Molekuler Docking
Docking molekuler adalah alat kunci dalam biologi molekuler struktural dan desain obat
yang dibantu komputer. Tujuan dari docking ligan-protein (molekuler docking) adalah untuk
memprediksi mode pengikatan dominan ligan dengan protein dengan struktur tiga dimensi yang
diketahui. Metode docking bertujuan menemukan ruang dimensi tinggi secara efektif dan
menggunakan fungsi penilaian yang memberi peringkat docking yang akurat. Docking dapat
digunakan untuk melakukan penyaringan virtual pada perpustakaan besar senyawa, memberi
peringkat hasil, dan mengusulkan hipotesis struktural tentang bagaimana ligan menghambat target.
Pengaturan struktur input untuk docking sama pentingnya dengan docking itu sendiri, dan
menganalisis hasil metode pencarian stokastik terkadang tidak jelas.
Molekuler docking dilakukan dengan cara mensimulasikan senyawa yang akan diteliti
(dalam penelitian ini flavonoid sarang semut) ke protein target (dalam penelitian ini Mur A-Mur
G) untuk mengetahui aktivitas senyawa terhadap protein tersebut. Dari tujuan penelitian saya
bertujuan menghambat Mur (A-G) berarti senyawa (flavonoid) disimulasikan untuk berikatan
dengan protein target (MurA-G) dan untuk melihat daya hambatnya berdasarkan energi ikatan,
ikatan yang terbentuk, dll. Dari hasil didapat data energi ikatan, RMSD, kompleks senyawa yang
berikatan dengan protein target dan hasil divisualisasikan dalam bentuk gambar, dari gambar akan
ditampilkan data-data seperti panjang ikatan, jenis ikatan, nama asam amino dari protein, dll.
Dalam penelitian dengan molekuler docking ini mengunakan komputer dan software
Autodock Vina Format file senyawa dan proteinnya dalam bentuk (.pdb) dalam bentuk 3D.
Ini adalah salah satu contoh bentuk proteinnya. Di gambar ini protein MurA yang punya 3
chain A, B, dan C yang berbeda warna. Setiap chain tetep punya komposisi asam amino yang
sama, makanya selama proses docking nanti biasanya hanya digunakan satu chain saja.
Ini adalah contoh senyawa flavonoid dalam bentuk 3D
Ini adalah contoh senyawa flavonoid dalam bentuk 2D
Ilustrasi pemakaian molekuler docking