Uploaded by Ryndellyn Cabañas

F147 Multiplex-Primers Cabanas

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Ma. Ryndellyn H. Cabañas
BS in Fisheries IV
F147
WSSV reference genome - GenBank accession number: AF332093
Sequence:
1
acaatattgt
attggtgaga
tcatataaga
tttgatgtca
acatcttcgt
51
aaaggtctca
gattcgattc
tccccggtat
caatttaagt
gagctaattt
101
agcttcttaa
aaaataaaat
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151
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atactactct
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ttagtctctg
201
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ttgtattatc
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251
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tcttattcta
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301
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451
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551
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1401
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1651
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1701
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1801
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2201
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2701
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2851
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4451
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4501
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4551
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gttgctctta
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4651
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4701
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4751
acaaatggtt
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ttgtatatga
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4801
tttacttttc
ttacctcaat
tatccatctt
gaacattgtt
ttgtatgtgg
4851
caagagttca
aacactggtg
tactcattga
aaagttatgg
tgagaaaatc
4901
actgatcaga
tgattcttga
gaaagataat
gagaactctg
tcacc
Results
DISEASES AND PRIMER SETS
1.
Complete Genome Sequence of Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease-Causing Vibrio
campbellii LA16-V1, Isolated from Penaeus vannamei Cultured in a Latin American Country
GenBank accession number: CP021145
Sequence:
acaatattgtattggtgagatcatataagatttgatgtcaacatcttcgtaaaggtctcagattcgattctccccggtatcaatttaagtgagctaat
ttagcttcttaaaaaataaaatcaaacaacttttacataaactcagtgaaaacttggatataaagtatccttatactactctttagtcttgattagtctc
tgcaaagatatttatatgtactttgtattatcataagaacattcattgacattttaagttaatgaattactaacatgtcaactcttattctagccaacagt
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tctataactatcaagcaaaacataatctgtagtagctgtttacaattatctgtcctacacagttagcgaataatttgaaacacactgcagaacatta
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gtaaaatcagcaaatatattgatagacaaaaatttgcgtggaaaggttgcaatttgaccaatcttaatgatctatattataaattttaatttatcactt
cttcttttacattaattaactctatgaatggttttgaattcaggttgctgattttggcttgaccaaacttattgaagttggaaactcgacacttcacact
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gtataacccttttagtatgtccatggattataaactatcttcaactttcttaattgtagaaaacatgtttgtttattagctgttttttttctctgttgcagata
tgctcaatatggcgatgtttctccaaaaatagatgtatatgcttttggcgttgttctttatgaacttattactgcaaagaatgctgtcctgaagacag
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atttttaagttagtaattatgtacattttaaattcagtaaactgaatgcattcacttaaaccagaacaaaagttatccttgattattttgtattgcagttt
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tagcctttcaaatcattgtagtacataagcaaagttcatgttattaaaatataattaaatgtatgcaaaagtgtatagtttgtaaagttactaaactca
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atcaatctctcataaatctgttgtcaactagatgaagattttgtgtgacaaattgaattgtgtttgttaaaacatgtagaaagcatacaacaaatggt
ttgtactttacttgtatatgaaatattgcagttggagagtttttacttttcttacctcaattatccatcttgaacattgttttgtatgtggcaagagttcaa
acactggtgtactcattgaaaagttatggtgagaaaatcactgatcagatgattcttgagaaagataatgagaactctgtcacc
Sequence 1 Assay Set 1
Sequence 1 Assay Set 2
Sequence 1 Assay Set 3
Sequence 1 Assay Set 4
Sequence 1 Assay Set 5
2.
First Report of a Complete Genome Sequence of White spot syndrome virus from
India
GenBank accession number: KT995472
Sequence:
acaatattgtattggtgagatcatataagatttgatgtcaacatcttcgtaaaggtctcagattcgattctccccggtatcaatttaagtgagctaat
ttagcttcttaaaaaataaaatcaaacaacttttacataaactcagtgaaaacttggatataaagtatccttatactactctttagtcttgattagtctc
tgcaaagatatttatatgtactttgtattatcataagaacattcattgacattttaagttaatgaattactaacatgtcaactcttattctagccaacagt
tactttgttccctccacattctctttgaaatagtcaaacgtatccaatcatgcatgtctgttctgatcataacagcaaaagcatgtgtatagaaaatt
gatagttgaattagagtcattttccataaaaaaatattcaataagtgtgacattatttttcgtatgaattaatccattttttgctgatttgagattctttctt
tctttgcttcttgctttccttcatcagccattttttttgttttctctttctctctctcttcttgattcaatgaatctcaaaaatggattactattgttcattctgtt
tctggattgtgtttttttcaaagttgaatccaaatgtgtaaaagggtgtgatgtagctttagcttcctactatattataccatcaattcaactcagaaa
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tcctatactagaatcaacgttccgttcccatgtgaatgtattggaggtgaatttctaggacatgtgtttgaatatacaacaaaagaaggagacga
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ctaagattaatgtcactgtaatttgttcatgtgggaatagccagatttcaaaagattatggcttgtttgttacctatccactcaggtctgatgatact
cttgcgaaaattgcgaccaaagctggtcttgatgaagggttgatacaaaatttcaatcaagatgccaatttcagcataggaagtgggatagtgt
tcattccaggaagaggtatgtattttctcattttctgccaactgtggttggcacagatggtttgaacttctgtcacatccgttgtaactttgataagtc
tgaaattccgcagtttgtagattactggtaaattccattataaatgtttaatgtgatttggtgattcttatcaaaagtacttgtataagtatgcgagtta
gataaaaaaaattatgaccatcttgttctcgtggaaatggactctgataattcataaagtctagccagtgattgtaacaaccaggctttgaacttg
gtacttccaatcaacttgaccttcaccagacctcattgaccacttgagtcgaaccctttaatttcagttagagtatatttaaatgctaagttactctat
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ccattcttgcagaacaggtttgtcttttgctattaagatgattatttgttagcttgttcacaaaaatatgagaatggacaaaaggtcaatgcttcctg
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tatatatgccaaatacttccaaaagaaggaagaagagaaaactaaacttccacaaacttctagggcattttcaactcaagatggtaatattttta
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tttgttttagcactagattttgtcattgaacataacttaagatatgtgaatatttgaattgcagatggctcaacttgggagagcatgtacgagagac
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atcaatctctcataaatctgttgtcaactagatgaagattttgtgtgacaaattgaattgtgtttgttaaaacatgtagaaagcatacaacaaatggt
ttgtactttacttgtatatgaaatattgcagttggagagtttttacttttcttacctcaattatccatcttgaacattgttttgtatgtggcaagagttcaa
acactggtgtactcattgaaaagttatggtgagaaaatcactgatcagatgattcttgagaaagataatgagaactctgtcacc
Sequence 2 Assay Set 1
Sequence 2 Assay Set 2
Sequence 2 Assay Set 3
Sequence 2 Assay Set 4
Sequence 2 Assay Set 5
3.
Enterocytozoon hepatopenaei collection-date 2011 small subunit ribosomal RNA gene, partial
sequence
Accession number: KF362130.1
Sequence:
>ACC# KF362130.1
GATGGCTCCCACGTCCAAGGATGGCAGCAGGCGCGAAAATTGTCCACTCTTTTGAGA
GGAGACAGTTATGAAACGTGAGTAGAAGGGTCGAGTGTAAAAACCTTGACGTGAAG
CAATTGGAGGGCAAGTTTTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAACTCCAAGAGTGT
CTATGGTGGATGCTGCAGTTAAAGGGTCCGTAGTCGTAGATGCAATTAAAAGGTGGT
GTTAAAAGCCATTGAGTTTGTTGAGAGTAGCGGAACGGATAGGGAGCATGGTATAG
GTGGGCAAAGAATGAAATCTCAAGACCCCACCTGGACCAACGGAGGCGAAAGCGA
TGCTCTTAGACGTATCTGGGGATCAAGGACGAAGGCTAGAGTATCGAAAGTGATTA
GACACCGCTGTAGTTCTAGCAGTAAACTATGCCGACAATGCTGGGTGTTGCGAGAGC
GATGCTTGGTGTGGGAGAAATCTTAGTTTTCGGGCTCTGGGGATAGTACGCTCGCAA
GGGTGAAACTTAAAGCGAAATTGACGGAAGGACACTACCAGGAGTGGATTGTGCTG
CTTAATTTAACTCAACGCGGGAAAACTTACCAGGGTCAAGTCTATCGTAGATTGGAG
ACATGAGGTAGACAAGAGTGGTGCATGGCCGTTGGAAATTGATGGGGCGACTTTTA
GCTTAAGTGCTGGAACCAGTGAGATCTTCTAGACAGGTGTTATTTAGGCACAGGAGG
GAGAAGGCAATAACAGGTCCGTGATGCCCTTAGATATCCTGGGCAGCAAGCGCAAT
ACAATATCTCTTGAGAAGACAAAGCAATTTGAGATGAGTAGGATTAGCTTTTGTAAA
TAAGCTATGAATGAGGAATTCCTAGTAACAGTGTCTCATCAAGGCATTGTGAATGTG
TCCCTGTTC
Sequence 3 Assay Set 1
Sequence 3 Assay Set 2
Sequence 3 Assay Set 3
Sequence 3 Assay Set 4
Sequence 3 Assay Set 5
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