Serolojik Reaksiyonlar ve Patojenisite Notları
advertisement
Serolojik Reaksiyon Ant jen Antikor oluşumuna neden olan maddelere dair Ant kor Kana yabancı prote n g rd ğ nde oluşur Serolojik Özell kler Aglüt nasyon LPrep s tasyon Fluorescent ant body tekn ğ ELISA Olmmunoelektrofrez s Almmuno Izolasyon Konub tekrar baki Patojenisite Koparılmış Organlarla Yapılan Testler Yaprak nokulasyon test İkl m odasında yet şt r len 23 haftalık fasulye yapraklarına 2 günlük bakter kültürler püskürtülmüş ve yapraklar çer s nde ster l saf su le nemlend r lm ş ster l kurutma kağıtları bulunan petr kaplarına bırakılmıştır 7 gün sonra s mptomlar göre en hassas fasülye seç l r In v vo Testler Kök bakter ler n n Pst'ye karşı domates b tk s nde dayanıklılık uyarma Kök potans yel bakter ler yle Şaşırtmadan nokslasyonu kök uyarması 7 gün sonra Pst y 3 4 gün süreyle yüksek oransal nem 10 gün süre 05 arasında değerlend rme Konut tekrardu PCR Pol meraz Z nc r Reaks yonu Metod bas tçe tüpte nükle k as tler n uygun koşullarda çoğaltılmas BÜfk b lg y taşıyan sarmal moleküldür ç ft 5C'lu şeker fosfat ve bazları çeren nükleot dlerden oluşmuştur Bakter lerde DNA hücre ç nde ve plazm dde bulunur Özell kler Negat f yükh Suda çözüneb l r Alkolde çözünmez DNA İzolasyonu Bas t DNA İzole ed len DNA'nın m ktarı kal tes kullanışlılığı öneml d r zolasyonunda b tk sel deterjanlar ve tuzlar NDNA Analizin alkol kullanılır LDeterjan hücresel yapıyı parçalar SPEKTRAL YÖNTEMLER Tuzlar DNA'ya bağlanır Spektrofotometre B r solüsyondakı Alkol DNA'yı çökert r makro molekül tay n ç n kullan 1260mm ışığı emen nükle k as tler n B tk sel materyal DNA ekstraks yon m ktarını ölçer Fenol ve prote n fazla se buffer çer s nde homojen ze ed lerek DNA'nın kal tes ve saflığı süspanse ed l r Yüksek sıcaklıkta nkübe ed l r azalır Santr füjlen r Alkol eklen r NELEKTROFORETİK YÖNTEMLERN UV ışığında floresan etk gösteren Soğutulur ve santr füj ed l r DNA tüpün alt kısmında çöker EtBr boyası le DNA'nın yer n tesp t eder PCR Agaroz gel elektroforez Kırmızı alg olan faktör DNA pol meraz enz m d r agar agar'dan zole ed lm ş pol sakkar tt r Sıcak suda çözünür Soğutulduğunda Bu oluşum yapısı oluşur jeldönüşümlüdür ger PCR Neye Yarar Herhang kopyasını b r DNA'nın pekçok yapmaya yarar yarar Kusurlu genler çoğaltılıp hastalık teşh s yapılab l r Patojen PCR'ın temel b leşenler Pol merazlar 5 vatan 3 uca doğru olur e Kalıp DNA Pr merler dNTP Tek kalıp DNA'yı sınırsız yapar Ver len gen n DNA'dak kodunu bulmaya ver m n etk leyen en öneml tesp t yapılab l r z Tamponlar ve Mgltz DNA denatürasyon dsDNA SSDNA'ya ayrılana kadar ısıtılır H br d zasyon aşaması Sentet k pr merler DNA'nın 5 ucuyla eşlen r Uzama Extens on template DNA'nın pol merazın Taq baz d z m ne göre pr mere baz eklenme aşamasıdır RT PCR RealT me PCR Anal z reaks yon anında yayılır _Agaroz jel elektroforez ve ışık altında görüntülemeye ht yaç yok Işıma özell ğ ne sah p moleküller kullanarak PCR'ı oluşurken zleme Elektrofores s Elektr k akımı sayes nde prote nler n ve m ktar bel rleme yöntem d r molekül ağırlıklarına C haz göre ayrılması PCR' n Sınırları Kısa ürünler n elde ed lmes Kontam nasyona açık olma Ortamda Fenol kalıntılarının bulunması PCR'ı nh be eder İYİYETÜBBEYY'nden B lg sayar Klas k PCR PCR sonundak ürünler saptanır anal z ed l r RT PCR PCR devam ederken ortaya çıkan ürünler saptanmaya başlad anda değerlend rmeye alınır Klas k PCR Problemler Pr mer seç m ve d zaynı Termalayaler programları Reaks yon şartları Zaman alan anal z şartları B r test n opt m zasyonu Kontam nasyon r sk Blotlama Agaroz jel elektroforez RT PCR ve Problemler Tekn k donanım altyapı becer tecrübe gerekl Yüksek ek pman ht yacı Sonuçlar arası farklılıklar Standard zasyon RT PCR avantajları Standart olmayan ampl f kasyon lardan etk lenm yor Eşzamanlı anal z mkanı Kısa sürmes 30dk Esaat Daha ucuz Duyarlılığı tekrarlanab l rl ğ özgüllüğü ve yüksek PCR' n Temel fazları Exponent al Faz Reaks yon spes f k ve tamdır Etk nl ğ 4100 dür Tüm b leşenler tazed r Ürün m ktarı her s klusta k kat artar L near Bakter ler n faz Komponentler tükenmeye başlar Reaks yon yavaşlar Oluşan PCR ürünler değnade olmaya başlar Plateu Faz Geleneksel fazlarda jel le tam Reaks yon sonlanır Yen PCR ürünü oluşmaz PCR ürünler değrade olması artar Floresan Prob H drol zasyon S stemler problar H br d zasyon problar DNA'ya bağlanan boyalar Benzerl k stra nler n tür den r Sınıflandırılması oranları yüksek oluşturduğu gruba Aralarında genet k farklılıklar bulunan gruplara stra n den r Patovar patojen k varyete R bozomal 165 rDNA sekan Neden 165 RNA Gen Bütün bakter lerde bulunur fonks yonel olarak korunmuştu Üzer nde y korunmuş ve heterojen bölgeler çer r PCR pr merler oluşturab l r C ns Tür düzey nde ayrım sağlar B tk patojen toplanır bakter ler üç şubede Proteobacter a Tener astes Act nobacter a 1 Tener auless Yalnızca Moll cuts sınıfın Sp roplasmateceae fam lyası b tk patojen d r Obl gat paraz tt rler Kültüre alınmazlar Hücre duvarı yoktur 1 Proteobacter a 5 sınıftan Bu oluşur şubedek bakter ler gram negat f çubuk şekl nde ve spor formları olmayan bakter lerd r 5 sınıftan üçü b tk patojen d r Alfaproteobacter assp ngomonadacea Rh zobaceae Betaproteobacter a ve Burkholder aceae Ralston aceae Comamonadaceae Gammaproteobacter aoxanthomonadaceae Pseudomonadaceae Enterobacter aceae 1 Act nobacter a Act nobacter a sınıfı M crococcaceaa fam lyala M crobacter aceae Streptomycetaceae Nocard aceae Bu Şube gram pozitiftir O 1 Rh zob aceae Rh zob um ve S norh zob um Baklag l kökler nde azot bağlarlar B tk kökler nden salınan flavono dler algılayan symplasm dler üzer ndek nodları akt ve eder Agrobacter um B tk lerde 2 2 Sph ngomonadaceae Fermantat sarı renkl değ ller kolon oluştururlar Sp ngomonas b tk patojen d r Köklerde kolon ze olur Kök yüzey nde nekrot k lekeler oluşturur Martarlaşmış köklere neden olur 1 3 Xantomonadaceae Xanthomonas b tk patojen h perplast k gel ş me neden olurlar ı ı ve Xylella O Etüç P erce's D sease Yapraklarda İiiyanma ve kuruma ger ye ölüm Salkımda kuruma pörsüme Odun dokuda sarı kahve ç zg ler c M crobacter aceae Clav bacter Curtolbacter um Le fson a Rathay bacter B tk Patojen Krems Taze kültürde B tk lerde solgunluk yaprak ve gövde nekrozları kanserler yaprak lekes ve halka çürüklüğü yapar ütiTEEara lekeler kök dejenerasyonları solgunlu yaprak yanıklığı kanserler ve soğanlarda çatlama yapar Str ptomycetaceae Streptomyces b tk patojen d r Bakter yel Kültürler Saklama Yolları 442 de buzdolabında saklama 4 20 E'de 4.20 l k gl serol çeren eppendorph tüpünde saklama 4 802 de der n dondurucuda sıvı azotta saklama ederek saklama d yof l ze Tam boncuklarda saklama Pseudomonas savastano zeyt n ağacı Pseudomonas uru syr ngae bakter yel benek hastalığı Xanthomonas axonmopod s bakter yel Leke hastalığı Bakter ler n Oluşturduğu Bel rt ler Kloroz Nekroz Çürüklük Solgunluk 1 Ur oluşumu Bakter yel akıntı B tk organlar'affması Uyuz Saçak köklülük Yassılaşma 220