Ferramentas de Bioinformatica: Roteiro para uso da MUTPRED2 Dr. Rosany Lisboa Mutpred2: http://mutpred.mutdb.org/index.html Informações do site: MutPred2 is a machine learning-based method and software package that integrates genetic and molecular data to reason probabilistically about the pathogenicity of amino acid substitutions. This is achieved by providing (1) a general pathogenicity prediction, and (2) a ranked list of specific molecular alterations potentially affecting the phenotype. It is trained on a set of 53,180 pathogenic and 206,946 unlabeled (putatively neutral) variants obtained from the Human Gene Mutation Database (HGMD. O MutPred2 é uma ferramenta bioinformática que prevê o impacto funcional de mutações genéticas em proteínas. Aqui está um roteiro básico para usar o MutPred2: Acesso ao MutPred2: Acesse o site oficial do MutPred2 ou use o link direto para a ferramenta. Entrada de Dados: a página inicial do MutPred2, você encontrará uma caixa de texto onde pode inserir a sequência de aminoácidos da proteína que deseja analisar. Certifique-se de que a sequência esteja no formato FASTA ou digite-a manualmente. Opções de Configuração: O MutPred2 oferece várias opções de configuração que podem ser ajustadas de acordo com suas necessidades. Isso inclui a escolha do banco de dados para comparação, a seleção de parâmetros de corte e a definição de limites para os resultados. Execução da Análise: Após inserir a sequência de aminoácidos e configurar as opções desejadas, clique no botão "Submit" ou equivalente para iniciar a análise. Visualização dos Resultados: Aguarde alguns instantes enquanto o MutPred2 processa sua solicitação. Os resultados serão exibidos em uma página separada, onde você poderá visualizar informações sobre as mutações previstas, incluindo pontuações de predição e impacto funcional estimado. Interpretação dos Resultados: Analise os resultados fornecidos pelo MutPred2 e interprete as previsões de impacto funcional das mutações. Preste atenção às pontuações de predição e aos detalhes específicos fornecidos para cada mutação. Exportação dos Resultados: Se desejar, você pode exportar os resultados da análise para uso posterior. O MutPred2 geralmente oferece opções para baixar os resultados em diferentes formatos, como texto ou planilha. Análise Adicional: Dependendo dos resultados obtidos, você pode optar por realizar análises adicionais para validar as previsões feitas pelo MutPred2. Isso pode incluir experimentos laboratoriais, análises estruturais ou consultas a outras ferramentas bioinformáticas. Referências e Documentação: Consulte a documentação oficial do MutPred2 e referências relevantes para obter mais informações sobre a ferramenta e suas metodologias de análise. Feedback e Melhorias: Se você encontrar algum problema durante o uso do MutPred2 ou tiver sugestões para melhorias, forneça feedback à equipe de desenvolvimento. Isso pode ajudar a aprimorar a ferramenta e a torná-la mais útil para a comunidade científica. Certifique-se sempre de revisar e entender os resultados obtidos antes de tirar conclusões finais ou tomar decisões clínicas com base nas previsões do MutPred2. Formatação do imput 1. Transformar colunas em linhas Jogar no google: SEQUENCIA DE IMPUT COMPLETA E4K G6R G6E P7L P10Q P12S V14M L15Q T17I V18M E21Q R22G T25M A26T G30R P32L T36R R38H A40T A40E G41S G42W G42E R43G R43P R45H R47C P48A P48L Q50P R51G G52R K53Q P54S S57N A60T M64L M64R A65V A67T A67G H68Q A69T P70S E71K E71G R72S R72H R73G R73H L74I L76V G77S G78S I79V I79T Y80C K81T E85K E85D R86S R91C K95Q K95R W97L N99D N99K S100R S100T I101V I101T R102C R102H T106A L107F N108H N108S D109E L112F P115S P115R R116S E117K A118V G119S G119A R120H P121S P121Q K123E G124R W127C A128T D130E N132D N132K E134K E134G D135N M136V S139N S139R G140R S141T S141R R144H R145C R145H R146H R148P R151L S152L L154R S155P T156A Y157N Y157S P158T A159T A159V Y160C M161L M161K M161I H162Q D163N D163A A166T A167T A167V A170T A170D A171T A171V A172T A173T A175T A179P F181L G183S A187V R189G P190A P190R P191H Y192H P193L G194D A198G A201T A201E P202T P203R L205V A206T P208R P210A V211I V211D Y212S P214A A215V P218H G219R P220S P220R R222P V223I G225S L226P V227F P228T E229G R230W R230Q P231T L232F S233G S233I S233R L236M G237R P238A A239T A239V P240T G244S G245D S246F C247Y A248D S251T S251Y A252S A252V G253S A256T T258N G260S Y261C Q262K P263A A264T G265D T267I G268R G268V A269S A269D R270W R270Q P271T P271Q A272T A272D N273K P274S S275Y A276T A276D Y277H Y277C A278V A279T A279G A280T A282T A282V G283V P284R D285N D285V D285E G286D A287P P289T P289R G291D A292T A292G G293S S294R S294N A295T A298T A299T G301S R302C A304V A307S S308L P309S P309R P310L A311V G312S G313S S314T S315N G316D G317S E319K T320A T321K D323E F324L F324L Y325S G326R G326A R327H T328S T328R P330H G331D Q332R F333Y A335G A338P A338V Y340C N341K G344E Q345R L346R G347A G348R G348E A349T A353T Y354H H355R R357S R357H A360V A361T P363A G364S G365R I366R D367N R368L F369S V370A S371P A372P M373T Colar na área de imput da plataforma MUTPRED2 A PLATAFORMA NÃO AGUENTA MAIS DE 100 VARIANTES POR VEZ Sequencia abaixo contem 100 variantes do FOXE1: E4K G6R G6E P7L P10Q P12S V14M L15Q T17I V18M E21Q R22G T25M A26T G30R P32L T36R R38H A40T A40E G41S G42W G42E R43G R43P R45H R47C P48A P48L Q50P R51G G52R K53Q P54S S57N A60T M64L M64R A65V A67T A67G H68Q A69T P70S E71K E71G R72S R72H R73G R73H L74I L76V G77S G78S I79V I79T Y80C K81T E85K E85D R86S R91C K95Q K95R W97L N99D N99K S100R S100T I101V I101T R102C R102H T106A L107F N108H N108S D109E L112F P115S P115R R116S E117K A118V G119S G119A R120H P121S P121Q K123E G124R W127C A128T D130E N132D N132K E134K E134G D135N M136V Após o imput: Resultado Referência: MutPred2 Pejaver V, Urresti J, Lugo-Martinez J, Pagel KA, Lin GN, Nam H, Mort M, Cooper DN, Sebat J, Iakoucheva LM, Mooney SD, Radivojac P. Inferring the molecular and phenotypic impact of amino acid variants with MutPred2. Nat. Commun. 11, 5918 (2020)