Supplementary Information Table S1. List of varieties included in the
advertisement
Supplementary Information Table S1. List of varieties included in the TriticeaeGenome association mapping panel including country (FRA: 212 varieties; DEU: 90 varieties; GBR: 73 varieties; USA: 1 variety) and year of variety registration. Variety name AARDEN AARDVARK ABELE ABO ACCESS ACCOR ACIENDA ACIENTO ADEQUAT ADMIRAL AGAMI AKTEUR ALBERIC ALCAZAR ALCEDO ALCHEMY ALDRIC ALI ALICANTE ALIDOS ALIGRE ALLANT ALLEGRO ALTIGO ALTO ALTOS ALTRIA AMAROK AMBITION AMI ANDAIN ANDALOU ANVIL APACHE APOLLO APOSTLE ARACK Country of registration DEU GBR GBR FRA GBR FRA FRA FRA FRA GBR FRA DEU FRA FRA DEU GBR FRA FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA FRA GBR FRA FRA GBR FRA Year of registration 2003 1997 1970 1977 1998 2007 2004 2007 2006 1992 2000 2003 1998 2004 1974 2004 2007 1960 1997 1987 1996 1995 1980 2007 1975 2000 1996 1997 2007 1992 1987 2002 1989 1998 1987 1992 2006 ARBON ARLEQUIN ARMENTIERES ARMINDA ARON ARPEGE ASKETIS ASTRON ATALANTE ATLANTIS ATTLASS AUBUSSON AUTAN AVALON AVANTAGE AZIMUT AZTEC BAGATELLE 007 BALANCE BALTHAZAR BALTIMOR BARON BAROUDEUR BASALT BASTIDE BATIS BEAUCHAMP BEAUFORT BEAVER BERMUDE BISCAY BOBINO BOOMER BOUNTY BOUQUET BRANDO BRENNUS BRIGADIER BRIGAND BRILLIANT BROCK BUCHAN BURMA BUSTER FRA FRA FRA FRA DEU FRA DEU DEU FRA DEU FRA FRA FRA GBR FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA GBR FRA DEU FRA DEU FRA GBR FRA FRA FRA FRA GBR GBR FRA FRA FRA GBR GBR DEU GBR GBR DEU GBR 1991 2007 1968 1978 1992 1997 1998 1965 1996 1992 2004 2002 2001 1979 2005 2004 1995 2005 2001 1996 1998 1952 1988 1980 2003 1994 1978 1993 1990 2007 2000 2001 2004 1982 1975 2000 1972 1990 1991 2005 1982 1997 1977 1990 BUTEO C-8-14-2 CADENZA CALIF CALISTO CAMP REMY CAMPARI CAMPERO CAPPELLE DESPREZ CAPHORN CAPITOLE CAPNOR CAPTA CARDOS CARENIUS CARIBO CCB PREFERENCE CENTRUM CEZANNE CHAMPION CHANCELIER CHARGER CHATELET CHATSWORTH CHIANTI CLAIRE CLICK COLBERT COMPAL COMPLIMENT CONSORT CONTRA COPAIN CORDIALE CORSAIRE CORVUS CRAKLIN CRISTO CRITERIUM CUBUS DAVIDOC DEBEN DEFENDER DEKAN DEU FRA GBR DEU FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA DEU DEU FRA DEU FRA DEU FRA GBR FRA GBR FRA GBR GBR FRA DEU DEU GBR DEU FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA DEU FRA GBR GBR DEU 2004 2007 1990 1985 2002 1980 2003 2006 1946 2001 1964 2001 1970 2000 2006 1968 2007 2001 1998 2004 1996 1992 2000 1998 1996 1999 1998 2000 1981 2001 1991 1990 1977 2005 1995 1991 1998 1996 1996 2002 1987 1997 2001 1999 DESTINO DI_9714 DINOSOR DUCAT DUKE EINSTEIN EKLA ELEGANT ELOI ENORM EQUINOX ESTICA EUCLIDE EUREKA EXALTO EXCEPT EXOTIC FESTIN FEUVERT FLAIR FLAME FLANDERS FLORENZO FLORETT FOCUS FOLIO FORBAN FOURMI FOURNIL FRANDOC FREGATE FROIDURE FRUMENT GALA GALAHAD GALAXIE GAMIN GARANT GATSBY GAUGAIN GECKO GENIAL GLANOR GLASGOW FRA FRA FRA FRA USA GBR GBR DEU FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA GBR FRA FRA FRA FRA GBR FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA GBR FRA DEU FRA FRA GBR 1998 2007 2005 1974 1981 1999 1988 2005 1974 2002 1998 1991 2007 1992 2003 1997 2005 1982 1984 1996 1990 1988 2003 2005 1990 1997 2002 2002 1971 1980 1983 1966 2005 1982 1985 1985 1975 1981 2002 2005 2007 1988 1975 2007 GLOCKNER GOELENT GRANADA GRANTA GREIF GRISBY GULLIVER HAMAC HATTRICK HAVEN HEREWARD HERMANN HEROLDO HOBBIT HORNET HOURRA HUMBER HURLEY HUSTLER HYPERION IBIS IENA IGOR IMPALA INCISIF INOUI INSPIRATION INSTINCT IRIDIUM ISIDOR ISTABRAQ JOSS CAMBIER JUNIOR KADOR KALIF KALTOP KENZO KRONJUWEL KUNO LAHERTIS LANCELOT LAREDO LATER LEIFFER DEU FRA DEU GBR DEU FRA GBR FRA DEU GBR GBR DEU DEU GBR GBR FRA GBR GBR GBR GBR DEU FRA FRA GBR FRA FRA FRA FRA FRA FRA GBR GBR FRA GBR FRA FRA FRA DEU DEU DEU FRA FRA FRA DEU 1993 1986 1980 1981 1989 2002 2003 2002 2000 1992 1992 2004 2004 1970 1989 2004 2003 2002 1978 2002 1963 1980 1997 1995 2005 2004 2006 2006 2007 2003 2000 1975 1994 1979 1997 1998 1998 1984 1991 2004 2003 1996 1948 2005 LIMES LOUVRE LUTIN LYNX MAGISTER MAGNUS MALACCA MANDUB MANHATTAN MARIS FREEMAN MAVERICK MAXYL MELKIOR MENDEL MERCIA MERKUR MESSAGER MESSIDOR METEOR MILVUS MIRONOVSKAJA MITCHEL MOISSON MOULIN MULAN MURIOT MYTHOS NATURASTAR NICAM NIRVANA NOBLET NORMAN NOROIT NUAGE OAKLEY OCCITAN OCTET OKAPI OPEN OPTIDOR ORATORIO ORDEAL OREPI ORESTIS FRA FRA FRA GBR DEU DEU FRA DEU DEU GBR DEU FRA FRA FRA GBR DEU FRA FRA DEU DEU DEU FRA FRA FRA DEU FRA DEU DEU FRA FRA FRA GBR FRA FRA GBR FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA DEU 2003 1988 1974 1990 2005 2000 1997 2003 2002 1977 1999 2005 2004 2004 1983 1973 1994 2007 2006 2004 1963 2001 1985 1984 2006 2000 2007 2002 1972 2002 1996 1980 1985 2006 2006 2002 2006 1978 1987 2002 1996 1998 1979 1991 ORMIL ORTOP ORVANTIS OURAGAN PACTOLE PAINDOR PAJERO PALEDOR PARADIS PAROLI PASTICHE PAUILLAC PEGASOS PEPIDOR PEPITAL PERICLES PERNEL PETRUS PICADOR PLETHORE PR-22-R-28 PREMIO PROTINAL PULSAR PYTAGOR QUATUOR QUEBON RAGLAN RALEIGH RAPOR REAPER RECITAL RECORD REMOIS RESO RETRO RIALTO RIBAND RICHMOND RITMO ROBIGUS RODRIGO ROMANUS RUDI FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA DEU GBR FRA DEU FRA FRA FRA FRA DEU FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA FRA GBR GBR FRA GBR FRA FRA FRA FRA DEU GBR GBR GBR FRA GBR FRA DEU FRA 1996 1997 2000 1998 1987 1996 1996 2005 1992 2004 1987 1998 1994 2007 1992 2005 1983 1996 2006 2000 2001 2007 1978 1998 2003 2003 2004 2001 1992 1997 1992 1986 1996 1985 1974 2007 1990 1987 1998 1991 1999 2006 1996 1976 RUMBA RUSTIC RYTMIC SAHARA SAVANNAH SCHAMANE SCORE SCORPION SENATOR SEYRAC SHAMROCK SHANGO SKAGEN SKALMEJE SOBI SOCRATES SOGOOD SOISSONS SOKRATES SOLEIL SOLITER SOLSTICE SPARK SPERBER SPONSOR STEADFAST STRIKER SW MAXI SW TATAROS SW TOPPER SWINDY TALENT TALON TAMBOR TANKER TAPIDOR TARAS TARSO TERRIER TEXEL THESEE TIGER TILBURI TIMBER FRA FRA FRA GBR GBR DEU FRA GBR DEU FRA FRA FRA DEU DEU DEU DEU FRA FRA GBR FRA DEU GBR GBR DEU FRA GBR DEU DEU DEU DEU FRA FRA DEU DEU GBR FRA DEU DEU DEU FRA FRA DEU FRA DEU 2000 2005 2006 2003 1994 2005 1985 1990 1970 2006 1998 1995 2006 2006 2004 1991 2006 1988 2003 1993 2004 1997 1990 1982 1995 2000 2004 2002 2002 2002 2002 1973 1992 1993 1997 2002 1983 1995 2001 1992 1984 2001 1995 2003 TOISONDOR TOP TORAS TOREADOR TORFRIDA TORONTO TOUT A TOUT TRANSIT TREMIE TRIO TUAREG TUKAN TULSA TURKIS URBAN VALMY VALOIS VALORIS VERCORS VILMORIN 27 VIRTUE VIVANT VOLTIGE WASP WELFORD WELLINGTON WESTON WINNETOU XI19 ZENTOS ZOBEL FRA FRA DEU FRA GBR DEU FRA DEU FRA FRA DEU DEU DEU DEU DEU FRA FRA FRA FRA FRA GBR FRA FRA GBR GBR GBR GBR DEU GBR DEU DEU 2004 1972 2004 2002 1992 1990 1973 1996 1992 1974 2005 2006 2004 2004 1981 1981 1994 1998 2002 1956 1979 1992 2003 1989 2000 1994 1994 2002 1998 1987 2006 Table S2. The proportion of markers falling into the target interval (x) and intervals up to >200cM from x (based on 1000 simulations) which are hits (based on significance threshold of P=0.001), calculated for heritabilities ranging from 0.001 to 0.75 with (a) no background effects and (b) 100 background marker effects. (a) No background effects Interval Target (x) 0cM not target (x) 0cM<x≤1cM 1cM<x≤5cM 5cM<x≤10cM 10cM<x≤20cM >200cM 0.001 0.007 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.000 0.01 0.088 0.037 0.010 0.007 0.003 0.002 0.002 Heritability (h2) 0.05 0.10 0.25 0.865 0.999 1.000 0.352 0.522 0.611 0.100 0.199 0.285 0.054 0.116 0.190 0.031 0.065 0.103 0.014 0.027 0.048 0.002 0.001 0.006 0.50 1.000 0.651 0.368 0.268 0.143 0.071 0.003 0.75 1.000 0.686 0.413 0.308 0.172 0.089 0.002 Heritability (h2) 0.05 0.10 0.25 0.731 0.992 1.000 0.259 0.476 0.589 0.052 0.121 0.243 0.027 0.072 0.159 0.016 0.034 0.082 0.007 0.014 0.032 0.005 0.005 0.002 0.50 1.000 0.634 0.359 0.242 0.131 0.060 0.004 0.75 1.000 0.675 0.430 0.298 0.172 0.081 0.004 (b) 100 background marker effects Interval Target (x) 0cM not target (x) 0cM<x≤1cM 1cM<x≤5cM 5cM<x≤10cM 10cM<x≤20cM >200cM 0.001 0.003 0.000 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.01 0.068 0.013 0.005 0.003 0.003 0.002 0.004 Table S3. Predictive correlations (r) for HT with different groups of Rht-B1b alleles in the training population and test set From/To Rht-B1b (200) Rht-B1 (160) Rht-B1b (160) + Rht-B1 (160) Rht-B1b (160) + Rht-B1 (160) Rht-B1b (200) 0.38 0.26 Rht-B1 (160) 0.22 0.57 Rht-B1b (160) + Rht-B1 (160) Rht-B1b (160) + Rht-B1 (160) 0.80 0.79 0.79 0.80 Fig. S1. Graphical detection of the true number of populations (K) as determined using STRUCTURE using the skimmed (1804 marker) dataset. ΔK (deltaK) calculated as 𝜇/ 𝐿"(𝐾)|/𝑠[𝐿(𝐾)] according to Evanno et al. (2005). The modal value is the true K (here, 2 populations). Fig. S2. Patterns of linkage disequilibrium on the group 1 chromosomes (1A (a); 1B (b); 1D (c)). Images on the left-hand side show D’ (in the upper section) and r2 (in the lower section) with recombination distance (cM). Images on the right-hand side show LD decay between pairs of markers by genetic distance. A locally weighted scatterplot smoothing (LOESS) curve has been fitted to the data in each case. Fig. S3. Results of 1000 simulations for detecting a QTL with no background effect (a) and detecting a QTL with 100 background markers (b) with simulated heritabilities of: (i) 0; (ii) 0.01; (iii) 0.10; (iv) 0.25; (v) 0.50; (vi) 0.75 to determine power to detect the target locus Fig S4. FT predictions by Ppd-D1a allele (A), showing an improved ability to predict early and late flowering types when combining allele types (Ppd-D1a and Ppd-D1b) in the training population (B). ig. S5. Testing the effect on predictive correlation of bootstrap re-sampling to improve the efficiency of genomic selection in the TriticeaeGenome dataset via sample sizes of 50, 100 and 200 individuals for both the training and test set for four traits: (a) YLD; (b) FT; (c) HT; (d) GPC
