Supplement Table 2: Accuracy % (call rate %) of the predictive models
evaluated on training set and the validation set
gene
AASDHPPT
AATF
ABCB9
ABLIM3
ABTB2
ACN9
ACOX3
ACPL2
ACTL7B
ADAM29
ADD2
AGPAT3
AGPAT4
AHSA2
AIF1
AIG1
AK7
AKAP7
AKR1B1
AKR1CL1
AKR1D1
ALDH1A2
ALS2CR13
AMPD2
ANAPC5
ANKRD12
ANP32C
APCDD1
APITD1
APOBEC3F
AQP3
ARL6IP6
ARNT
ASAH2
ASL
ATG5
ATHL1
CT=0
100
99
98
98
98
99
96
98
97
97
99
99
99
100
99
99
97
98
99
98
99
98
100
99
97
98
97
97
100
97
98
100
98
97
99
99
93
Training Set
CT=0.5
CT=0.9
100(100)
100(97)
99(100)
100(94)
98(99)
100(80)
99(100)
99(93)
98(100)
99(90)
99(100)
99(97)
96(100)
100(67)
98(99)
99(87)
97(100)
98(90)
97(99)
99(80)
99(99)
100(96)
99(100)
99(96)
99(100)
99(93)
100(100)
100(99)
99(100)
99(99)
99(100)
99(95)
97(99)
99(81)
98(100)
99(91)
99(100)
99(89)
98(100)
99(89)
99(100)
100(91)
98(100)
99(95)
100(100)
100(97)
99(100)
100(92)
98(97)
99(87)
98(100)
99(86)
97(100)
97(85)
97(100)
98(76)
100(100)
100(99)
97(100)
99(82)
98(100)
99(96)
100(100)
100(99)
98(100)
99(93)
97(99)
98(88)
99(99)
100(93)
99(99)
100(94)
93(95)
100(58)
Validation Set
CT=0
CT=0.5
CT=0.9
99
99(100)
99(97)
94
94(100)
94(93)
97
97(100)
98(72)
93
94(97)
95(90)
90
90(98)
93(88)
98
98(100)
99(95)
90
91(98)
93(59)
96
97(97)
99(86)
94
94(99)
95(90)
88
89(97)
91(74)
99
99(99)
99(91)
95
95(99)
97(94)
97
97(100)
98(95)
99
99(99)
99(98)
99
99(100)
99(99)
96
96(100)
96(96)
89
89(98)
93(71)
96
96(100)
96(89)
94
95(99)
97(89)
96
96(100)
96(86)
98
98(100)
99(93)
97
97(100)
98(94)
99
99(100)
99(98)
96
96(100)
97(93)
92
93(96)
95(82)
95
95(99)
96(81)
92
93(97)
94(80)
88
89(94)
90(75)
100 100(100) 100(100)
95
96(99)
97(80)
97
97(100)
97(93)
99
99(100)
100(99)
97
97(100)
97(91)
95
95(99)
96(86)
99
99(100)
100(92)
98
98(100)
99(96)
83
84(88)
86(49)
ATP2B1
ATP2C1
ATRNL1
B3GALTL
B4GALT6
BAG2
BAZ1A
BCAP29
BCHE
BCL11A
BCL2L11
BDH1
BLMH
BOLL
BRD7
BRMS1L
BTBD1
BXDC2
C10orf65
C10orf78
C11orf53
C12orf63
C14orf1
C14orf108
C15orf40
C16orf48
C16orf55
C17orf25
C17orf53
C17orf66
C17orf79
C18orf10
C19orf26
C1orf178
C1orf198
C1orf63
C1orf9
C1orf94
C1QBP
C2orf18
C2orf47
C3orf14
97
99
98
99
99
100
98
100
98
92
99
97
99
100
99
100
99
100
93
99
97
95
99
99
99
99
99
98
97
97
99
99
97
99
99
98
96
96
100
99
99
100
97(100)
99(100)
98(100)
99(100)
99(100)
100(99)
98(100)
100(100)
98(100)
93(97)
99(99)
98(99)
99(100)
100(99)
99(100)
100(100)
99(100)
100(100)
94(97)
99(100)
97(99)
95(99)
99(100)
99(100)
99(100)
99(100)
99(100)
98(100)
98(99)
98(98)
99(100)
99(100)
97(99)
99(100)
99(99)
98(100)
96(100)
96(97)
100(100)
99(100)
99(100)
100(99)
99(71)
99(97)
99(91)
99(95)
100(95)
100(99)
99(91)
100(100)
99(83)
98(70)
100(91)
99(84)
99(97)
100(98)
99(98)
100(98)
100(96)
100(98)
98(45)
99(100)
98(83)
97(63)
100(96)
100(93)
99(95)
100(93)
100(96)
99(86)
99(88)
98(89)
99(95)
99(98)
99(84)
100(91)
100(93)
99(93)
98(81)
98(83)
100(99)
100(90)
100(94)
100(95)
97
97
92
97
98
100
96
99
95
93
99
91
99
100
96
100
99
97
84
99
96
90
99
100
99
98
97
93
97
93
98
98
98
98
96
96
93
89
99
98
99
98
97(100)
97(100)
92(99)
97(99)
98(98)
100(99)
96(99)
99(100)
95(100)
93(98)
99(100)
92(95)
99(100)
100(100)
96(100)
100(100)
99(100)
97(100)
85(96)
99(100)
96(99)
90(98)
99(100)
100(100)
99(100)
98(100)
97(100)
93(100)
97(100)
94(96)
98(100)
98(98)
98(99)
98(100)
96(100)
97(99)
93(99)
89(96)
99(100)
98(100)
99(100)
98(100)
100(73)
99(92)
94(79)
97(94)
99(95)
100(99)
96(89)
99(100)
97(78)
97(69)
99(92)
94(83)
99(98)
100(99)
96(96)
100(98)
99(98)
98(96)
89(47)
99(99)
97(80)
90(53)
99(97)
100(93)
99(96)
99(92)
97(96)
95(89)
98(84)
95(85)
99(94)
99(96)
99(80)
98(90)
98(93)
98(91)
94(82)
92(81)
99(99)
99(94)
100(94)
99(93)
C3orf37
C3orf38
C4orf33
C5orf25
C6orf117
C6orf130
C6orf145
C6orf51
C9orf131
CALML5
CAPNS1
CART1
CASP10
CASP7
CBLB
CCBE1
CCDC63
CCK
CCKAR
CCNDBP1
CCT6B
CD1C
CD300LB
CD46
CD79B
CD9
CDC25C
CDCA2
CDKN2A
CENPH
CEP250
CETN1
CHEK1
CHFR
CIDEA
CLDN10
CLDN19
CLEC2D
CLRN3
CLSPN
CMPK
CNTFR
99
98
96
98
98
100
98
100
95
96
100
98
99
99
97
99
98
100
98
99
97
97
98
99
98
100
98
96
100
100
95
93
99
97
96
100
100
99
97
96
100
100
99(100)
98(100)
96(100)
98(100)
98(100)
100(100)
98(100)
100(100)
95(100)
96(100)
100(100)
98(100)
99(100)
99(100)
97(98)
99(100)
98(100)
100(100)
98(100)
99(100)
98(97)
97(100)
98(100)
99(100)
98(100)
100(100)
98(100)
96(99)
100(100)
100(100)
96(98)
93(98)
99(100)
97(100)
96(100)
100(100)
100(100)
99(100)
97(100)
97(98)
100(100)
100(100)
99(94)
99(91)
98(83)
98(97)
99(96)
100(99)
99(95)
100(98)
99(65)
99(64)
100(100)
99(90)
100(92)
100(90)
99(80)
99(95)
99(84)
100(100)
100(91)
99(98)
99(76)
99(85)
98(93)
100(98)
99(89)
100(98)
100(88)
98(68)
100(99)
100(99)
100(71)
98(42)
100(98)
98(93)
97(82)
100(98)
100(99)
99(97)
99(87)
99(79)
100(100)
99(100)
98
98
97
98
99
99
97
100
91
91
99
96
95
95
89
98
90
99
94
99
91
96
98
100
97
99
99
90
100
100
89
86
99
96
96
99
99
98
97
91
99
98
99(99)
98(100)
97(100)
98(100)
99(100)
99(100)
97(98)
100(100)
92(98)
91(98)
99(100)
96(100)
95(100)
95(98)
90(96)
98(100)
92(97)
99(100)
94(100)
99(100)
93(93)
96(99)
98(100)
100(100)
97(100)
99(100)
99(100)
92(96)
100(100)
100(100)
91(96)
87(97)
99(100)
96(100)
97(99)
99(100)
99(100)
98(100)
97(100)
90(98)
99(100)
98(100)
99(91)
98(93)
98(85)
98(94)
99(97)
99(98)
97(89)
100(98)
96(59)
95(62)
99(100)
98(87)
96(91)
95(89)
93(66)
98(95)
94(75)
99(100)
96(88)
99(97)
93(69)
98(89)
98(93)
100(98)
98(87)
99(99)
99(87)
92(61)
100(99)
100(100)
91(65)
88(40)
99(98)
98(92)
97(83)
99(98)
99(99)
99(98)
98(86)
96(73)
99(99)
98(99)
COG7
COL4A3BP
COLQ
COMMD9
COPS8
CRB1
CREB3L2
CREB5
CRELD1
CRNN
CRYGA
CTDSPL
CTSS
CXCL13
CYB561D1
CYBASC3
CYP2A13
CYP2C18
CYP3A7
CYP4X1
CYP7B1
DAZAP2
DCLRE1C
DCTN5
DDI1
DDX49
DDX50
DGKZ
DHRS7B
DKK4
DLGAP4
DNAJC15
DUSP10
DUSP26
DYX1C1
EFCAB3
ELAVL4
EMCN
ENDOG
ENTHD1
EPB42
EPN2
98
99
99
100
100
95
98
99
97
98
99
99
99
100
99
100
99
98
98
100
99
99
90
99
98
97
98
100
99
99
97
99
99
99
100
98
99
98
100
98
98
99
98(100)
99(100)
99(100)
100(100)
100(100)
95(100)
98(100)
99(100)
97(100)
98(100)
99(100)
99(100)
99(100)
100(100)
99(100)
100(100)
100(99)
98(100)
98(100)
100(100)
99(100)
99(100)
93(89)
99(100)
98(99)
97(100)
98(100)
100(100)
99(100)
99(100)
97(100)
99(100)
99(100)
99(100)
100(100)
98(100)
99(100)
98(100)
100(100)
98(100)
98(100)
99(100)
99(96)
99(99)
99(96)
100(100)
100(99)
98(74)
100(85)
100(97)
99(86)
99(91)
99(97)
100(91)
99(99)
100(100)
100(96)
100(98)
100(96)
98(84)
99(89)
100(98)
99(91)
100(97)
97(55)
99(95)
99(95)
99(80)
99(90)
100(100)
99(96)
99(98)
99(81)
99(98)
99(99)
100(83)
100(99)
99(93)
99(92)
100(89)
100(99)
100(86)
99(88)
99(95)
96
99
98
100
99
93
94
98
90
98
98
99
97
99
97
99
99
95
97
99
98
99
82
99
92
97
97
100
98
98
96
98
99
96
98
97
92
97
98
96
96
96
96(98)
99(100)
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