CEB210 Digital tentamen Candidate 0011-HJE KANDIDAT 0011-HJE PROV CEB210 Digital tentamen Ämneskod -- Bedömningsform DT Starttid 06.03.2020 12:00 Sluttid 06.03.2020 17:00 Bedömningsfrist -- PDF skapad 24.03.2020 11:14 1/13 CEB210 Digital tentamen Candidate 0011-HJE Sektion 1 Fråga Status Poäng Uppgiftstyp Dokument 1 Besvarad 4/4 Essä 2 Besvarad 4/4 Essä 3 Besvarad 4/4 Essä 4 Besvarad 3/4 Essä 5 Besvarad 4/4 Essä 6 Besvarad 4/4 Essä 7 Besvarad 8/8 Essä 8 Besvarad 4/4 Essä 9 Besvarad 4/4 Essä 10 Besvarad 1/4 Essä 11 Besvarad 7/8 Essä 12 Besvarad 2/4 Essä 13 Besvarad 4/4 Essä 14 Besvarad 6/8 Essä 15 Besvarad 4/4 Essä 16 Besvarad 4/4 Essä 17 Besvarad 4/4 Essä 18 Besvarad 3/4 Essä 19 Besvarad 7/8 Essä 20 Besvarad 4/4 Essä 21 Besvarad 0/4 Essä 2/13 CEB210 Digital tentamen Candidate 0011-HJE 22 Besvarad 4/4 Essä 23 Besvarad 4/4 Essä 24 Besvarad 3/4 Essä Dokument 25 1 Obesvarad 6/6 Textområde Vad är heterotrofer respektive autotrofer (1 p var)? Ge ett exempel på varje (1 p var). (totalt 4 p) Skriv in ditt svar här Heterotrofer är organismer som livnär sig (föda) på andra t ex. däggdjur Autotrofer är organismer som producerar sin egen föda t ex. växter. 2 Frågorna nedan handlar om följande nedbrytningsprocesser: A. Glukos + 2 ADP + 2 Pi → 2 Laktat + 2 ATP B. Fettsyra-CoA(n) + CoA + FAD + NAD + → Fettsyra-CoA(n-2) + FADH 2 + NADH + H + + Acetyl-CoA C. Glutamat + NAD + + H 2O → α-ketoglutarat + NADH + NH 4+ Vilken av processerna kan användas för att generera energi vid syrebrist (1p)? Vad heter processen (1p)? Varför kan de andra två inte användas i vid syrebrist (2 p)? Skriv in ditt svar här Vid syrebrist kan process A användas för att generera energi (fermentering), processsen kallas för glykolys och genom att 2 pyruvat kommer ut från glykolysen kan det antingen gå till citronsyracykeln vid aeroba förhållanden eller till fermentering vid anaeroba förhållanden och då bilda laktat. Anledningen till varför de andra proceccer behöver syre är för att under elektrontransportkedjan t ex. så måste det finnas syre som kan ta emot en elektron och tsm med väte bilda vatten. Om det inte finns syre som kan ta emot en elektron kommer det inte kunna skapas en vätegradient som driver denna process så att det i slutet bildas ATP. Utan syre kommer inte AcetylCoA kunna bildas i citronsyrascykeln. A- glykolys B-citronsyracykeln C- elektrontransportkedjan 3/13 CEB210 Digital tentamen 3 Candidate 0011-HJE Celler kan bindas samman och kommunicera med varandra via cellförbindelser/junctions. a ) Ange tre olika typer av cellförbindelser/junctions (2p) b) I vilken av kroppens vävnadstyper är dessa cellförbindelser mest välutvecklade och väsentliga för vävnadens funktion? (1p) c) I vilken vävnadstyp finns inga cellförbindelser mellan cellerna? (1p) Skriv in ditt svar här a) Epitelvävnader/epitelceller: tight junctions- som förhindrar läckage mellan celler och skapar en diffusionsbarriär. Skapar även polaritet, dvs att den har en apikal och en basal del som har olika funktioner. Adherens junctions- förhidrar ej läckage men håller dock ihop cellerna mot basalmembranet och fungerar som en tryckknapp. Ett exemepel på adherens junctions är desmosom som då fungerar som trycckknapp och håller ihop cellerna. De byggs upp av transmembranära glykoproteiner som är fästa till intermediärafilament av cytoskelettet via förankrande proteiner som är kopplade till cadherin molekyler. Sista kallas för Gap junctions och de skapar en kommunikationsväg för cellerna genom att bilda en kanal så att små molekyler, vatten och joner kan ta sig igenom. b) Epitelvävnad c) bindvävnad 4 How much of a barrier is the cell wall to the flow of nutrients in bacteria? Explain your answer. (4 p) [nutrient = näringsämne] Skriv in ditt svar här The cell wall protects the cell from example, osmotisk pressure and osmotisk lys in hypertonic solution, it protects it from the environment and the cell wall also stabilise the structure consistig of peptidoglykan. On the other hand, it is the cell membrane that works as a selective permeabilitetesmebrane that take in nutrients to the cell and take out by diffusion. 5 När vi använder molekylärgenetiska tekniker behöver vi olika typer av enzymer. Vad gör ett restriktionsenzym? Nämn ett exempel på när vi använder restriktionsenzym! Vad gör ett DNA-ligas? Nämn ett exempel på när vi kan använda DNA-ligas! (4 p) Skriv in ditt svar här Restriktionsenzymer är en typ av endonukleaser som klyver DNA på en igenkänningsplats, t ex. kan den klyva sticky ends och/eller blunt ends. Vi använder restriktionsenxymer vid genkloning då vi klipper upp vektor (plasmid t ex.) mha restriktionsenzymer så att vi sedan kan foga in vår insert och göra en rekombinant plasmid. DNA-ligas är det enzymet som ligerar ihop DNA-strängarna, efter att restriktionsenxymet klyvt i DNA:t och sen inforgat våran insert då kommer DNA-ligas och ligerar ihop de. 4/13 CEB210 Digital tentamen 6 Candidate 0011-HJE Vid PCR-reaktionen använder vi en temperaturcykel. Beskriv kortfattat vad som händer vid de olika stegen – 95, 55 respektive 72 grader! Vilken speciell egenskap har det DNA-polymeras (Taq-polymeraset) som vi använder i PCR-reaktionen? (4 p) Skriv in ditt svar här PCR är en metod då man vill amplifiera DNA-kopior. Först sker det en denaturering: då ökar man temperaturen till 95 grader så att dubbelsträngarna ska separeras så att vi får enkelsträngade DNA. Sen sker det en annealing och då sänker man temperaturen till 55-60 grader så att primrarna ska kunna binda in och sist sker det elongering då DNA-polymeraset kan börja syntetisera mha byggstenarna så att strängarna förlängs. Taq-polymeraset vi använder tål hög temperatur. 5/13 CEB210 Digital tentamen 7 Candidate 0011-HJE Essäfråga: De finns många olika metoder för att hitta mutationer/DNA-varianter som är associerade med sjukdom. Vilken metod som används kan bero på tidigare kunskap om sjukdomen/genen och typen av mutation(er) man letar efter. Vilken metod skulle man kunna använda i följande utredningar: A) Analysera en patients DNA för att hitta stora genomiska avvikelser, tex duplikationer eller deletion. Beskriv kort hur metoden fungerar. (3 p) B) Analysera DNA från en patient med ärftlig sjukdom utan att veta något om vilka gener och mutationer som kan orsaka patientens symtom. Beskriv även vilka laborativa/analys steg som ingår i metoden och ge exempel på två typer av mutationer man kan detektera. (5 p) Skriv in ditt svar här A) Man kan använda microarray-teknikendär man kan upptäcka stora förändringar, men även NGS där man både kan uppptäcka stora och små förändringar. Det finns CGH-array och SNP-array där man kan upptäcka dosskilnader (genetiskt material som antingen tillkommit eller förlorats). Då tar man DNA och märker in det med flurokromer, sedan låter man det hybridisera över en natt på en chip (micro-array). Sedan kan man analysera sitt prov in silico (om det är SNP) mha dataanalyserad kontroll. Om det är CGHarray då tar man DNA från patient och en frisk kontrollpatient och låter det hydridisera på samma array. Sedan jämför man (live). B) NGS. Här hade man kunnat göra helgenomsekvensering. Då kan man se t ex. deletioner, punktmutationer och insertioner. Processen: 1. Biblioteksprepp: man klyver DNA så man får DNA-fragment sen ligerar man adaptorer på var sin ände, dels för att kunna fästa den på flödesscellen sednare och dels för att de innehåller en sekvens dit primern binder. 2. Sedan görs klustring (detta då enrichment inte görs på helgenomsekvensering). Man adderar bibliotekspreparatet till en födescell via adaptorer med primers på en glasyta, alltså sekvenseras DNA på glasytan. Ett DNA-fragment ger ingen stark signal därförs görs en amplifiering (PCR) på glasytan så att vi får många kopior i ett kluster. Små kluster bildas vilket ger en starkare signal. Detta ger reads. 3. Sedan görs sekvensering. Då tillsätter man flurosencsinmärkta nukleotider (dNTP:s) och vid varje fragemnt kan bara en bas fastna hos ett kluster så genom att följa varje kluster kan man få en sekvens för varje DNA-fragment (reads). 4. Sist görs bioinfromatik, då man fått miljontals bilder på sekvenserna kan man mappa (analysera) mot ett referensgenom för att eventuellt hitta vad som är felet. Om man inte har referensgenom kan man bygga upp ett slags karta för att kartlägga vad det kan bero på. 8 What is the difference between a DNA mismatch and a DNA mutation? (4 p) Skriv in ditt svar här DNA-mismatch can lead to a mutation if it is not repared. Mismatch innebär att det skett fel under replikeringen som ej upptäckts under proofreading och mismatch-repair mekanismen och då kan det vara så att de tillsatt fel nukleotid så att det är C som basparar med A då är det en mismatch. Om mismatchen inte repareras då kan det leda till mutation, t ex. att basparen byts ut så att vi får annat protein. 6/13 CEB210 Digital tentamen 9 Candidate 0011-HJE Which are the basic units of eukaryotic chromatin, and how are these units modified? (4 p) Skriv in ditt svar här Det är histoner (H2A, H2B, H3, H4, dessa kan dimeriseras och bilda oktamerer) som packas ihop till nukleosomer och sen kromatin och sist bildas kromatinfibrer och allra sist blir det kromosom. Histoner (främst H3) kan modifieras genom acetylering (som främjar transkription, dvs positiv reglering), fosforylering eller metylering (negativ reglering, förhindrar transkriptionen) och det är antingen på lysin, arginin eller serin. Det finns heterokromatin som är tätpackad DNA t ex. vid telomerer och centromerer. Det finns eukromatin som är löst packad DNA t ex. under interfasen. 10 How is the lac repressor regulated? (4 p) Skriv in ditt svar här I prokaryota celler så finns det operons som består av aktivatorbindningssites, promoter,operator and structural genes. På promotorn binder repressors som regleras av co-repressors och aktiverar de. När en repressor binder promotorn så kan ingen transkription ske, dvs den förhindrar transkriotion och nedregelerar genen. Ett exempel är: Om det finns hög koncentration av glukos i cellen då kommer co-repressors binda till repressorn vilket i sin tur leder att den binder promotorn och hämmar transkriotionen av gener. Om det istället är låg koncentration av glukos då kommer det finns mycket cyclic AMP (inducer till CAP som är activator protein) som i sin tur kommer binda till CAP och aktivera den, detta leder till att CAMP binder till CAP-bindnig site och främjar transkriptionen av gener så att laktosen metaboliseras. Ett annat exemepl är om vi har hög konc av tryptofan då kommer den binda till repressorn och aktivera den så att transkriptionen hämmas då repressorn binder till promotorn och RNA-polymeras kan inte binda in och transkribera. Men om vi har låg konc av tryptofan så kommer inte den kunna binda till repressorn och aktivera den, och då kan transkriptionen ske. På så sätt regleras det. 7/13 CEB210 Digital tentamen 11 Candidate 0011-HJE Essay question: DNA replication is incredibly precise, with an error rate of 1 out of 1.000.000.000. Describe the three basic mechanisms that keep the error rate at this low level. (8 p) Skriv in ditt svar här Polymerase selectivity- som hittar rätt kvävebas och det är i syntes site i polymeraset. 10-5 Proofreading- rättar till fel under replikeringen genom att avlägna den felaktiga nukleotiden i exonucleas site och sen kommer DNA-polymeras och fyller på med nya nukleotder. 10-2 Mismatch repair- Rättar till fel efter replikeringen. Då kommer den felaktiganukleotiden tas bort och några andra nukleotider runt omkring, sen kommer RNA-polyemeras och fyller med nya nukleotider till gapet som bildats samtidigt som DNA-ligas reparerar fostat-socker ryggraden. 10-2 12 Du har ett antal sekvenser och från dem vill du konstruera ett fylogenetiskt träd. Beskriv översiktligt de huvudsakliga stegen i din bioinformatiska analys. (4 p) Skriv in ditt svar här Jag tar min sekevens och lägger in den i BLAST som är en sorts google för alla sekvenser och sedan kan den då jämföra min sekvens med alla andra sekvenser som finns där för att på så sätt hitta besläktade sekevnser (homologi mellan sekvenserna). Sedan mha datorprogram kan man konstrurera ett fylogenetisk träd för att därefter kunna se relationer mellan arter, t ex. om de är paraloga, homolga eller ortologa. Man får då score, ju högre score desto mer homologa. 13 Aminoacyl-tRNA-syntetaser är en grupp enzymer som är mycket viktiga för proteinsyntesen. Vilken reaktion katalyserar dessa enzymer? Varför är det så viktigt att reaktionsprodukten blir "rätt"? (4 p) Svara med max 150 ord. Aminoacyl-tRNA-syntetaser katalyserar reaktionen då en aminosyra binder till tRNA för att bilda aminoacyl-tRNA. Detta genom att öka aminosyrans energi så att den kan binda till tRNA genom att aminosyrans karboxylgrupp adenyleras mha ATP-hydrolys ==> bildas aminoacyl-AMP. Aminoacyl amp kommer binda till tRNA genom att karboxylgruppen förestras med 3'OH på tRNA:s acceptorstjälk och det kommer leda til att aminoacyl-AMP bindningen spjälkas och AMP frisätts.Detta är spjälkningen som driver syntes av Aminoacyl-tRNA. Dessa enzymer har editing site och syntes site så om fel aminosyra kopplas på kan den passa i editing site och bortspjälkas, men om det är rätt aminosyra så kommer de binda tRNA. Det är viktigt att produkten blir rätt för annars kanske vi får fel aminosyra kopplad till tRNA vilken leder till att vid translationen så kan det byggas in fel aminosyror till proteinet som bildas och kanske leda till ett ickefungerande protein,änså som det egentligen skulle ha varit. 8/13 CEB210 Digital tentamen 14 Candidate 0011-HJE Essäfråga: Efter att det har transkriberats genomgår eukaryot pre-mRNA en process som kallas för splicing. Vad är skillnaden mellan osplicat pre-mRNA och splicat mRNA? Beskriv de kemiska reaktioner som ingår i splicingen – vad reagerar med vad? Vad är det för något "maskineri" som utför splicingen, vad består det av och var i cellen finns det? Samma pre-mRNA kan ibland splicas till olika mRNA – hur går det till, och vad tjänar cellen på det? (8 p) Skriv ditt svar här Splicing är den process varvid intronerna avlägnas, så skillnaden mellan pre-mRNA och mRNA är att mRNA enbart innehåller exoner. Splicing intieras av att A-nukleotiden i intronen vars 2'OH "attackerar" (reagerar) med intronens 5'-ände vilket kommer leda till att intronen avlägnas i form av lariat. Samtidigt så sammanfogas exonerna. Alltså kommer två diesterbindningar brytas samtidigt som två nya bildas. Kort och gott: 1. bindningen mellan exon1 och intronen bryts 2. intronen kommer attackera den andra intronens ände==> bilda lariat 3. bindningen mellan intron och exon 2 bryts genom att intronen avlägnas i form av lariat. 4. Exonerna sammanfogas. Denna process katalyseras av splicosomer som består av snRNA och proteiner (alltså protein-RNAkomplex) och som finns i cytoplasman. Ibland kan cellen välja vilka exoner som ska tas med eller avlägnas, detta kallas för alternativ splicing. Detta innebär att en och samma gen kan ge uppphov till olika proteinprodukter. Detta genom att ibland så kan vissa exoner splicas bort med intronerna. T ex. om vi har ett mRNA som består av exon: 1,2,3,4 så kan olika vävnader välja vilka exoner som ska tas med och vilka som ska splicas så vi kan t ex. få mRNA som, 1,2,3 eller 1,3,4 osv... då kan en och samma transkript ge upphov till flera olika mRNA som i sin tur translateras till olika proteinprodukter. 15 Vad för reaktion katalyseras av proteasomen? Hur känner proteasomen igen sina substrat? Hur gör cellen för att substraten skall bli igenkända av proteasomen? (4 p) Svara med max 150 ord Proteosomen hydrolyserar (klyver) peptidbindningar, så att vi får små peptider. För att ett protein ska brytas ner så måste det bli ubiquitinylerat (4-5 ubiquitin). Cellen gör detta mha enzymer E1,E2,E3. E1 aktiverar ubiquitin mha ATP så att det skapas en energirikbindning till ubiquitin, och sen E2 och E3 är ett komplex (ubiquitinligas). E1 överför det aktiverade ubiquitin till E2 och E3 hittar målproteinet genom degradationssignalen. Därefter tillsätter E2 ubiquitin på målproteinet. Ett ubiquitin ger ingen tillräcklig signal för att ett protein ska brytas ner därför upprepas detta om och om igen tills målproteinet fått 4-5 ubiquitin och då överförs det till proteosomen, som består av 19S och 20S subenheter. I 19S så tas ubiquitin bort, rätar ut proteinet och matar in det till "tunneln"och 20S består av proteolytisk site där peptidbindnigar hydrolyseras till små peptider och skickas sedan vidare till cytosolen där peptidaser klyver de till fria aminosyror. 9/13 CEB210 Digital tentamen 16 Candidate 0011-HJE Enhancers är viktiga för genreglering. Vad är en enhancer för någonting? Förklara den generella mekanismen för hur en enhancer kan påverka genuttryck. (4 p) Skriv in ditt svar här (max 150 ord) Enhancers är en regulatorisk DNA-sekvens dit activator proteiner (Transkriptionsregulatorer) binder som då stimulerar transkriptionen(positiv reglering). Enhancers kan stimulera transkriptionen och på så sätt kan olika generella transkriptionsfaktorer binda promotorn och därefter RNA-polymeraset och mediatorn. Om man har fler enhancers så kan flera TR binda in och påvkera genuttrycket positivt. T ex. kan TR binda enzymer i sin transaktiveringsdomän som kromatinomlagrings-komplexet som sträcker ut utrymmet mellan en nukleosom till nästa vilket i sin tur resulterar i att promotorregionen blir exponerad och kan då binda till RNA-polymeras, mediatorn samt generella transkriptionsfaktorer vilket då leder till att genen kan uttryckas. Eller så kan TR även binda till enzymer som histonacetyltransferas som då lägger till acetylgrupper så att histonen blir neutral=> interaktionen mellan DNA och histonerna släpper vilket lder till att vi får fri DNA och eurokromatin struktur som möjliggör bindning av generella TRF, RNA-pol så att ranskriptionen kan se. 17 Briefly explain why loss-of-function mutations are usually recessive. (4 p) Skriv in ditt svar här Anledningen till detta är därför att om man är homozygot (aa) för den recessiva sjukdomen så finns det ingen annan dominerande allel som kan fungera istället, då båda är "muterade". Till skillnad från om man är heterozygot (Aa) då har man en allel som är dominerande. Det räcker oftas med att ha en funktionell allel som är dominerande, alltså ej muterad för den kompenserar över den recessiva allelen. 18 Briefly define “1 genetic map unit” and explain why it cannot be converted into kilobases of DNA. (4 p) [convert = omvandla] Skriv ditt svar här 1 genetic map unit = 1 % recombinant gametes (between different loci) som beskriver frekvensen av rekombinanta gameter, och därmed kan man bestämma avståndet mellan två gener i en kromosom, för att se om de är kopplade ller inte. Om det är över 50 cM så är allelerna genetiskt unlinked då de beter sig som om de vore på olika kromosomer. Den beskriver alltså rekombinationsfrekvensen. Om rekombinationsfrekvensen är hög då är generna långt ifrån varandra, men om rekombinationsfrekvensen är låg då ligger generna nära varandra. Anledningen till varför man inte kan konvertera till kilobaser är för att det är för stort enhet, så det går inte. 10/13 CEB210 Digital tentamen 19 Candidate 0011-HJE Essay question: In your own words, describe the size and general structure of the human Y chromosome, its evolutionary origin and how it behaves during meiosis (8 p). [origin = ursprung] Skriv in ditt svar här the size of the Y-chromosome is about 156 MB. Y-kromosmen är en degenererad x-kromosom och är den minsta kromosmen i cellen. Den består av en PAR region i var sin ände av Y-kromosomen och det är oftast där rekombination sker under meiosis. Den består även av en MSY-region (Male specifik region of the Ykromosom) i resterande delen och som behövs för ökad produktion av testisteron. Den saknar oftast funktion då den innehåller ett få antal gener till skillnad från X-kromosomen. Under meios I så sker dublicering av kromosomer, sedan sker synapsis (homolog pairing) och sen sker rekombination. i meiios 2 så delas cellerna och från en diploid cell får vi 2 haploida celler så totalt 4 haploida celler. 20 En gen har två alleler, a och A. I en population som antas uppfylla kriterierna för Hardy-Weinberg-jämvikt är allelfrekvensen av a 10%. Ange vilka genotyper som förekommer i populationen och vilken frekvens de har. Observera att rätt svar utan tillhörande uträkning inte ger poäng. Alla införda variabler ska definieras, beräkningar ska gå att följa och det slutliga svaret vara tydligt angivet. (4 p) Får du problem med DISAs formelverktyg, förklara med text istället, t ex "roten ur X" eller "Y i kvadrat". Skriv in ditt svar här Om allelfrekvensen av a är 10 %: f(a)= q f(A)= p q+p= 1 f(a)= 0,1 = 10 % f(A)= 1-0,1= 0,9 = 90% f(aa) = q2 = 0,12 = 0,01 f(AA) = p2 = 0,92 = 0,81 f(Aa) = 2qp = 2 x 0,9 x 0,1 = 0,18 Sedan kan vi kolla ifall det stämmer då q2 + 2pq + p2 = 1 0,01+0,81+0,18 = 1 SVAR: de genotyper som finns är AA (homozygot) som har genotypfrekvensen f(AA)= 0,81, Aa (heterozygot) som har genotypfrekvensen f(Aa)= 0,18 samt aa (homozygot, recessiv) som har genotypfrekvensen f(aa) = 0,001. 11/13 CEB210 Digital tentamen 21 Candidate 0011-HJE Några få grodor från Sydafrika införs i Australien där de snabbt förökar sig och bildar en population som i individantal är ungefär lika stor som den afrikanska. I vilken population är heritabiliteten för de flesta egenskaper högst, när man jämför den afrikanska med den australiensiska populationen? Motivera svaret! (4 p). Skriv in ditt svar här Heritabilitet = andel av fenotypiska variationer inom en individ i en grupp som orsakas av genetiska skillnader mellan individer i gruppen. Påverkas av arv eller miljö. Om heritabiliteten är 1 så beror variationer på genetiska skillnader, men om heritabiliteten är 0 så beror variationer på miljöfaktorer. Den sydafrikanska populationen har högt heritabilitet för egenskaper då variationer beror på genetiska skillnader och inte på miljöförändringar (miljöfaktorer) som skiljer ju sig åt i Sydafrika och Australien, för de har olika miljö, miljön är alltså ej homogen. 22 Det är sedan länge känt att personer med defekter i genen för glukos-6-fosfatdehydrogenas (G6PD) blir överkänsliga för vissa födoämnen och läkemedel. Varför blir de känsliga, och genom vilket symptom visar sig överkänsligheten? (4 p). Skriv in ditt svar här Personer som har defekt i genen för G6PD är oftast överkänsliga för vissa läkemedel och livsmedel som favvoböner (de ger upphov till syreradikaler) eftersom det orsakar oxidativ stress. Anledningen till detta är för att G6PD kodar för ett enzym som bildar glutation som då skyddar cellen från oxidativ stress så personer som saknar denna gen kommer därför cellerna få oxidativ stress pga att de inte kan bilda glutation. Dock har människan alternativa metabola vägar som kan bilda glutation (om det är så att man har defekt på G6PD), i mitokondrien. Men detta saknar erotrocyter (röda blockroppar) och kommer inte kunna klara av oxidativ stress i cellen och cellen kommer spricka och dö. Därför är vissa personer med denna defekt överkänsliga för vissa läkemedel och födoämnen. 23 Please briefly explain the principle of Blue-White screening. Answer in English, please! (4 p) Skriv in ditt svar här Blue-White screening is a technique used when cloning different genes, to differ between plasmids containing the insert with those plasmids that are empty. To do this we need X-gal which gives the colour and IPTG. Plasmids that contain our insert, their gene that codes for lacZ is destryed when the DNA is ligated in the cloning site (polylinker). This gene codes for an enzyme that breaks down lactose into glucos and galactos. If this gene is destroyed then it can't do this step. So in blue-white screening we will get white colonies when the gene of interest is inserted. On the other hand, if the plasmid is empty then it will have this gene which will code for the enzyme that breaks down lactos to glucos and galactos, resulting in blue colonies. By this we can differ between emty plasmids and recombinant plasmids (plasmid+insert). 12/13 CEB210 Digital tentamen 24 Candidate 0011-HJE Please name all 6 components of a PCR master mix. Shortly describe the function of each component (max. 1 sentence per component). Please answer in English! Skriv in ditt svar här PCR-buffer: to keep the pH-balanced dNTP:s: the building blocks with the four different bases (A, C, T, G) primers: a short RNA-sequence that are needed so that the DNA-polymerase can bind, reverse and forward primers Taq-polymerase: that catalyse the reaction and syntethise new DNA with help of a primer H 2O: function as a negative controll, to see if the reaction is contaminated, it if is then there will be a band shown Creosol Red: 25 ****** HOPPA ÖVER DENNA "FRÅGA"! ********* Bortse från den här "frågan". Vi har lagt in den för att i efterhand kunna föra in bonuspoängen från veckotesterna, så att de läggs på tentamensresultatet. Den fyller ingen funktion under tentamen. Hoppa över den. (Fältet nedan behöver inte fyllas i. Det är med endast för att systemet kräver det) Ingenting behöver fyllas i här 13/13
0
advertisement
Related documents
Download
advertisement
Add this document to collection(s)
You can add this document to your study collection(s)
Sign in Available only to authorized usersAdd this document to saved
You can add this document to your saved list
Sign in Available only to authorized users