>original_Mt_NadD GTGCATGGGCGTCGATTGGGAGTCATGGGTGGGACGTTCGACCCCATCCACTACGGCCAC CTGGTTGCCGCCAGCGAGGTGGCCGACCTGTTCGATCTCGACGAAGTGGTATTCGTGCCC AGCGGGCAACCCTGGCAAAAGGGTCGACAGGTCTCCGCCGCCGAGCACCGCTACCTAATG ACGGTGATCGCCACCGCCTCCAATCCCCGATTCTCTGTGAGCCGGGTCGACATCGACCGC GGCGGACCCACCTACACCAAGGACACGCTGGCCGATCTGCATGCTTTGCACCCGGACTCT GAGCTGTACTTCACCACCGGCGCCGATGCGCTAGCTTCCATAATGTCCTGGCAGGGCTGG GAGGAGCTGTTCGAATTGGCGCGGTTCGTGGGGGTCAGCCGGCCCGGCTACGAGTTGCGC AACGAACACATCACTAGCCTGCTGGGTCAGCTGGCCAAGGATGCGTTGACTCTGGTCGAG ATCCCGGCGCTGGCCATTTCGTCGACCGACTGCCGTCAGCGCGCCGAGCAGTCCCGGCCG CTGTGGTACCTGATGCCCGACGGCGTCGTGCAGTATGTCTCCAAGTGCCGGCTCTACTGT GGCGCCTGCGACGCGGGCGCGCGTTCAACGACCAGCCTGGCCGCTGGGAATGGCCTATGA >optimized_Mt_NadD GTTCACGGTCGTCGTCTGGGTGTTATGGGTGGTACCTTCGACCCGATCCA CTACGGTCACCTGGTTGCTGCTTCTGAAGTTGCTGACCTGTTCGACCTGG ACGAAGTTGTTTTCGTTCCGTCTGGTCAGCCGTGGCAGAAAGGTCGTCAG GTTTCTGCTGCTGAACACCGTTACCTGATGACCGTTATCGCTACCGCTTC TAACCCGCGTTTCTCTGTTTCTCGTGTTGACATCGACCGTGGTGGTCCGA CCTACACCAAAGACACCCTGGCTGACCTGCACGCTCTGCACCCGGACTCT GAACTGTACTTCACCACCGGTGCTGACGCTCTGGCTTCTATCATGTCTTG GCAGGGTTGGGAAGAACTGTTCGAACTGGCTCGTTTCGTTGGTGTTTCTC GTCCGGGTTACGAACTGCGTAACGAACACATCACCTCTCTGCTGGGTCAG CTGGCTAAAGACGCTCTGACCCTGGTTGAAATCCCGGCTCTGGCTATCTC TTCTACCGACTGCCGTCAGCGTGCTGAACAGTCTCGTCCGCTGTGGTACC TGATGCCGGACGGTGTTGTTCAGTACGTTTCTAAATGCCGTCTGTACTGC GGTGCTTGCGACGCTGGTGCTCGTTCTACCACCTCTCTGGCTGCTGGTAA CGGTCTGTAA 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600 650 CLUSTAL multiple sequence alignment by MUSCLE (3.8) original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD GTGCATGGGCGTCGATTGGGAGTCATGGGTGGGACGTTCGACCCCATCCACTACGGCCAC GTTCACGGTCGTCGTCTGGGTGTTATGGGTGGTACCTTCGACCCGATCCACTACGGTCAC ** ** ** ***** **** ** ******** ** ******** *********** *** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD CTGGTTGCCGCCAGCGAGGTGGCCGACCTGTTCGATCTCGACGAAGTGGTATTCGTGCCC CTGGTTGCTGCTTCTGAAGTTGCTGACCTGTTCGACCTGGACGAAGTTGTTTTCGTTCCG ******** ** ** ** ** *********** ** ******** ** ***** ** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD AGCGGGCAACCCTGGCAAAAGGGTCGACAGGTCTCCGCCGCCGAGCACCGCTACCTAATG TCTGGTCAGCCGTGGCAGAAAGGTCGTCAGGTTTCTGCTGCTGAACACCGTTACCTGATG ** ** ** ***** ** ***** ***** ** ** ** ** ***** ***** *** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD ACGGTGATCGCCACCGCCTCCAATCCCCGATTCTCTGTGAGCCGGGTCGACATCGACCGC ACCGTTATCGCTACCGCTTCTAACCCGCGTTTCTCTGTTTCTCGTGTTGACATCGACCGT ** ** ***** ***** ** ** ** ** ******** ** ** *********** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD GGCGGACCCACCTACACCAAGGACACGCTGGCCGATCTGCATGCTTTGCACCCGGACTCT GGTGGTCCGACCTACACCAAAGACACCCTGGCTGACCTGCACGCTCTGCACCCGGACTCT ** ** ** *********** ***** ***** ** ***** *** ************** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD GAGCTGTACTTCACCACCGGCGCCGATGCGCTAGCTTCCATAATGTCCTGGCAGGGCTGG GAACTGTACTTCACCACCGGTGCTGACGCTCTGGCTTCTATCATGTCTTGGCAGGGTTGG ** ***************** ** ** ** ** ***** ** ***** ******** *** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD GAGGAGCTGTTCGAATTGGCGCGGTTCGTGGGGGTCAGCCGGCCCGGCTACGAGTTGCGC GAAGAACTGTTCGAACTGGCTCGTTTCGTTGGTGTTTCTCGTCCGGGTTACGAACTGCGT ** ** ********* **** ** ***** ** ** ** ** ** ***** **** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD AACGAACACATCACTAGCCTGCTGGGTCAGCTGGCCAAGGATGCGTTGACTCTGGTCGAG AACGAACACATCACCTCTCTGCTGGGTCAGCTGGCTAAAGACGCTCTGACCCTGGTTGAA ************** ***************** ** ** ** **** ***** ** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD ATCCCGGCGCTGGCCATTTCGTCGACCGACTGCCGTCAGCGCGCCGAGCAGTCCCGGCCG ATCCCGGCTCTGGCTATCTCTTCTACCGACTGCCGTCAGCGTGCTGAACAGTCTCGTCCG ******** ***** ** ** ** ***************** ** ** ***** ** *** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD CTGTGGTACCTGATGCCCGACGGCGTCGTGCAGTATGTCTCCAAGTGCCGGCTCTACTGT CTGTGGTACCTGATGCCGGACGGTGTTGTTCAGTACGTTTCTAAATGCCGTCTGTACTGC ***************** ***** ** ** ***** ** ** ** ***** ** ***** original_Mt_NadD optimized_Mt_NadD GGCGCCTGCGACGCGGGCGCGCGTTCAACGACCAGCCTGGCCGCTGGGAATGGCCTATGA GGTGCTTGCGACGCTGGTGCTCGTTCTACCACCTCTCTGGCTGCTGGTAACGGTCTGTAA ** ** ******** ** ** ***** ** *** ***** ***** ** ** ** * * >rf 1 original_Mt_NadD VHGRRLGVMGGTFDPIHYGHLVAASEVADLFDLDEVVFVPSGQPWQKGRQVSAAEHRYLM TVIATASNPRFSVSRVDIDRGGPTYTKDTLADLHALHPDSELYFTTGADALASIMSWQGW EELFELARFVGVSRPGYELRNEHITSLLGQLAKDALTLVEIPALAISSTDCRQRAEQSRP LWYLMPDGVVQYVSKCRLYCGACDAGARSTTSLAAGNGL >rf 1 optimized_Mt_NadD VHGRRLGVMGGTFDPIHYGHLVAASEVADLFDLDEVVFVPSGQPWQKGRQVSAAEHRYLM TVIATASNPRFSVSRVDIDRGGPTYTKDTLADLHALHPDSELYFTTGADALASIMSWQGW EELFELARFVGVSRPGYELRNEHITSLLGQLAKDALTLVEIPALAISSTDCRQRAEQSRP LWYLMPDGVVQYVSKCRLYCGACDAGARSTTSLAAGNGL CLUSTAL multiple sequence alignment by MUSCLE (3.8) rf_1_original_Mt_NadD rf_1_optimized_Mt_NadD VHGRRLGVMGGTFDPIHYGHLVAASEVADLFDLDEVVFVPSGQPWQKGRQVSAAEHRYLM VHGRRLGVMGGTFDPIHYGHLVAASEVADLFDLDEVVFVPSGQPWQKGRQVSAAEHRYLM ************************************************************ rf_1_original_Mt_NadD rf_1_optimized_Mt_NadD TVIATASNPRFSVSRVDIDRGGPTYTKDTLADLHALHPDSELYFTTGADALASIMSWQGW TVIATASNPRFSVSRVDIDRGGPTYTKDTLADLHALHPDSELYFTTGADALASIMSWQGW ************************************************************ rf_1_original_Mt_NadD rf_1_optimized_Mt_NadD EELFELARFVGVSRPGYELRNEHITSLLGQLAKDALTLVEIPALAISSTDCRQRAEQSRP EELFELARFVGVSRPGYELRNEHITSLLGQLAKDALTLVEIPALAISSTDCRQRAEQSRP ************************************************************ rf_1_original_Mt_NadD rf_1_optimized_Mt_NadD LWYLMPDGVVQYVSKCRLYCGACDAGARSTTSLAAGNGL LWYLMPDGVVQYVSKCRLYCGACDAGARSTTSLAAGNGL ***************************************