MUHAMMAD AL-XORAZMIY NOMIDAGI TOSHKENT AXBOROT
TEXNOLOGIYALARI UNIVERSITETI FARG`ONA FILIALI
KOMPYUTER INJINIRING FAKULTETI
716-19 GURUH TALABASI
TAYIROV OYBEKNING
BIOINFORMATIKA VA BIOMEXANIKA
FANIDAN
“Bioinformatikaga
oid elektron qo’llanmalar”
MAVZUSIDA TAYYORLAGAN
MUSTAQIL ISHI
Farg’ona 2023
Mavzu: Bioinformatikaga oid elektron qo’llanmalar.
Reja:
Kirish.
1.
Bioinformatika haqida.
2.
Chet el olimlarining bioinformatikaga oid elektron qo’llanmalar.
3.
Bioinformatikaga oid elektron qo’llanmalarni foydali tomonlari.
Xulosa.
Foydalanilgan adabiyotlar.
KIRISH
Ushbu qo'llanma molekulyar naslchilik usullarini taqdim etadi, ular
quyidagilarni o'z ichiga oladi: NCBI resurslaridan foydalanish, ma'lumotlar
bazalaridan ketma-ketlik/tuzilmani olish, tuzilmalarni vizuallashtirish, ligand
retseptorlarini joylashtirish, BLAST mashqlari. Mualliflar qo'llanma molekulyar
biologiyani o'rganayotgan bakalavriat va aspirantura talabalari talablariga javob
beradi va talabalarning biokimyoviy tahlil bilan bir qatorda asosiy molekulyar
biologiyaning turli usullarini taqdim etish va o'rganishga qiziqishiga xizmat
qiladi deb umid qiladilar. Fakultet professor-o‘qituvchilari, talabalar va
kitobxonlar tomonidan ushbu qo‘llanmaning mazmunli va foydali bo‘lishi uchun
konstruktiv tanqid va takliflar, takliflar doimo qabul qilinadi. Amaliy dars
qimmatli ko'nikmalarni o'rganish imkoniyatidir. Talabalar undan to'liq
foydalanishlari kerak.
Laboratoriya protokollari qishloq xo'jaligi fanlari o'quv dasturidagi
kurslarni
tushunishga
yordam
beradi
va
talabalarni
qishloq
xo'jaligi
biotexnologiyasining ko'plab yo'nalishlarida tadqiqot o'tkazishga tayyorlaydi.
Biz JNKVV va Jabalpur biotexnologiya markazi direktori doktor Sharad
Tivariga qo‘lyozmani tayyorlash jarayonida ilhomlantirgani, yo‘l-yo‘riq
ko‘rsatganligi va tanqidiy takliflari uchun chuqur minnatdorchiligimizni
bildiramiz. So'nggi yigirma yil ichida genetik ma'lumotni molekulyar darajada
saqlash, uzatish va ifodalash uchun mas'ul bo'lgan jarayonlarni tushunishda
inqilob guvohi bo'ldi - hayotning o'zi. Ushbu bilim portlashiga asos bo'lgan
texnik yutuqlar, DNKning ma'lum bir qismini organizmdan olib tashlash, uni
probirkada manipulyatsiya qilish va uni o'sha yoki boshqa organizmga qaytarish
qobiliyati faxrlansa kerak. Rekombinant DNK texnologiyasi yoki genetik
muhandisligining mohiyatiga ko'ra, molekulyar biologiya mavzusi so'nggi
yillarda texnikalar bilan o'sish va rivojlanish ajoyibdir.
Ma'lumotlarga asoslangan. Biologiya ma'lumotlari hayratlanarli tezlikda
yig'ilmoqda.
Ma'lumotlar
yangimi
yoki
yo'qmi
bunday
ma'lumotlar".
Akademiyada bioinformatikani ikkita lagerdan biriga joylashtirish mumkinligi
umumiy qabul qilingan: PSI-BLAST deb nomlanadi, bu esa turli genlarda
o'xshash genlar uchun ma'lumotlar bazalarini qazib olish imkonini beradi
foydalanuvchilar va ishlab chiquvchilar. Foydalanuvchilar biologik javob berish
uchun ma'lumotlar bazalari va dasturiy ta'minot dasturlaridan foydalanadilar
Ekzotik hayvonning DNK ketma-ketligi yoki yangi oqsilning 3D tuzilishi,
ma'lumot organizmlar. Kompyuterni sozlash Laboratoriyani Internet tarmog'iga
ulangan har qanday kompyuter laboratoriyasida o'qitish mumkin. doimiy
ravishda ma'lumotlar bazasida saqlanadi - ulardan ba'zilariga internet orqali
kirish mumkin. Rivojlanish muammolar. Misol uchun, tadqiqotchi yangi dori
toksik ta'sir ko'rsatishi mumkinligini bilishni xohlashi mumkin Hayotiy fanlar
bo'yicha tadqiqotlarni amalga oshirish uchun ushbu ma'lumotlarni tahlil qilish
uchun dasturiy vositalardan xabardor bo'lish kerak Bioinformatika bu biologiya
va axborot texnologiyalarini birgalikda o'rganishdir olimlar tomonidan keng
qo'llaniladigan ma'lumotlar bazalari va dasturiy ta'minot dasturlari. Milliy
nashriga ko'ra tana. Agar preparat o'zining oqsil maqsadiga qanday bog'lanishi
aniq ma'lum bo'lsa, unda bitta yondashuv mavjud boshqa potentsial oqsil
maqsadlarida shunga o'xshash hududlarni qidiring. Kerakli dasturlar va
ma'lumotlar
bazalari
Biotexnologiya
ma'lumotlari
markazi
(NCBI),
"bioinformatika tadqiqot, ishlab chiqish yoki informatika texnikasidan
foydalangan holda molekulyar darajada biologiyaning nozik tomonlarini
aniqlash va ochish. shunga o'xshash hududlarni aniqlash uchun Internet orqali
osongina mavjud. Boshqa tomondan, ishlab chiquvchilar Aksariyat tadbirlar
Internetdan keng foydalanishni o'z ichiga oladi. Odatda Internetga ega P4
kompyuterlari bilimimizni oshiruvchi vositalar repertuariga qo‘shiladigan yangi
dasturlar va ma’lumotlar bazalarini yaratish Bu kurs perkviziti asosiy biologiya,
biologik kimyo, ketma-ketlikka asoslangan bilimdir hisoblash vositalari va
biologik, tibbiy, ulanishdan foydalaniladi. Biz laboratoriyani har bir
kompyuterga
bitta
talaba
bilan
o‘rgatganmiz,
lekin
rag‘batlantirdik
bioinformatika yondashuvi va strukturaviy biologiya. Kursning maqsadi
shundan iboratki, talabalar bo'lishi kerak biologik kimyo, strukturaviy biologiya
va ketma-ketlik bo'yicha ma'lumotlarni qidirish va tahlil qila oladi xulq-atvor
yoki sog'liq ma'lumotlari, shu jumladan olish, saqlash, tartibga solish, arxivlash,
tahlil qilish yoki vizualizatsiya qilish
1. Bioinformatika haqida.
Bioinformatika, biologiya, tibbiyot va kimyo
aloqalarida genetik
ma'lumotlar, o'zaro aloqalar va sistemli tahlillar yordamida o'zgaruvchan
ma'lumotlar tizimlarini o'rganish va tushuntirishda kompyuterli usullarni
qo'llashga asoslangan ilmi yo'nalishdir. Bu, genetik ma'lumotlarni tahlil qilish
uchun kompyuterli algoritm va dasturlarni ishlatish orqali, genomik, proteomik,
metabolomik va boshqa ilmi tahlillarni o'rganishga yordam beradi.
Bioinformatika
kompyuter
dasturlari
va
matematik
modellaridan
foydalanib, DNA, RNA, proteinlar va boshqa biologik jismlar tahlil qilishga
qaratilgan. Bioinformatika yordamida, genomlar, proteomlar va metabolomlar,
shuningdek shakllantirilgan modellar yordamida yaxshiroq tushuntiriladi va
o'rganiladi. Bu, turli tibbiyot mashqiyatlarida, xavfsizligi aniqlash, tashkilotlarda
genetik ma'lumotlarni saqlash, boshqa xil maqsadlar uchun foydalaniladi.
Bioinformatika, biologik jismlarning keng tahlilini amalga oshirishi
mumkin, bu jismlarni tushuntirib, boshqa organizmlardan uzatilgan ma'lumotlar
bilan solishtirishni, viruslar va bakteriyalar kabi muhim ta'sirchilar bilan bog'liq
yozuvlarini o'rganishni, protein strukturalarini va funksiyalarini tushuntirishni
o'z ichiga oladi. Bioinformatika yuqori darajali biologik ma'lumotlar tizimlarini
tuzish uchun va tibbiyotni inobatga olib, tashkilotlarda, yurishga chiqish va
foydalanishning
boshqa
ko'rsatkichlarini
texnologiyalardan foydalanadi.
oshirish
uchun
eng
yangi
2. Chet el olimlarining bioinformatikaga oid elektron qo’llanmalar.
1.
PubMed - https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
2.
SciFinder - https://www.cas.org/products/scifinder
3.
The
European
Nucleotide
Archive
(ENA)
-
System)
-
https://www.ebi.ac.uk/ena
4.
Swiss-Prot - https://www.uniprot.org/
5.
ExPASy
(Expert
Protein
Analysis
https://www.expasy.org/
6.
Protein Data Bank (PDB) - https://www.rcsb.org/
7.
Kyoto
Encyclopedia
of
Genes
and
Genomes
(KEGG)
-
(NCBI)
-
https://www.genome.jp/kegg/
8.
National
Center
for Biotechnology Information
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
9.
European
Molecular
Biology
Laboratory
(EMBL)
-
https://www.embl.org/
10.
Gene Ontology (GO) - http://geneontology.org/
Bu qo’llanmalar bioinformatika fanining turli yo'nalishlari, jumladan
genetik,
genomika,
proteomika,
metabolomika
va
epidemiologiya
yo'nalishlarida ishlatiladi. Bu elektron qo’llanmalar olimlar va tadqiqotchilar
uchun bioinformatikadagi turli vazifalarni bajarish uchun muhimdir.
3. Bioinformatikaga oid elektron qo’llanmalarni foydali tomonlari.
1.
Barcha o'zlashtirilgan ma'lumotlar bir joyda. Bioinformatikaga oid
qo’llanmalar, genetik ma'lumotlar, genom, proteom, metabolom ma'lumotlari va
boshqa ko'plab malumotlarni bir yerga to'plagan, qidiruvni osonlashtirgan,
so'rovlar va taqqoslashlar uchun imkoniyatlar yaratgan.
2.
Qo'llanmalar interfeysi. Ko'pchilik bioinformatika qo'llanmalarining
interfeysi oson va oddiy, foydalanuvchilarga malumotlarni qidirish, ko'rish va
tahlil qilishni osonlashtiradi.
3.
Algoritmlar va tahlil usullari. Bioinformatika qo'llanmalarida,
genom analizlari, sekvens qidirish, malumotlar tahlili va boshqa muhim
vazifalar uchun ma'lumotlarni tahlil qilish usullari va algoritmlari mavjud.
4.
Boshqa tadqiqotchilar bilan aloqalar. Bioinformatikaga oid
qo’llanmalar boshqa tadqiqotchilar bilan aloqa qilishni osonlashtiradi, yozishlar
va maqolalar yuklash uchun imkoniyatlar yaratadi.
5.
Malumotni tashkil etish. Bioinformatikaga oid qo'llanmalar
foydalanuvchilarga ma'lumotlar tashkil etish imkoniyatlarini beradi. Bu
qo'llanmalar, malumotlarni saqlash, tahrirlash, va ularga kirish yoki ulardan
chiqish uchun yordam beradi.
6.
Xususiyatlar va funksiyalar. Bioinformatika qo'llanmalarining
ko'pgina xususiyatlari mavjud, shular orasida genom shakllanishi, tayyorlangan
proteinlar, molekulyar model qurish, evolyutsiya, klinik tahlil va boshqalar kabi
tajribaviy ishlar uchun foydali xususiyatlar mavjud.
7.
Onlayn xizmatlar. Bioinformatikaga oid qo’llanmalar, interfeyslar
va xizmatlar orqali, ma'lumotlarini tahlil qilish, biologiya ma'lumotlari to'plash,
tibbiyotga oid malumotlar olish va boshqa ko'plab maqsadlar uchun malumotlar
topish uchun onlayn xizmatlar ham mavjud.
Xulosa
Bioinformatika,
biologiya,
statistika
va
kompyuter
ilovalarining
kombinatsiyasini ishlatib, genetik ma'lumotlar va boshqa biologik o'zgaruvchilar
yig'indisi bo'lgan katta ma'lumotlar qatorini tahlil qilish, sharh qilish va yashirin
mintaqa va zakotlarni aniqlashga yordam beruvchi bir soha hisoblanadi.
Bu sohaga oid bir nechta elektron qo'llanmalar mavjud. Ba'zi qo'llanmalar
quyidagilar kabi o'quvchi yoki tadqiqotchilar tomonidan ishlatiladi:
1.
NCBI - National Center for Biotechnology Information: Bu
qo'llanma, genetik ma'lumotlar, DNA va proteinlarning tavsifi, genomika va
boshqa biologik muammo yechishning ko'plab usullarini taqdim etadi.
2.
Ensembl:
Bu
qo'llanma,
katta
ma'lumotlar
tizimi,
genom
ma'lumotlarini tavsif qilish, tahlil qilish va taqdim qilish uchun foydalaniladi.
Ensembl, o'quvchilar va tadqiqotchilar uchun yaxshi bir platforma hisoblanadi.
3.
UniProt: Bu qo'llanma, proteinlarning ma'lumotlarini taqdim etadi.
UniProt, proteinlar haqida ma'lumotlarni qidirish, biriktirish va tahlil qilishni
osonlashtiradi.
4.
Swiss-Prot: Bu qo'llanma, proteinlarning qayta ishlashiga yordam
beruvchi ma'lumotlar tizimi. Swiss-Prot, proteinlar haqida ma'lumotlarni taqdim
etadi
va
bu
ma'lumotlar
kompyuterli
biologiya
va
bioinformatikani
o'rganuvchilar uchun yaxshi bir manba hisoblanadi.
5.
BLAST - Basic Local Alignment Search Tool: Bu qo'llanma,
genetik ma'lumotlarni qidirish uchun foydalaniladi. Bu qo'llanma, xuddi shu
DNA-sekvens yoki protein-sekvens ma'lumotini izlashga yordam beradi.
6.
EMBOSS - European Molecular Biology Open Software Suite: Bu
qo'llanma, genomika, proteomika va boshqa biologik ma'lumotlarni tahlil
qilishda qo'llaniladi. EMBOSS, kompyuterli biologiyada tahlil ishlari uchun
qulay va oson bo'lgan qo'llanma hisoblanadi.
Bu elektron qo'llanmalar bioinformatikada tahlil ishlarini osonlashtiradi va
genetik ma'lumotlar va boshqa biologik o'zgaruvchilarni tahlil qilishni
osonlashtiradi.
Foydalanilgan adabiyotlar.
1.
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
-
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2.
EMBL-EBI
(European
Bioinformatics
Institute)
-
System)
-
https://www.ebi.ac.uk/
3.
UniProt - https://www.uniprot.org/
4.
PDB (Protein Data Bank) - https://www.rcsb.org/
5.
GenBank - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
6.
ExPASy
(Expert
Protein
Analysis
https://www.expasy.org/
7.
KEGG
(Kyoto
Encyclopedia
of
Genes
and
Genomes)
-
https://www.genome.jp/kegg/
8.
STRING
(Search
Tool
for
the
Retrieval
of
Interacting
Genes/Proteins) - https://string-db.org/
9.
Ensembl - https://www.ensembl.org/
10.
Clustal Omega - https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/