Simian virus 40 (SV40)의 오염 여부를 분자진단방법으로 확인하기 위해 TaqMan
Probe Real-time PCR 시험방법을 확립하고자 한다. TaqMan Probe Real-time PCR
시험을 위한 Primer와 TaqMan Probe를 디자인하시오.
1. NCBI에서 SV40 Nucleotide Sequence를 검색하시오. 검색한 NCBI Reference
Sequence Number를 쓰시오.
답) NC_001669.1
2. Forward Primer와 Reverse Primer를 Design 하시오.
Oligonucleotide
Forward Primer
Reverse Primer
Sequence(5'-3')
taagggacagtttggc
aagg
acccttccctgttggct
act
Nucleotide position*
Amplicon size (bp)
1124~1144
150
1273~1253
150
(1) PCR Target 부위 유전자 또는 위치를 선정한 이유를 설명하시오.
답) 바이러스는 특성상 돌연변이가 많이 일어나기 때문에 PCR Target 부위 유전
자 또는 위치를 선정할 때 돌연변이가 일어나 primer가 검출이 안 될 수도 있기 때
문에 돌연변이가 적게 일어나는 부분인 비구조 단백질을 CR Target 부위 유전자
또는 위치를 선정하였다.
(2) PCR Primer의 Tm 값은?
답) Forward Primer : 60.10 , Reverse Primer : 59.99
3. TaqMan Probe를 Design 하시오.
Oligonucleotide
Sequence(5'-3')
Nucleotide position*
Probe
tcccattaggcctacaatgg
1227~1247
(1) TaqMan probe의 Tm 값은?
답) 59.78
(2) 5‘ 말단과 3’ 말단에 어떤 dye를 붙이겠는가?
답) 5‘ 말단 : FAM , 3’말단 : BHQ1