Nama : Anisah Rachmawati NIM : 210331626039 Offering : D 1. Bandingkanlah struktur permukaan kedua protein berikut: flavoredoxin (kode akses: 3BNK) dan nitric oxide reductase (kode akses: 6T6V). 2. Menggunakan pemahaman anda tentang stabilitas interaksi kimia pada struktur primer, sekunder, tersier, dan kwarterner, jelaskan bagaimana protein yang memiliki struktur 3D aktiff pada pH 7 menjadi tidak aktif kerena mengalami denaturasi pada pH 12 3. Dengan menggunakan pemahaman anda tentang stabilitas interaksi kimia pada struktur primer, sekunder, tersier, dan kwarterner, jelaskan bagaimana protein yang memiliki struktur 3D aktif pada pH 9 menjadi tidak aktif kerena mengalami denaturasi pada pH 3! 4. Menggunakan pemahaman anda tentang stabilitas interaksi kimia pada struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner, jelaskan bagaimana protein yang memiliki struktur 3D aktif dapat mengalami denaturasi apabila ditambahkan ion logam berat seperti ion Pb atau ion Cd 5. Denaturasi juga terjadi pada saat protein yang larut dalam air ditambahkan pelarut organik seperti etanol. Gambar dan perhatikan struktur etanol dan pikirkan kemunginan interaksinya dengan protein sehingga menyababkan denaturasi. 6. β-Mercaptoethanol adalah suatu senyawa yang dapat mereduksi ikatan disulfida. Bila struktur tiga dimensi (3D) protein distabilkan oleh adanya ikatan disulfida maka apa yang terjadi? jelaskan dengan gambar 7. Fenomena pengendapan protein oleh penambahan garam anorganik misalnya aamonium sufat. Deskripsikan dengan bahasa anda fenomena tersebtu setelah melihat video berikut. 8. Protein memiliki muatan nol pada titik isoelektriknya, sehingga protein tidak dapat larut dalam pelarut polar seperti air. Amati video berikut dan ceritakan kembali dengan kalimat anda sendiri. 9. Protein yang beraneka ragam dekelompokkan menjadi2 kelompok besar yaitu protein serat dan globular. Jelaskan dengan melihat video berikut. Jawab : 1. Flavoredoxin (3BNK) Nitric Oxide Reductase (6T6V) Struktur protein flavoredoxin (3BNK) memiliki sifat hidrofilik (suka air) dimana protein tersebut mudah larut dalam air. Strukturnya tergolong kedalam gugus kelompok polar tak bermuatan yang disebabkan gugus R-nya dapat mengandung gugus fungsional yang dapat membentuk ikatan hidrogen dalam air. Berikut yang tergolong kedalam kelompok ini adalah glisin, serin, treonin, sistein, tirosin, asparagin, dan glutamin. Struktur protein Nitric Oxide Reductase dengan kode 6T6V memiliki sifat hidrofobik atau tidak larut dalam air. Karena struktur ini tergolong kedalam gugus kelompok non-polar yang merupakan senyawa hidrokarbon. Yang termasuk kedalam kelompok ini ada 5 macam asam amino yaitu : a. Alanin b. Valin c. Leusin d. Isolusin e. Prolin 2. Belum 3. Denaturasi adalah proses di mana protein atau asam nukleat kehilangan struktur kwaterner, struktur tersier, dan struktur sekunder yang ada dalam keadaan asalnya dengan menerapkan beberapa tekanan atau senyawa eksternal seperti asam atau basa kuat, garam anorganik pekat, dan pelarut organik (misalnya, alkohol atau kloroform), radiasi atau panas. Perubahan pH mempengaruhi kimia residu asam amino dan dapat menyebabkan denaturasi. Ikatan hidrogen sering melibatkan perubahan sisi ini. Protonasi residu asam amino (ketika proton asam H+ menempel pada pasangan elektron bebas pada nitrogen) berubah apakah mereka berpartisipasi dalam ikatan hidrogen atau tidak, sehingga perubahan pH dapat mendenaturasi protein. Oleh karena itu pH yang lebih rendah meningkatkan protonasi sehingga mendorong denaturasi dengan mencegah ikatan Hidrogen. 4. Garam logam berat bertindak untuk mendenaturasi. Garam logam berat yang mengandung Hg +2 , Pb +2 , Ag +1 Tl +1 , Cd +2 dan logam lain dengan berat atom tinggi. Karena garam bersifat ionik, mereka mengganggu jembatan garam dalam protein. Reaksi garam logam berat dengan protein biasanya menghasilkan garam protein logam yang tidak larut. Reaksi ini digunakan untuk sifat desinfektannya dalam aplikasi eksternal. Misalnya AgNO3 digunakan untuk mencegah infeksi gonore pada mata bayi yang baru lahir. Perak nitrat juga digunakan dalam pengobatan infeksi hidung dan tenggorokan, serta untuk membakar luka. Dalam kasus keracunan logam berat akut, seseorang mungkin telah menelan garam logam berat dalam jumlah yang signifikan. Sebagai penangkal, protein seperti susu atau putih telur dapat diberikan untuk mengendapkan garam beracun. Kemudian obat emetik diberikan untuk menginduksi muntah sehingga protein logam yang mengendap dikeluarkan dari tubuh. Logam berat juga dapat mengganggu ikatan disulfida karena afinitas dan daya tariknya yang tinggi terhadap belerang dan juga akan menyebabkan denaturasi protein. 5. Belum 6. Crystal structure of tetrahydrocannabinolic acid synthase from Cannabis sativa kode protein disamping ialah 3vte. diambil beta-sheet 28-42 dan beta-sheet 89-104. Terlihat terdapat hanya ada satu ikatan disulfida pada nomor 37 dan 99 Ikatan disulfida berguna untuk menstabilkan protein supaya tidak mudah terdenaturasi. Jika protein terdenaturasi, dapat diartikan ikatan disulfidanya telah putus. Putusnya ikatan tersebut karena terdapat agen pereduksi, agen pereduksi yang dimaksud disini adalah Beta mercaptoetanol. Jadi beta mercaptoetanol itu nanti mereduksi ikatan S-S jadinya putus, lalu membentuk S-H (sistein) Protein yang mempunyai suatu rongga dalam inti hidrofobnya dapat distabilkan dengan cara mengganti suatu residu kecil dengan suatu residu nonpolar besar. sebaliknya, protein dapat dibuat tidak stabil dengan membuang ikatan-ikatan disulfidanya, memasukkan substituen yang besar sekali yang tidak mudah ditampung dalam Inti hidrofob, atau mengganti residu polar yang membuat ikatan hidrogen atau ikatan garam yang baik 7. Belum 8. Susu mengandung berbagai jenis protein. Secara tradisional protein susu diklasifikasikan ke dalam kasein, dimana kasein protein minor adalah yang paling dominan dalam susu. Hal inilah yang menyebabkan susu berwarna putih buram. 9. Protein serat atau skleroprotein adalah gabungan rantai polipeptida yang membentuk struktur seperti lembaran. Sedangkan Protein globular adalah protein yang memiliki bentuk hampir bulat, karena rantai polipeptida nya berlipat dengan rapat atau menggulung.