Within-Host Viral Diversity:A Window into Viral
Evolution
宿主内病毒多样性：病毒进化的窗口
我们毕业啦
其实是答辩的标题地方
研究目的
研究背景
分析流程
分析结果
CONTANTS
研究总结
研究展望
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研究展望
文献概述：本文回顾了如何对宿主多样性进行取样、测量和表达，以及如何利用病毒
多样性进行比较研究。
研究目的：阐明最近研究中病毒多样性的相关概念，方便理解流感病毒、登革热病毒
和巨细胞病毒在宿主内进化的研究。
研究意义：通过回顾测序方法，阐明病毒在宿主内选择的表型，并解释宿主内大规模
的病毒动力学相关过程。
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宿主内多样性和病毒进化。
（a）测序技术的进步使人们很容易获得宿主内病毒的多样性。
（b）病毒多样性可以用多种方法进行测量和比较指标。
（c）不同组织内病毒的多样性。
（d）对宿主内病毒多样性的研究提高了可以被描述为对病毒群的研究。
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分析结果
图1。病毒测序和多样性指
标。
（a）对检测稀异的敏感性
和特异性依赖于测序的基因
组数量
（b）两个病毒的多样性表
现为丰富度、变异或基因型
的数量、均匀度、每个群体
的相对丰度群体中的变异，
以及位点频谱，不同突变体
的数量及其各自频率。
（c）所举例子中，香农熵
的差异
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分析结果
图2.利用寄主内部的数据来阐明
进化动力学。
（a）突变的频率可因选择性或非
选择性而增加或减少过程。
（b）识别潜在阳性选择的宿主内
变异的标准。
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分析结果
图3。准种多样性和毒性。
（a）不同的RNA病毒群通常被
称为准种、突变群或突变体云。
根据在病毒准种理论中，多样
性是决定病毒表型和毒力。
（b）寄主内的多样性既不能通
过选择来维持也不能优化。
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研究总结
本文主要回顾了如何取样、测量和表达宿主内的多样性，以及如何利用病
毒多样性的比较研究来阐明病毒的进化动力学。这些概念通过最近关于流
感病毒、登革热病毒和巨细胞病毒在宿主内进化的研究进行了详细的综述。
病毒的进化动力学在宿主内部和各流行区之间可能存在差异。
测序技术的进步可以促进许多自然感染病毒的多样性研究。
宿主内进化的研究可以确定全球过程在局部尺度上的重现程度，以及实验
感染模拟自然过程的准确程度。还可以为疾病传播的流行病学模型提供信
息，并揭示宿主水平的动态如何在更大范围内促进病毒的进化。
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未来展望
1
在适当的流行病学背景下，可以使用本文中的方法阐明宿主内选择的
表型，并解释宿主内的过程如何与更大规模的病毒动力学相关。
2
本文同样的原理也适用于宿主内重组单倍型和缺陷病毒基因组的研究。
3
未来还需在比较研究中控制抽样偏差和认识各种多样性度量的优缺点。