปลี่ยนเบส cytocine เป็ น uracil ◦ การเปลี่ยนเบส adenine เป็ น hypoxanthine Chemical mutagen (ต่อ) Nitrogen mustard และ ethyl methanesulfonate (EMS): เกิดการเติมหมู่ alkyl ได้แก่ methyl หรือ ethyl ให้แก่เบส ส่งผลให้เกิดการจับระหว่างเบสไม่เหมาะสม alkylating agent Acridine dye เช่น proflavin: ก่อให้เกิด frameshift mutation intercalates within DNA helix Compounds เช่น 5-bromouracil (5BU) และ 2-aminopurine: 5BU คล้ายเบส T แต่จบั ได้ท้งั เบส A และ G ส่วน 2-aminopurine คล้ายเบส A แต่จบั ได้ท้งั เบส T และ C เมื่อเกิด DNA replication ทาให้เกิด transition base analogue Chemical mutagen I. DNA damage from environmental agents Modifying nucleotide bases When the DNA strands are separated and copied. The altered base will pair with an incorrect base and cause mutation. Breaking the phosphate backbone (phosphodiester bond) Breaking the phosphate backbone - Breaking the phosphate backbone of DNA within a gene crates a mutated form of the gene - It is possible that the mutated gene will produce a protein that functions differently - Cells with broken DNA will attempt to fix the broken ends by joining these free ends to other pieces of DNA within the cell - This creates a type of mutation called “translocation”. If a translocation breakpoint occurs within or near a gene that genes function may be affected II. Mistakes created during DNA replication Mutations results when the DNA polymerase makes a mistake. Which happens about once every 100,000 bases. E. coli DNA polymerase I and III involved in normal DNA replication DNA polymerase II, IV and V play a role in DNA repair and the replication of damaged DNA DNA polymerase III contains a 3’ exonuclease site that remove mismatched bases. Unusual features of DNA polymerase function The synthesis of DNA at the replication fork Okazaki fragment (100 to 200 nucleotide) to complete the synthesis of Okazaki fragments removal of RNA primers synthesis of DNA in the area where the primers have been removed the covalent attachment of adjacent fragments of DNA DNA polymerase I has a 5’ to 3’ exonuclease activity DNA ligase catalyzes a covalent bond A three-dimensional view of DNA replication Primosome = helicase + primase Replisome = primosome + two DNA polymerase III The term dimeric DNA polymerase is two DNA polymerase holoenzymes that move as a unit toward the replication fork. the lagging strands is looped out. The proofreading function of DNA polymerase fidelity: DNA polymerase III is so high because the hydrogen bonding between G and C or A and T is much more stable than between mismatched paris. (one mistake per 10,000 nucleotides) proof reading function of DNA polymerase III decrease the error rate to a range of 1 in 100,000 to 1 million. proof reading occurs by the removal of nucleotides in the 3’ to 5’ direction at the 3’ exonuclease site (one mistake per 100 million) The polymerase slippage model Mutation and the next generation There are two places where mutation can be introduced and carried into the next generation. A mutation occurs in the developing germ line cell, it may persist until that individual reaches reproductive age. A mutation being passed on from parents during meiosis. Mutation and the next generation Mutations also provide a species with the opportunity to adapt to new environments, as well as to protect a species from new pathogens. ◦ “survival of the fittest”, the basic theory of evolution proposed by Charles Darwin in 1859. ◦ Viral genes have high mutation to serve the virus well by enabling adaptive traits, such as changes in the outer protein coat so that it can escape detection and thereby destruction by the host’s immune system. Viruses also produce infection for infection of a host cell. A mutation within such as enzyme may result in a new form that still allows the virus to infect its host but that is no longer blocked by an anti-viral drug. this will allow the virus to propagate freely in its environment.