PRÁCTICAS DE ECOLOGÍA Departamento de Ecología e Hidrología Guion actualizado el 04/11/2017 PRÁCTICA 3 DEMOGRAFÍA Y MODELOS DE CRECIMIENTO POBLACIONAL 1.- Introducción La demografía estudia la estructura y características de las poblaciones. En la primera parte de la práctica trabajaremos analizando tablas de vida y matrices de proyección, dos herramientas fundamentales de la ecología de poblaciones. Contaremos para ello con varios ejemplos de tablas y matrices publicados en diversos libros de texto, así como de varias funciones que nos permitirán realizar los cálculos en R fácil y rápidamente. Los objetivos se centran, por tanto, en la interpretación de los diferentes parámetros demográficos que se pueden obtener a partir del análisis de las tablas y de las matrices, que adquieren gran relevancia para abordar el estudio de las poblaciones. En la segunda parte de la práctica analizaremos las características de diversos modelos de crecimiento poblacional, considerando poblaciones denso-independientes, poblaciones estructuradas en clases de edades o estadios, y poblaciones denso-dependientes (modelos logísticos). Analizaremos también cómo influyen en la dinámica poblacional diferentes parámetros que caracterizan la demografía de las poblaciones estructuradas (distribución estable de edades/estadios y valor reproductivo). 2.- Objetivos 1. Interpretar el significado de las variables que componen una tabla de vida. 2. Estimar la tasa reproductiva neta, el tiempo generacional, la tasa intrínseca de incremento per cápita y la tasa anual de crecimiento de la población. 3. Interpretar valores de esperanza de vida, valores reproductivos y curvas de supervivencia. 4. Interpretar las características de las matrices de proyección, y realizar análisis demográficos de las mismas. 5. Interpretar los valores de una distribución estable y de la matriz fundamental. 6. Analizar la evolución temporal de poblaciones denso-independientes. 7. Analizar la evolución temporal de poblaciones estructuradas (denso-independientes). 8. Interpretar la influencia de la distribución de edades/estadios estable (DEE) y del valor reproductivo en la dinámica de poblaciones estructuradas. 9. Analizar e interpretar las características generales de los modelos logísticos (crecimiento denso-dependiente). [1] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia 3.- Desarrollo de la práctica Iniciaremos R o RStudio. Si trabajamos con RStudio podemos descargar el archivo p3.R, en el que se encuentran los comandos de la práctica: http://www.um.es/docencia/emc/p3.R En primer lugar cargaremos el archivo de datos y funciones desde el servidor: load(url("http://www.um.es/docencia/emc/EcoPob.RData")) Con la función ls(), o en el correspondiente panel de RStudio, podemos ver las funciones contenidas en EcoPob.RData. Teclea Info() para más información. (A) Interpretación y análisis de tablas de vida Trabajaremos en primer lugar con el objeto sciurus, que es la tabla de vida de la ardilla gris Sciurus carolinensis. Esta tabla (elaborada en el seminario 1 de la asignatura), contiene información sobre el número de individuos nx de la cohorte (sciurus$n) que sobreviven al inicio de la clase de edad x (sciurus$x) expresada en años y las siguientes variables: lx (probabilidad de que un individuo sobreviva al inicio de la clase x: sciurus$l), sx (tasa de supervivencia específica de cada clase: sciurus$s), dx (tasa de mortalidad: sciurus$d), y mx (tasa de maternidad de las diferentes clases de edad: sciurus$m). Empezaremos calculando la tasa reproductiva neta (R0), que es el promedio de descendientes por individuo a lo largo de su vida, el tiempo generacional (T), que es la edad promedio a la que un individuo tiene sus descendientes: R0 lx mx ; T xl x mx R0 Los cálculos en R podemos realizarlos así: R0 <- sum(sciurus$l * sciurus$m) T <- sum(sciurus$x * sciurus$l * sciurus$m) / R0 R0; T También podemos calcular la tasa intrínseca de incremento de la población (r) y la tasa anual de crecimiento ( e r ). El valor exacto de r se obtiene con la ecuación de Euler-Lotka: 1 e r x l x mx [2] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia La solución a esta ecuación requiere un proceso de cálculo iterativo, incorporado en la función Euler(), que aplicada sobre la tabla de vida proporciona, además de los parámetros mencionados, el valor reproductivo ($vr), el valor reproductivo residual ($vrr) y la esperanza de vida ($ev) de cada clase. Euler(sciurus, plots=TRUE) El argumento plots=TRUE proporciona las siguientes representaciones gráficas: pirámide de edades, curva de supervivencia, variación de la tasa de mortalidad con la edad y variación del valor reproductivo con la edad. Ejercicio 1. Analiza la tabla de vida del elefante africano (elefante) con la función Euler(), y compara los resultados con los obtenidos del análisis de la tabla de vida de la población de ardilla. (B) Análisis de matrices de proyección Las matrices de proyección constituyen una alternativa al uso de tablas de vida en estudios demográficos. Utilizaremos el objeto orca, que contiene la matriz de proyección de una población de hembras de orca (Orcinus orca). orca Para realizar el análisis demográfico utilizaremos la función Matriz(). Matriz(orca, plots=TRUE) Además de los parámetros demográficos que ya conocemos, esta función proporciona también la distribución de edades estable (vector $w.DEE) y la matriz fundamental ($mat.fund), que expresa el tiempo promedio de vida esperado que un individuo en la clase j (columnas) pasará formando parte de la clase i (filas). La suma de los valores de cada columna de la matriz fundamental da como resultado el vector de esperanza de vida. Ejercicio 2. Sobre el análisis de la matriz de proyección de la población de orcas: (a) Interpreta los valores de la matriz: elementos de supervivencia, cambio de fase y fertilidad. (b) ¿Cuántas hembras pare, por término medio, una orca hembra a lo largo de su vida? (c) ¿A qué edad promedio tienen las orcas hembra sus descendientes hembra? (d) ¿Cuántos años se espera que vivan, por término medio, las orcas recién nacidas? (e) ¿Cuánto tiempo se espera, por término medio, que una orca recién nacida permanezca en la etapa “juvenil” a lo largo de su vida? ¿Y una hembra madura como postreproductora? [3] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia (C) Dinámica poblacional: la función Modelo() La función Modelo() permite simular una amplia variedad de modelos de crecimiento poblacional: denso-independientes, denso-dependientes, de poblaciones estructuradas y estocásticos. Los parámetros que podemos proporcionar a la función son los siguientes: Modelo(lambda,r,R,K,theta,tiempo,N0,mod,comp,mat,n0,mu,s2,Nx,sim,CDF) Los primeros cinco (lambda, r, R, K y theta) son los parámetros de las ecuaciones discretas y continuas de crecimiento exponencial (denso-independiente) y logístico (denso-dependiente); tiempo permite fijar el horizonte temporal de proyección; N0 establece el tamaño inicial de la población; mod específica el modelo logístico a utilizar ("case" –por defecto–, "ricker", "theta", "begon" y "gompertz"); comp permite comparar los cinco modelos logísticos (comp=TRUE); mat indica una matriz de proyección (población estructurada); n0 es el vector inicial de edades/estadios de una población estructurada; mu es la tasa de crecimiento de un modelo estocástico; s2 es la varianza de mu; Nx es el tamaño de población crítico (umbral de cuasi-extinción en modelos estocásticos); sim es el número de simulaciones a realizar en un modelo estocástico; y CDF especifica, para modelos estocásticos, la opción de visualizar únicamente la función de distribución acumulada (que representa la probabilidad de extinción en función del tiempo; CDF=TRUE). (D) Crecimiento denso-independiente Recordemos el modelo de crecimiento denso-independiente: Nt 1 Nt er Nt Nt t N 0 er t N 0 Considerando por ejemplo una λ = 1.05 y un tamaño de población inicial (N0) de 20 individuos: Modelo(lambda=1.05, N0=20, tiempo=4) La ecuación representa un modelo de crecimiento exponencial, que puede apreciarse mejor si consideramos un horizonte temporal mayor; por ejemplo: Modelo(lambda=1.05, N0=20, tiempo=25) La función Modelo() proporciona los valores de los parámetros λ, r y R, independientemente de cuál hayamos indicado. Comprueba que: r log e 1 R [4] R er 1 Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia Ya sabemos, por otra parte, que si λ < 1, o r < 0, la población disminuirá con el tiempo. Por ejemplo: Modelo(r=-0.15, N0=200, tiempo=25) (E) Modelos de crecimiento de poblaciones estructuradas Utilizaremos en este apartado la matriz de proyección de la una población de correlimos semipalmeado (Calidris pusilla) con tres clases de edades (y1: 1 año, y2: 2 años, y y3.: 3 o más años). correlimos Matriz(correlimos) La dinámica de la población puede simularse utilizando el modelo discreto: nt 1 A nt Para ello necesitaremos establecer un vector de tamaños (densidades) de población: n0 <- c(23.5, 14.2, 7.3) Con la función modelo podemos proyectar la evolución de la población de correlimos en el tiempo y observar cómo se alcanza la distribución de edades estable: Modelo(mat=correlimos, n0=n0, tiempo=10) Finalmente analizaremos el significado del valor reproductivo residual ($vrr) con otro ejercicio, para el que necesitaremos de nuevo la matriz de proyección de la orca (Orcinus orca), disponible en el objeto orca. Simularemos cuatro proyecciones temporales a 100 años (opción por defecto en la función Modelo), partiendo en cada caso de distintas poblaciones iniciales de 10 hembras, todas ellos pertenecientes a la misma clase de edad: Modelo(mat=orca, Modelo(mat=orca, Modelo(mat=orca, Modelo(mat=orca, n0=c(10,0,0,0), n0=c(0,10,0,0), n0=c(0,0,10,0), n0=c(0,0,0,10), tiempo=100) tiempo=100) tiempo=100) tiempo=100) Observa cómo cada proyección produce distintos resultados, lo cual es debido al distinto valor reproductivo de cada clase. Así, los tamaños poblacionales totales finales (N100) son proporcionales al valor reproductivo residual de cada clase que, como recordarás, es igual a 1 para la primera clase de edad. En consecuencia, dividiendo dichos tamaños poblacionales por el correspondiente al de la primera clase, obtenemos aproximadamente el vector vrr: [5] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia c(140.1022, 147.0057, 220.6248, 1.381434) / 140.1022 Ejercicio 3. Analiza la dinámica de la población del ganso emperador (Chen canagica) cuya matriz de proyección está disponible en el objeto ganso. Partiendo una población inicial de 50 individuos de la clase de edad con mayor valor reproductivo: (a) ¿Cuál será el tamaño total de la población al cabo de 10 años? Observa que la población ha aumentado pese a que el valor de λ es menor que 1. (b) ¿Cuál será el tamaño poblacional al cabo de 50 años, y cuántos tendrán 2 o más años? (F) Modelos de crecimiento denso-dependiente Los modelos logísticos requieren dos parámetros: la tasa de crecimiento (R o r) y la capacidad de carga (K), que representa el máximo número de individuos de la población. La función Modelo() permite comparar cino modelos diferentes de crecimiento logístico, que producen resultados diferentes, aunque similares: Modelo(R=0.3, K=50, N0=2, comp=TRUE) Por defecto, la función considera theta=1, por lo que el modelo –logístico y el modelo de Ricker son en este caso equivalentes. Valores de menores que 1 reflejan una dinámica poblacional con un mayor efecto de denso-dependencia: Modelo(R=0.3, K=50, N0=2, comp=TRUE, theta=0.5) Para examinar con mayor detalle las características del crecimiento denso-dependiente, consideraremos el modelo logístico discreto "case", que es la opción por defecto en la función Modelo(): N N t 1 N t 1 R 1 t K Comprobemos que conforme aumentan los valores de R, esta ecuación produce oscilaciones (ciclos de periodo 2, 4, 8, etc.). Finalmente, cuando R > 2.57 (o r > 2.692 para el modelo de Ricker) se entra en un patrón no repetitivo conocido como caos. Modelo(R=1.0, Modelo(R=1.9, Modelo(R=2.0, Modelo(R=2.5, Modelo(R=2.6, K=100, K=100, K=100, K=100, K=100, tiempo=100) tiempo=100) tiempo=100) tiempo=100) tiempo=100) [6] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia 4.- Evaluación Realiza la prueba de evaluación de la práctica en el Aula Virtual (ejercicios 1, 2 y 3). 5.- Ejercicios adicionales 1. Analiza la tabla de vida del saltamontes Chorthippus brunneus (chorthippus) e interpreta los valores de tiempo generacional y esperanza de vida. 2. Practica con las tablas de vida balano, gorila, phlox y tortuga. 3. Practica con la matriz owl. 4. Utilizando la matriz de proyección de la ballena franca del norte Eubalaena glacialis (ballena), y partiendo de un vector inicial de población n0 = [10 20 10 5 0], responde a las siguientes cuestiones: (a) ¿al cabo de cuántos años, aproximadamente, se estabiliza la estructura de edades?; (b) suponiendo una población inicial de sólo 10 individuos de la clase de edad con mayor valor reproductivo, ¿cuántas hembras inmaduras habrá en la población dentro de 15 años? 5. Analiza la dinámica de la población del visón americano (Mustela vison) cuya matriz de proyección está disponible en el objeto vison. Partiendo de la siguiente población inicial n0 = (0, 4, 4, 0, 0), contesta las siguientes preguntas: (a) ¿Cuál será el tamaño total de la población al cabo de 5 años? (b) ¿En cuántos años, aproximadamente, se estabiliza la estructura de edades? (c) ¿Cuál es la clase de edad con mayor valor reproductivo? 6. Utiliza la función Modelo() para encontrar los valores de R que producen ciclos de periodo 2, 4 y 8 en el modelo discreto logístico (modelo "case"). [NOTA: Empieza con R = 2.40 y cambia los valores utilizando dos decimales. El tiempo de proyección debe ser suficientemente largo (por ejemplo 200 años) para que las oscilaciones se estabilicen.] 6.- Bibliografía de referencia Begon, M.; Harper, J.L.; Townsend,C.R. 1988. Ecología. Omega, Barcelona. Case, T.J. 2000. An Illustrated Guide to Theoretical Ecology. Oxford University Press, Oxford. Caswell, H. 2001. Matrix Population Models. Sinauer, Sunderland MA. Piñol, J y Martínez-Vilalta, J. 2006. Ecología con números. Lynx, Barcelona. Descripción de las funciones y datos Utiliza la función Info()en el archivo Info("orca"). EcoPob.RData. Por ejemplo: Info(), [7] Info("Matriz") o Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia Ejercicios prácticos complementarios (1) Elaboración de matrices de proyección A partir de una tabla de vida de edades se puede construir la matriz de proyección de Leslie. Para el caso de censos post-reproductivos: s0 m1 s0 0 0 0 s1m2 s2 m3 s j 1m j 0 0 0 s1 0 0 0 s2 0 0 0 s j 1 0 0 0 s j 0 0 La función Mproy() permite elaborar la matriz de Leslie: Mproy(sciurus) -> S (2) Tablas de vida y matrices de proyección de censo pre-reproductivo Las tablas de censo pre-reproductivo se caracterizan por la ausencia de la primera clase de edad. Utilizando la función Pre() con la tabla de vida de la ardilla gris, obtendremos: Pre(sciurus) -> sciurus_pre Ahora podemos elaborar la correspondiente matriz de proyección, usando la función Mproy() con el argumento pre=TRUE y proporcionando el valor de s0. Mproy(sciurus_pre, pre=TRUE, s0=0.2528302) -> Spre s0 m1 s1 0 0 0 s0 m2 s0 m3 s0 m j 1 0 0 0 s2 0 0 0 s3 0 0 0 s j 1 s0 m j 0 0 0 s j Al analizar esta matriz comprobaremos cómo los resultados son los mismos que los obtenidos en el análisis de la tabla de vida original, a excepción del valor reproductivo residual. Matriz(Spre) [8] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia Los resultados también son también iguales si utilizamos la función Euler sobre la tabla de vida (con el argumento pre=T y proporcionando el valor de s0): Euler(sciurus_pre, pre=TRUE, s0=0.2528302) (3) El caso especial de la matriz de Dipsacus sylvestris Analizaremos ahora la matriz del cardo Dipsacus sylvestris (cardo). Al utilizar la función Matriz() observaremos diversas incoherencias en los resultados. Esto es debido a que esta matriz presenta los elementos de reproducción (tasas de fertilidad) en la última columna. Al tratarse de una matriz elaborada a partir de un censo pre-reproductivo, la clase de edad 0 (semillas de menos de un año) no aparece en el gráfico del ciclo de vida. Las semillas que germinan entre un censo y el siguiente, dan lugar a rosetas de diferentes tamaños (clases 3, 4 y 5), por lo que existen distintos tipos de “descendientes”. El argumento mult=TRUE permite que la función Matriz() tenga en cuenta esta característica de fertilidad múltiple: Matriz(cardo, mult=TRUE) (4) Modelos estocásticos Los modelos estocásticos incorporan variabilidad en las parámetros demográficos, por lo que, a diferencia de los modelos anteriores (deterministas), la estimación del tamaño poblacional en el futuro se basa en criterios probabilísticos. Una aplicación de gran interés de estos modelos es la estimación de probabilidades de extinción, o más concretamente de cuasi-extinción (la probabilidad de alcanzar un tamaño de población crítico Nx). La función Modelo() puede simular modelos estocásticos, lo cual nos permitirá comprobar el efecto de la varianza en las probabilidades de cuasi-extinción (aquí utilizamos µ en vez de r): [9] Ecología – Facultad de Biología – Universidad de Murcia Modelo(mu=0.05, s2=0.05, N0=40, Nx=10, tiempo=20) Modelo(mu=0.05, s2=0.15, N0=40, Nx=10, tiempo=20) Dado que el número de simulaciones por defecto es muy bajo (20), las probabilidades estimadas son muy variables. Necesitaríamos un número de simulaciones mucho mayor para obtener una estima más precisa (por ejemplo 10000): Modelo(mu=0.05, s2=0.15, N0=40, Nx=10, tiempo=20, sim=10000) Descripción de las funciones principales • Euler – Estimación de parámetros demográficos de una tabla de vida. – Proporciona R0, tiempo generacional, r, λ, valor reproductivo, valor reproductivo residual y esperanza de vida. – Opción para analizar tablas de vida de censo pre-reproductivo. – Opción para dibujar gráficos: pirámide de edad, curva de supervivencia, tasa de mortalidad y valor reproductivo. • Mproy – Crea una matriz de proyección a partir de una tabla de vida. – Opción para tablas de censo pre-reproductivo y para truncación. • Matriz – Estimación de parámetros demográficos de una matriz de proyección. – Proporciona R0, tiempo generacional, r, λ, estructura estable, valor reproductivo residual, matriz fundamental y esperanza de vida. – Opción para calcular las matrices de sensibilidad y elasticidad. – Opción para matrices con fertilidades en la última columna. – Opción para dibujar gráficos: distribución estable, valor reproductivo, mortalidad y esperanza de vida. 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